Theobroma cacao Matina 1-6 (Theobroma_cacao_20110822)
Description

Histone deacetylase 8 isoform 7

Location
About this transcript

This transcript has 4 exons and is annotated with 10 domains and features.

Gene

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtRefSeqFlags
-EOY333052118447aa
 
Protein coding
A0A061GTZ2 -Ensembl Canonical
-EOY333061451407aa
 
Protein coding
A0A061GUZ1 --
-EOY333111214350aa
 
Protein coding
A0A061GUZ5 --
-EOY333071174343aa
 
Protein coding
A0A061GVW0 --
-EOY333101155351aa
 
Protein coding
A0A061GTZ7 --
-EOY333081146340aa
 
Protein coding
A0A061GV75 --
-EOY333091127334aa
 
Protein coding
A0A061GZM8 --
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • 5 prime UTR
  • Missense
  • Synonymous
Other
  • UTR
Markup
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                     Y                               M   R Y              
     1 GAGGACTTCGAAAGCCCGAAATGAAGAAAAACCAAGCATATGAACGCATCGCTGGAAACC     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                R                 R           R                           
    61 GTGAACTGAACTCCAGTCCTATCAACTACTCAGTTACAAAATGTCTGTTCCCGGCCAACC    120
       ........................................ATGTCTGTTCCCGGCCAACC     20
       ........................................-M--S--V--P--G--Q--P      7

                                                                          
   121 TTTTCCAACGTCCTCAACAGGTTGCATCCATGTGTTTTGGCACGAGGGAATGCTAAGACA    180
    21 TTTTCCAACGTCCTCAACAGGTTGCATCCATGTGTTTTGGCACGAGGGAATGCTAAGACA     80
     7 --F--P--T--S--S--T--G--C--I--H--V--F--W--H--E--G--M--L--R--H     27

          S      S                                                        
   181 TGACACAGGCCGTGGCGTATTTGACACGGGGATCGACCCAGGTTTCTTGGAGGTGTTAGA    240
    81 TGACACAGGCCGTGGCGTATTTGACACGGGGATCGACCCAGGTTTCTTGGAGGTGTTAGA    140
    27 --D--T--G--R--G--V--F--D--T--G--I--D--P--G--F--L--E--V--L--E     47

                                                                          
   241 AAAGCACCCAGAGAATTCAGACAGGGTCAGAAACATCGTCTCTATCCTCAAAAGAGGACC    300
   141 AAAGCACCCAGAGAATTCAGACAGGGTCAGAAACATCGTCTCTATCCTCAAAAGAGGACC    200
    47 --K--H--P--E--N--S--D--R--V--R--N--I--V--S--I--L--K--R--G--P     67

                                                                          
   301 CATCTCTCCTCACGTCTCTTGGCACACTGGCAGACCTGCTAATATTCCTGAGCTTCTCTC    360
   201 CATCTCTCCTCACGTCTCTTGGCACACTGGCAGACCTGCTAATATTCCTGAGCTTCTCTC    260
    67 --I--S--P--H--V--S--W--H--T--G--R--P--A--N--I--P--E--L--L--S     87

                                W                       R                 
   361 TTTCCATTCCCAAGGATATATTAATACGCTAGTTGAAGCCGACAAGAATGGGGGTAAGGA    420
   261 TTTCCATTCCCAAGGATATATTAATACGCTAGTTGAAGCCGACAAGAATGGGGGTAAGGA    320
    87 --F--H--S--Q--G--Y--I--N--T--L--V--E--A--D--K--N--G--G--K--E    107

                                                                          
   421 AATCTGTGGTGGTACCTTCTTGAACCCTGGTTCATTCGATGCCGCTCTGCTAGCTGCCGG    480
   321 AATCTGTGGTGGTACCTTCTTGAACCCTGGTTCATTCGATGCCGCTCTGCTAGCTGCCGG    380
   107 --I--C--G--G--T--F--L--N--P--G--S--F--D--A--A--L--L--A--A--G    127

       Y               R                               W                  
   481 TACTACGCTATCAGCTATGAAACATATACTTGATGGCCACGGGAAACTTGCTTATGCATT    540
   381 TACTACGCTATCAGCTATGAAACATATACTTGATGGCCACGGGAAACTTGCTTATGCATT    440
   127 --T--T--L--S--A--M--K--H--I--L--D--G--H--G--K--L--A--Y--A--L    147

                                           R                              
   541 GGTTAGGCCTCCAGGTCACCATGCTCAACCTACTCAAGCAGATGGGTATTGCTTTTTTAA    600
   441 GGTTAGGCCTCCAGGTCACCATGCTCAACCTACTCAAGCAGATGGGTATTGCTTTTTTAA    500
   147 --V--R--P--P--G--H--H--A--Q--P--T--Q--A--D--G--Y--C--F--F--N    167

             R                       M                                    
   601 CAACGCAGGGCTTGCTGTGCAATTGGCTTTAGATTCAGGGTGTAGAAAGGTCACGGTCAT    660
   501 CAACGCAGGGCTTGCTGTGCAATTGGCTTTAGATTCAGGGTGTAGAAAGGTCACGGTCAT    560
   167 --N--A--G--L--A--V--Q--L--A--L--D--S--G--C--R--K--V--T--V--I    187

       M                                                                  
   661 AGATATCGATGTTCATTATGGCAATGGGACAGCAGAGGGGTTCTATCGGTCTGATAAAGT    720
   561 AGATATCGATGTTCATTATGGCAATGGGACAGCAGAGGGGTTCTATCGGTCTGATAAAGT    620
   187 --D--I--D--V--H--Y--G--N--G--T--A--E--G--F--Y--R--S--D--K--V    207

              S                                        K                  
   721 TCTTACAGTGTCCCTCCATATGAATCATGGTTCTTGGGGTCCTTCTCATCCGCAAACTGG    780
   621 TCTTACAGTGTCCCTCCATATGAATCATGGTTCTTGGGGTCCTTCTCATCCGCAAACTGG    680
   207 --L--T--V--S--L--H--M--N--H--G--S--W--G--P--S--H--P--Q--T--G    227

                                                          RM              
   781 AACAGTAGATGAGCTTGGTGAAGGGGAAGGATTTGGGTATAATTTGAATATACCTTTGCC    840
   681 AACAGTAGATGAGCTTGGTGAAGGGGAAGGATTTGGGTATAATTTGAATATACCTTTGCC    740
   227 --T--V--D--E--L--G--E--G--E--G--F--G--Y--N--L--N--I--P--L--P    247

                                              R                           
   841 AAATGGAACCGGTGACAAGGGATATGAATATGCGATGAGGGAGTTGGTTGCCCCAGCTGT    900
   741 AAATGGAACCGGTGACAAGGGATATGAATATGCGATGAGGGAGTTGGTTGCCCCAGCTGT    800
   247 --N--G--T--G--D--K--G--Y--E--Y--A--M--R--E--L--V--A--P--A--V    267

                               SS             W                W          
   901 TCAGAAGTTTGAGCCAGATGTGATCGTGCTGGTGATTGGTCAGGACTCAAGTGCTATGTA    960
   801 TCAGAAGTTTGAGCCAGATGTGATCGTGCTGGTGATTGGTCAGGACTCAAGTGCTATGTA    860
   267 --Q--K--F--E--P--D--V--I--V--L--V--I--G--Q--D--S--S--A--M--Y    287

                  M                           Y                           
   961 TGAGAGTGGAACAAAAAGTGGCCTTCTAAGGGATAAAAATGGCATGTTAAATTTCACAAA   1020
   861 TGAGAGTGGAACAAAAAGTGGCCTTCTAAGGGATAAAAATGGCATGTTAAATTTCACAAA    920
   287 --E--S--G--T--K--S--G--L--L--R--D--K--N--G--M--L--N--F--T--N    307

                                                                          
  1021 CACCGGAGGCATTACAAGAGATTATTTGTGTTTCTCCTCCACCCCTTTCCTGCCCCCTTC   1080
   921 CACCGGAGGCATTACAAGAGATTATTTGTGTTTCTCCTCCACCCCTTTCCTGCCCCCTTC    980
   307 --T--G--G--I--T--R--D--Y--L--C--F--S--S--T--P--F--L--P--P--S    327

                Y                                                         
  1081 ACCCTCTGACTACACACACAACCTTTCCTTGCCAATCTTTTGATCCAAATGGAAGACAAT   1140
   981 ACCCTCTGACTACACACACAACCTTTCCTTGCCAATCTTTTGA.................   1023
   327 --P--S--D--Y--T--H--N--L--S--L--P--I--F--*-.................    340

                                                                          
  1141 GCTTGA                                                         1146
       ......                                                             
       ......