Theobroma cacao Matina 1-6 (Theobroma_cacao_20110822) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesGeneral identifiersOligo probesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
IBR domain-containing protein isoform 1
Chromosome 5: 30,504,853-30,516,731 forward strand.
This transcript has 15 exons and is annotated with 31 domains and features.
This transcript is a product of gene TCM_025075 Show transcript tableHide transcript table
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1 CATTTAAAGTTTATTAATTAATTACTTAATTACGTTTGCCCTTTTCTCCTCCTTTTTTGT 60 ............................................................ ............................................................ 61 TTTTTCTTCCTTCCTCTCTGGCAAAAGCCACAAAGAATTAACCATTAACTTATTAAGTTG 120 ............................................................ ............................................................ 121 TCTCTCTCTTTTCATTTCTTTTCAATTCTCATTTCATTTCTGCTTGGCTTTACTCTCCAG 180 ............................................................ ............................................................ 181 CCTTCACGGCACAATCCGCCTTCCCCATCCCCGTTTTAACCCTACTTTTCTCCCCTTATT 240 ............................................................ ............................................................ 241 TTTGCATCTAAGCTATTCATTCTCCAAATTCATCGTTGATTGATTTCACGCACCATCTGG 300 ............................................................ ............................................................ 301 TTATACTTTCTAGGGTTTGCTTTGCGTTCTCTCCCAAATTTTCAATTTGCGATTCGTTGA 360 ............................................................ ............................................................ 361 TTGAATTTGTTATTACTGTTCATATATATATAAAAAGCAGCAGGAAAATGGAATCGGAGG 420 ...............................................ATGGAATCGGAGG 13 ...............................................-M--E--S--E-- 4 421 ATGATATCGATATGCACGACGCCAACAACGAATCGGGGGAAGACGATTTCTACAGCGGCG 480 14 ATGATATCGATATGCACGACGCCAACAACGAATCGGGGGAAGACGATTTCTACAGCGGCG 73 5 D--D--I--D--M--H--D--A--N--N--E--S--G--E--D--D--F--Y--S--G-- 24 481 GCGACGATGATGCTGGAGCCATGGCTGCTTACGATGATTCCGATGCCGATGTCGCTGATT 540 74 GCGACGATGATGCTGGAGCCATGGCTGCTTACGATGATTCCGATGCCGATGTCGCTGATT 133 25 G--D--D--D--A--G--A--M--A--A--Y--D--D--S--D--A--D--V--A--D-- 44 541 ATGAGTTCATCGACAACGATTCTGATGATTCTGATGACCTTGTCTCTCATCGATACCAGC 600 134 ATGAGTTCATCGACAACGATTCTGATGATTCTGATGACCTTGTCTCTCATCGATACCAGC 193 45 Y--E--F--I--D--N--D--S--D--D--S--D--D--L--V--S--H--R--Y--Q-- 64 601 AAAATTATACCGTTTTGAGCGAAGTAGATATTTGTCAGCGTCAAGAGGATGATATTATGA 660 194 AAAATTATACCGTTTTGAGCGAAGTAGATATTTGTCAGCGTCAAGAGGATGATATTATGA 253 65 Q--N--Y--T--V--L--S--E--V--D--I--C--Q--R--Q--E--D--D--I--M-- 84 661 GGGTATCTACTGTACTTTCCATCTCAAAGGTTGAAGCAGGCATCCTGCTACGCTACTATA 720 254 GGGTATCTACTGTACTTTCCATCTCAAAGGTTGAAGCAGGCATCCTGCTACGCTACTATA 313 85 R--V--S--T--V--L--S--I--S--K--V--E--A--G--I--L--L--R--Y--Y-- 104 721 ATTGGAGCGTCAGTAAGGTACATGATGAATGGTTTGCAGATGAGGAAAAGGTTCGCAGGT 780 314 ATTGGAGCGTCAGTAAGGTACATGATGAATGGTTTGCAGATGAGGAAAAGGTTCGCAGGT 373 105 N--W--S--V--S--K--V--H--D--E--W--F--A--D--E--E--K--V--R--R-- 124 781 CTGTTGGTTTGTTGGAGAAGCCTGTAGTCCCATTTCCAGATGGTAGAGAAATGACTTGTG 840 374 CTGTTGGTTTGTTGGAGAAGCCTGTAGTCCCATTTCCAGATGGTAGAGAAATGACTTGTG 433 125 S--V--G--L--L--E--K--P--V--V--P--F--P--D--G--R--E--M--T--C-- 144 841 GGATATGTTTTGAAACATATCCTTATGATCGGCTACACACTGCTGCATGTGGTCATCCTT 900 434 GGATATGTTTTGAAACATATCCTTATGATCGGCTACACACTGCTGCATGTGGTCATCCTT 493 145 G--I--C--F--E--T--Y--P--Y--D--R--L--H--T--A--A--C--G--H--P-- 164 901 TTTGTAACTCTTGCTGGGCAGGTTATATTAGCACATCCATCAATGATGGTCCTGGATGTT 960 494 TTTGTAACTCTTGCTGGGCAGGTTATATTAGCACATCCATCAATGATGGTCCTGGATGTT 553 165 F--C--N--S--C--W--A--G--Y--I--S--T--S--I--N--D--G--P--G--C-- 184 961 TGATGTTGCGATGTCCTGATCCATCCTGTGCTGCTGCTGTTGGTCAAGATATGATAAATG 1020 554 TGATGTTGCGATGTCCTGATCCATCCTGTGCTGCTGCTGTTGGTCAAGATATGATAAATG 613 185 L--M--L--R--C--P--D--P--S--C--A--A--A--V--G--Q--D--M--I--N-- 204 1021 TATTGGCTTCTGATGAGGACAAAGAGAAATATTTTCGTTATTTCATTAGATCCTATGTTG 1080 614 TATTGGCTTCTGATGAGGACAAAGAGAAATATTTTCGTTATTTCATTAGATCCTATGTTG 673 205 V--L--A--S--D--E--D--K--E--K--Y--F--R--Y--F--I--R--S--Y--V-- 224 1081 AAGACAATAGGAAGACCAAATGGTGTCCTGCACCAGGCTGTGATTATGCTGTGGACTTTA 1140 674 AAGACAATAGGAAGACCAAATGGTGTCCTGCACCAGGCTGTGATTATGCTGTGGACTTTA 733 225 E--D--N--R--K--T--K--W--C--P--A--P--G--C--D--Y--A--V--D--F-- 244 1141 TTTTGGGCAGTGGAAGTTATGATGTTACTTGTCGCTGCTCTTATAGCTTTTGCTGGAATT 1200 734 TTTTGGGCAGTGGAAGTTATGATGTTACTTGTCGCTGCTCTTATAGCTTTTGCTGGAATT 793 245 I--L--G--S--G--S--Y--D--V--T--C--R--C--S--Y--S--F--C--W--N-- 264 1201 GCACTGAGGAAGCTCACCGTCCTGTTGATTGTGGCACTGTAGCCAAGTGGATACTGAAAA 1260 794 GCACTGAGGAAGCTCACCGTCCTGTTGATTGTGGCACTGTAGCCAAGTGGATACTGAAAA 853 265 C--T--E--E--A--H--R--P--V--D--C--G--T--V--A--K--W--I--L--K-- 284 1261 ACAGTGCAGAGTCTGAAAATATGAATTGGATATTGGCTAATTCCAAGCCTTGTCCAAAAT 1320 854 ACAGTGCAGAGTCTGAAAATATGAATTGGATATTGGCTAATTCCAAGCCTTGTCCAAAAT 913 285 N--S--A--E--S--E--N--M--N--W--I--L--A--N--S--K--P--C--P--K-- 304 1321 GCAAGCGCCCGATTGAGAAGAACCAAGGGTGTATGCATATTACATGCACACCACCTTGTA 1380 914 GCAAGCGCCCGATTGAGAAGAACCAAGGGTGTATGCATATTACATGCACACCACCTTGTA 973 305 C--K--R--P--I--E--K--N--Q--G--C--M--H--I--T--C--T--P--P--C-- 324 1381 AATTTGAATTTTGCTGGCTTTGCCTTGGTGCATGGTCAGACCATGGTGAGAGAACTGGTG 1440 974 AATTTGAATTTTGCTGGCTTTGCCTTGGTGCATGGTCAGACCATGGTGAGAGAACTGGTG 1033 325 K--F--E--F--C--W--L--C--L--G--A--W--S--D--H--G--E--R--T--G-- 344 1441 GATTTTATGCTTGCAACCGTTACGAGACAGCAAAACAAGAGGGTGTGTATGATGAGGCTG 1500 1034 GATTTTATGCTTGCAACCGTTACGAGACAGCAAAACAAGAGGGTGTGTATGATGAGGCTG 1093 345 G--F--Y--A--C--N--R--Y--E--T--A--K--Q--E--G--V--Y--D--E--A-- 364 1501 AGAAACGAAGAGAGATGGCTAAAAACTCTCTAGAGAGATATACTCATTACTACGAACGAT 1560 1094 AGAAACGAAGAGAGATGGCTAAAAACTCTCTAGAGAGATATACTCATTACTACGAACGAT 1153 365 E--K--R--R--E--M--A--K--N--S--L--E--R--Y--T--H--Y--Y--E--R-- 384 1561 GGGCAACCAACCAATCATCTAGGCAAAAGGCACTGGCAGATCTACAGCAAATGCAGACCG 1620 1154 GGGCAACCAACCAATCATCTAGGCAAAAGGCACTGGCAGATCTACAGCAAATGCAGACCG 1213 385 W--A--T--N--Q--S--S--R--Q--K--A--L--A--D--L--Q--Q--M--Q--T-- 404 1621 TGCATCTTGAGAAGCTGAGTGACAGACAGTGCCAACCTGAGTCACAGCTGAAGTTCATCA 1680 1214 TGCATCTTGAGAAGCTGAGTGACAGACAGTGCCAACCTGAGTCACAGCTGAAGTTCATCA 1273 405 V--H--L--E--K--L--S--D--R--Q--C--Q--P--E--S--Q--L--K--F--I-- 424 1681 CTGAGGCATGGCTACAGATAGTAGAATGTAGGAGAGTTCTGAAATGGACATATGCCTATG 1740 1274 CTGAGGCATGGCTACAGATAGTAGAATGTAGGAGAGTTCTGAAATGGACATATGCCTATG 1333 425 T--E--A--W--L--Q--I--V--E--C--R--R--V--L--K--W--T--Y--A--Y-- 444 1741 GATATTATTTACCAGAACATGAACATGCTAAAAGACAGTTCTTTGAATACTTGCAAGGTG 1800 1334 GATATTATTTACCAGAACATGAACATGCTAAAAGACAGTTCTTTGAATACTTGCAAGGTG 1393 445 G--Y--Y--L--P--E--H--E--H--A--K--R--Q--F--F--E--Y--L--Q--G-- 464 1801 AGGCCGAGTCTGGGTTAGAACGACTTCACCAATGTGCAGAGAAGGAGCTACAGGTTTACC 1860 1394 AGGCCGAGTCTGGGTTAGAACGACTTCACCAATGTGCAGAGAAGGAGCTACAGGTTTACC 1453 465 E--A--E--S--G--L--E--R--L--H--Q--C--A--E--K--E--L--Q--V--Y-- 484 1861 TCAATGCAGAGGGCCCATCAAAAGATTTTAATGAGTTTCGGACAAAACTTGCTGGATTGA 1920 1454 TCAATGCAGAGGGCCCATCAAAAGATTTTAATGAGTTTCGGACAAAACTTGCTGGATTGA 1513 485 L--N--A--E--G--P--S--K--D--F--N--E--F--R--T--K--L--A--G--L-- 504 1921 CAAGTGTGACTCGAAATTACTTTGAGAATTTAGTTCGAGCTCTAGAAAATGGTCTATCGG 1980 1514 CAAGTGTGACTCGAAATTACTTTGAGAATTTAGTTCGAGCTCTAGAAAATGGTCTATCGG 1573 505 T--S--V--T--R--N--Y--F--E--N--L--V--R--A--L--E--N--G--L--S-- 524 1981 ATGTGGACTCCCATGGTGCCTGCAGCAGGATGGGGAGCTCAAAGAGCTTGGGAGGTGGTA 2040 1574 ATGTGGACTCCCATGGTGCCTGCAGCAGGATGGGGAGCTCAAAGAGCTTGGGAGGTGGTA 1633 525 D--V--D--S--H--G--A--C--S--R--M--G--S--S--K--S--L--G--G--G-- 544 2041 GCAGTAGGGGAAGAAGTGGGAAGGCAAAAGGTTCAACCTCCAGATCCAGTGGCTCTAGCA 2100 1634 GCAGTAGGGGAAGAAGTGGGAAGGCAAAAGGTTCAACCTCCAGATCCAGTGGCTCTAGCA 1693 545 S--S--R--G--R--S--G--K--A--K--G--S--T--S--R--S--S--G--S--S-- 564 2101 GAAATATTGACGATTCAGGCCATTGGTCCTGTGAATATTGCACCTATGCAAATGTCAAGT 2160 1694 GAAATATTGACGATTCAGGCCATTGGTCCTGTGAATATTGCACCTATGCAAATGTCAAGT 1753 565 R--N--I--D--D--S--G--H--W--S--C--E--Y--C--T--Y--A--N--V--K-- 584 2161 CTGCCACCATTTGCCAAATGTGCCAGCAGCGTCGATAAATTTCATTTCTAGACCAGATTG 2220 1754 CTGCCACCATTTGCCAAATGTGCCAGCAGCGTCGATAA...................... 1791 585 S--A--T--I--C--Q--M--C--Q--Q--R--R--*-...................... 596 2221 ATCTGCCTGGATGGACAGACATCGGCGTTGCCTCTTGATGTCTGGTTGCCATGGCGTGGG 2280 ............................................................ ............................................................ 2281 CCTTTAGAGCATTGCCAAAGGGAGAAAAAAGTTTTTTCCATTGCTCTTTCCATCTCTTAA 2340 ............................................................ ............................................................ 2341 ATCAAATTTGCCATGATAGGGTGCAGCAGCATTGAGAAACTGATGTTGGGAGAAGAGGGA 2400 ............................................................ ............................................................ 2401 AAGAGAGTTCACTGTATGTTTATGTTGCCATGTGAGCTGTATATAGTTATTCTCGCTAGG 2460 ............................................................ ............................................................ 2461 TCCAACCTTTCAACTTGACTTGTTCCATGTGGCAGCAGAGTTATGCCAATGTATTCATAT 2520 ............................................................ ............................................................ 2521 GTAATTTCTACGGTTATAATTTTATCTAAAAAATATATTTGTAGCAAGCTTGAGGCTTTC 2580 ............................................................ ............................................................ 2581 AAGTGGATTGTAATGGAACTACTTGCAGATGATAGGCTGCAGTGGGCAGTGGCCTCTGCA 2640 ............................................................ ............................................................ 2641 AGAATAAATAAATTGTTGTAACCCTT 2666 .......................... ..........................
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