Theobroma cacao Matina 1-6 (Theobroma_cacao_20110822) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesGeneral identifiersOligo probesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein, putative isoform 1
Chromosome 5: 3,547,427-3,554,186 reverse strand.
This transcript has 13 exons and is annotated with 24 domains and features.
This transcript is a product of gene TCM_022277 Show transcript tableHide transcript table
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1 ACTCACTGAATGTATTGCCGTTTATTTTCCCTATCGTTTCTTTTTCTTCCTTCCAATTCC 60 .........ATGTATTGCCGTTTATTTTCCCTATCGTTTCTTTTTCTTCCTTCCAATTCC 51 .........-M--Y--C--R--L--F--S--L--S--F--L--F--L--P--S--N--S- 17 61 CTCCTTAATGGTTTAATCCACAATCCCAAAATGTCAAACCCTTATTCTAACGTCTACATT 120 52 CTCCTTAATGGTTTAATCCACAATCCCAAAATGTCAAACCCTTATTCTAACGTCTACATT 111 18 -L--L--N--G--L--I--H--N--P--K--M--S--N--P--Y--S--N--V--Y--I- 37 121 GTAGGCGATCAAGAATCGGAAGATGGAACCGAACCAGAAGCAGAAGAAGACGAAGAAGAT 180 112 GTAGGCGATCAAGAATCGGAAGATGGAACCGAACCAGAAGCAGAAGAAGACGAAGAAGAT 171 38 -V--G--D--Q--E--S--E--D--G--T--E--P--E--A--E--E--D--E--E--D- 57 181 TCCGAAGAAGAAGGAGGAGGGGGAGAAGAGTTCATTCCGGTGACGGAGTGGCCTAGGTTT 240 172 TCCGAAGAAGAAGGAGGAGGGGGAGAAGAGTTCATTCCGGTGACGGAGTGGCCTAGGTTT 231 58 -S--E--E--E--G--G--G--G--E--E--F--I--P--V--T--E--W--P--R--F- 77 241 TTATCCAGCAAAGAGGGAAAGAAAGGAGGAGAAGGGAGGGTTTGTTTGAGTGCGGGAGAG 300 232 TTATCCAGCAAAGAGGGAAAGAAAGGAGGAGAAGGGAGGGTTTGTTTGAGTGCGGGAGAG 291 78 -L--S--S--K--E--G--K--K--G--G--E--G--R--V--C--L--S--A--G--E- 97 301 TATGGAGAAAATTCTCAAGGTAACGAATGGAATCGCGGGGACATCGAGGGCTTGTTTTGT 360 292 TATGGAGAAAATTCTCAAGGTAACGAATGGAATCGCGGGGACATCGAGGGCTTGTTTTGT 351 98 -Y--G--E--N--S--Q--G--N--E--W--N--R--G--D--I--E--G--L--F--C- 117 361 CCTATCTGTATGGAAGCTTGGACTACAACCGGTGACCATCATGTTTGTTGTCTTCCTTGT 420 352 CCTATCTGTATGGAAGCTTGGACTACAACCGGTGACCATCATGTTTGTTGTCTTCCTTGT 411 118 -P--I--C--M--E--A--W--T--T--T--G--D--H--H--V--C--C--L--P--C- 137 421 GGGCACATATATGGTTTTTCGTGCATCCATAAATGGTTACAGCAACGTGGAACTTCAAGA 480 412 GGGCACATATATGGTTTTTCGTGCATCCATAAATGGTTACAGCAACGTGGAACTTCAAGA 471 138 -G--H--I--Y--G--F--S--C--I--H--K--W--L--Q--Q--R--G--T--S--R- 157 481 AAGTGTCCTCAATGCAACAGGAAATGCACGTTAAAGGATGTAAGGAAATTGTTTGCATCA 540 472 AAGTGTCCTCAATGCAACAGGAAATGCACGTTAAAGGATGTAAGGAAATTGTTTGCATCA 531 158 -K--C--P--Q--C--N--R--K--C--T--L--K--D--V--R--K--L--F--A--S- 177 541 CGGGTTGTTGCAATTGATGGAGAATCACAAAAGAGAATTCGATCTCTTGAAGCTAATTGC 600 532 CGGGTTGTTGCAATTGATGGAGAATCACAAAAGAGAATTCGATCTCTTGAAGCTAATTGC 591 178 -R--V--V--A--I--D--G--E--S--Q--K--R--I--R--S--L--E--A--N--C- 197 601 ATTTCTCTTGAAAAGACGAGTGCTGTTTTGAGTAAGAAAGAAACTGAATGGCAAAAGAGA 660 592 ATTTCTCTTGAAAAGACGAGTGCTGTTTTGAGTAAGAAAGAAACTGAATGGCAAAAGAGA 651 198 -I--S--L--E--K--T--S--A--V--L--S--K--K--E--T--E--W--Q--K--R- 217 661 GAAGCTGAATGGCAAAAGAGTGAAGCTGAATGGCAAAAGAGAGAAGCTGCATTACAACAG 720 652 GAAGCTGAATGGCAAAAGAGTGAAGCTGAATGGCAAAAGAGAGAAGCTGCATTACAACAG 711 218 -E--A--E--W--Q--K--S--E--A--E--W--Q--K--R--E--A--A--L--Q--Q- 237 721 GAAGTTCACCAGCTTAAAGAGAAAACAAAGTATTTGGAGCACTTAATAGATGTGCAGAGT 780 712 GAAGTTCACCAGCTTAAAGAGAAAACAAAGTATTTGGAGCACTTAATAGATGTGCAGAGT 771 238 -E--V--H--Q--L--K--E--K--T--K--Y--L--E--H--L--I--D--V--Q--S- 257 781 AGGACATTTGGATGTGCACCTTCAATCAGAGGCCTTCAAGTACCTCTAGGGCACAACCTA 840 772 AGGACATTTGGATGTGCACCTTCAATCAGAGGCCTTCAAGTACCTCTAGGGCACAACCTA 831 258 -R--T--F--G--C--A--P--S--I--R--G--L--Q--V--P--L--G--H--N--L- 277 841 GGCTCAGAGTTCAATGAGCAAGGACCTTTCATATTGCAGAAAGAACTGAGGGTGGATGGT 900 832 GGCTCAGAGTTCAATGAGCAAGGACCTTTCATATTGCAGAAAGAACTGAGGGTGGATGGT 891 278 -G--S--E--F--N--E--Q--G--P--F--I--L--Q--K--E--L--R--V--D--G- 297 901 GCACGGCTATTTGATGTAGACGCTTCCAGCAAAAATTTATTAATAGCACGAAGATTGCAA 960 892 GCACGGCTATTTGATGTAGACGCTTCCAGCAAAAATTTATTAATAGCACGAAGATTGCAA 951 298 -A--R--L--F--D--V--D--A--S--S--K--N--L--L--I--A--R--R--L--Q- 317 961 GGGTTGGGTGGAACACATTTTCTTACTAAAATGAGCTTAGTAGCTCCATATGAGACAGAA 1020 952 GGGTTGGGTGGAACACATTTTCTTACTAAAATGAGCTTAGTAGCTCCATATGAGACAGAA 1011 318 -G--L--G--G--T--H--F--L--T--K--M--S--L--V--A--P--Y--E--T--E- 337 1021 GACATTTCATTGCCTTTTGGTACAAAAGCAGTAAGGGATTTGCACATTTGCCCATCAGAT 1080 1012 GACATTTCATTGCCTTTTGGTACAAAAGCAGTAAGGGATTTGCACATTTGCCCATCAGAT 1071 338 -D--I--S--L--P--F--G--T--K--A--V--R--D--L--H--I--C--P--S--D- 357 1081 GGTAGCTTGGCGCTTTTAGCTTCCTTAGGAAAGAAATTATCAGTTCTCAGCACAGAAAGC 1140 1072 GGTAGCTTGGCGCTTTTAGCTTCCTTAGGAAAGAAATTATCAGTTCTCAGCACAGAAAGC 1131 358 -G--S--L--A--L--L--A--S--L--G--K--K--L--S--V--L--S--T--E--S- 377 1141 AACAATGTTATTCTTGCCTATGATCTACCGGCTGCTGCTTGGTCATGTTCATGGGATCTC 1200 1132 AACAATGTTATTCTTGCCTATGATCTACCGGCTGCTGCTTGGTCATGTTCATGGGATCTC 1191 378 -N--N--V--I--L--A--Y--D--L--P--A--A--A--W--S--C--S--W--D--L- 397 1201 AACCGTTCACATCAAATATATGCTGGACTACAGAATGGCTCAGTATTGGTGTTTGATATG 1260 1192 AACCGTTCACATCAAATATATGCTGGACTACAGAATGGCTCAGTATTGGTGTTTGATATG 1251 398 -N--R--S--H--Q--I--Y--A--G--L--Q--N--G--S--V--L--V--F--D--M- 417 1261 CGCCAAACTGCAAGGCATATGGATTCTATGAATGGGCTGACAAGCAACCCAGTTCATACC 1320 1252 CGCCAAACTGCAAGGCATATGGATTCTATGAATGGGCTGACAAGCAACCCAGTTCATACC 1311 418 -R--Q--T--A--R--H--M--D--S--M--N--G--L--T--S--N--P--V--H--T- 437 1321 ATACACTCTTTACATAATTCAACCATCCCTTCAGGTATTACAGCCATTTTATCAGCATCT 1380 1312 ATACACTCTTTACATAATTCAACCATCCCTTCAGGTATTACAGCCATTTTATCAGCATCT 1371 438 -I--H--S--L--H--N--S--T--I--P--S--G--I--T--A--I--L--S--A--S- 457 1381 TCAGTTGGCATATGTCAGTGGAGCTTTGGTGGTTCTGAGGAAAGGCCATTTTTGGTTTCA 1440 1372 TCAGTTGGCATATGTCAGTGGAGCTTTGGTGGTTCTGAGGAAAGGCCATTTTTGGTTTCA 1431 458 -S--V--G--I--C--Q--W--S--F--G--G--S--E--E--R--P--F--L--V--S- 477 1441 GAGACTGGCAATCAAGGAGTGTGTATTTCTCTTGCTTATTGTCCTAACAGTGATGACATT 1500 1432 GAGACTGGCAATCAAGGAGTGTGTATTTCTCTTGCTTATTGTCCTAACAGTGATGACATT 1491 478 -E--T--G--N--Q--G--V--C--I--S--L--A--Y--C--P--N--S--D--D--I- 497 1501 ATTGCTTCATATCGACCACGAATTGACTTTTCAAATGAGATGGCATCTTCTCAACCTCTA 1560 1492 ATTGCTTCATATCGACCACGAATTGACTTTTCAAATGAGATGGCATCTTCTCAACCTCTA 1551 498 -I--A--S--Y--R--P--R--I--D--F--S--N--E--M--A--S--S--Q--P--L- 517 1561 CTGACTCCTGTTAATGGGCAAGGGGTACAGGGTTCCCATGTTCATTTGAAGAGAGCTGGA 1620 1552 CTGACTCCTGTTAATGGGCAAGGGGTACAGGGTTCCCATGTTCATTTGAAGAGAGCTGGA 1611 518 -L--T--P--V--N--G--Q--G--V--Q--G--S--H--V--H--L--K--R--A--G- 537 1621 AGCAACTCTTATCAGAAGTTGGGGGTTACATGTGCCAATGTTAATGATGTTCGGTTGCCA 1680 1612 AGCAACTCTTATCAGAAGTTGGGGGTTACATGTGCCAATGTTAATGATGTTCGGTTGCCA 1671 538 -S--N--S--Y--Q--K--L--G--V--T--C--A--N--V--N--D--V--R--L--P- 557 1681 AGATTTACAATCATGAACATAGAGAACCATGTGTGCTTATTTGCATCAGGGGATGAACTT 1740 1672 AGATTTACAATCATGAACATAGAGAACCATGTGTGCTTATTTGCATCAGGGGATGAACTT 1731 558 -R--F--T--I--M--N--I--E--N--H--V--C--L--F--A--S--G--D--E--L- 577 1741 ACAGGTGAATTGGTCTTGCAAAAGTTGCCATCCTTTACTGTTGTCCAGCGTGTTACATTG 1800 1732 ACAGGTGAATTGGTCTTGCAAAAGTTGCCATCCTTTACTGTTGTCCAGCGTGTTACATTG 1791 578 -T--G--E--L--V--L--Q--K--L--P--S--F--T--V--V--Q--R--V--T--L- 597 1801 CCAAAGCATCCTATTCATGATGTGAAGTATTCACATGCTTTTGACGGAGGTTTACTCGGT 1860 1792 CCAAAGCATCCTATTCATGATGTGAAGTATTCACATGCTTTTGACGGAGGTTTACTCGGT 1851 598 -P--K--H--P--I--H--D--V--K--Y--S--H--A--F--D--G--G--L--L--G- 617 1861 TGTTTAAGTGAGGATATATTGCAACTTTTCAGCAATCATGCTCTAAAATAGGTAAACTTC 1920 1852 TGTTTAAGTGAGGATATATTGCAACTTTTCAGCAATCATGCTCTAAAATAG......... 1902 618 -C--L--S--E--D--I--L--Q--L--F--S--N--H--A--L--K--*-......... 633 1921 ATTTCTGCAGACGGTTTTCTTACCTTTTTGGATGGCAACCAGGAATCTGTCAAAAAGAAT 1980 ............................................................ ............................................................ 1981 ACCATCTCTAGTGATGATTGGTTGTGGGAAAATATATACCTAGGTTTAGGGCCATCTGGT 2040 ............................................................ ............................................................ 2041 GGTTGAGGGGTTATCGCTACGATAGTTGCAACCCAACTGCCCTGGATTTTGATTGCAGGT 2100 ............................................................ ............................................................ 2101 TTCTGAACGTTCCAAGAGATGATTGACCTGCATGGTTTACATTTCCCCTAAATAATAGGG 2160 ............................................................ ............................................................ 2161 CTTAACCTCAATCTTGTTGTAGTTATTCTAATTTCATTTTTCTTTTTAAGCAAGTTATCG 2220 ............................................................ ............................................................ 2221 CTGTTTATTTGTCAGCTCCACTTGCTCATATTGTATTATAGGTTGCATCCAGTATATGGT 2280 ............................................................ ............................................................ 2281 TTAGTTGAAAGGAGCTTCCCAAATAGCTATGTATAGAAACAATCTGGTTGTATATAGTTG 2340 ............................................................ ............................................................ 2341 CTAATTTCCAAATGTGCTTAATTTGTGCAATTATGTGATATTTTCCTTCTTTCTTCTTTT 2400 ............................................................ ............................................................ 2401 TTGACGCAATCTGAGCAAAGATCCTGGGCGGCCATCATTCATTCAGTCCTTAAAGTCTCT 2460 ............................................................ ............................................................ 2461 GCTATCTGCAACAAGGTTGAATACTTGAAATGTAAGACATGGCTAAAATTGATTAGTATT 2520 ............................................................ ............................................................ 2521 TTCATTTTGTTTTCTGGGATTCGAGTGGAAGTCTGAGGCTATTGGGAGGCCATCATCGTC 2580 ............................................................ ............................................................ 2581 CATTCTTGTTGCATGGCTGCCTAGGCCTCAAAAAGACGAGAAATCCATAATGAATTAAAT 2640 ............................................................ ............................................................ 2641 TATTATGA 2648 ........ ........
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