Theobroma cacao Matina 1-6 (Theobroma_cacao_20110822) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesGeneral identifiersOligo probesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Ubiquitin ligase protein cop1, putative isoform 1
Chromosome 3: 32,745,745-32,752,817 reverse strand.
This transcript has 7 exons and is annotated with 32 domains and features.
This transcript is a product of gene TCM_016403 Show transcript tableHide transcript table
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1 CTCCATGCTGGAGCCTTGGTGCTGACCTCCCATTTGTTGGATTGATGATAACACTTATGA 60 ............................................................ ............................................................ 61 ACATGGTTATAATAGTTTCTGACTAGGAATTCAATATGCAGCAAAAGAGGAACATATTAC 120 ...................................ATGCAGCAAAAGAGGAACATATTAC 25 ...................................-M--Q--Q--K--R--N--I--L-- 8 121 TGAATGAAGTTTGCATCTATAGTATGGATGGAGGACTATCTGACGAAGTAGCTCCAATAG 180 26 TGAATGAAGTTTGCATCTATAGTATGGATGGAGGACTATCTGACGAAGTAGCTCCAATAG 85 9 L--N--E--V--C--I--Y--S--M--D--G--G--L--S--D--E--V--A--P--I-- 28 181 ATGCGGCTGAGGGGACTCACCTCCAGGGTAAAGAGGTTGAGTATTTGATGAAACCTGACA 240 86 ATGCGGCTGAGGGGACTCACCTCCAGGGTAAAGAGGTTGAGTATTTGATGAAACCTGACA 145 29 D--A--A--E--G--T--H--L--Q--G--K--E--V--E--Y--L--M--K--P--D-- 48 241 ACTGCAACATGTTGGAGTCCCGAGAAATGGTGATACCGGATGAGGTTAATACTATTGAGA 300 146 ACTGCAACATGTTGGAGTCCCGAGAAATGGTGATACCGGATGAGGTTAATACTATTGAGA 205 49 N--C--N--M--L--E--S--R--E--M--V--I--P--D--E--V--N--T--I--E-- 68 301 GCTCATTCCACGTTCTTGGAAATATGTTGGAAGGTAAGAAAGTAAATAGGAGTATAGGTC 360 206 GCTCATTCCACGTTCTTGGAAATATGTTGGAAGGTAAGAAAGTAAATAGGAGTATAGGTC 265 69 S--S--F--H--V--L--G--N--M--L--E--G--K--K--V--N--R--S--I--G-- 88 361 CTGTAAATGTATCAGAACATGGATGTAGTAGCCCTCGCACTATTGATGATGCAAATGACA 420 266 CTGTAAATGTATCAGAACATGGATGTAGTAGCCCTCGCACTATTGATGATGCAAATGACA 325 89 P--V--N--V--S--E--H--G--C--S--S--P--R--T--I--D--D--A--N--D-- 108 421 TGGTTGAAGAGTTAACTGTGAGAAATTACAATGGTTCTAACTTACCCATGGTTGGTACAT 480 326 TGGTTGAAGAGTTAACTGTGAGAAATTACAATGGTTCTAACTTACCCATGGTTGGTACAT 385 109 M--V--E--E--L--T--V--R--N--Y--N--G--S--N--L--P--M--V--G--T-- 128 481 CAAATAATAGAGAAAGAATGCAGATGAGACAGAACCATTGGCAGCATTTTTATCAGTTGG 540 386 CAAATAATAGAGAAAGAATGCAGATGAGACAGAACCATTGGCAGCATTTTTATCAGTTGG 445 129 S--N--N--R--E--R--M--Q--M--R--Q--N--H--W--Q--H--F--Y--Q--L-- 148 541 TGGGTGGATCAGGAAGTGGGGGTTCATGTGGCAACCGGGACAACAGTCAGGCAATGCCAA 600 446 TGGGTGGATCAGGAAGTGGGGGTTCATGTGGCAACCGGGACAACAGTCAGGCAATGCCAA 505 149 V--G--G--S--G--S--G--G--S--C--G--N--R--D--N--S--Q--A--M--P-- 168 601 GTATGTCACAGGATGTAGGGTATGCATCTTTTCCTGAATTTTTGGGTCAGAAACCTTTGA 660 506 GTATGTCACAGGATGTAGGGTATGCATCTTTTCCTGAATTTTTGGGTCAGAAACCTTTGA 565 169 S--M--S--Q--D--V--G--Y--A--S--F--P--E--F--L--G--Q--K--P--L-- 188 661 GTGATGGGCGGAATGAAGCAACAGAACAATTGATGAGTGGTGATATTATTGAGGTTTCGG 720 566 GTGATGGGCGGAATGAAGCAACAGAACAATTGATGAGTGGTGATATTATTGAGGTTTCGG 625 189 S--D--G--R--N--E--A--T--E--Q--L--M--S--G--D--I--I--E--V--S-- 208 721 GCAGTCAGCTATCTCATGGAGGTATTAAGACAAAGATTCTATCAAAATCAGGATTTTCTG 780 626 GCAGTCAGCTATCTCATGGAGGTATTAAGACAAAGATTCTATCAAAATCAGGATTTTCTG 685 209 G--S--Q--L--S--H--G--G--I--K--T--K--I--L--S--K--S--G--F--S-- 228 781 AATTTTTTGTCAAAACTACATTGAAAGGGAAAGGAGTTATATGTAGAGGTCCATCTCATG 840 686 AATTTTTTGTCAAAACTACATTGAAAGGGAAAGGAGTTATATGTAGAGGTCCATCTCATG 745 229 E--F--F--V--K--T--T--L--K--G--K--G--V--I--C--R--G--P--S--H-- 248 841 ATGCCTCAAGAGTTGAGCCTAGAGATCAGAATAACACAAAATCTACTGAGGGAACTATGG 900 746 ATGCCTCAAGAGTTGAGCCTAGAGATCAGAATAACACAAAATCTACTGAGGGAACTATGG 805 249 D--A--S--R--V--E--P--R--D--Q--N--N--T--K--S--T--E--G--T--M-- 268 901 TGGCTCCTACTGCTCCACTGAAGGCTGCCGGAAGCCCTGTTGTGGCTTCGAATACTTCAC 960 806 TGGCTCCTACTGCTCCACTGAAGGCTGCCGGAAGCCCTGTTGTGGCTTCGAATACTTCAC 865 269 V--A--P--T--A--P--L--K--A--A--G--S--P--V--V--A--S--N--T--S-- 288 961 TGATCTTGGTTAACAAAGCCGTTATGACTTCTTCTTCCTATGGGATCATGGGGCCAAGGG 1020 866 TGATCTTGGTTAACAAAGCCGTTATGACTTCTTCTTCCTATGGGATCATGGGGCCAAGGG 925 289 L--I--L--V--N--K--A--V--M--T--S--S--S--Y--G--I--M--G--P--R-- 308 1021 TTGGTGAGTGTGATCGTGATGGAATGAACTTGAGAGAATGGCTGAAAGCACAGTGCCATA 1080 926 TTGGTGAGTGTGATCGTGATGGAATGAACTTGAGAGAATGGCTGAAAGCACAGTGCCATA 985 309 V--G--E--C--D--R--D--G--M--N--L--R--E--W--L--K--A--Q--C--H-- 328 1081 AAGCAAAAAAATCGGAGTGCTTGTATATATTCAAACAAATTGTGGATCTGGTTGATTATT 1140 986 AAGCAAAAAAATCGGAGTGCTTGTATATATTCAAACAAATTGTGGATCTGGTTGATTATT 1045 329 K--A--K--K--S--E--C--L--Y--I--F--K--Q--I--V--D--L--V--D--Y-- 348 1141 CTCACTCTCAAGGAGTTATCTTGCACGATTTGTGCCCATCTTTCTTCAAGTTGCTGCAAC 1200 1046 CTCACTCTCAAGGAGTTATCTTGCACGATTTGTGCCCATCTTTCTTCAAGTTGCTGCAAC 1105 349 S--H--S--Q--G--V--I--L--H--D--L--C--P--S--F--F--K--L--L--Q-- 368 1201 CTAAACAGGTTAAATATATTGGTTCAGGTGTCCAAAAAGGACTACTAGATACTGTCTTGG 1260 1106 CTAAACAGGTTAAATATATTGGTTCAGGTGTCCAAAAAGGACTACTAGATACTGTCTTGG 1165 369 P--K--Q--V--K--Y--I--G--S--G--V--Q--K--G--L--L--D--T--V--L-- 388 1261 ATAAAGATTTCCCCCCCTCAGAGAACTTTCTGATTAGGAGAAGACCAATGGAGCAGGGGA 1320 1166 ATAAAGATTTCCCCCCCTCAGAGAACTTTCTGATTAGGAGAAGACCAATGGAGCAGGGGA 1225 389 D--K--D--F--P--P--S--E--N--F--L--I--R--R--R--P--M--E--Q--G-- 408 1321 TGATTTCATCAGTTGGCCTCTGTGCTAAAAAGCAGAGGTTCAATGAAAATAAAAACTCGA 1380 1226 TGATTTCATCAGTTGGCCTCTGTGCTAAAAAGCAGAGGTTCAATGAAAATAAAAACTCGA 1285 409 M--I--S--S--V--G--L--C--A--K--K--Q--R--F--N--E--N--K--N--S-- 428 1381 CACGATGGCCTCTCTTTCATTCTAGAGCTGGACCCAAAATTGAAACTGTAAATAATACCC 1440 1286 CACGATGGCCTCTCTTTCATTCTAGAGCTGGACCCAAAATTGAAACTGTAAATAATACCC 1345 429 T--R--W--P--L--F--H--S--R--A--G--P--K--I--E--T--V--N--N--T-- 448 1441 AATTTTCTCACAATGAATCTAGTGAGCATTGTTTTAATACAGAACTTAGCAATTCTGGCA 1500 1346 AATTTTCTCACAATGAATCTAGTGAGCATTGTTTTAATACAGAACTTAGCAATTCTGGCA 1405 449 Q--F--S--H--N--E--S--S--E--H--C--F--N--T--E--L--S--N--S--G-- 468 1501 GCCCTTATGCATCTAATTCAGCTCAGCAGCAGTCAGTCTCTGTGAATGAGCAGTTGGAAG 1560 1406 GCCCTTATGCATCTAATTCAGCTCAGCAGCAGTCAGTCTCTGTGAATGAGCAGTTGGAAG 1465 469 S--P--Y--A--S--N--S--A--Q--Q--Q--S--V--S--V--N--E--Q--L--E-- 488 1561 AGAAGTGGTATGCAAGTCCAGAGGAACTTAATGAAGGAGTTTGCACAATTTCATCAAATA 1620 1466 AGAAGTGGTATGCAAGTCCAGAGGAACTTAATGAAGGAGTTTGCACAATTTCATCAAATA 1525 489 E--K--W--Y--A--S--P--E--E--L--N--E--G--V--C--T--I--S--S--N-- 508 1621 TTTACAGTTTGGGCGTGCTGCTTTTTGAGTTACTTGGTCATTTTGAATCTGAGAGAGCAC 1680 1526 TTTACAGTTTGGGCGTGCTGCTTTTTGAGTTACTTGGTCATTTTGAATCTGAGAGAGCAC 1585 509 I--Y--S--L--G--V--L--L--F--E--L--L--G--H--F--E--S--E--R--A-- 528 1681 ATGCTGCAGCAATGTTAGATCTACGTCATAGGATTTTTCCTCCAACTTTTCTGTCAGAAA 1740 1586 ATGCTGCAGCAATGTTAGATCTACGTCATAGGATTTTTCCTCCAACTTTTCTGTCAGAAA 1645 529 H--A--A--A--M--L--D--L--R--H--R--I--F--P--P--T--F--L--S--E-- 548 1741 ATCTCAAGGAAGCTGGATTTTGTCTTCGGCTACTTCATCCAGAACCTTCTTTACGCCCAA 1800 1646 ATCTCAAGGAAGCTGGATTTTGTCTTCGGCTACTTCATCCAGAACCTTCTTTACGCCCAA 1705 549 N--L--K--E--A--G--F--C--L--R--L--L--H--P--E--P--S--L--R--P-- 568 1801 CAACCAGGGATATCCTACAATCTGAAGTAATTAATGGATTCCAGGAAGTAATTGCAGAAG 1860 1706 CAACCAGGGATATCCTACAATCTGAAGTAATTAATGGATTCCAGGAAGTAATTGCAGAAG 1765 569 T--T--R--D--I--L--Q--S--E--V--I--N--G--F--Q--E--V--I--A--E-- 588 1861 AATTATCATCATCCATTATCCAAGATGATACCGAATCAGAGCTATTACTGCATTTCCTTA 1920 1766 AATTATCATCATCCATTATCCAAGATGATACCGAATCAGAGCTATTACTGCATTTCCTTA 1825 589 E--L--S--S--S--I--I--Q--D--D--T--E--S--E--L--L--L--H--F--L-- 608 1921 GTTTATTAAAAGAGCAACAGCAGAAGCATGCCTCAAAATTAATGGAGGATATTTCATGCC 1980 1826 GTTTATTAAAAGAGCAACAGCAGAAGCATGCCTCAAAATTAATGGAGGATATTTCATGCC 1885 609 S--L--L--K--E--Q--Q--Q--K--H--A--S--K--L--M--E--D--I--S--C-- 628 1981 TAGAAGCAGACATTGAAGAGGTTGAGAGAAGGCGCTGTTCCAGAAAACCTTTAACTTATT 2040 1886 TAGAAGCAGACATTGAAGAGGTTGAGAGAAGGCGCTGTTCCAGAAAACCTTTAACTTATT 1945 629 L--E--A--D--I--E--E--V--E--R--R--R--C--S--R--K--P--L--T--Y-- 648 2041 CTTCCTGTAATGTGAGAGAATGTAGGCACCTTGGCAAAGAACCTCCAATTTCAGAGGTGC 2100 1946 CTTCCTGTAATGTGAGAGAATGTAGGCACCTTGGCAAAGAACCTCCAATTTCAGAGGTGC 2005 649 S--S--C--N--V--R--E--C--R--H--L--G--K--E--P--P--I--S--E--V-- 668 2101 ATTCTGGTTTATACCAGCTTTCCAGTGCCAGTGAAATGAGGTTAATGAGAAATATCAATC 2160 2006 ATTCTGGTTTATACCAGCTTTCCAGTGCCAGTGAAATGAGGTTAATGAGAAATATCAATC 2065 669 H--S--G--L--Y--Q--L--S--S--A--S--E--M--R--L--M--R--N--I--N-- 688 2161 ACCTCGAAACTGCTTATTTCTCTATGAGATCAAGAGTCCAGTTTCGTGAGACTGATTCAA 2220 2066 ACCTCGAAACTGCTTATTTCTCTATGAGATCAAGAGTCCAGTTTCGTGAGACTGATTCAA 2125 689 H--L--E--T--A--Y--F--S--M--R--S--R--V--Q--F--R--E--T--D--S-- 708 2221 TGACACGGCCAGATAAGGATTTACTTGAAAATCGTGAGAACTGGCATTTGGCTCAAAACA 2280 2126 TGACACGGCCAGATAAGGATTTACTTGAAAATCGTGAGAACTGGCATTTGGCTCAAAACA 2185 709 M--T--R--P--D--K--D--L--L--E--N--R--E--N--W--H--L--A--Q--N-- 728 2281 ATGAAGAAATACCAAATCCTACTGATAGTCTTGGGGCCTTCTTTGATGGTTTGTGCAAGT 2340 2186 ATGAAGAAATACCAAATCCTACTGATAGTCTTGGGGCCTTCTTTGATGGTTTGTGCAAGT 2245 729 N--E--E--I--P--N--P--T--D--S--L--G--A--F--F--D--G--L--C--K-- 748 2341 ATGCTCGATATAGCAAGTTTGAAGTCTGTGGGATACTGAGAAGTGGGGAGTTCAACAACT 2400 2246 ATGCTCGATATAGCAAGTTTGAAGTCTGTGGGATACTGAGAAGTGGGGAGTTCAACAACT 2305 749 Y--A--R--Y--S--K--F--E--V--C--G--I--L--R--S--G--E--F--N--N-- 768 2401 CTGCAAATGTAATCTGTTCTTTGAGTTTTGACCGTGATGAGGATTATTTTGCCGCTGCTG 2460 2306 CTGCAAATGTAATCTGTTCTTTGAGTTTTGACCGTGATGAGGATTATTTTGCCGCTGCTG 2365 769 S--A--N--V--I--C--S--L--S--F--D--R--D--E--D--Y--F--A--A--A-- 788 2461 GGGTCTCTAAGAAAATTAAGATATTTGAGTTTAATGCACTCTTTAATGACTCTGTTGATA 2520 2366 GGGTCTCTAAGAAAATTAAGATATTTGAGTTTAATGCACTCTTTAATGACTCTGTTGATA 2425 789 G--V--S--K--K--I--K--I--F--E--F--N--A--L--F--N--D--S--V--D-- 808 2521 TTCATTATCCAGTCATTGAGATGTCAAACAAATCAAAGCTTAGCTGTGTTTGCTGGAACA 2580 2426 TTCATTATCCAGTCATTGAGATGTCAAACAAATCAAAGCTTAGCTGTGTTTGCTGGAACA 2485 809 I--H--Y--P--V--I--E--M--S--N--K--S--K--L--S--C--V--C--W--N-- 828 2581 ACTATATCAAGAACTATCTGGCTTCAACTGACTATGACGGTCTGGTCAAGTTATGGGATG 2640 2486 ACTATATCAAGAACTATCTGGCTTCAACTGACTATGACGGTCTGGTCAAGTTATGGGATG 2545 829 N--Y--I--K--N--Y--L--A--S--T--D--Y--D--G--L--V--K--L--W--D-- 848 2641 CAAGCACTGGTCAAGCTGTCTCTCATTTTATTGAGCATGAAAAGAGAGCTTGGTCTGTGG 2700 2546 CAAGCACTGGTCAAGCTGTCTCTCATTTTATTGAGCATGAAAAGAGAGCTTGGTCTGTGG 2605 849 A--S--T--G--Q--A--V--S--H--F--I--E--H--E--K--R--A--W--S--V-- 868 2701 ACTTTTCTCGGGTGTATCCAACAAAATTAGCTAGTGGCAGTGATGATTGTTCTGTGAAAC 2760 2606 ACTTTTCTCGGGTGTATCCAACAAAATTAGCTAGTGGCAGTGATGATTGTTCTGTGAAAC 2665 869 D--F--S--R--V--Y--P--T--K--L--A--S--G--S--D--D--C--S--V--K-- 888 2761 TATGGAGCATTAGTGAGAAAAGCTGCTTAGGAACCATCAGGAATATTGCAAATGTCTGCT 2820 2666 TATGGAGCATTAGTGAGAAAAGCTGCTTAGGAACCATCAGGAATATTGCAAATGTCTGCT 2725 889 L--W--S--I--S--E--K--S--C--L--G--T--I--R--N--I--A--N--V--C-- 908 2821 GCGTTCAGTTTTCTGCCCACTCCACTCATTTACTGGCATTTGGATCTGCGGATTACAAAA 2880 2726 GCGTTCAGTTTTCTGCCCACTCCACTCATTTACTGGCATTTGGATCTGCGGATTACAAAA 2785 909 C--V--Q--F--S--A--H--S--T--H--L--L--A--F--G--S--A--D--Y--K-- 928 2881 CATATTGTTATGATCTTCGGAATACCAGAGCACCATGGTGTGTTCTTGGTGGCCATGATA 2940 2786 CATATTGTTATGATCTTCGGAATACCAGAGCACCATGGTGTGTTCTTGGTGGCCATGATA 2845 929 T--Y--C--Y--D--L--R--N--T--R--A--P--W--C--V--L--G--G--H--D-- 948 2941 AAGCTGTGAGCTATGTGAAATTCCTGGACTCAGAAACTGTAGTTACTGCTTCCACTGACA 3000 2846 AAGCTGTGAGCTATGTGAAATTCCTGGACTCAGAAACTGTAGTTACTGCTTCCACTGACA 2905 949 K--A--V--S--Y--V--K--F--L--D--S--E--T--V--V--T--A--S--T--D-- 968 3001 ACACATTAAAACTTTGGGACCTCAATAAAACCAGTAGTGCTGGCCTGTCCCTTAATGCTT 3060 2906 ACACATTAAAACTTTGGGACCTCAATAAAACCAGTAGTGCTGGCCTGTCCCTTAATGCTT 2965 969 N--T--L--K--L--W--D--L--N--K--T--S--S--A--G--L--S--L--N--A-- 988 3061 GCAGCTTAACGTTTCGTGGACATACTAATGAGAAGAACTTTGTGGGTTTATCCGCTGCTG 3120 2966 GCAGCTTAACGTTTCGTGGACATACTAATGAGAAGAACTTTGTGGGTTTATCCGCTGCTG 3025 989 C--S--L--T--F--R--G--H--T--N--E--K--N--F--V--G--L--S--A--A-- 1008 3121 ATGGTTATATAGCTTGTGGTTCAGAAACAAATGAGGTTTGTGCTTACTATAGATCTCTGC 3180 3026 ATGGTTATATAGCTTGTGGTTCAGAAACAAATGAGGTTTGTGCTTACTATAGATCTCTGC 3085 1009 D--G--Y--I--A--C--G--S--E--T--N--E--V--C--A--Y--Y--R--S--L-- 1028 3181 CTATGCCAATCACTTCACATAAATTTGGGTCGATTGATCCTATTTCTGGGAAAGAGACTG 3240 3086 CTATGCCAATCACTTCACATAAATTTGGGTCGATTGATCCTATTTCTGGGAAAGAGACTG 3145 1029 P--M--P--I--T--S--H--K--F--G--S--I--D--P--I--S--G--K--E--T-- 1048 3241 ATGATGACAACGGGCTGTTTGTATCAAGTGTCTGCTGGAGAGGGAAATCAGACATGGTTG 3300 3146 ATGATGACAACGGGCTGTTTGTATCAAGTGTCTGCTGGAGAGGGAAATCAGACATGGTTG 3205 1049 D--D--D--N--G--L--F--V--S--S--V--C--W--R--G--K--S--D--M--V-- 1068 3301 TCGCTGCAAATTCTAGTGGATGTATTAAAGTGTTGCAGATGGTCTAAGGAGAAGGATAAT 3360 3206 TCGCTGCAAATTCTAGTGGATGTATTAAAGTGTTGCAGATGGTCTAA............. 3252 1069 V--A--A--N--S--S--G--C--I--K--V--L--Q--M--V--*-............. 1083 3361 TGCTGAGAATTATCAATTGCTGGCATCATTTTTACAACCTGAGAGTTTCTGAGGTTTCTT 3420 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............................................................ ............................................................ 4021 GCCAGCTTTTTCAAAGTTAGATCAACAATGTGAATGGGCTAATTTTCCATGGAATATTTA 4080 ............................................................ ............................................................ 4081 CGACCGATTTGCAATGTTTCTAGCAGAAATCAGC 4114 .................................. ..................................
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