Theobroma cacao Matina 1-6 (Theobroma_cacao_20110822) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesGeneral identifiersOligo probesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Histone deacetylase 1 isoform 1
Chromosome 2: 7,947,553-7,951,618 forward strand.
This transcript has 7 exons and is annotated with 20 domains and features.
This transcript is a product of gene TCM_007621 Show transcript tableHide transcript table
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1 TTTTTTTTTTCTAAAACCGTTTTCCCAGTTTGCTTTCCCTATTAGATGTACCTTTGGTTT 60 ............................................................ ............................................................ 61 TTGGAAACTTTGAATCACATTTCCTGCCTTTCTTCAATTTGTGAATACTTGTTTTGCACA 120 ............................................................ ............................................................ 121 TCAACGGCCATTGTAGTAGGCTAAAGTTCTGGCTTTTTTCTGGGTAAATATGTTATTGTT 180 ............................................................ ............................................................ 181 GAGAATATTGTGAATAAGTTCCCTTCTTATCTTCTCATGGTAAATCTCGTAAATGGGTTG 240 ............................................................ ............................................................ 241 TTAGGGGTTCTTACTCCGTGAACTTTAGATGTTTGTATGCGTGAAATGATATATTTTTGA 300 ............................................................ ............................................................ 301 CAATCTCTCATCGAGTGGAATGAGCCTTGTTCCTCTTCAATTCCTTGTCCTTGGGATGTT 360 ............................................................ ............................................................ 361 GATTAAATACGCTTTGTTACTTGTATTAGTTAATCTGATTAGAATTGTTCATGAAAGCAG 420 ............................................................ ............................................................ 421 GAAAACGAGGAAACTGAGATCCTAAGCTTAGTATTTAATGGACACCGGAGGGAATTCATT 480 .....................................ATGGACACCGGAGGGAATTCATT 23 .....................................-M--D--T--G--G--N--S--L 8 481 ACCTTCAGGGGCTGATGGGGTGAAGAGGAAGGTTTGCTATTTCTATGACCCGGAGGTGGG 540 24 ACCTTCAGGGGCTGATGGGGTGAAGAGGAAGGTTTGCTATTTCTATGACCCGGAGGTGGG 83 8 --P--S--G--A--D--G--V--K--R--K--V--C--Y--F--Y--D--P--E--V--G 28 541 GAATTACTATTATGGGCAAGGCCATCCTATGAAGCCTCACCGAATTCGAATGACCCATGC 600 84 GAATTACTATTATGGGCAAGGCCATCCTATGAAGCCTCACCGAATTCGAATGACCCATGC 143 28 --N--Y--Y--Y--G--Q--G--H--P--M--K--P--H--R--I--R--M--T--H--A 48 601 CCTTCTAGCACACTATGGGTTGCTTCAGCACATGCAGGTTCACAAGCCCTTCCCTGCCAG 660 144 CCTTCTAGCACACTATGGGTTGCTTCAGCACATGCAGGTTCACAAGCCCTTCCCTGCCAG 203 48 --L--L--A--H--Y--G--L--L--Q--H--M--Q--V--H--K--P--F--P--A--R 68 661 AGATAGGGATCTTTGCCGCTTCCACGCTGATGACTACGTGAACTTCCTCCGCAGCATAAC 720 204 AGATAGGGATCTTTGCCGCTTCCACGCTGATGACTACGTGAACTTCCTCCGCAGCATAAC 263 68 --D--R--D--L--C--R--F--H--A--D--D--Y--V--N--F--L--R--S--I--T 88 721 CCCTGAAACGCAACAAGATCAGCTCAGGCAGCTCAAGCGCTTCAATGTTGGTGAAGATTG 780 264 CCCTGAAACGCAACAAGATCAGCTCAGGCAGCTCAAGCGCTTCAATGTTGGTGAAGATTG 323 88 --P--E--T--Q--Q--D--Q--L--R--Q--L--K--R--F--N--V--G--E--D--C 108 781 TCCTGTCTTTGATGGCCTTTACTCCTTCTGTCAAACATATGCCGGTGGATCTGTAGGTGG 840 324 TCCTGTCTTTGATGGCCTTTACTCCTTCTGTCAAACATATGCCGGTGGATCTGTAGGTGG 383 108 --P--V--F--D--G--L--Y--S--F--C--Q--T--Y--A--G--G--S--V--G--G 128 841 TGCTGTCAAATTAAATCATGGTCTCTGTGACATTGCCATTAATTGGGCTGGTGGTCTGCA 900 384 TGCTGTCAAATTAAATCATGGTCTCTGTGACATTGCCATTAATTGGGCTGGTGGTCTGCA 443 128 --A--V--K--L--N--H--G--L--C--D--I--A--I--N--W--A--G--G--L--H 148 901 TCATGCAAAGAAGTGTGAGGCTTCGGGGTTTTGCTATGTCAATGATATTGTCCTTGCAAT 960 444 TCATGCAAAGAAGTGTGAGGCTTCGGGGTTTTGCTATGTCAATGATATTGTCCTTGCAAT 503 148 --H--A--K--K--C--E--A--S--G--F--C--Y--V--N--D--I--V--L--A--I 168 961 ATTGGAACTACTTAAGCAGCATCAGCGTGTTCTATATGTTGATATTGATATCCACCATGG 1020 504 ATTGGAACTACTTAAGCAGCATCAGCGTGTTCTATATGTTGATATTGATATCCACCATGG 563 168 --L--E--L--L--K--Q--H--Q--R--V--L--Y--V--D--I--D--I--H--H--G 188 1021 AGATGGTGTGGAGGAGGCATTTTATACAACTGACAGGGTCATGACTGTTTCATTCCATAA 1080 564 AGATGGTGTGGAGGAGGCATTTTATACAACTGACAGGGTCATGACTGTTTCATTCCATAA 623 188 --D--G--V--E--E--A--F--Y--T--T--D--R--V--M--T--V--S--F--H--K 208 1081 ATTTGGAGATTATTTTCCAGGTACAGGGGATGTACGTGATATTGGATATTCAAAAGGGAA 1140 624 ATTTGGAGATTATTTTCCAGGTACAGGGGATGTACGTGATATTGGATATTCAAAAGGGAA 683 208 --F--G--D--Y--F--P--G--T--G--D--V--R--D--I--G--Y--S--K--G--K 228 1141 ATATTATTCCCTTAATGTTCCTTTGGATGATGGTATCGATGATGAGAGTTACCATTACTT 1200 684 ATATTATTCCCTTAATGTTCCTTTGGATGATGGTATCGATGATGAGAGTTACCATTACTT 743 228 --Y--Y--S--L--N--V--P--L--D--D--G--I--D--D--E--S--Y--H--Y--L 248 1201 GTTTAAGCCAATTATTGGTAAAGTTATGGAAGTTTTTAAGCCTGGTGCTGTGGTCCTTCA 1260 744 GTTTAAGCCAATTATTGGTAAAGTTATGGAAGTTTTTAAGCCTGGTGCTGTGGTCCTTCA 803 248 --F--K--P--I--I--G--K--V--M--E--V--F--K--P--G--A--V--V--L--Q 268 1261 ATGTGGTGCTGACTCCCTATCTGGAGATAGGTTGGGATGTTTTAATCTTTCAATCAAGGG 1320 804 ATGTGGTGCTGACTCCCTATCTGGAGATAGGTTGGGATGTTTTAATCTTTCAATCAAGGG 863 268 --C--G--A--D--S--L--S--G--D--R--L--G--C--F--N--L--S--I--K--G 288 1321 TCACGCAGAGTGTGTTAAATTTATGAGATCATTCAATGTTCCGCTGTTGCTACTGGGTGG 1380 864 TCACGCAGAGTGTGTTAAATTTATGAGATCATTCAATGTTCCGCTGTTGCTACTGGGTGG 923 288 --H--A--E--C--V--K--F--M--R--S--F--N--V--P--L--L--L--L--G--G 308 1381 TGGTGGTTATACCATTCGGAATGTTGCTCGCTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCACT 1440 924 TGGTGGTTATACCATTCGGAATGTTGCTCGCTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCACT 983 308 --G--G--Y--T--I--R--N--V--A--R--C--W--C--Y--E--T--G--V--A--L 328 1441 TGGAATGGAAGTTGACGACAAGATGCCTCAACATGAGTATTATGAATATTTTGGTCCAGA 1500 984 TGGAATGGAAGTTGACGACAAGATGCCTCAACATGAGTATTATGAATATTTTGGTCCAGA 1043 328 --G--M--E--V--D--D--K--M--P--Q--H--E--Y--Y--E--Y--F--G--P--D 348 1501 CTATACTCTTCATGTTGCCCCTAGTAACATGGAAAACAAGAATTCACGGACATTACTTGA 1560 1044 CTATACTCTTCATGTTGCCCCTAGTAACATGGAAAACAAGAATTCACGGACATTACTTGA 1103 348 --Y--T--L--H--V--A--P--S--N--M--E--N--K--N--S--R--T--L--L--E 368 1561 AGATATACGTAATCAGCTACTTGACAATCTCTCAAAGCTTCAGCATGCACCAAGTGTCCA 1620 1104 AGATATACGTAATCAGCTACTTGACAATCTCTCAAAGCTTCAGCATGCACCAAGTGTCCA 1163 368 --D--I--R--N--Q--L--L--D--N--L--S--K--L--Q--H--A--P--S--V--Q 388 1621 ATTTCAAGAAAGACCACCTGACACTGAGCTTCCTGAGGCTGATGAAGATCAGGATGATGG 1680 1164 ATTTCAAGAAAGACCACCTGACACTGAGCTTCCTGAGGCTGATGAAGATCAGGATGATGG 1223 388 --F--Q--E--R--P--P--D--T--E--L--P--E--A--D--E--D--Q--D--D--G 408 1681 AGATGAGAGATGGGACCCAGATTCAGACATGGAGGTTGATGAGGAGCGCAAGCCAATCCC 1740 1224 AGATGAGAGATGGGACCCAGATTCAGACATGGAGGTTGATGAGGAGCGCAAGCCAATCCC 1283 408 --D--E--R--W--D--P--D--S--D--M--E--V--D--E--E--R--K--P--I--P 428 1741 AAGCAGAGTAAAGAGAGAAGCAGTTGAACCTGAGACAAAAGATCCGGAGGCTCAAAAAGG 1800 1284 AAGCAGAGTAAAGAGAGAAGCAGTTGAACCTGAGACAAAAGATCCGGAGGCTCAAAAAGG 1343 428 --S--R--V--K--R--E--A--V--E--P--E--T--K--D--P--E--A--Q--K--G 448 1801 AACTGCTGAGCAAGCTAGAGGCTTTGACACTGCAACAGATGAGACTGCTGTAGATGTCAG 1860 1344 AACTGCTGAGCAAGCTAGAGGCTTTGACACTGCAACAGATGAGACTGCTGTAGATGTCAG 1403 448 --T--A--E--Q--A--R--G--F--D--T--A--T--D--E--T--A--V--D--V--S 468 1861 TCCTATGCCTATTGATGAACCAACTATGAAAGTTGAGCAAGAAACATTGAACAAAGCAGC 1920 1404 TCCTATGCCTATTGATGAACCAACTATGAAAGTTGAGCAAGAAACATTGAACAAAGCAGC 1463 468 --P--M--P--I--D--E--P--T--M--K--V--E--Q--E--T--L--N--K--A--A 488 1921 TGATCCGATGTACCCGAAGTCCTAAGCAACAATCTCTCAAATAGATACTGGATGTTTATC 1980 1464 TGATCCGATGTACCCGAAGTCCTAA................................... 1488 488 --D--P--M--Y--P--K--S--*-................................... 495 1981 TGTGAATTCAGATTTATAATTGTGCATTAGCATTTTGTCAAACATTATTGGCCCCTATGT 2040 ............................................................ ............................................................ 2041 TTATTAAGTTTAAGTTTGTACAAGTCATGAAAACCTGAACGATTTTGCTTTACATTGTAG 2100 ............................................................ ............................................................ 2101 CTTCTTCAAGTTTGAACTTGAAGTTCAAAACAGTGTAAGATTATTAGTAGCAGTTTATAT 2160 ............................................................ ............................................................ 2161 AGCCAAGAAATTTTTCTAGCATTCTCATTTATAGAACAATGGCAGAAAGATGGTGAATGC 2220 ............................................................ ............................................................ 2221 TGGATCATTTTCCTTGTTACCAATAGGGTGATATCGTGGATCGAAATTAAAAAGCTTGTA 2280 ............................................................ ............................................................ 2281 AGGTATGGCATTTGAACGATTTATGGTAATAGTACTTGTGTTCACTTTGGAAAA 2334 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