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Solanum tuberosum (SolTub_3.0)
Description

U3 small nucleolar RNA (U3 snorna) associated protein [Source:PGSC_GENE;Acc:PGSC0003DMG401009395]

Location
About this transcript

This transcript has 18 exons and is annotated with 33 domains and features.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-PGSC0003DMT4000243041847452aa
 
Protein coding
M1AJV3 Ensembl Canonical
-PGSC0003DMT4000243031162160aa
 
Protein coding
M1AJV2 -
-PGSC0003DMT40002430572086aa
 
Protein coding
M1AJV4 -
Variants
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Markup
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     1 GAAAAAAATTCACTTATAGAAAAGGTCATCTCAACCCTAAACCCTCAACGGCTTGCCGAA     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
    61 GTTACACCTTGCTTCAAATTTCCCTTGCCGGAGTTCTTCTTCGTCTAAGTCTGTTGAAGA    120
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   121 ACCACCACTCTCCCGCCGGCGCTAGTTTCTTACACTTTCATCCATCATCACCGATATCAA    180
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   181 TATGAGGTTGAAAGTTATATCTCGGTCTACGGATGATTTTACTCGTGAACGCAGTCAGGA    240
       .ATGAGGTTGAAAGTTATATCTCGGTCTACGGATGATTTTACTCGTGAACGCAGTCAGGA     59
       .-M--R--L--K--V--I--S--R--S--T--D--D--F--T--R--E--R--S--Q--D     20

                                                                          
   241 CCTTCAGAGAGTTTTTCGGAACTTCGATCCCAGTCTTCGACATCAAGAGAAGGCAGTGGA    300
    60 CCTTCAGAGAGTTTTTCGGAACTTCGATCCCAGTCTTCGACATCAAGAGAAGGCAGTGGA    119
    20 --L--Q--R--V--F--R--N--F--D--P--S--L--R--H--Q--E--K--A--V--E     40

                                                                          
   301 ATATGTTCGTGCTCTGAATGCAGTAAAACTAGACAAGATATTTGCAAGGCCATTCGTTGG    360
   120 ATATGTTCGTGCTCTGAATGCAGTAAAACTAGACAAGATATTTGCAAGGCCATTCGTTGG    179
    40 --Y--V--R--A--L--N--A--V--K--L--D--K--I--F--A--R--P--F--V--G     60

                                                                          
   361 AGCAATGGATGGGCACATTGATGCTGTCTCTTGCATGGCAAAGAATCCTAATCACTTGAA    420
   180 AGCAATGGATGGGCACATTGATGCTGTCTCTTGCATGGCAAAGAATCCTAATCACTTGAA    239
    60 --A--M--D--G--H--I--D--A--V--S--C--M--A--K--N--P--N--H--L--K     80

                                                                          
   421 AGGAATATTTTCTGGCTCCATGGACGGTGATGTTCGCCTATGGGATTTAGCTACCAGGCG    480
   240 AGGAATATTTTCTGGCTCCATGGACGGTGATGTTCGCCTATGGGATTTAGCTACCAGGCG    299
    80 --G--I--F--S--G--S--M--D--G--D--V--R--L--W--D--L--A--T--R--R    100

                                                                          
   481 GACAGTACGTCAGTTTCCTGGTCACCAAGGTGCAGTACGTGGTTTGACAGTGTCCACGGA    540
   300 GACAGTACGTCAGTTTCCTGGTCACCAAGGTGCAGTACGTGGTTTGACAGTGTCCACGGA    359
   100 --T--V--R--Q--F--P--G--H--Q--G--A--V--R--G--L--T--V--S--T--D    120

                                                                          
   541 TGGCCGTATTCTTGTATCATGTGGAACTGATTGCACTGTTAGGCTCTGGAAAGTTCCTGT    600
   360 TGGCCGTATTCTTGTATCATGTGGAACTGATTGCACTGTTAGGCTCTGGAAAGTTCCTGT    419
   120 --G--R--I--L--V--S--C--G--T--D--C--T--V--R--L--W--K--V--P--V    140

                                                                          
   601 TGCTACTCTAATTGAGTCTGATGATGTATCTGATAACTCATCCCAGCCATTGGCTGTTCA    660
   420 TGCTACTCTAATTGAGTCTGATGATGTATCTGATAACTCATCCCAGCCATTGGCTGTTCA    479
   140 --A--T--L--I--E--S--D--D--V--S--D--N--S--S--Q--P--L--A--V--H    160

                                                                          
   661 TGTTTGGAAGAATGCATTCTGGGGTGTTGACCACCAATGGGATGGTGATCTTTTTGCCAC    720
   480 TGTTTGGAAGAATGCATTCTGGGGTGTTGACCACCAATGGGATGGTGATCTTTTTGCCAC    539
   160 --V--W--K--N--A--F--W--G--V--D--H--Q--W--D--G--D--L--F--A--T    180

                                                                          
   721 AGCTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGAACCATAACAGGTCTCAGCCGGTTAATAGTTTTGA    780
   540 AGCTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGAACCATAACAGGTCTCAGCCGGTTAATAGTTTTGA    599
   180 --A--G--A--Q--V--D--I--W--N--H--N--R--S--Q--P--V--N--S--F--E    200

                                                                          
   781 ATGGGGGAAAGACACAGTTACATCTGTTCGGTTTAATCCAGGGGAACCTAATCTTTTGGC    840
   600 ATGGGGGAAAGACACAGTTACATCTGTTCGGTTTAATCCAGGGGAACCTAATCTTTTGGC    659
   200 --W--G--K--D--T--V--T--S--V--R--F--N--P--G--E--P--N--L--L--A    220

                                                                          
   841 TACATCAGCAAGTGATCGAAGCATAAGCATCTATGATTTACGGCTTTCTACACCAGCTAG    900
   660 TACATCAGCAAGTGATCGAAGCATAAGCATCTATGATTTACGGCTTTCTACACCAGCTAG    719
   220 --T--S--A--S--D--R--S--I--S--I--Y--D--L--R--L--S--T--P--A--R    240

                                                                          
   901 AAAGGTTATTATGGCGACAAAAACTAATTCTATAGCATGGAATCCGATGGAGCCAATGAA    960
   720 AAAGGTTATTATGGCGACAAAAACTAATTCTATAGCATGGAATCCGATGGAGCCAATGAA    779
   240 --K--V--I--M--A--T--K--T--N--S--I--A--W--N--P--M--E--P--M--N    260

                                                                          
   961 TTTTACTGCCGCTAATGATGATGGCAGATGCTACAGTTATGATGTTAGAAAGTTAAATGA   1020
   780 TTTTACTGCCGCTAATGATGATGGCAGATGCTACAGTTATGATGTTAGAAAGTTAAATGA    839
   260 --F--T--A--A--N--D--D--G--R--C--Y--S--Y--D--V--R--K--L--N--E    280

                                                                          
  1021 AGCCAAATGTGTGCATATAGATCATACCTCTTCAGTGATGGATATAGATTATTCACCAAC   1080
   840 AGCCAAATGTGTGCATATAGATCATACCTCTTCAGTGATGGATATAGATTATTCACCAAC    899
   280 --A--K--C--V--H--I--D--H--T--S--S--V--M--D--I--D--Y--S--P--T    300

                                                                          
  1081 CGGTCGAGAATTTGTTACTGGATCTTATGATAGATCTGTGAGAATTTTCAAATATAATGG   1140
   900 CGGTCGAGAATTTGTTACTGGATCTTATGATAGATCTGTGAGAATTTTCAAATATAATGG    959
   300 --G--R--E--F--V--T--G--S--Y--D--R--S--V--R--I--F--K--Y--N--G    320

                                                                          
  1141 TGGCCACAGCAGGGAAATTTATCACGCTAAGAGGATGCAGAGGGTATTCTGTGTCAAGTT   1200
   960 TGGCCACAGCAGGGAAATTTATCACGCTAAGAGGATGCAGAGGGTATTCTGTGTCAAGTT   1019
   320 --G--H--S--R--E--I--Y--H--A--K--R--M--Q--R--V--F--C--V--K--F    340

                                                                          
  1201 CAGTTGCGATGCAAGTTATATTATCTCAGGAAGTGATGATACCAACCTACGTCTATGGAA   1260
  1020 CAGTTGCGATGCAAGTTATATTATCTCAGGAAGTGATGATACCAACCTACGTCTATGGAA   1079
   340 --S--C--D--A--S--Y--I--I--S--G--S--D--D--T--N--L--R--L--W--K    360

                                                                          
  1261 AGCAAAAGCATCTGAGCAAATGGGAGTTGTTTTGCCAAGAGAGCGGAAAAGACATGAATA   1320
  1080 AGCAAAAGCATCTGAGCAAATGGGAGTTGTTTTGCCAAGAGAGCGGAAAAGACATGAATA   1139
   360 --A--K--A--S--E--Q--M--G--V--V--L--P--R--E--R--K--R--H--E--Y    380

                                                                          
  1321 TTTGGAGGCTGTCAAGAATCGTTACAAGCATCTTCCTGAAGTCAGGCGCATTGACAGACA   1380
  1140 TTTGGAGGCTGTCAAGAATCGTTACAAGCATCTTCCTGAAGTCAGGCGCATTGACAGACA   1199
   380 --L--E--A--V--K--N--R--Y--K--H--L--P--E--V--R--R--I--D--R--H    400

                                                                          
  1381 CAGACACTTGCCAAAACCAATCTACAAGGCAAGTAGACAAATACGCGAGATGACAGAATC   1440
  1200 CAGACACTTGCCAAAACCAATCTACAAGGCAAGTAGACAAATACGCGAGATGACAGAATC   1259
   400 --R--H--L--P--K--P--I--Y--K--A--S--R--Q--I--R--E--M--T--E--S    420

                                                                          
  1441 TGCGAGGCGGAAAGAGGAGAGGAGGAAAGCTCACAGTGCCCCTGGAAGCATTAAGAATAA   1500
  1260 TGCGAGGCGGAAAGAGGAGAGGAGGAAAGCTCACAGTGCCCCTGGAAGCATTAAGAATAA   1319
   420 --A--R--R--K--E--E--R--R--K--A--H--S--A--P--G--S--I--K--N--K    440

                                                                          
  1501 GCAACTGCGAACAAAAAGAATTGTCCGAGAAGTTGAATGAAAAGTGTGGCTGTCTTGATC   1560
  1320 GCAACTGCGAACAAAAAGAATTGTCCGAGAAGTTGAATGA....................   1359
   440 --Q--L--R--T--K--R--I--V--R--E--V--E--*-....................    452

                                                                          
  1561 TGCTGATGCATGTTAGCCAGGCCAATTTGAACCGTTTAGAAAGTTATTACCTATTTTCAC   1620
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1621 AGTTGTTAGCAGGCCTATAAGATAGTAATTTTATTTTATCAGAGGGAAGAATTGAAGTTC   1680
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1681 CATCATTTCATGTCGTTATCGAGATATAGTGGTGGTTACTTATGTTAAAATTATGTTGCT   1740
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1741 GCTTACTGCTAAAAATTTTGCCCTGCTCTTTCAAATAGTGATAAAAAAAAAATGCAGATT   1800
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1801 CTATCATTAAGAAAAACATGTTAACAGACTCTGGTTAAACTTTACAT                1847
       ...............................................                    
       ...............................................