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Solanum tuberosum (SolTub_3.0)
Description

COP1 homolog [Source:PGSC_GENE;Acc:PGSC0003DMG400013893]

Location
About this transcript

This transcript has 12 exons and is annotated with 30 domains and features.

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  • Name
  • Transcript ID
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  • UniProt
  • RefSeq
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtRefSeqFlags
-PGSC0003DMT4000360751962653aa
 
Protein coding
M1B388 -Ensembl Canonical
-PGSC0003DMT4000360783346532aa
 
Protein coding
M1B390 --
-PGSC0003DMT4000360773342571aa
 
Protein coding
M1B389 --
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGTGGAAAGTTCAATTGGAGGGGTGGTGCCAGCAGTGAAGGGGGAGGGGATGAGGAGG     60
     1 ATGGTGGAAAGTTCAATTGGAGGGGTGGTGCCAGCAGTGAAGGGGGAGGGGATGAGGAGG     60
     1 -M--V--E--S--S--I--G--G--V--V--P--A--V--K--G--E--G--M--R--R-     20

                                                                          
    61 ATGGGGGACAAAGAGGAGGGGGGTAGTGTAAGGGATGAAGAAGTTGGGACAGTGACAGAA    120
    61 ATGGGGGACAAAGAGGAGGGGGGTAGTGTAAGGGATGAAGAAGTTGGGACAGTGACAGAA    120
    21 -M--G--D--K--E--E--G--G--S--V--R--D--E--E--V--G--T--V--T--E-     40

                                                                          
   121 TGGGAGTTGGACAGGGAATTGTTGTGCCCTATATGTATGCAGATCATAAAGGATGCATTT    180
   121 TGGGAGTTGGACAGGGAATTGTTGTGCCCTATATGTATGCAGATCATAAAGGATGCATTT    180
    41 -W--E--L--D--R--E--L--L--C--P--I--C--M--Q--I--I--K--D--A--F-     60

                                                                          
   181 TTAACAGCTTGTGGACATAGTTTTTGCTATATGTGCATAGTTACTCATCTTCACAACAAG    240
   181 TTAACAGCTTGTGGACATAGTTTTTGCTATATGTGCATAGTTACTCATCTTCACAACAAG    240
    61 -L--T--A--C--G--H--S--F--C--Y--M--C--I--V--T--H--L--H--N--K-     80

                                                                          
   241 AGTGATTGCCCCTGTTGTTCTCATTATCTCACTACCAGTCAACTCTATCCCAATTTCCTT    300
   241 AGTGATTGCCCCTGTTGTTCTCATTATCTCACTACCAGTCAACTCTATCCCAATTTCCTT    300
    81 -S--D--C--P--C--C--S--H--Y--L--T--T--S--Q--L--Y--P--N--F--L-    100

                                                                          
   301 CTTGACAAGCTAATGAAGAAGACATCTGCTCGTCAGATTTCAAAAACTGCATCCCCTGTT    360
   301 CTTGACAAGCTAATGAAGAAGACATCTGCTCGTCAGATTTCAAAAACTGCATCCCCTGTT    360
   101 -L--D--K--L--M--K--K--T--S--A--R--Q--I--S--K--T--A--S--P--V-    120

                                                                          
   361 GAACAATTTCGTCATTCATTGGAACAGGGTTGTGAAGTGTCAATTAAGGAGCTGGATGCT    420
   361 GAACAATTTCGTCATTCATTGGAACAGGGTTGTGAAGTGTCAATTAAGGAGCTGGATGCT    420
   121 -E--Q--F--R--H--S--L--E--Q--G--C--E--V--S--I--K--E--L--D--A-    140

                                                                          
   421 CTATTGTTGATGTTGTCAGAGAAGAAGAGGAAATTGGAACAGGAGGAAGCAGAGCGAAAT    480
   421 CTATTGTTGATGTTGTCAGAGAAGAAGAGGAAATTGGAACAGGAGGAAGCAGAGCGAAAT    480
   141 -L--L--L--M--L--S--E--K--K--R--K--L--E--Q--E--E--A--E--R--N-    160

                                                                          
   481 ATGCAAATTCTGCTAGACTTCTTACAGATGTTAAGGAAGCAAAAAGTTGATGAACTCAGT    540
   481 ATGCAAATTCTGCTAGACTTCTTACAGATGTTAAGGAAGCAAAAAGTTGATGAACTCAGT    540
   161 -M--Q--I--L--L--D--F--L--Q--M--L--R--K--Q--K--V--D--E--L--S-    180

                                                                          
   541 GAGGTGCAACATGATCTGCAATACATCAAAGAGGACTTAAATTCAGTAGAGAGACATAGA    600
   541 GAGGTGCAACATGATCTGCAATACATCAAAGAGGACTTAAATTCAGTAGAGAGACATAGA    600
   181 -E--V--Q--H--D--L--Q--Y--I--K--E--D--L--N--S--V--E--R--H--R-    200

                                                                          
   601 ATAGACCTATACCGGGCTAGGGACCGGTACTCAATGAAGCTTCGAATGCTAGCAGATGAT    660
   601 ATAGACCTATACCGGGCTAGGGACCGGTACTCAATGAAGCTTCGAATGCTAGCAGATGAT    660
   201 -I--D--L--Y--R--A--R--D--R--Y--S--M--K--L--R--M--L--A--D--D-    220

                                                                          
   661 CCTATTGGGAAAAAACCTTGGTCTTCATCAACTGATAGGAACTTTGGTGGTCTTTTCTCC    720
   661 CCTATTGGGAAAAAACCTTGGTCTTCATCAACTGATAGGAACTTTGGTGGTCTTTTCTCC    720
   221 -P--I--G--K--K--P--W--S--S--S--T--D--R--N--F--G--G--L--F--S-    240

                                                                          
   721 ACTTCACGAAATGCACCTGGAGGATTACCGACTGGAAACTTAACATACAAAAAGGTGGAC    780
   721 ACTTCACGAAATGCACCTGGAGGATTACCGACTGGAAACTTAACATACAAAAAGGTGGAC    780
   241 -T--S--R--N--A--P--G--G--L--P--T--G--N--L--T--Y--K--K--V--D-    260

                                                                          
   781 AGCAAAGCTCAAATAAGCTCTCCTGGACCACAGAGAAAAGATACTTCAATCAGTGAACTG    840
   781 AGCAAAGCTCAAATAAGCTCTCCTGGACCACAGAGAAAAGATACTTCAATCAGTGAACTG    840
   261 -S--K--A--Q--I--S--S--P--G--P--Q--R--K--D--T--S--I--S--E--L-    280

                                                                          
   841 AATTCACAACATATGAGTCAATCAGGTCTGGCTGTGGTTAGGAAGAAGCGCGTCAATGCA    900
   841 AATTCACAACATATGAGTCAATCAGGTCTGGCTGTGGTTAGGAAGAAGCGCGTCAATGCA    900
   281 -N--S--Q--H--M--S--Q--S--G--L--A--V--V--R--K--K--R--V--N--A-    300

                                                                          
   901 CAGTTCAATGATCTCCAAGAATGTTACTTGCAAAAGAGACGTCAATTGGCGAACAAATCT    960
   901 CAGTTCAATGATCTCCAAGAATGTTACTTGCAAAAGAGACGTCAATTGGCGAACAAATCT    960
   301 -Q--F--N--D--L--Q--E--C--Y--L--Q--K--R--R--Q--L--A--N--K--S-    320

                                                                          
   961 CGTGTTAAGGAGGAAAAGGATGCAGATGTTGTACAAAGAGAAGGTTACAGTGAAGGACTA   1020
   961 CGTGTTAAGGAGGAAAAGGATGCAGATGTTGTACAAAGAGAAGGTTACAGTGAAGGACTA   1020
   321 -R--V--K--E--E--K--D--A--D--V--V--Q--R--E--G--Y--S--E--G--L-    340

                                                                          
  1021 GCAGATTTTCAGTCTGTACTTAGCACTTTCACTCGTTATAGCATTGAATTCGATCGTGAT   1080
  1021 GCAGATTTTCAGTCTGTACTTAGCACTTTCACTCGTTATAGCATTGAATTCGATCGTGAT   1080
   341 -A--D--F--Q--S--V--L--S--T--F--T--R--Y--S--I--E--F--D--R--D-    360

                                                                          
  1081 GATGAGTTGTTTGCTACTGCTGGAGTTTCACGGCGTATAAAAGTTTTTGACTTCTCTTCA   1140
  1081 GATGAGTTGTTTGCTACTGCTGGAGTTTCACGGCGTATAAAAGTTTTTGACTTCTCTTCA   1140
   361 -D--E--L--F--A--T--A--G--V--S--R--R--I--K--V--F--D--F--S--S-    380

                                                                          
  1141 GTTGTAAATGAACCTGCAGATGCACACTGCCCTGTTGTTGAAATGTCTACCCGATCTAAG   1200
  1141 GTTGTAAATGAACCTGCAGATGCACACTGCCCTGTTGTTGAAATGTCTACCCGATCTAAG   1200
   381 -V--V--N--E--P--A--D--A--H--C--P--V--V--E--M--S--T--R--S--K-    400

                                                                          
  1201 CTGAGCTGCTTGAGCTGGAATAAGTATACCAAGAACCACATAGCTAGTAGTGATTATGAT   1260
  1201 CTGAGCTGCTTGAGCTGGAATAAGTATACCAAGAACCACATAGCTAGTAGTGATTATGAT   1260
   401 -L--S--C--L--S--W--N--K--Y--T--K--N--H--I--A--S--S--D--Y--D-    420

                                                                          
  1261 GGAATAGTAACTGTATGGGATGTGACCACTAGACAGAGTGTGATGGAATATGAAGAGCAT   1320
  1261 GGAATAGTAACTGTATGGGATGTGACCACTAGACAGAGTGTGATGGAATATGAAGAGCAT   1320
   421 -G--I--V--T--V--W--D--V--T--T--R--Q--S--V--M--E--Y--E--E--H-    440

                                                                          
  1321 GAGAAACGGGCATGGAGTGTTGATTTTTCACGCACAGAACCCTCAATGCTTGTATCTGGC   1380
  1321 GAGAAACGGGCATGGAGTGTTGATTTTTCACGCACAGAACCCTCAATGCTTGTATCTGGC   1380
   441 -E--K--R--A--W--S--V--D--F--S--R--T--E--P--S--M--L--V--S--G-    460

                                                                          
  1381 AGTGATGATTGTAAGGTCAAAGTTTGGTGCACGAAGCAGGAAGCAAGTGTTCTTAATATT   1440
  1381 AGTGATGATTGTAAGGTCAAAGTTTGGTGCACGAAGCAGGAAGCAAGTGTTCTTAATATT   1440
   461 -S--D--D--C--K--V--K--V--W--C--T--K--Q--E--A--S--V--L--N--I-    480

                                                                          
  1441 GACATGAAGGCAAATATATGCTGTGTAAAATATAATCCTGGATCTAGTGTTCATATAGCG   1500
  1441 GACATGAAGGCAAATATATGCTGTGTAAAATATAATCCTGGATCTAGTGTTCATATAGCG   1500
   481 -D--M--K--A--N--I--C--C--V--K--Y--N--P--G--S--S--V--H--I--A-    500

                                                                          
  1501 GTTGGCTCTGCGGATCATCATATTCATTATTATGACTTGAGGAACACCAGCCAGCCGGTT   1560
  1501 GTTGGCTCTGCGGATCATCATATTCATTATTATGACTTGAGGAACACCAGCCAGCCGGTT   1560
   501 -V--G--S--A--D--H--H--I--H--Y--Y--D--L--R--N--T--S--Q--P--V-    520

                                                                          
  1561 CACATTTTTAGTGGCCATAGAAAAGCTGTTTCATATGTAAAATTTTTGTCCAACAATGAA   1620
  1561 CACATTTTTAGTGGCCATAGAAAAGCTGTTTCATATGTAAAATTTTTGTCCAACAATGAA   1620
   521 -H--I--F--S--G--H--R--K--A--V--S--Y--V--K--F--L--S--N--N--E-    540

                                                                          
  1621 CTTGCTTCAGCATCAACAGACAGTACTCTACGATTGTGGGATGTAAAAGATAATTTGCCA   1680
  1621 CTTGCTTCAGCATCAACAGACAGTACTCTACGATTGTGGGATGTAAAAGATAATTTGCCA   1680
   541 -L--A--S--A--S--T--D--S--T--L--R--L--W--D--V--K--D--N--L--P-    560

                                                                          
  1681 GTTCGCACGCTTAGAGGACATACGAATGAGAAAAACTTTGTTGGTCTCTCAGTGAACAAT   1740
  1681 GTTCGCACGCTTAGAGGACATACGAATGAGAAAAACTTTGTTGGTCTCTCAGTGAACAAT   1740
   561 -V--R--T--L--R--G--H--T--N--E--K--N--F--V--G--L--S--V--N--N-    580

                                                                          
  1741 GAATTCCTCTCATGTGGCAGTGAAACAAATGAAGTATTCGTGTACCATAAGGCGATCTCC   1800
  1741 GAATTCCTCTCATGTGGCAGTGAAACAAATGAAGTATTCGTGTACCATAAGGCGATCTCC   1800
   581 -E--F--L--S--C--G--S--E--T--N--E--V--F--V--Y--H--K--A--I--S-    600

                                                                          
  1801 AAACCCGTGACTTGGCATAGATTCGGTTCCCCAGACATAGACGAAGCGGATGAAGATGCA   1860
  1801 AAACCCGTGACTTGGCATAGATTCGGTTCCCCAGACATAGACGAAGCGGATGAAGATGCA   1860
   601 -K--P--V--T--W--H--R--F--G--S--P--D--I--D--E--A--D--E--D--A-    620

                                                                          
  1861 GGATCTTATTTCATCAGCGCGGTGTGCTGGAAGAGCGATAGCCCTACGATGTTAGCTGCT   1920
  1861 GGATCTTATTTCATCAGCGCGGTGTGCTGGAAGAGCGATAGCCCTACGATGTTAGCTGCT   1920
   621 -G--S--Y--F--I--S--A--V--C--W--K--S--D--S--P--T--M--L--A--A-    640

                                                                          
  1921 AATAGTCAGGGAACTATAAAAGTGCTAGTCCTTGCAGCTTGA                     1962
  1921 AATAGTCAGGGAACTATAAAAGTGCTAGTCCTTGCAGCTTGA                     1962
   641 -N--S--Q--G--T--I--K--V--L--V--L--A--A--*-                      653