Transcript: PGSC0003DMT400036075
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Description
COP1 homolog [Source:PGSC_GENE;Acc:PGSC0003DMG400013893]
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- PGSC0003DMT400036075 1962 653aa Gene/transcipt that contains an open reading frame (ORF). Protein coding
M1B388 - A single transcript chosen for a gene which is the most conserved, most highly expressed, has the longest coding sequence and is represented in other key resources, such as NCBI and UniProt. This is defined in detail on http://www.ensembl.org/info/genome/genebuild/canonical.html Ensembl Canonical, - PGSC0003DMT400036078 3346 532aa Gene/transcipt that contains an open reading frame (ORF). Protein coding
M1B390 - - - PGSC0003DMT400036077 3342 571aa Gene/transcipt that contains an open reading frame (ORF). Protein coding
M1B389 - -
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Codons Alternating codons Alternating codons Exons Variants Other Markup ▼ ▲
1 ATG GTG GAA AGT TCA ATT GGA GGG GTG GTG CCA GCA GTG AAG GGG GAG GGG ATG AGG AGG 60
1 ATGGTGGAAAGTTCAATTGGAGGGGTGGTGCCAGCAGTGAAGGGGGAGGGGATGAGGAGG 60
1 -M--V--E--S--S--I--G--G--V--V--P--A--V--K--G--E--G--M--R--R- 20
61 ATG GGG GAC AAA GAG GAG GGG GGT AGT GTA AGG GAT GAA GAA GTT GGG ACA GTG ACA GAA 120
61 ATGGGGGACAAAGAGGAGGGGGGTAGTGTAAGGGATGAAGAAGTTGGGACAGTGACAGAA 120
21 -M--G--D--K--E--E--G--G--S--V--R--D--E--E--V--G--T--V--T--E- 40
121 TGG GAG TTG GAC AGG GAA TTG TTG TGC CCT ATA TGT ATG CAG ATC ATA AAG GAT GCA TTT 180
121 TGGGAGTTGGACAGGGAATTGTTGTGCCCTATATGTATGCAGATCATAAAGGATGCATTT 180
41 -W--E--L--D--R--E--L--L--C--P--I--C--M--Q--I--I--K--D--A--F- 60
181 TTA ACA GCT TGT GGA CAT AGT TTT TGC TAT ATG TGC ATA GTT ACT CAT CTT CAC AAC AAG 240
181 TTAACAGCTTGTGGACATAGTTTTTGCTATATGTGCATAGTTACTCATCTTCACAACAAG 240
61 -L--T--A--C--G--H--S--F--C--Y--M--C--I--V--T--H--L--H--N--K- 80
241 AGT GAT TGC CCC TGT TGT TCT CAT TAT CTC ACT ACC AGT CAA CTC TAT CCC AAT TTC CTT 300
241 AGTGATTGCCCCTGTTGTTCTCATTATCTCACTACCAGTCAACTCTATCCCAATTTCCTT 300
81 -S--D--C--P--C--C--S--H--Y--L--T--T--S--Q--L--Y--P--N--F--L- 100
301 CTT GAC AAG C TA ATG AAG AAG ACA TCT GCT CGT CAG ATT TCA AAA ACT GCA TCC CCT GTT 360
301 CTTGACAAGCTAATGAAGAAGACATCTGCTCGTCAGATTTCAAAAACTGCATCCCCTGTT 360
101 -L--D--K--L--M--K--K--T--S--A--R--Q--I--S--K--T--A--S--P--V- 120
361 GAA CAA TTT CGT CAT TCA TTG GAA CAG GGT TGT GAA GTG TCA ATT AAG GAG CTG GAT GCT 420
361 GAACAATTTCGTCATTCATTGGAACAGGGTTGTGAAGTGTCAATTAAGGAGCTGGATGCT 420
121 -E--Q--F--R--H--S--L--E--Q--G--C--E--V--S--I--K--E--L--D--A- 140
421 CTA TTG TTG ATG TTG TCA GAG AAG AAG AGG AAA TTG GAA CAG GAG GAA GCA GAG CGA AAT 480
421 CTATTGTTGATGTTGTCAGAGAAGAAGAGGAAATTGGAACAGGAGGAAGCAGAGCGAAAT 480
141 -L--L--L--M--L--S--E--K--K--R--K--L--E--Q--E--E--A--E--R--N- 160
481 ATG CAA ATT CTG CTA GAC TTC TTA CAG ATG TTA AGG AAG CAA AAA GTT GAT GAA CTC AGT 540
481 ATGCAAATTCTGCTAGACTTCTTACAGATGTTAAGGAAGCAAAAAGTTGATGAACTCAGT 540
161 -M--Q--I--L--L--D--F--L--Q--M--L--R--K--Q--K--V--D--E--L--S- 180
541 GAG G TG CAA CAT GAT CTG CAA TAC ATC AAA GAG GAC TTA AAT TCA GTA GAG AGA CAT AGA 600
541 GAGGTGCAACATGATCTGCAATACATCAAAGAGGACTTAAATTCAGTAGAGAGACATAGA 600
181 -E--V--Q--H--D--L--Q--Y--I--K--E--D--L--N--S--V--E--R--H--R- 200
601 ATA GAC CTA TAC CGG GCT AGG GAC CGG TAC TCA ATG AAG CTT CGA ATG CTA GCA GAT GAT 660
601 ATAGACCTATACCGGGCTAGGGACCGGTACTCAATGAAGCTTCGAATGCTAGCAGATGAT 660
201 -I--D--L--Y--R--A--R--D--R--Y--S--M--K--L--R--M--L--A--D--D- 220
661 CCT ATT GGG AAA AAA CCT TGG TCT TCA TCA ACT GAT AGG AAC TTT GGT GGT CTT TTC TCC 720
661 CCTATTGGGAAAAAACCTTGGTCTTCATCAACTGATAGGAACTTTGGTGGTCTTTTCTCC 720
221 -P--I--G--K--K--P--W--S--S--S--T--D--R--N--F--G--G--L--F--S- 240
721 ACT TCA CGA AAT GCA CCT GGA GGA TTA CCG ACT GGA AAC TTA ACA TAC AAA AAG GTG GAC 780
721 ACTTCACGAAATGCACCTGGAGGATTACCGACTGGAAACTTAACATACAAAAAGGTGGAC 780
241 -T--S--R--N--A--P--G--G--L--P--T--G--N--L--T--Y--K--K--V--D- 260
781 AGC AAA GCT CAA ATA AGC TCT CCT GGA CCA CAG AGA AAA GAT ACT TCA ATC AGT GAA CTG 840
781 AGCAAAGCTCAAATAAGCTCTCCTGGACCACAGAGAAAAGATACTTCAATCAGTGAACTG 840
261 -S--K--A--Q--I--S--S--P--G--P--Q--R--K--D--T--S--I--S--E--L- 280
841 AAT TCA CAA CAT ATG AGT CAA TCA GGT CTG GCT GTG GTT AGG AAG AAG CGC GTC AAT GCA 900
841 AATTCACAACATATGAGTCAATCAGGTCTGGCTGTGGTTAGGAAGAAGCGCGTCAATGCA 900
281 -N--S--Q--H--M--S--Q--S--G--L--A--V--V--R--K--K--R--V--N--A- 300
901 CAG T TC AAT GAT CTC CAA GAA TGT TAC TTG CAA AAG AGA CGT CAA TTG GCG AAC AAA TCT 960
901 CAGTTCAATGATCTCCAAGAATGTTACTTGCAAAAGAGACGTCAATTGGCGAACAAATCT 960
301 -Q--F--N--D--L--Q--E--C--Y--L--Q--K--R--R--Q--L--A--N--K--S- 320
961 CGT GTT AAG GAG GAA AAG GAT GCA GAT GTT GTA CAA AGA GAA GGT TAC AGT GAA GGA CTA 1020
961 CGTGTTAAGGAGGAAAAGGATGCAGATGTTGTACAAAGAGAAGGTTACAGTGAAGGACTA 1020
321 -R--V--K--E--E--K--D--A--D--V--V--Q--R--E--G--Y--S--E--G--L- 340
1021 GCA GAT TTT CAG TCT GTA CTT AGC ACT TTC ACT CGT TAT AG C ATT GAA TTC GAT CGT GAT 1080
1021 GCAGATTTTCAGTCTGTACTTAGCACTTTCACTCGTTATAGCATTGAATTCGATCGTGAT 1080
341 -A--D--F--Q--S--V--L--S--T--F--T--R--Y--S--I--E--F--D--R--D- 360
1081 GAT GAG TTG TTT GCT ACT GCT GGA GTT TCA CGG CGT ATA AAA GTT TTT GAC TTC TCT TCA 1140
1081 GATGAGTTGTTTGCTACTGCTGGAGTTTCACGGCGTATAAAAGTTTTTGACTTCTCTTCA 1140
361 -D--E--L--F--A--T--A--G--V--S--R--R--I--K--V--F--D--F--S--S- 380
1141 G TT GTA AAT GAA CCT GCA GAT GCA CAC TGC CCT GTT GTT GAA ATG TCT ACC CGA TCT AAG 1200
1141 GTTGTAAATGAACCTGCAGATGCACACTGCCCTGTTGTTGAAATGTCTACCCGATCTAAG 1200
381 -V--V--N--E--P--A--D--A--H--C--P--V--V--E--M--S--T--R--S--K- 400
1201 CTG AGC TGC TTG AGC TGG AAT AAG TAT ACC AAG AAC CAC ATA GCT AGT AGT GAT TAT GAT 1260
1201 CTGAGCTGCTTGAGCTGGAATAAGTATACCAAGAACCACATAGCTAGTAGTGATTATGAT 1260
401 -L--S--C--L--S--W--N--K--Y--T--K--N--H--I--A--S--S--D--Y--D- 420
1261 GGA ATA GTA ACT GTA TGG GAT GTG ACC ACT AGA CAG AGT GTG ATG GAA TAT GAA GAG CAT 1320
1261 GGAATAGTAACTGTATGGGATGTGACCACTAGACAGAGTGTGATGGAATATGAAGAGCAT 1320
421 -G--I--V--T--V--W--D--V--T--T--R--Q--S--V--M--E--Y--E--E--H- 440
1321 GAG AAA CGG GCA TGG AGT GTT GAT TTT TCA CGC ACA GAA CCC TCA ATG CTT GTA TCT GGC 1380
1321 GAGAAACGGGCATGGAGTGTTGATTTTTCACGCACAGAACCCTCAATGCTTGTATCTGGC 1380
441 -E--K--R--A--W--S--V--D--F--S--R--T--E--P--S--M--L--V--S--G- 460
1381 AGT GAT GAT TGT AAG G TC AAA GTT TGG TGC ACG AAG CAG GAA GCA AGT GTT CTT AAT ATT 1440
1381 AGTGATGATTGTAAGGTCAAAGTTTGGTGCACGAAGCAGGAAGCAAGTGTTCTTAATATT 1440
461 -S--D--D--C--K--V--K--V--W--C--T--K--Q--E--A--S--V--L--N--I- 480
1441 GAC ATG AAG GCA AAT ATA TGC TGT GTA AAA TAT AAT CCT GGA TCT AGT GTT CAT ATA GCG 1500
1441 GACATGAAGGCAAATATATGCTGTGTAAAATATAATCCTGGATCTAGTGTTCATATAGCG 1500
481 -D--M--K--A--N--I--C--C--V--K--Y--N--P--G--S--S--V--H--I--A- 500
1501 G TT GGC TCT GCG GAT CAT CAT ATT CAT TAT TAT GAC TTG AGG AAC ACC AGC CAG CCG GTT 1560
1501 GTTGGCTCTGCGGATCATCATATTCATTATTATGACTTGAGGAACACCAGCCAGCCGGTT 1560
501 -V--G--S--A--D--H--H--I--H--Y--Y--D--L--R--N--T--S--Q--P--V- 520
1561 CAC ATT TTT AGT GGC CAT AGA AAA GCT GTT TCA TAT GTA AAA TTT TTG TCC AAC AAT GAA 1620
1561 CACATTTTTAGTGGCCATAGAAAAGCTGTTTCATATGTAAAATTTTTGTCCAACAATGAA 1620
521 -H--I--F--S--G--H--R--K--A--V--S--Y--V--K--F--L--S--N--N--E- 540
1621 CTT GCT TCA GCA TCA ACA GAC AGT ACT CTA CGA TTG TGG GAT GTA AAA GAT AAT TTG CCA 1680
1621 CTTGCTTCAGCATCAACAGACAGTACTCTACGATTGTGGGATGTAAAAGATAATTTGCCA 1680
541 -L--A--S--A--S--T--D--S--T--L--R--L--W--D--V--K--D--N--L--P- 560
1681 GTT CGC ACG CTT AGA GGA CAT ACG AAT GAG AAA AAC TTT GTT GGT CTC TCA GTG AAC AAT 1740
1681 GTTCGCACGCTTAGAGGACATACGAATGAGAAAAACTTTGTTGGTCTCTCAGTGAACAAT 1740
561 -V--R--T--L--R--G--H--T--N--E--K--N--F--V--G--L--S--V--N--N- 580
1741 GAA TTC CTC TCA TGT GGC AGT GAA ACA AAT GAA GTA TTC GTG TAC CAT AAG GCG ATC TCC 1800
1741 GAATTCCTCTCATGTGGCAGTGAAACAAATGAAGTATTCGTGTACCATAAGGCGATCTCC 1800
581 -E--F--L--S--C--G--S--E--T--N--E--V--F--V--Y--H--K--A--I--S- 600
1801 AAA CCC GTG ACT TGG CAT AGA TTC GGT TCC CCA GAC ATA GAC GAA GCG GAT GAA GAT GCA 1860
1801 AAACCCGTGACTTGGCATAGATTCGGTTCCCCAGACATAGACGAAGCGGATGAAGATGCA 1860
601 -K--P--V--T--W--H--R--F--G--S--P--D--I--D--E--A--D--E--D--A- 620
1861 GGA TCT TAT TTC ATC AGC GCG GTG TGC TGG AAG AGC GAT AGC CCT ACG ATG TTA GCT GCT 1920
1861 GGATCTTATTTCATCAGCGCGGTGTGCTGGAAGAGCGATAGCCCTACGATGTTAGCTGCT 1920
621 -G--S--Y--F--I--S--A--V--C--W--K--S--D--S--P--T--M--L--A--A- 640
1921 AAT AGT CAG GGA ACT ATA AAA GTG CTA GTC CTT GCA GCT TGA 1962
1921 AATAGTCAGGGAACTATAAAAGTGCTAGTCCTTGCAGCTTGA 1962
641 -N--S--Q--G--T--I--K--V--L--V--L--A--A--*- 653
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