Solanum tuberosum (SolTub_3.0)
Description

Pentatricopeptide repeat-containing protein [Source:PGSC_GENE;Acc:PGSC0003DMG400012991]

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This transcript has 6 exons and is annotated with 14 domains and features.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-PGSC0003DMT4000338102565571aa
 
Protein coding
M1AZQ5 Ensembl Canonical
-PGSC0003DMT4000338112116418aa
 
Protein coding
M1AZQ6 -
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     1 ATAAAAAATACTAATAAAATTAAAACCCTCTCCCTCTTCCACTTTCTCTCTCTATCTCAG     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
    61 CTAAGACATTGAAGAAGACGAAGAACAGCAGCCAAGCAGAAGAATTCTCATATCTTTTTG    120
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   121 CTTTGTATTTTTCTGTGGTGTATACTTTTCTTCTTCGTCTTCCTATTTTTGTTTCATTTT    180
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   181 CTTAATTTTTGTTTCATATCTTGTTATCGTTGAATCTGAATATATATTGTCATCAACGTC    240
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   241 TGCAGTTAATGGATCCATTCAATTATGTTTCGTCCATAATCGAGCTTCGTAAAGGGTTTG    300
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   301 GGTGATATTGACTGCATAGTTGCGCCATCTTATAATTAGAAGTTTCATGATGTATGTAGA    360
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   361 GACCCTTTTTTCTTAACCATCTAGAAACAAGACAAAAAGAAAAAAAATAACGAAGAAAAA    420
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   421 AGAATGAGCTTATCAGGAAAAGGGACTCCAACCAGTGACAAAAAGCTAACCTTAGCAAAA    480
       ...ATGAGCTTATCAGGAAAAGGGACTCCAACCAGTGACAAAAAGCTAACCTTAGCAAAA     57
       ...-M--S--L--S--G--K--G--T--P--T--S--D--K--K--L--T--L--A--K-     19

                                                                          
   481 GCGACAAGCTTGAATCCAAATGCTGCAGAATTTGTACCCTTTGCACTCAGATCACCCTCA    540
    58 GCGACAAGCTTGAATCCAAATGCTGCAGAATTTGTACCCTTTGCACTCAGATCACCCTCA    117
    20 -A--T--S--L--N--P--N--A--A--E--F--V--P--F--A--L--R--S--P--S-     39

                                                                          
   541 GGTAGCACTAGCAGCACCGATGCATCAAAGTTCGCTAACTCCACTACTACTTTGGGAAAA    600
   118 GGTAGCACTAGCAGCACCGATGCATCAAAGTTCGCTAACTCCACTACTACTTTGGGAAAA    177
    40 -G--S--T--S--S--T--D--A--S--K--F--A--N--S--T--T--T--L--G--K-     59

                                                                          
   601 GCTGTACTAGATAGATCAGAATCATCTGCTTCGAACAACTCAGATGATGAAGCTCACCAG    660
   178 GCTGTACTAGATAGATCAGAATCATCTGCTTCGAACAACTCAGATGATGAAGCTCACCAG    237
    60 -A--V--L--D--R--S--E--S--S--A--S--N--N--S--D--D--E--A--H--Q-     79

                                                                          
   661 TATTGGCGTCGCCAGCTCCCGGATGATATTACACCGGACTTCAATGTCATGGGGGAAGAT    720
   238 TATTGGCGTCGCCAGCTCCCGGATGATATTACACCGGACTTCAATGTCATGGGGGAAGAT    297
    80 -Y--W--R--R--Q--L--P--D--D--I--T--P--D--F--N--V--M--G--E--D-     99

                                                                          
   721 GATTCTCATGGAATCAGCAGTCTTCCATTTTCTAGATTATCAGTAACTGATGTCAATGAA    780
   298 GATTCTCATGGAATCAGCAGTCTTCCATTTTCTAGATTATCAGTAACTGATGTCAATGAA    357
   100 -D--S--H--G--I--S--S--L--P--F--S--R--L--S--V--T--D--V--N--E-    119

                                                                          
   781 GCTTCATTATTCCCTGCCTCAACTGGCAGTAGCTTCATGTTGAAGGACCAGCAGGAGTTA    840
   358 GCTTCATTATTCCCTGCCTCAACTGGCAGTAGCTTCATGTTGAAGGACCAGCAGGAGTTA    417
   120 -A--S--L--F--P--A--S--T--G--S--S--F--M--L--K--D--Q--Q--E--L-    139

                                                                          
   841 TCTCCTAGTCGCATTAATGGTAGTAGTTTTGTTGAAAAGACAGGATATCCTATTACATCT    900
   418 TCTCCTAGTCGCATTAATGGTAGTAGTTTTGTTGAAAAGACAGGATATCCTATTACATCT    477
   140 -S--P--S--R--I--N--G--S--S--F--V--E--K--T--G--Y--P--I--T--S-    159

                                                                          
   901 TTTGGCGAAGATGCTTCCTCAACTAGTTTTCATCTGCCTTCTAAACCCTGGGATAAGCCA    960
   478 TTTGGCGAAGATGCTTCCTCAACTAGTTTTCATCTGCCTTCTAAACCCTGGGATAAGCCA    537
   160 -F--G--E--D--A--S--S--T--S--F--H--L--P--S--K--P--W--D--K--P-    179

                                                                          
   961 TCGCTGACCAATGACCAGCCTTTTGCCAATATTAGGGAGGGGCCTCATTATAATGGGAAT   1020
   538 TCGCTGACCAATGACCAGCCTTTTGCCAATATTAGGGAGGGGCCTCATTATAATGGGAAT    597
   180 -S--L--T--N--D--Q--P--F--A--N--I--R--E--G--P--H--Y--N--G--N-    199

                                                                          
  1021 TCAGGAAACAGCTTCTTTGCAGACATGATGAACGAGCCACCATTTTTTGAAGCAGATGTA   1080
   598 TCAGGAAACAGCTTCTTTGCAGACATGATGAACGAGCCACCATTTTTTGAAGCAGATGTA    657
   200 -S--G--N--S--F--F--A--D--M--M--N--E--P--P--F--F--E--A--D--V-    219

                                                                          
  1081 AACCCTCTTGAATTTTTAGCCTCTCAATTTCCTGGTTTTGCTGCTGAAAGTCTTGGAGAG   1140
   658 AACCCTCTTGAATTTTTAGCCTCTCAATTTCCTGGTTTTGCTGCTGAAAGTCTTGGAGAG    717
   220 -N--P--L--E--F--L--A--S--Q--F--P--G--F--A--A--E--S--L--G--E-    239

                                                                          
  1141 GTGTACTATGCCAATGGAGGTGACTTGAATCTGACAATTGAAATGCTTACTCAGCTTGAG   1200
   718 GTGTACTATGCCAATGGAGGTGACTTGAATCTGACAATTGAAATGCTTACTCAGCTTGAG    777
   240 -V--Y--Y--A--N--G--G--D--L--N--L--T--I--E--M--L--T--Q--L--E-    259

                                                                          
  1201 CTTCAAGTTGATGGTGGGTTTAATCAAAATATGAATTCAAAAGCCTTGTCTGCTCCAAAT   1260
   778 CTTCAAGTTGATGGTGGGTTTAATCAAAATATGAATTCAAAAGCCTTGTCTGCTCCAAAT    837
   260 -L--Q--V--D--G--G--F--N--Q--N--M--N--S--K--A--L--S--A--P--N-    279

                                                                          
  1261 CTTAGTGCTCTGGATTTCCCTGCTCTTTCTGTGGCGGAAAGTCAAAACAGCAGCCTAAAG   1320
   838 CTTAGTGCTCTGGATTTCCCTGCTCTTTCTGTGGCGGAAAGTCAAAACAGCAGCCTAAAG    897
   280 -L--S--A--L--D--F--P--A--L--S--V--A--E--S--Q--N--S--S--L--K-    299

                                                                          
  1321 TACTCTGGCAGTGATGCTCAACAAAATGTCAATCCCTATAGGCCTTCTGAAAAAGAGAGC   1380
   898 TACTCTGGCAGTGATGCTCAACAAAATGTCAATCCCTATAGGCCTTCTGAAAAAGAGAGC    957
   300 -Y--S--G--S--D--A--Q--Q--N--V--N--P--Y--R--P--S--E--K--E--S-    319

                                                                          
  1381 ACCCTTCTGTTTAGATCTGGCTCTTCCATCCCTTTTCGAGGTGCTACAGATTTTGCATCT   1440
   958 ACCCTTCTGTTTAGATCTGGCTCTTCCATCCCTTTTCGAGGTGCTACAGATTTTGCATCT   1017
   320 -T--L--L--F--R--S--G--S--S--I--P--F--R--G--A--T--D--F--A--S-    339

                                                                          
  1441 GCTGTCAGGAAGATGGCATCTCAGGATTCTAGCATATGGAAGTATGATAGGACTGGAGTA   1500
  1018 GCTGTCAGGAAGATGGCATCTCAGGATTCTAGCATATGGAAGTATGATAGGACTGGAGTA   1077
   340 -A--V--R--K--M--A--S--Q--D--S--S--I--W--K--Y--D--R--T--G--V-    359

                                                                          
  1501 GCTGATGGTAGTGTTGGATCAAGTAGAAATTCACCTGTATTGGCTAGCTCTTACAATGGT   1560
  1078 GCTGATGGTAGTGTTGGATCAAGTAGAAATTCACCTGTATTGGCTAGCTCTTACAATGGT   1137
   360 -A--D--G--S--V--G--S--S--R--N--S--P--V--L--A--S--S--Y--N--G-    379

                                                                          
  1561 GGGCAGAGTAGGGGAGTTTATGGTGATAGGTTGCAGAGCCGAGGTTCCACACGTGCAGCT   1620
  1138 GGGCAGAGTAGGGGAGTTTATGGTGATAGGTTGCAGAGCCGAGGTTCCACACGTGCAGCT   1197
   380 -G--Q--S--R--G--V--Y--G--D--R--L--Q--S--R--G--S--T--R--A--A-    399

                                                                          
  1621 CCTGTCTGGCTTGAAACTGGAGAAGCAGTTGCAAATATATATTCTGAAATGCGGGAAGAG   1680
  1198 CCTGTCTGGCTTGAAACTGGAGAAGCAGTTGCAAATATATATTCTGAAATGCGGGAAGAG   1257
   400 -P--V--W--L--E--T--G--E--A--V--A--N--I--Y--S--E--M--R--E--E-    419

                                                                          
  1681 GCTCGTGACCATGCACGCTTACGTAATGCATACTTTGAACAGGCACGTCAGGCATATCTT   1740
  1258 GCTCGTGACCATGCACGCTTACGTAATGCATACTTTGAACAGGCACGTCAGGCATATCTT   1317
   420 -A--R--D--H--A--R--L--R--N--A--Y--F--E--Q--A--R--Q--A--Y--L-    439

                                                                          
  1741 ATTGGTAACAAGGCTTTGGCCAAAGAACTGAGCGTCAAGGGACAGCTTCACAACATGCAG   1800
  1318 ATTGGTAACAAGGCTTTGGCCAAAGAACTGAGCGTCAAGGGACAGCTTCACAACATGCAG   1377
   440 -I--G--N--K--A--L--A--K--E--L--S--V--K--G--Q--L--H--N--M--Q-    459

                                                                          
  1801 ATGAAGGCAGCTCATGGGAAGGCTCAAGAATCTATATATCGCCTAAGGAATCCAGAGATG   1860
  1378 ATGAAGGCAGCTCATGGGAAGGCTCAAGAATCTATATATCGCCTAAGGAATCCAGAGATG   1437
   460 -M--K--A--A--H--G--K--A--Q--E--S--I--Y--R--L--R--N--P--E--M-    479

                                                                          
  1861 CAGGGAAATGGGAGAGGACAAGAGAGAATCATAGATCTGCATGGTCTTCATGTTACTGAG   1920
  1438 CAGGGAAATGGGAGAGGACAAGAGAGAATCATAGATCTGCATGGTCTTCATGTTACTGAG   1497
   480 -Q--G--N--G--R--G--Q--E--R--I--I--D--L--H--G--L--H--V--T--E-    499

                                                                          
  1921 GCCATTCATGTCCTTAAGCGTGAGCTGTCTGTGTTGAGGAATGCTGCCAGATCAGCAGAC   1980
  1498 GCCATTCATGTCCTTAAGCGTGAGCTGTCTGTGTTGAGGAATGCTGCCAGATCAGCAGAC   1557
   500 -A--I--H--V--L--K--R--E--L--S--V--L--R--N--A--A--R--S--A--D-    519

                                                                          
  1981 CAGCGAATACAGGTTTATATTTGCGTTGGAACAGGACATCATACAAAGGGTTCGCGTACT   2040
  1558 CAGCGAATACAGGTTTATATTTGCGTTGGAACAGGACATCATACAAAGGGTTCGCGTACT   1617
   520 -Q--R--I--Q--V--Y--I--C--V--G--T--G--H--H--T--K--G--S--R--T-    539

                                                                          
  2041 CCTGCTAGGCTTCCCATTTCTGTCCAGCGTTACCTGCTAGAGGAGGGCCTTGACTACTCT   2100
  1618 CCTGCTAGGCTTCCCATTTCTGTCCAGCGTTACCTGCTAGAGGAGGGCCTTGACTACTCT   1677
   540 -P--A--R--L--P--I--S--V--Q--R--Y--L--L--E--E--G--L--D--Y--S-    559

                                                                          
  2101 GAGCCACAACCAGGGCTTCTCCGAGTTGTGATATACTGAGGTGTGAAGGTATAGGAGTTT   2160
  1678 GAGCCACAACCAGGGCTTCTCCGAGTTGTGATATACTGA.....................   1716
   560 -E--P--Q--P--G--L--L--R--V--V--I--Y--*-.....................    571

                                                                          
  2161 TTGACACGTCATTATCCTAGAAAATCCATCAGATGAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAATTGT   2220
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2221 TGTACCTGTAAATGGGGGGAACGGAAGGTTAGTGCAAATTCTGGAAAGGGAAAATGAAAA   2280
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2281 TGTGAAAAAAAGTGGAAGAAAATTGTATCATTTAAGGTTTAGTTGTTGGATAGGAGGATA   2340
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2341 CGTTTTGTAGCTTGCGGGGACTTGCATCGGCCCCCTTCGATTTTGTAACGTTGGTTCTTT   2400
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2401 CTCACATTCCTTTTCATTTTGATTAGCCGATGTAACTGATAGAATTCTTTCACGTGAAAG   2460
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  2461 CTGAAATTCACCAAGTGTTTTGGGCCTCAGTTGTTTTCATTAAGATTCAGACGTTTGAAT   2520
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  2521 CTGAGTAAGCATTTGAATATTAAGATCTAGGTGTTTTAATCTGGC                  2565
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