Transcript: PGSC0003DMT400033810
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Description
Pentatricopeptide repeat-containing protein [Source:PGSC_GENE;Acc:PGSC0003DMG400012991]
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- PGSC0003DMT400033810 2565 571aa Gene/transcipt that contains an open reading frame (ORF). Protein coding
M1AZQ5 A single transcript chosen for a gene which is the most conserved, most highly expressed, has the longest coding sequence and is represented in other key resources, such as NCBI and UniProt. This is defined in detail on http://www.ensembl.org/info/genome/genebuild/canonical.html Ensembl Canonical, - PGSC0003DMT400033811 2116 418aa Gene/transcipt that contains an open reading frame (ORF). Protein coding
M1AZQ6 -
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Codons Alternating codons Alternating codons Exons Variants Other Markup ▼ ▲
1 ATAAAAAATACTAATAAAATTAAAACCCTCTCCCTCTTCCACTTTCTCTCTCTATCTCAG 60
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61 CTAAGACATTGAAGAAGACGAAGAACAGCAGCCAAGCAGAAGAATTCTCATATCTTTTTG 120
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121 CTTTGTATTTTTCTGTGGTGTATACTTTTCTTCTTCGTCTTCCTATTTTTGTTTCATTTT 180
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181 CTTAATTTTTGTTTCATATCTTGTTATCGTTGAATCTGAATATATATTGTCATCAACGTC 240
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241 TGCAGTTAATGGATCCATTCAATTATGTTTCGTCCATAATCGAGCTTCGTAAAG G GTTTG 300
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301 GGTGATATTGACTGCATAGTTGCGCCATCTTATAATTAGAAGTTTCATGATGTATGTAGA 360
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361 GACCCTTTTTTCTTAACCATCTAGAAACAAGACAAAAAGAAAAAAAATAACGAAGAAAAA 420
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421 AGA ATG AGC TTA TCA GGA AAA GGG ACT CCA ACC AGT GAC AAA AAG CTA ACC TTA GCA AAA 480
...ATGAGCTTATCAGGAAAAGGGACTCCAACCAGTGACAAAAAGCTAACCTTAGCAAAA 57
...-M--S--L--S--G--K--G--T--P--T--S--D--K--K--L--T--L--A--K- 19
481 GCG ACA AGC TTG AAT CCA AAT GCT GCA GAA TTT GTA CCC TTT GCA CTC AGA TCA CCC TCA 540
58 GCGACAAGCTTGAATCCAAATGCTGCAGAATTTGTACCCTTTGCACTCAGATCACCCTCA 117
20 -A--T--S--L--N--P--N--A--A--E--F--V--P--F--A--L--R--S--P--S- 39
541 GGT AGC ACT AGC AGC ACC GAT GCA TCA AAG TTC GCT AAC TCC ACT ACT ACT TTG GGA AAA 600
118 GGTAGCACTAGCAGCACCGATGCATCAAAGTTCGCTAACTCCACTACTACTTTGGGAAAA 177
40 -G--S--T--S--S--T--D--A--S--K--F--A--N--S--T--T--T--L--G--K- 59
601 GCT GTA CTA GAT AGA TCA GAA TCA TCT GCT TCG AAC AAC TCA GAT GAT GAA GCT CAC CAG 660
178 GCTGTACTAGATAGATCAGAATCATCTGCTTCGAACAACTCAGATGATGAAGCTCACCAG 237
60 -A--V--L--D--R--S--E--S--S--A--S--N--N--S--D--D--E--A--H--Q- 79
661 TAT TGG CGT CGC CAG CTC CCG GAT GAT ATT ACA CCG GAC TTC AAT GTC ATG GGG GAA GAT 720
238 TATTGGCGTCGCCAGCTCCCGGATGATATTACACCGGACTTCAATGTCATGGGGGAAGAT 297
80 -Y--W--R--R--Q--L--P--D--D--I--T--P--D--F--N--V--M--G--E--D- 99
721 GAT TCT CAT GGA ATC AGC AGT CTT CCA TTT TCT AGA TTA TCA GTA ACT GAT GTC AAT GAA 780
298 GATTCTCATGGAATCAGCAGTCTTCCATTTTCTAGATTATCAGTAACTGATGTCAATGAA 357
100 -D--S--H--G--I--S--S--L--P--F--S--R--L--S--V--T--D--V--N--E- 119
781 GCT TCA TTA TTC CCT GCC TCA ACT GGC AGT AGC TTC ATG TTG AAG GAC CAG CAG GAG TTA 840
358 GCTTCATTATTCCCTGCCTCAACTGGCAGTAGCTTCATGTTGAAGGACCAGCAGGAGTTA 417
120 -A--S--L--F--P--A--S--T--G--S--S--F--M--L--K--D--Q--Q--E--L- 139
841 TCT CCT AGT CGC ATT AAT GGT AGT AGT TTT GTT GAA AAG ACA GGA TAT CCT ATT ACA TCT 900
418 TCTCCTAGTCGCATTAATGGTAGTAGTTTTGTTGAAAAGACAGGATATCCTATTACATCT 477
140 -S--P--S--R--I--N--G--S--S--F--V--E--K--T--G--Y--P--I--T--S- 159
901 TTT GGC GAA GAT GCT TCC TCA ACT AGT TTT CAT CTG CCT TCT AAA CCC TGG GAT AAG CCA 960
478 TTTGGCGAAGATGCTTCCTCAACTAGTTTTCATCTGCCTTCTAAACCCTGGGATAAGCCA 537
160 -F--G--E--D--A--S--S--T--S--F--H--L--P--S--K--P--W--D--K--P- 179
961 TCG CTG ACC AAT GAC CAG CCT TTT GCC AAT ATT AGG GAG GGG CCT CAT TAT AAT GGG AAT 1020
538 TCGCTGACCAATGACCAGCCTTTTGCCAATATTAGGGAGGGGCCTCATTATAATGGGAAT 597
180 -S--L--T--N--D--Q--P--F--A--N--I--R--E--G--P--H--Y--N--G--N- 199
1021 TCA GGA AAC AGC TTC TTT GCA GAC ATG ATG AAC GAG CCA CCA TTT TTT GAA GCA GAT GTA 1080
598 TCAGGAAACAGCTTCTTTGCAGACATGATGAACGAGCCACCATTTTTTGAAGCAGATGTA 657
200 -S--G--N--S--F--F--A--D--M--M--N--E--P--P--F--F--E--A--D--V- 219
1081 AAC CCT CTT GAA TTT TTA GCC TCT CAA TTT CCT GGT TTT GCT GCT GAA AGT CTT GGA GAG 1140
658 AACCCTCTTGAATTTTTAGCCTCTCAATTTCCTGGTTTTGCTGCTGAAAGTCTTGGAGAG 717
220 -N--P--L--E--F--L--A--S--Q--F--P--G--F--A--A--E--S--L--G--E- 239
1141 GTG TAC TAT GCC AAT GGA GGT GAC TTG AAT CTG ACA ATT GAA ATG CTT ACT CAG CTT GAG 1200
718 GTGTACTATGCCAATGGAGGTGACTTGAATCTGACAATTGAAATGCTTACTCAGCTTGAG 777
240 -V--Y--Y--A--N--G--G--D--L--N--L--T--I--E--M--L--T--Q--L--E- 259
1201 CTT CAA GTT GAT GGT GGG TTT AAT CAA AAT ATG AAT TCA AAA GCC TTG TCT GCT CCA AAT 1260
778 CTTCAAGTTGATGGTGGGTTTAATCAAAATATGAATTCAAAAGCCTTGTCTGCTCCAAAT 837
260 -L--Q--V--D--G--G--F--N--Q--N--M--N--S--K--A--L--S--A--P--N- 279
1261 CTT AGT GCT CTG GAT TTC CCT GCT CTT TCT GTG GCG GAA AGT CAA AAC AGC AGC CTA AAG 1320
838 CTTAGTGCTCTGGATTTCCCTGCTCTTTCTGTGGCGGAAAGTCAAAACAGCAGCCTAAAG 897
280 -L--S--A--L--D--F--P--A--L--S--V--A--E--S--Q--N--S--S--L--K- 299
1321 TAC TCT GGC AGT GAT GCT CAA CAA AAT GTC AAT CCC TAT AGG CCT TCT GAA AAA GAG AGC 1380
898 TACTCTGGCAGTGATGCTCAACAAAATGTCAATCCCTATAGGCCTTCTGAAAAAGAGAGC 957
300 -Y--S--G--S--D--A--Q--Q--N--V--N--P--Y--R--P--S--E--K--E--S- 319
1381 ACC CTT CTG TTT AGA TCT GGC TCT TCC ATC CCT TTT CGA GGT GCT ACA GAT TTT GCA TCT 1440
958 ACCCTTCTGTTTAGATCTGGCTCTTCCATCCCTTTTCGAGGTGCTACAGATTTTGCATCT 1017
320 -T--L--L--F--R--S--G--S--S--I--P--F--R--G--A--T--D--F--A--S- 339
1441 GCT GTC AGG AAG ATG GCA TCT CAG GAT TCT AGC ATA TGG AAG TAT GAT AGG ACT GGA GTA 1500
1018 GCTGTCAGGAAGATGGCATCTCAGGATTCTAGCATATGGAAGTATGATAGGACTGGAGTA 1077
340 -A--V--R--K--M--A--S--Q--D--S--S--I--W--K--Y--D--R--T--G--V- 359
1501 GCT GAT GGT AGT GTT GGA TCA AGT AGA AAT TCA CCT GTA TTG GCT AGC TCT TAC AAT GGT 1560
1078 GCTGATGGTAGTGTTGGATCAAGTAGAAATTCACCTGTATTGGCTAGCTCTTACAATGGT 1137
360 -A--D--G--S--V--G--S--S--R--N--S--P--V--L--A--S--S--Y--N--G- 379
1561 GGG CAG AGT AGG GGA GTT TAT GGT GAT AGG TTG CAG AGC CGA GGT TCC ACA CGT GCA GCT 1620
1138 GGGCAGAGTAGGGGAGTTTATGGTGATAGGTTGCAGAGCCGAGGTTCCACACGTGCAGCT 1197
380 -G--Q--S--R--G--V--Y--G--D--R--L--Q--S--R--G--S--T--R--A--A- 399
1621 CCT GTC TGG CTT GAA ACT GGA GAA GCA GTT G CA AAT ATA TAT TCT GAA ATG CGG GAA GAG 1680
1198 CCTGTCTGGCTTGAAACTGGAGAAGCAGTTGCAAATATATATTCTGAAATGCGGGAAGAG 1257
400 -P--V--W--L--E--T--G--E--A--V--A--N--I--Y--S--E--M--R--E--E- 419
1681 GCT CGT GAC CAT GCA CGC TTA CGT AAT GCA TAC TTT GAA CAG G CA CGT CAG GCA TAT CTT 1740
1258 GCTCGTGACCATGCACGCTTACGTAATGCATACTTTGAACAGGCACGTCAGGCATATCTT 1317
420 -A--R--D--H--A--R--L--R--N--A--Y--F--E--Q--A--R--Q--A--Y--L- 439
1741 ATT GGT AAC AAG GCT TTG GCC AAA GAA CTG AGC GTC AAG GGA CAG CTT CAC AAC ATG CAG 1800
1318 ATTGGTAACAAGGCTTTGGCCAAAGAACTGAGCGTCAAGGGACAGCTTCACAACATGCAG 1377
440 -I--G--N--K--A--L--A--K--E--L--S--V--K--G--Q--L--H--N--M--Q- 459
1801 ATG AAG GCA GCT CAT GGG AAG GCT CAA GAA TCT ATA TAT CGC CTA AG G AAT CCA GAG ATG 1860
1378 ATGAAGGCAGCTCATGGGAAGGCTCAAGAATCTATATATCGCCTAAGGAATCCAGAGATG 1437
460 -M--K--A--A--H--G--K--A--Q--E--S--I--Y--R--L--R--N--P--E--M- 479
1861 CAG GGA AAT GGG AGA GGA CAA GAG AGA ATC ATA GAT CTG CAT GGT CTT CAT GTT ACT GAG 1920
1438 CAGGGAAATGGGAGAGGACAAGAGAGAATCATAGATCTGCATGGTCTTCATGTTACTGAG 1497
480 -Q--G--N--G--R--G--Q--E--R--I--I--D--L--H--G--L--H--V--T--E- 499
1921 GCC ATT CAT GTC CTT AAG CGT GAG CTG TCT GTG TTG AGG AAT GCT GCC AGA TCA GCA GAC 1980
1498 GCCATTCATGTCCTTAAGCGTGAGCTGTCTGTGTTGAGGAATGCTGCCAGATCAGCAGAC 1557
500 -A--I--H--V--L--K--R--E--L--S--V--L--R--N--A--A--R--S--A--D- 519
1981 CAG CGA ATA CAG GTT TAT ATT TGC GTT GGA ACA GGA CAT CAT ACA AAG GGT TCG CGT ACT 2040
1558 CAGCGAATACAGGTTTATATTTGCGTTGGAACAGGACATCATACAAAGGGTTCGCGTACT 1617
520 -Q--R--I--Q--V--Y--I--C--V--G--T--G--H--H--T--K--G--S--R--T- 539
2041 CCT GCT AGG CTT CCC ATT TCT GTC CAG CGT TAC CTG CTA GAG GAG GGC CTT GAC TAC TCT 2100
1618 CCTGCTAGGCTTCCCATTTCTGTCCAGCGTTACCTGCTAGAGGAGGGCCTTGACTACTCT 1677
540 -P--A--R--L--P--I--S--V--Q--R--Y--L--L--E--E--G--L--D--Y--S- 559
2101 GAG CCA CAA CCA GGG CTT CTC CGA GTT GTG ATA TAC TGA GGTGTGAAGGTATAGGAGTTT 2160
1678 GAGCCACAACCAGGGCTTCTCCGAGTTGTGATATACTGA..................... 1716
560 -E--P--Q--P--G--L--L--R--V--V--I--Y--*-..................... 571
2161 TTGACACGTCATTATCCTAGAAAATCCATCAGATGAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAATTGT 2220
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2221 TGTACCTGTAAATGGGGGGAACGGAAGGTTAGTGCAAATTCTGGAAAGGGAAAATGAAAA 2280
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2281 TGTGAAAAAAAGTGGAAGAAAATTGTATCATTTAAGGTTTAGTTGTTGGATAGGAGGATA 2340
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2341 CGTTTTGTAGCTTGCGGGGACTTGCATCGGCCCCCTTCGATTTTGTAACGTTGGTTCTTT 2400
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2401 CTCACATTCCTTTTCATTTTGATTAGCCGATGTAACTGATAGAATTCTTTCACGTGAAAG 2460
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2461 CTGAAATTCACCAAGTGTTTTGGGCCTCAGTTGTTTTCATTAAGATTCAGACGTTTGAAT 2520
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2521 CTGAGTAAGCATTTGAATATTAAGATCTAGGTGTTTTAATCTGGC 2565
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