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Solanum tuberosum (SolTub_3.0)
Description

WD-repeat protein [Source:PGSC_GENE;Acc:PGSC0003DMG400007963]

Location
About this transcript

This transcript has 8 exons and is annotated with 24 domains and features.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-PGSC0003DMT4000205551887628aa
 
Protein coding
M1ADP7 Ensembl Canonical
-PGSC0003DMT4000205561776448aa
 
Protein coding
M1ADP8 -
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Other
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Markup
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     1 CTCGCGCAAAAACTCAAACTATTCCGGCAGTGAGTGCTTCTTGCAAAACCTACTAAATGA     60
       ........................................................ATGA      4
       ........................................................-M--      1

                                                                          
    61 CGGAGCCGGAATTGGTAATCGCTTCATCGCCGACCGACGCCGGTATTGGATGTTGGGACC    120
     5 CGGAGCCGGAATTGGTAATCGCTTCATCGCCGACCGACGCCGGTATTGGATGTTGGGACC     64
     2 T--E--P--E--L--V--I--A--S--S--P--T--D--A--G--I--G--C--W--D--     21

                                                                          
   121 TCCATACCGGCGCTGAGCACCTCCGTTATCGAACTTGCTCCTCCCCTTCCCACGGCCTTA    180
    65 TCCATACCGGCGCTGAGCACCTCCGTTATCGAACTTGCTCCTCCCCTTCCCACGGCCTTA    124
    22 L--H--T--G--A--E--H--L--R--Y--R--T--C--S--S--P--S--H--G--L--     41

                                                                          
   181 CCTGTGTCGGCGGCCGCTTTCTCGCCTCTTCTCAACTCCGTGAAACTAAATCTTCCTCAG    240
   125 CCTGTGTCGGCGGCCGCTTTCTCGCCTCTTCTCAACTCCGTGAAACTAAATCTTCCTCAG    184
    42 T--C--V--G--G--R--F--L--A--S--S--Q--L--R--E--T--K--S--S--S--     61

                                                                          
   241 GCTCTATCCTTTACTGGTCCTGGAACAAGCCTCAAGTGGAAGTTAAAAGCTTCCCAGCGG    300
   185 GCTCTATCCTTTACTGGTCCTGGAACAAGCCTCAAGTGGAAGTTAAAAGCTTCCCAGCGG    244
    62 G--S--I--L--Y--W--S--W--N--K--P--Q--V--E--V--K--S--F--P--A--     81

                                                                          
   301 AACCTATAAATCCACTTGTTTCCAACAGTGAGGGAACTTATATAGCCGGAGGAGGTGCAT    360
   245 AACCTATAAATCCACTTGTTTCCAACAGTGAGGGAACTTATATAGCCGGAGGAGGTGCAT    304
    82 E--P--I--N--P--L--V--S--N--S--E--G--T--Y--I--A--G--G--G--A--    101

                                                                          
   361 CCGGCGAAATTTACTTGTGGCAGGTTGCTACTGGTAAACTACTTAAGAAGTGGCATGCTC    420
   305 CCGGCGAAATTTACTTGTGGCAGGTTGCTACTGGTAAACTACTTAAGAAGTGGCATGCTC    364
   102 S--G--E--I--Y--L--W--Q--V--A--T--G--K--L--L--K--K--W--H--A--    121

                                                                          
   421 ACTATAGGGCGGTTACTTGCTTGTTATTCAATGATGATCAATCACTTCTGATTTCTGGTT    480
   365 ACTATAGGGCGGTTACTTGCTTGTTATTCAATGATGATCAATCACTTCTGATTTCTGGTT    424
   122 H--Y--R--A--V--T--C--L--L--F--N--D--D--Q--S--L--L--I--S--G--    141

                                                                          
   481 CAGAGGATGGATCAGTTCGAGTTTGGTCTCTTATAATGGTATTTGATGACTTGTTGAGAG    540
   425 CAGAGGATGGATCAGTTCGAGTTTGGTCTCTTATAATGGTATTTGATGACTTGTTGAGAG    484
   142 S--E--D--G--S--V--R--V--W--S--L--I--M--V--F--D--D--L--L--R--    161

                                                                          
   541 GGAAAGCAAGACAACCTTATGAGTTTAGTTTCTCAGAGCATTCTTTGAAGGTGACTGATG    600
   485 GGAAAGCAAGACAACCTTATGAGTTTAGTTTCTCAGAGCATTCTTTGAAGGTGACTGATG    544
   162 G--K--A--R--Q--P--Y--E--F--S--F--S--E--H--S--L--K--V--T--D--    181

                                                                          
   601 TTGTGATTGGGTACGGCGGAGCTAATGCAATTATTGTTTCTGCTTCAGAAGATAGAACTT    660
   545 TTGTGATTGGGTACGGCGGAGCTAATGCAATTATTGTTTCTGCTTCAGAAGATAGAACTT    604
   182 V--V--I--G--Y--G--G--A--N--A--I--I--V--S--A--S--E--D--R--T--    201

                                                                          
   661 GCAAGGTTTGGAGTCTTTCTAGGGGAAAATTGTTGAGAAACATTGTGTTTCCATCAATAA    720
   605 GCAAGGTTTGGAGTCTTTCTAGGGGAAAATTGTTGAGAAACATTGTGTTTCCATCAATAA    664
   202 C--K--V--W--S--L--S--R--G--K--L--L--R--N--I--V--F--P--S--I--    221

                                                                          
   721 TTGACGCAATTGCATTAGACCCCGGAGAAGATGTCTTCTATGCTGGTGGTAGAGATGGGA    780
   665 TTGACGCAATTGCATTAGACCCCGGAGAAGATGTCTTCTATGCTGGTGGTAGAGATGGGA    724
   222 I--D--A--I--A--L--D--P--G--E--D--V--F--Y--A--G--G--R--D--G--    241

                                                                          
   781 AAATATACATAGCTGCACTAAATGCTGTTGCAGACCCCAATAATAATTATGGATTGCACA    840
   725 AAATATACATAGCTGCACTAAATGCTGTTGCAGACCCCAATAATAATTATGGATTGCACA    784
   242 K--I--Y--I--A--A--L--N--A--V--A--D--P--N--N--N--Y--G--L--H--    261

                                                                          
   841 TTCTTGGGTTTCTCTCTGAGCAAAGCAAGGCTATTACATGCTTAGCATTAAGCACGGATG    900
   785 TTCTTGGGTTTCTCTCTGAGCAAAGCAAGGCTATTACATGCTTAGCATTAAGCACGGATG    844
   262 I--L--G--F--L--S--E--Q--S--K--A--I--T--C--L--A--L--S--T--D--    281

                                                                          
   901 GCAGCTTGCTAATTTCTGGATCAGAGGATGGCATGGTTCGAGTGTGGAACACCAAAAACC    960
   845 GCAGCTTGCTAATTTCTGGATCAGAGGATGGCATGGTTCGAGTGTGGAACACCAAAAACC    904
   282 G--S--L--L--I--S--G--S--E--D--G--M--V--R--V--W--N--T--K--N--    301

                                                                          
   961 ATAACATCACCCGAATTTTTAGGCATGCAAAAGGTCCAATTAACAATGTTGTAGTTGTTA   1020
   905 ATAACATCACCCGAATTTTTAGGCATGCAAAAGGTCCAATTAACAATGTTGTAGTTGTTA    964
   302 H--N--I--T--R--I--F--R--H--A--K--G--P--I--N--N--V--V--V--V--    321

                                                                          
  1021 GACAATCATCTCTTATGAGTAACCGAGGAACCGTGAATTCTCAAATGCCTTCCGTTAAGA   1080
   965 GACAATCATCTCTTATGAGTAACCGAGGAACCGTGAATTCTCAAATGCCTTCCGTTAAGA   1024
   322 R--Q--S--S--L--M--S--N--R--G--T--V--N--S--Q--M--P--S--V--K--    341

                                                                          
  1081 GACACGGGGTATCATTACCTCCACCATTGGAAAAGTGTGCTAATTCAGCAGATGAAAATG   1140
  1025 GACACGGGGTATCATTACCTCCACCATTGGAAAAGTGTGCTAATTCAGCAGATGAAAATG   1084
   342 R--H--G--V--S--L--P--P--P--L--E--K--C--A--N--S--A--D--E--N--    361

                                                                          
  1141 ACTATAAGGCAGTAATTGGCCCCCGGATCGATCCTGATAGATCTGTTGAAACTTCATATA   1200
  1085 ACTATAAGGCAGTAATTGGCCCCCGGATCGATCCTGATAGATCTGTTGAAACTTCATATA   1144
   362 D--Y--K--A--V--I--G--P--R--I--D--P--D--R--S--V--E--T--S--Y--    381

                                                                          
  1201 TCAGTATTCAGTCCCTAAGTAATCAAATCTTAGAACTTCAGAGACAAGGGTCTTCTGCTG   1260
  1145 TCAGTATTCAGTCCCTAAGTAATCAAATCTTAGAACTTCAGAGACAAGGGTCTTCTGCTG   1204
   382 I--S--I--Q--S--L--S--N--Q--I--L--E--L--Q--R--Q--G--S--S--A--    401

                                                                          
  1261 CTGCTGAAATGGAGATCGAAAGGCTAAAACTCGACCGCAGCAGGTCCATGCAAATGATTC   1320
  1205 CTGCTGAAATGGAGATCGAAAGGCTAAAACTCGACCGCAGCAGGTCCATGCAAATGATTC   1264
   402 A--A--E--M--E--I--E--R--L--K--L--D--R--S--R--S--M--Q--M--I--    421

                                                                          
  1321 AGCAGTGGGAAACAAAGTTTCAAAGTCTACATCAGTTTTGTGTAACCGAGCTATTGGATG   1380
  1265 AGCAGTGGGAAACAAAGTTTCAAAGTCTACATCAGTTTTGTGTAACCGAGCTATTGGATG   1324
   422 Q--Q--W--E--T--K--F--Q--S--L--H--Q--F--C--V--T--E--L--L--D--    441

                                                                          
  1381 GGGAAAAAGCTGGAAATGCTTAGGGACACAGTCTTATAACATATTTTTCTAAAACACGGT   1440
  1325 GGGAAAAAGCTGGAAATGCTTAG.....................................   1347
   442 G--E--K--A--G--N--A--*-.....................................    448

                                                                          
  1441 GAGCAGAAAGACGAAAGGGGAAAGCTAGATTTTAAACTTCCGCCTACATGATGGCTTGTG   1500
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1501 ATGGTGCTCACCAAGTTAGCTAGCTCTCAACTCCAGTTTTCCATACCGATTCCTACCTGC   1560
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1561 AACAGCTAATATTTTTTCACGTAACGATTCAGCTGCGATCAGTCGATTTAAACTATTGGT   1620
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1621 TAACATTTGGATTCAGTCGATTCCGCAAACAAACAGATTACATTTTACATTTGATTATGT   1680
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1681 ATCTTAATGTAAGATCTTGAACTATTTCACTAGCTGCTATGGGATATAATCTTAATGCTT   1740
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1741 GTCAAATATTATTTTGTTCTCTTTTACATGCTAGAG                           1776
       ....................................                               
       ....................................