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Oryza sativa Japonica Group (IRGSP-1.0)
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About this transcript

This transcript has 5 exons, is annotated with 10 domains and features and is associated with 122 variant alleles.

Gene
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  • Transcript ID
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  • UniProt
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-Os11t0265200-001622457aa
 
Protein coding
A0A0P0Y189 Q53LT0 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Variants
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Other
  • UTR
Markup
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     1 CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGCTTCTCTCTCCTCCTCCTCTTCTCCCCATTCTGATCTC     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
    61 TGACACCGCGGCGGCCATCTCCCCCATCTCGATGGCGGCGCCGCCGCAGCCGCAGCCGGA    120
       ...............................ATGGCGGCGCCGCCGCAGCCGCAGCCGGA     29
       ...............................-M--A--A--P--P--Q--P--Q--P--E     10

                                                                          
   121 GCCGGAGCCCGCCGCGGGCGGCGCGGGGCTGGAGGCGCTGGAGGGGCTCGCGCTGGACAC    180
    30 GCCGGAGCCCGCCGCGGGCGGCGCGGGGCTGGAGGCGCTGGAGGGGCTCGCGCTGGACAC     89
    10 --P--E--P--A--A--G--G--A--G--L--E--A--L--E--G--L--A--L--D--T     30

                                                                          
   181 CGTCATCGCCAAGGCCGGGGCGCGCCAGGCCGCGGCGCTGGCCTGCGCCAGCACGCGCCT    240
    90 CGTCATCGCCAAGGCCGGGGCGCGCCAGGCCGCGGCGCTGGCCTGCGCCAGCACGCGCCT    149
    30 --V--I--A--K--A--G--A--R--Q--A--A--A--L--A--C--A--S--T--R--L     50

                                                                          
   241 CCGCGACGCCGCGGGCGACGACGCGCTGTGGCGCCGCTTCTGCGCCGACGACCTCGCCCT    300
   150 CCGCGACGCCGCGGGCGACGACGCGCTGTGGCGCCGCTTCTGCGCCGACGACCTCGCCCT    209
    50 --R--D--A--A--G--D--D--A--L--W--R--R--F--C--A--D--D--L--A--L     70

                                                                          
   301 CCACGCGCCGCTCGCCCCCGACGGCCGCGCGCTCCCTTCCTTCAAGGATGCCTATAAAGT    360
   210 CCACGCGCCGCTCGCCCCCGACGGCCGCGCGCTCCCTTCCTTCAAGGATGCCTATAAAGT    269
    70 --H--A--P--L--A--P--D--G--R--A--L--P--S--F--K--D--A--Y--K--V     90

                                                                          
   361 TTGGTTGGAGTCTTTTGGCATGTATCCTTTACCTCTGGTAAGGAGAGTGAAAATTTTCTG    420
   270 TTGGTTGGAGTCTTTTGGCATGTATCCTTTACCTCTGGTAAGGAGAGTGAAAATTTTCTG    329
    90 --W--L--E--S--F--G--M--Y--P--L--P--L--V--R--R--V--K--I--F--W    110

                                                                          
   421 GAGTTCGCTGAAGAGCTGGCTGTCTGAAAACTTCCCTGAAGCACACAAGACATTGAATAA    480
   330 GAGTTCGCTGAAGAGCTGGCTGTCTGAAAACTTCCCTGAAGCACACAAGACATTGAATAA    389
   110 --S--S--L--K--S--W--L--S--E--N--F--P--E--A--H--K--T--L--N--K    130

                                                                          
   481 AGGTGTTTCTGAAGCTCAGATACAATCAGCAGAGGATGATCTTGGATTCAAGCTCCCTTT    540
   390 AGGTGTTTCTGAAGCTCAGATACAATCAGCAGAGGATGATCTTGGATTCAAGCTCCCTTT    449
   130 --G--V--S--E--A--Q--I--Q--S--A--E--D--D--L--G--F--K--L--P--L    150

                                                                          
   541 GCCGACAAAGCTGCTCTATCGTTTTTGCAATGGTCAGCTGCCCCTTAGTGAACATCATCA    600
   450 GCCGACAAAGCTGCTCTATCGTTTTTGCAATGGTCAGCTGCCCCTTAGTGAACATCATCA    509
   150 --P--T--K--L--L--Y--R--F--C--N--G--Q--L--P--L--S--E--H--H--H    170

                                                                          
   601 CGAGAATATGCGAATGGCTCATCTTGGTATTATAGGAGGCTATGTGTTTTATGACCACTT    660
   510 CGAGAATATGCGAATGGCTCATCTTGGTATTATAGGAGGCTATGTGTTTTATGACCACTT    569
   170 --E--N--M--R--M--A--H--L--G--I--I--G--G--Y--V--F--Y--D--H--L    190

                                                                          
   661 GATCAATGTTCACCTGTCACCACTTGAGCAAATTGTTGAAGAGACGAAAGAATTTTATCG    720
   570 GATCAATGTTCACCTGTCACCACTTGAGCAAATTGTTGAAGAGACGAAAGAATTTTATCG    629
   190 --I--N--V--H--L--S--P--L--E--Q--I--V--E--E--T--K--E--F--Y--R    210

                                                                          
   721 TGAGTTCTATGACCAAGGTGTTTTTAATATGACAAATCTCATTATAGTGGCAACTTCATG    780
   630 TGAGTTCTATGACCAAGGTGTTTTTAATATGACAAATCTCATTATAGTGGCAACTTCATG    689
   210 --E--F--Y--D--Q--G--V--F--N--M--T--N--L--I--I--V--A--T--S--W    230

                                                                          
   781 GTATCGTCCAAAAACATTTTTCCTTAATTGTTCAGATGACCAACTCTATGTTGGCACCAT    840
   690 GTATCGTCCAAAAACATTTTTCCTTAATTGTTCAGATGACCAACTCTATGTTGGCACCAT    749
   230 --Y--R--P--K--T--F--F--L--N--C--S--D--D--Q--L--Y--V--G--T--I    250

                                                                          
   841 CAATTTACAAGATGGAGAAATGTTGCCATGTGTACCGAAATCACTGATAAGGCCAACTAA    900
   750 CAATTTACAAGATGGAGAAATGTTGCCATGTGTACCGAAATCACTGATAAGGCCAACTAA    809
   250 --N--L--Q--D--G--E--M--L--P--C--V--P--K--S--L--I--R--P--T--N    270

                                                                          
   901 TACTGATATGCCCCAAGATGGATTGCTTCTGTGGTTAGAAGAGCATCTTAGGCGTTTACA    960
   810 TACTGATATGCCCCAAGATGGATTGCTTCTGTGGTTAGAAGAGCATCTTAGGCGTTTACA    869
   270 --T--D--M--P--Q--D--G--L--L--L--W--L--E--E--H--L--R--R--L--Q    290

                                                                          
   961 GAATGGCATGATCAAGATCCGTATGCTTAAGACGTCAAGGTATATCAGCTTATTTCCAGA   1020
   870 GAATGGCATGATCAAGATCCGTATGCTTAAGACGTCAAGGTATATCAGCTTATTTCCAGA    929
   290 --N--G--M--I--K--I--R--M--L--K--T--S--R--Y--I--S--L--F--P--E    310

                                                                          
  1021 AGCATCCCCATCATGTACGTCCGCAATGACAAATGGTGTGAAGGTACGTGCATCTGCTGT   1080
   930 AGCATCCCCATCATGTACGTCCGCAATGACAAATGGTGTGAAGGTACGTGCATCTGCTGT    989
   310 --A--S--P--S--C--T--S--A--M--T--N--G--V--K--V--R--A--S--A--V    330

                                                                          
  1081 CTTTGCACCAGAGCACCCTGAAAGTAGGCGGCCTGGGGCTAAATGTTTATATGCATACTC   1140
   990 CTTTGCACCAGAGCACCCTGAAAGTAGGCGGCCTGGGGCTAAATGTTTATATGCATACTC   1049
   330 --F--A--P--E--H--P--E--S--R--R--P--G--A--K--C--L--Y--A--Y--S    350

                                                                          
  1141 CATTCGCCTGTCAGTTCCAGAGGCATGCATGCTAGGTGGTGTGTACTATTCCTCGTGCCA   1200
  1050 CATTCGCCTGTCAGTTCCAGAGGCATGCATGCTAGGTGGTGTGTACTATTCCTCGTGCCA   1109
   350 --I--R--L--S--V--P--E--A--C--M--L--G--G--V--Y--Y--S--S--C--Q    370

                                                                          
  1201 GCTTTACTCGCGCCACTGGATCATCCGATGGAGAGACCGGGTTGTTTCTGATGTGAACGG   1260
  1110 GCTTTACTCGCGCCACTGGATCATCCGATGGAGAGACCGGGTTGTTTCTGATGTGAACGG   1169
   370 --L--Y--S--R--H--W--I--I--R--W--R--D--R--V--V--S--D--V--N--G    390

                                                                          
  1261 GGAAGGTGTTATTGGGAAGTACCCTCTACTAACTACAGGCCAGGAAGAGTTTGTGTATGA   1320
  1170 GGAAGGTGTTATTGGGAAGTACCCTCTACTAACTACAGGCCAGGAAGAGTTTGTGTATGA   1229
   390 --E--G--V--I--G--K--Y--P--L--L--T--T--G--Q--E--E--F--V--Y--E    410

                                                                          
  1321 GAGTTGCACGCCTCTGCCTGACAGTCCCGGATCTGTGGAGGGCTCTTTCACGTTTGTTCC   1380
  1230 GAGTTGCACGCCTCTGCCTGACAGTCCCGGATCTGTGGAGGGCTCTTTCACGTTTGTTCC   1289
   410 --S--C--T--P--L--P--D--S--P--G--S--V--E--G--S--F--T--F--V--P    430

                                                                          
  1381 GGGGAAGTTGAGCCGGCCTGAAGGAAAGCCATTTGAGGTCACGGTGGCTGCGTTCCCTCT   1440
  1290 GGGGAAGTTGAGCCGGCCTGAAGGAAAGCCATTTGAGGTCACGGTGGCTGCGTTCCCTCT   1349
   430 --G--K--L--S--R--P--E--G--K--P--F--E--V--T--V--A--A--F--P--L    450

                                                                          
  1441 GGAAATACCAGAGTACATCTTCTGATTTCTGAGGATTGTACATAGTATGATGCAATAATG   1500
  1350 GGAAATACCAGAGTACATCTTCTGA...................................   1374
   450 --E--I--P--E--Y--I--F--*-...................................    457

                                                                          
  1501 CACCTGCATAGATTTAGTAGTACTTGTTTCATGTAGCAGCAAGAATGGGATTTGCTTGTA   1560
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1561 ATGATCTTGTGAATGCGGCATAAATTGTGGCACCTGGAAGTAAGCCCTTTTTTTTGGCGC   1620
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1621 GT                                                             1622
       ..                                                                 
       ..