Oryza sativa Japonica Group (IRGSP-1.0) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationExternal ReferencesSupporting evidenceID History.
Chromosome 10: 21,169,734-21,174,539 reverse strand.
This transcript has 8 exons, is annotated with 15 domains and features, is associated with 77 variant alleles and maps to 34 oligo probes.
This transcript is a product of gene Os10g0542200 Show transcript tableHide transcript table
.
1 AAAAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAACTCGAGCTCACGCGCACACGCACGCGACGCGA 60 ............................................................ ............................................................ 61 CGCGACCCCGAATCGGAGGCGAGGCCGCCGACTCCGAGCGGATCGGGCCGAGGTCGACGG 120 ............................................................ ............................................................ 121 CATGGGCGGCGGAGGAGGCGAGGCCGGGGGCGGCGACGGAGGGGAGTCCTCTCCTGCTGC 180 .ATGGGCGGCGGAGGAGGCGAGGCCGGGGGCGGCGACGGAGGGGAGTCCTCTCCTGCTGC 59 .-M--G--G--G--G--G--E--A--G--G--G--D--G--G--E--S--S--P--A--A 20 181 GGCTGCGGCGGCGGCGGTGGCGGGGGCCGCGGCGCTGCACATCCGGTGCGCGAACGGGTC 240 60 GGCTGCGGCGGCGGCGGTGGCGGGGGCCGCGGCGCTGCACATCCGGTGCGCGAACGGGTC 119 20 --A--A--A--A--A--V--A--G--A--A--A--L--H--I--R--C--A--N--G--S 40 241 CAAGTTCACCGTGCGGGCCGACCTCGACGCCACGGTGGGGGCGTTCAAGGAGGTGGTGGC 300 120 CAAGTTCACCGTGCGGGCCGACCTCGACGCCACGGTGGGGGCGTTCAAGGAGGTGGTGGC 179 40 --K--F--T--V--R--A--D--L--D--A--T--V--G--A--F--K--E--V--V--A 60 301 GGGGAGCTGCGACGTGCCGGCGGCGCAGCAGCGCCTGATCTACAAGGGCCGGATCCTCAA 360 180 GGGGAGCTGCGACGTGCCGGCGGCGCAGCAGCGCCTGATCTACAAGGGCCGGATCCTCAA 239 60 --G--S--C--D--V--P--A--A--Q--Q--R--L--I--Y--K--G--R--I--L--K 80 361 GGACGAGCAAACCCTAGAAAGCTATGGTGTTGAAACAGATCATACCATTCATATGGTGCG 420 240 GGACGAGCAAACCCTAGAAAGCTATGGTGTTGAAACAGATCATACCATTCATATGGTGCG 299 80 --D--E--Q--T--L--E--S--Y--G--V--E--T--D--H--T--I--H--M--V--R 100 421 TGGCGCTGGTCCCCCAGCCGGATCAGCTGCACCTGCTGCAGCCAGCCCCCAAGCTTCAGC 480 300 TGGCGCTGGTCCCCCAGCCGGATCAGCTGCACCTGCTGCAGCCAGCCCCCAAGCTTCAGC 359 100 --G--A--G--P--P--A--G--S--A--A--P--A--A--A--S--P--Q--A--S--A 120 481 TGCTCCTAGCAGCGGCCCAACAGATGGTCTTGGAAGTTTGTTTCCTGGCCTTGGTGGTAC 540 360 TGCTCCTAGCAGCGGCCCAACAGATGGTCTTGGAAGTTTGTTTCCTGGCCTTGGTGGTAC 419 120 --A--P--S--S--G--P--T--D--G--L--G--S--L--F--P--G--L--G--G--T 140 541 AGGAACTGCTGGTACCAGGCCATCTGGTCTTTTTGGGTCTGGATTTCCAGAATTGGATCA 600 420 AGGAACTGCTGGTACCAGGCCATCTGGTCTTTTTGGGTCTGGATTTCCAGAATTGGATCA 479 140 --G--T--A--G--T--R--P--S--G--L--F--G--S--G--F--P--E--L--D--Q 160 601 AATGCAGCAGCAGTTAAGCCAAAACCCCAACTTAATGAGGGAAATAATGAATATGCCAAT 660 480 AATGCAGCAGCAGTTAAGCCAAAACCCCAACTTAATGAGGGAAATAATGAATATGCCAAT 539 160 --M--Q--Q--Q--L--S--Q--N--P--N--L--M--R--E--I--M--N--M--P--M 180 661 GATGCAGAATCTCATGAATAACCCTGATTTAATTCGTAACATGATCATGAACAATCCTCA 720 540 GATGCAGAATCTCATGAATAACCCTGATTTAATTCGTAACATGATCATGAACAATCCTCA 599 180 --M--Q--N--L--M--N--N--P--D--L--I--R--N--M--I--M--N--N--P--Q 200 721 AATGCGTGATATCATCGACCGGAATCCAGATCTTGCTCATGTTCTCAATGATCCAAGTGT 780 600 AATGCGTGATATCATCGACCGGAATCCAGATCTTGCTCATGTTCTCAATGATCCAAGTGT 659 200 --M--R--D--I--I--D--R--N--P--D--L--A--H--V--L--N--D--P--S--V 220 781 TCTCCGCCAGACCCTTGAAGCAGCCAGAAACCCTGAAATCATGAGGGAGATGATGCGGAA 840 660 TCTCCGCCAGACCCTTGAAGCAGCCAGAAACCCTGAAATCATGAGGGAGATGATGCGGAA 719 220 --L--R--Q--T--L--E--A--A--R--N--P--E--I--M--R--E--M--M--R--N 240 841 CACAGACAGAGCAATGAGCAACATTGAGTCTTCTCCTGAAGGGTTTAATATGCTCCGACG 900 720 CACAGACAGAGCAATGAGCAACATTGAGTCTTCTCCTGAAGGGTTTAATATGCTCCGACG 779 240 --T--D--R--A--M--S--N--I--E--S--S--P--E--G--F--N--M--L--R--R 260 901 CATGTATGAAACTGTCCAGGAGCCTTTCCTAAATGCGACAACAATGGGTGGAGAAGGCAA 960 780 CATGTATGAAACTGTCCAGGAGCCTTTCCTAAATGCGACAACAATGGGTGGAGAAGGCAA 839 260 --M--Y--E--T--V--Q--E--P--F--L--N--A--T--T--M--G--G--E--G--N 280 961 CACAGCTCCAAACCCATTCTCAGCTCTTCTTGGAAATCAGGGTTCTAACCAACCAAGGGA 1020 840 CACAGCTCCAAACCCATTCTCAGCTCTTCTTGGAAATCAGGGTTCTAACCAACCAAGGGA 899 280 --T--A--P--N--P--F--S--A--L--L--G--N--Q--G--S--N--Q--P--R--D 300 1021 TCCTGCTACAAATGCTCCAAATACTGGCTCAGAGTCTACAACAGGAACCCCTGCTCCAAA 1080 900 TCCTGCTACAAATGCTCCAAATACTGGCTCAGAGTCTACAACAGGAACCCCTGCTCCAAA 959 300 --P--A--T--N--A--P--N--T--G--S--E--S--T--T--G--T--P--A--P--N 320 1081 CACTAATCCACTTCCAAATCCTTGGAGCTCCAATGCTGGAGGTGCGCAAGGAGCAACACG 1140 960 CACTAATCCACTTCCAAATCCTTGGAGCTCCAATGCTGGAGGTGCGCAAGGAGCAACACG 1019 320 --T--N--P--L--P--N--P--W--S--S--N--A--G--G--A--Q--G--A--T--R 340 1141 GGCAGGTTCTACTGGCAATGCAAGAACCGGTGCCACTGGGGGCCTTGGAGGGTTGGGGTC 1200 1020 GGCAGGTTCTACTGGCAATGCAAGAACCGGTGCCACTGGGGGCCTTGGAGGGTTGGGGTC 1079 340 --A--G--S--T--G--N--A--R--T--G--A--T--G--G--L--G--G--L--G--S 360 1201 AGCTGATCTGAGCAGTTTATTTGGTGGTCTTGCCGGTAATACAGGAACTGGTGCTACTGG 1260 1080 AGCTGATCTGAGCAGTTTATTTGGTGGTCTTGCCGGTAATACAGGAACTGGTGCTACTGG 1139 360 --A--D--L--S--S--L--F--G--G--L--A--G--N--T--G--T--G--A--T--G 380 1261 TGGTCTAGGAGGGTTGGGTTCAGCAGATTTGGGAAGTTTGCTTGGTGGTTCTCCTGATTC 1320 1140 TGGTCTAGGAGGGTTGGGTTCAGCAGATTTGGGAAGTTTGCTTGGTGGTTCTCCTGATTC 1199 380 --G--L--G--G--L--G--S--A--D--L--G--S--L--L--G--G--S--P--D--S 400 1321 TTCTTCCTTGAGCCAGATTTTGCAAAACCCTGTTATGATGCAGATGATGCAGAATATCAT 1380 1200 TTCTTCCTTGAGCCAGATTTTGCAAAACCCTGTTATGATGCAGATGATGCAGAATATCAT 1259 400 --S--S--L--S--Q--I--L--Q--N--P--V--M--M--Q--M--M--Q--N--I--M 420 1381 GTCTGATCCACAGTCCATGAACCAGTTGCTTAACTTCAACCCAAATACACGCAACCTCAT 1440 1260 GTCTGATCCACAGTCCATGAACCAGTTGCTTAACTTCAACCCAAATACACGCAACCTCAT 1319 420 --S--D--P--Q--S--M--N--Q--L--L--N--F--N--P--N--T--R--N--L--M 440 1441 GGAATCAAACACTCAGTTGAGGGAAATGTTCCAAAATCCAGAATTTATTCGCCAGCTTAC 1500 1320 GGAATCAAACACTCAGTTGAGGGAAATGTTCCAAAATCCAGAATTTATTCGCCAGCTTAC 1379 440 --E--S--N--T--Q--L--R--E--M--F--Q--N--P--E--F--I--R--Q--L--T 460 1501 ATCCCCAGAAACTATGCAGCAATTACTCTCGTTCCAGCAGACATTATTATCACAGCTTGG 1560 1380 ATCCCCAGAAACTATGCAGCAATTACTCTCGTTCCAGCAGACATTATTATCACAGCTTGG 1439 460 --S--P--E--T--M--Q--Q--L--L--S--F--Q--Q--T--L--L--S--Q--L--G 480 1561 TCAAAATCAACCTAGGCAGGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGGCATGCGGGGAAA 1620 1440 TCAAAATCAACCTAGGCAGGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGGCATGCGGGGAAA 1499 480 --Q--N--Q--P--R--Q--D--G--S--Q--G--G--N--A--T--G--M--R--G--N 500 1621 TGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGCTTGGTGCTGGAGGTGGCATAGG 1680 1500 TGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGCTTGGTGCTGGAGGTGGCATAGG 1559 500 --V--S--L--D--T--L--M--G--M--L--S--G--L--G--A--G--G--G--I--G 520 1681 TGTACCCAATACATCCAATGTTCCACCGGAAGAACTGTATGCAACACAGCTCACTCAGCT 1740 1560 TGTACCCAATACATCCAATGTTCCACCGGAAGAACTGTATGCAACACAGCTCACTCAGCT 1619 520 --V--P--N--T--S--N--V--P--P--E--E--L--Y--A--T--Q--L--T--Q--L 540 1741 CCGAGAGATGGGTTTCATCGACACTGCAGAGAACATCCAGGCGCTAGTCGCAACTGCTGG 1800 1620 CCGAGAGATGGGTTTCATCGACACTGCAGAGAACATCCAGGCGCTAGTCGCAACTGCTGG 1679 540 --R--E--M--G--F--I--D--T--A--E--N--I--Q--A--L--V--A--T--A--G 560 1801 GAATGTGAATGCTGCGGTGGAGCGTCTTCTTGGCAATCTTGGCCAGTAGCTAAAGCGTAC 1860 1680 GAATGTGAATGCTGCGGTGGAGCGTCTTCTTGGCAATCTTGGCCAGTAG........... 1728 560 --N--V--N--A--A--V--E--R--L--L--G--N--L--G--Q--*-........... 575 1861 CAGACGCTGCCCATAACGTCACCAACTCCGCTCTTTTGCAAGAGGTTTTTTAGCCCCTCC 1920 ............................................................ ............................................................ 1921 AAGTTCAAACGCAGCGTCTGTCTACAGTCTCAGGAGAAAATAAAACAAAGAAATCCCACC 1980 ............................................................ ............................................................ 1981 CCCACCATTAACTTTTCCATACATGGTCGTCATGCCTTTGTTTTTACCGTGTTGTATTTG 2040 ............................................................ ............................................................ 2041 ACTATTTGGGTTGATGTACATACATATGAAATTATCGGATCTTACCGC 2088 ................................................ ................................................
.
.
Ensembl Plants release 60 - October 2024 © EMBL-EBI EMBL-EBI
.
.
![[RSS logo]](/i/rss_icon_16.png "Ensembl blog"){kind=icon}
![[twitter logo]](/i/twitter.png "Follow us on Twitter!")
