Oryza sativa Japonica Group (IRGSP-1.0)
Location
About this transcript

This transcript has 3 exons, is annotated with 14 domains and features and is associated with 136 variant alleles.

Gene
Show/hide columns (1 hidden)
  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
OsRFP-201Os10t0494500-011654500aa
 
Protein coding
A0A0P0XWM7 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 TCCAGATTCGCCTCAGCAAGATCGGCTCGTCGGACTCCGGCGCCGCCGCGTCCGGCGCGG     60
       ..CAGATTCGCCTCAGCAAGATCGGCTCGTCGGACTCCGGCGCCGCCGCGTCCGGCGCGG     58
       ..-Q--I--R--L--S--K--I--G--S--S--D--S--G--A--A--A--S--G--A--     19

                                                                          
    61 CGGCCGGGGCCGGCGGCGGGGTCGGAGGCGGCGGCGTAGGCGGCGCCGGCGCCGGCGCCG    120
    59 CGGCCGGGGCCGGCGGCGGGGTCGGAGGCGGCGGCGTAGGCGGCGCCGGCGCCGGCGCCG    118
    20 A--A--G--A--G--G--G--V--G--G--G--G--V--G--G--A--G--A--G--A--     39

                                                                          
   121 GCGGGGGCCCGCCGAAGTCGGCCTCGGCGGCCGCGGGCGGGGCCCCGGAGTCCGTTACGG    180
   119 GCGGGGGCCCGCCGAAGTCGGCCTCGGCGGCCGCGGGCGGGGCCCCGGAGTCCGTTACGG    178
    40 G--G--G--P--P--K--S--A--S--A--A--A--G--G--A--P--E--S--V--T--     59

                                                                          
   181 TCGCGTGCCCCGACCACCTGGTGATTGCCGACCTCGCCGTGGCAAAGAGCCTCGGCGCCG    240
   179 TCGCGTGCCCCGACCACCTGGTGATTGCCGACCTCGCCGTGGCAAAGAGCCTCGGCGCCG    238
    60 V--A--C--P--D--H--L--V--I--A--D--L--A--V--A--K--S--L--G--A--     79

                                                                          
   241 TCACGACCTCCGCCGTCGCGGCCGCCCGCACCATCGGCCGCCGCTCCCGCCGCCCCCTCG    300
   239 TCACGACCTCCGCCGTCGCGGCCGCCCGCACCATCGGCCGCCGCTCCCGCCGCCCCCTCG    298
    80 V--T--T--S--A--V--A--A--A--R--T--I--G--R--R--S--R--R--P--L--     99

                                                                          
   301 GCGAGCGCGTCCACATCTGCTGCCGCTGCGAGTTCCCCATCGCCCTCTACGGCCGCCTCA    360
   299 GCGAGCGCGTCCACATCTGCTGCCGCTGCGAGTTCCCCATCGCCCTCTACGGCCGCCTCA    358
   100 G--E--R--V--H--I--C--C--R--C--E--F--P--I--A--L--Y--G--R--L--    119

                                                                          
   361 TTCCTTGTGAACATGCTTTCTGTTTAGCCTGTGCTAGAAGTGATTCCAGCTGCTATCTTT    420
   359 TTCCTTGTGAACATGCTTTCTGTTTAGCCTGTGCTAGAAGTGATTCCAGCTGCTATCTTT    418
   120 I--P--C--E--H--A--F--C--L--A--C--A--R--S--D--S--S--C--Y--L--    139

                                                                          
   421 GTGATGAGCGCATTCAGAAGATTCAAACTGTGAAAATGATGGAAGGGATTTTTATCTGTG    480
   419 GTGATGAGCGCATTCAGAAGATTCAAACTGTGAAAATGATGGAAGGGATTTTTATCTGTG    478
   140 C--D--E--R--I--Q--K--I--Q--T--V--K--M--M--E--G--I--F--I--C--    159

                                                                          
   481 CTGCACCTATGTGTCTCAAGTCTTTCCTTAAGAGATCTGAATTTGATTCTCATATACCTG    540
   479 CTGCACCTATGTGTCTCAAGTCTTTCCTTAAGAGATCTGAATTTGATTCTCATATACCTG    538
   160 A--A--P--M--C--L--K--S--F--L--K--R--S--E--F--D--S--H--I--P--    179

                                                                          
   541 AAGTTCATGCCAACCTCCTGCACAATACTCCAGAGAGGGAAGAACGTAATGAGCCAGATG    600
   539 AAGTTCATGCCAACCTCCTGCACAATACTCCAGAGAGGGAAGAACGTAATGAGCCAGATG    598
   180 E--V--H--A--N--L--L--H--N--T--P--E--R--E--E--R--N--E--P--D--    199

                                                                          
   601 CTCCTAACATTTCCCGTGCTTCTGGGGGTGATCAAAGACAATCTCAGATGCCTGAAATGT    660
   599 CTCCTAACATTTCCCGTGCTTCTGGGGGTGATCAAAGACAATCTCAGATGCCTGAAATGT    658
   200 A--P--N--I--S--R--A--S--G--G--D--Q--R--Q--S--Q--M--P--E--M--    219

                                                                          
   661 CTACTGCACGTGCTCCTCCTCGGACTGGTGTTTCACCCTCTTCAAGTTCTCATGTGCAAG    720
   659 CTACTGCACGTGCTCCTCCTCGGACTGGTGTTTCACCCTCTTCAAGTTCTCATGTGCAAG    718
   220 S--T--A--R--A--P--P--R--T--G--V--S--P--S--S--S--S--H--V--Q--    239

                                                                          
   721 ATCGTGATGACCGATCTCGCTACCACCATTCCAGAGACCAGACCCCACAGAGGCCCCCTA    780
   719 ATCGTGATGACCGATCTCGCTACCACCATTCCAGAGACCAGACCCCACAGAGGCCCCCTA    778
   240 D--R--D--D--R--S--R--Y--H--H--S--R--D--Q--T--P--Q--R--P--P--    259

                                                                          
   781 TGCTATCAAGACCACCATCATTCCATGGTCGTCACTCTTATCCACCAGGGGATACTCCAA    840
   779 TGCTATCAAGACCACCATCATTCCATGGTCGTCACTCTTATCCACCAGGGGATACTCCAA    838
   260 M--L--S--R--P--P--S--F--H--G--R--H--S--Y--P--P--G--D--T--P--    279

                                                                          
   841 GTGAGAACAACCCGCCTCAAGGATTTGATCGGCCCTACAACTGGGCTCATGAAAATGCAC    900
   839 GTGAGAACAACCCGCCTCAAGGATTTGATCGGCCCTACAACTGGGCTCATGAAAATGCAC    898
   280 S--E--N--N--P--P--Q--G--F--D--R--P--Y--N--W--A--H--E--N--A--    299

                                                                          
   901 CTGGGGCGACTCCAGTCCGCCAAGAATCAGAGCATGGTAGTCAAGACAAACAGCAAATGA    960
   899 CTGGGGCGACTCCAGTCCGCCAAGAATCAGAGCATGGTAGTCAAGACAAACAGCAAATGA    958
   300 P--G--A--T--P--V--R--Q--E--S--E--H--G--S--Q--D--K--Q--Q--M--    319

                                                                          
   961 TGCCTAATGCGCCTTTCATGTTTCCTCCAATGCCTCATCAGCCAAACTTCATGATGCCCA   1020
   959 TGCCTAATGCGCCTTTCATGTTTCCTCCAATGCCTCATCAGCCAAACTTCATGATGCCCA   1018
   320 M--P--N--A--P--F--M--F--P--P--M--P--H--Q--P--N--F--M--M--P--    339

                                                                          
  1021 TGAATATGAATCAGCCATTAATGTCCAACACATCATTCAATTATCCTCTCCAACAAGATG   1080
  1019 TGAATATGAATCAGCCATTAATGTCCAACACATCATTCAATTATCCTCTCCAACAAGATG   1078
   340 M--N--M--N--Q--P--L--M--S--N--T--S--F--N--Y--P--L--Q--Q--D--    359

                                                                          
  1081 GAAATCCACAGTTCTTCAGTGCCCCTTTCCAGATGCAACTACCAGATGTTGGACTGGATC   1140
  1079 GAAATCCACAGTTCTTCAGTGCCCCTTTCCAGATGCAACTACCAGATGTTGGACTGGATC   1138
   360 G--N--P--Q--F--F--S--A--P--F--Q--M--Q--L--P--D--V--G--L--D--    379

                                                                          
  1141 AAGGCTCAGCCTCGGGGGTCCAACCTACGCCACCTGGTCCTTTAAGCTTCCCTGAGGGGC   1200
  1139 AAGGCTCAGCCTCGGGGGTCCAACCTACGCCACCTGGTCCTTTAAGCTTCCCTGAGGGGC   1198
   380 Q--G--S--A--S--G--V--Q--P--T--P--P--G--P--L--S--F--P--E--G--    399

                                                                          
  1201 TTCAGCGTCCATGGGGCATGGGATTGATGGGCAACCCATTTCAGTCGATGCCACTTGGAC   1260
  1199 TTCAGCGTCCATGGGGCATGGGATTGATGGGCAACCCATTTCAGTCGATGCCACTTGGAC   1258
   400 L--Q--R--P--W--G--M--G--L--M--G--N--P--F--Q--S--M--P--L--G--    419

                                                                          
  1261 AGGGAATGCCTGAAGGTGCAGGTGAACCTCAGGGAGGTGGCGGAATGGTTTTCCTGCAAG   1320
  1259 AGGGAATGCCTGAAGGTGCAGGTGAACCTCAGGGAGGTGGCGGAATGGTTTTCCTGCAAG   1318
   420 Q--G--M--P--E--G--A--G--E--P--Q--G--G--G--G--M--V--F--L--Q--    439

                                                                          
  1321 GTGGTTTCGGAGTCATGCCTGATGGCTCAATGAATTCAGGCATACCAGGTAGGGATCTTT   1380
  1319 GTGGTTTCGGAGTCATGCCTGATGGCTCAATGAATTCAGGCATACCAGGTAGGGATCTTT   1378
   440 G--G--F--G--V--M--P--D--G--S--M--N--S--G--I--P--G--R--D--L--    459

                                                                          
  1381 CTGGCCAAGGTGACCGGGGTGTTCTAGCGCAGATGCCCATGCCGATGCAAATGCAGATGT   1440
  1379 CTGGCCAAGGTGACCGGGGTGTTCTAGCGCAGATGCCCATGCCGATGCAAATGCAGATGT   1438
   460 S--G--Q--G--D--R--G--V--L--A--Q--M--P--M--P--M--Q--M--Q--M--    479

                                                                          
  1441 CACTTCCCCCACCTCCCCCTACACAGCCCCCTTCAGCTGGACAGCAAACTTTTAGCAGAA   1500
  1439 CACTTCCCCCACCTCCCCCTACACAGCCCCCTTCAGCTGGACAGCAAACTTTTAGCAGAA   1498
   480 S--L--P--P--P--P--P--T--Q--P--P--S--A--G--Q--Q--T--F--S--R--    499

                                                                          
  1501 CTTGATGATTATTTATGTACGGTAATTTAATTGTTGCTGTCAAAATTGGATTGTACTTAT   1560
  1499 CTTGA.......................................................   1503
   500 T--*-.......................................................    500

                                                                          
  1561 CGAGAAAACGGTGGTCTCATCATTCTGCGTTGCTGATGAGAAATGTGTTGTGCCATGAAC   1620
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1621 GATCATATCCCTAATGAAATTCCTATTGAGATCG                             1654
       ..................................                                 
       ..................................