Oryza sativa Japonica Group (IRGSP-1.0) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationExternal ReferencesSupporting evidenceID History.
Chromosome 6: 4,213,294-4,218,300 reverse strand.
This transcript has 11 exons, is annotated with 7 domains and features, is associated with 151 variant alleles and maps to 56 oligo probes.
This transcript is a product of gene Os06g0184300 Show transcript tableHide transcript table
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1 GCTGCACAGGAGGATCGAGTTCCACCTCGCGAGGAGGTCGCACTCGGTGGTGGCGGTCGG 60 .CTGCACAGGAGGATCGAGTTCCACCTCGCGAGGAGGTCGCACTCGGTGGTGGCGGTCGG 59 .-L--H--R--R--I--E--F--H--L--A--R--R--S--H--S--V--V--A--V--G 20 61 GGGAGGCGGGTTCCGGATGGAGACGCTGAACCCCGACGCGGGTGACAGAGCGGCGGCGGG 120 60 GGGAGGCGGGTTCCGGATGGAGACGCTGAACCCCGACGCGGGTGACAGAGCGGCGGCGGG 119 20 --G--G--G--F--R--M--E--T--L--N--P--D--A--G--D--R--A--A--A--G 40 121 GGCGGCGCAGGGGGTGGGGGTGGCGGCGGGGGGCGAGGGGGAGGCGAGGAGGGCGGAGAA 180 120 GGCGGCGCAGGGGGTGGGGGTGGCGGCGGGGGGCGAGGGGGAGGCGAGGAGGGCGGAGAA 179 40 --A--A--Q--G--V--G--V--A--A--G--G--E--G--E--A--R--R--A--E--K 60 181 GGGGGAGGTGGTCGGCGGTGGGCTGGATCCGGAGCTCAGCGTCGCCAGGATCTACCTCGG 240 180 GGGGGAGGTGGTCGGCGGTGGGCTGGATCCGGAGCTCAGCGTCGCCAGGATCTACCTCGG 239 60 --G--E--V--V--G--G--G--L--D--P--E--L--S--V--A--R--I--Y--L--G 80 241 GAGAATTGGTGCTGGCCTGCAAAATCTTGGGAACACTTGCTACCTGAACTCGGTGCTGCA 300 240 GAGAATTGGTGCTGGCCTGCAAAATCTTGGGAACACTTGCTACCTGAACTCGGTGCTGCA 299 80 --R--I--G--A--G--L--Q--N--L--G--N--T--C--Y--L--N--S--V--L--Q 100 301 ATGCTTGACGTACACAGAACCATTTGCGGCCTATTTGCAGAGCGGGAAGCACAAGTCTTC 360 300 ATGCTTGACGTACACAGAACCATTTGCGGCCTATTTGCAGAGCGGGAAGCACAAGTCTTC 359 100 --C--L--T--Y--T--E--P--F--A--A--Y--L--Q--S--G--K--H--K--S--S 120 361 ATGTCGTACTGCTGGATTTTGTGCACTATGTGCTCTTCAAAACCATGTTAAGACTGCTCT 420 360 ATGTCGTACTGCTGGATTTTGTGCACTATGTGCTCTTCAAAACCATGTTAAGACTGCTCT 419 120 --C--R--T--A--G--F--C--A--L--C--A--L--Q--N--H--V--K--T--A--L 140 421 ACAGTCAACTGGAAAAATAGTGACGCCATCACAGATTGTCAAGAACTTGCGCTGCATCTC 480 420 ACAGTCAACTGGAAAAATAGTGACGCCATCACAGATTGTCAAGAACTTGCGCTGCATCTC 479 140 --Q--S--T--G--K--I--V--T--P--S--Q--I--V--K--N--L--R--C--I--S 160 481 CCGTAGTTTCCGCAATTCAAGGCAGGAGGATGCACATGAGTTAATGGTTAATTTACTTGA 540 480 CCGTAGTTTCCGCAATTCAAGGCAGGAGGATGCACATGAGTTAATGGTTAATTTACTTGA 539 160 --R--S--F--R--N--S--R--Q--E--D--A--H--E--L--M--V--N--L--L--E 180 541 ATCCATGCATAAATGTTGTCTACCTTCTGGAGTACCAAGTGAGTCTCCTAGTGCATATGA 600 540 ATCCATGCATAAATGTTGTCTACCTTCTGGAGTACCAAGTGAGTCTCCTAGTGCATATGA 599 180 --S--M--H--K--C--C--L--P--S--G--V--P--S--E--S--P--S--A--Y--E 200 601 GAAGAGCTTAGTTCACAAAATATTTGGTGGCCGCCTAAGAAGTCAGGTGAAATGCACACA 660 600 GAAGAGCTTAGTTCACAAAATATTTGGTGGCCGCCTAAGAAGTCAGGTGAAATGCACACA 659 200 --K--S--L--V--H--K--I--F--G--G--R--L--R--S--Q--V--K--C--T--Q 220 661 GTGCTCACATTGCTCCAACAAATTTGATCCTTTCTTGGATCTCAGCCTTGATATTGGTAA 720 660 GTGCTCACATTGCTCCAACAAATTTGATCCTTTCTTGGATCTCAGCCTTGATATTGGTAA 719 220 --C--S--H--C--S--N--K--F--D--P--F--L--D--L--S--L--D--I--G--K 240 721 GGCCACGTCTCTGGTGAGGGCACTTCAAAATTTCACTGCGGAAGAGCTCTTAGATGGGGG 780 720 GGCCACGTCTCTGGTGAGGGCACTTCAAAATTTCACTGCGGAAGAGCTCTTAGATGGGGG 779 240 --A--T--S--L--V--R--A--L--Q--N--F--T--A--E--E--L--L--D--G--G 260 781 AGAAAAGCAATATCAGTGCCAACGCTGCAGGAAAAAGGTTGTAGCAAAGAAAAAGTTTAC 840 780 AGAAAAGCAATATCAGTGCCAACGCTGCAGGAAAAAGGTTGTAGCAAAGAAAAAGTTTAC 839 260 --E--K--Q--Y--Q--C--Q--R--C--R--K--K--V--V--A--K--K--K--F--T 280 841 AATTGATAAGGCGCCATATGTTCTGACAATTCATCTGAAGCGCTTTAGCCCTTTCAACCC 900 840 AATTGATAAGGCGCCATATGTTCTGACAATTCATCTGAAGCGCTTTAGCCCTTTCAACCC 899 280 --I--D--K--A--P--Y--V--L--T--I--H--L--K--R--F--S--P--F--N--P 300 901 CCGTGAAAAGATTGACAAAAAAGTTGATTTTCAGCCAATGCTAGACTTGAAGCCATTTAT 960 900 CCGTGAAAAGATTGACAAAAAAGTTGATTTTCAGCCAATGCTAGACTTGAAGCCATTTAT 959 300 --R--E--K--I--D--K--K--V--D--F--Q--P--M--L--D--L--K--P--F--I 320 961 TAGCGACTCTAAAGGCGCAGATTTTAAATACAGCCTTTATGGTGTTTTGGTTCATGCTGG 1020 960 TAGCGACTCTAAAGGCGCAGATTTTAAATACAGCCTTTATGGTGTTTTGGTTCATGCTGG 1019 320 --S--D--S--K--G--A--D--F--K--Y--S--L--Y--G--V--L--V--H--A--G 340 1021 TTGGAACACTCAGTCAGGCCATTATTATTGCTTCGTTCGAACTTCCAGTGGAATGTGGCA 1080 1020 TTGGAACACTCAGTCAGGCCATTATTATTGCTTCGTTCGAACTTCCAGTGGAATGTGGCA 1079 340 --W--N--T--Q--S--G--H--Y--Y--C--F--V--R--T--S--S--G--M--W--H 360 1081 CAACCTTGATGATAACCAGGTACGCCAAGTCCGTGAGGCAGATGTATTGAGACAGAAAGC 1140 1080 CAACCTTGATGATAACCAGGTACGCCAAGTCCGTGAGGCAGATGTATTGAGACAGAAAGC 1139 360 --N--L--D--D--N--Q--V--R--Q--V--R--E--A--D--V--L--R--Q--K--A 380 1141 ATATATGTTATTTTATGTACGTGACAGAGTTGGGAATCCGACTCCACGCAAGGATAATAT 1200 1140 ATATATGTTATTTTATGTACGTGACAGAGTTGGGAATCCGACTCCACGCAAGGATAATAT 1199 380 --Y--M--L--F--Y--V--R--D--R--V--G--N--P--T--P--R--K--D--N--I 400 1201 CACTGCTAATATGCCAGCCAGGAGAACAATACCTGAAAAGATCTCAGGTCTGAGTGATAT 1260 1200 CACTGCTAATATGCCAGCCAGGAGAACAATACCTGAAAAGATCTCAGGTCTGAGTGATAT 1259 400 --T--A--N--M--P--A--R--R--T--I--P--E--K--I--S--G--L--S--D--M 420 1261 GATCCAGAGCGGCGTAATTGAAGCAAAATTGAACGGTTCCTCGTCTCCTTATGGCGATAA 1320 1260 GATCCAGAGCGGCGTAATTGAAGCAAAATTGAACGGTTCCTCGTCTCCTTATGGCGATAA 1319 420 --I--Q--S--G--V--I--E--A--K--L--N--G--S--S--S--P--Y--G--D--K 440 1321 GAGGTTGCACGGCATAAGCAATGGGAACTCAATCAAGACTTCAAGAGAGCATTATTTGAA 1380 1320 GAGGTTGCACGGCATAAGCAATGGGAACTCAATCAAGACTTCAAGAGAGCATTATTTGAA 1379 440 --R--L--H--G--I--S--N--G--N--S--I--K--T--S--R--E--H--Y--L--K 460 1381 GAAAGATGGCAAAACTGAAGCTCCTAAAGCCTCTGAAAACAATGGCCTGGCTTCCACACA 1440 1380 GAAAGATGGCAAAACTGAAGCTCCTAAAGCCTCTGAAAACAATGGCCTGGCTTCCACACA 1439 460 --K--D--G--K--T--E--A--P--K--A--S--E--N--N--G--L--A--S--T--Q 480 1441 GAAAGCTTCTGCACCTCAAATTGATGGTGCTACCTTATCTGCTCAATCTAAGCAAATTAC 1500 1440 GAAAGCTTCTGCACCTCAAATTGATGGTGCTACCTTATCTGCTCAATCTAAGCAAATTAC 1499 480 --K--A--S--A--P--Q--I--D--G--A--T--L--S--A--Q--S--K--Q--I--T 500 1501 TTCAACTGGTCACAGAGAGGTATCTTCATCAGATCGATCTGCATCTCTTACACATGTGAT 1560 1500 TTCAACTGGTCACAGAGAGGTATCTTCATCAGATCGATCTGCATCTCTTACACATGTGAT 1559 500 --S--T--G--H--R--E--V--S--S--S--D--R--S--A--S--L--T--H--V--I 520 1561 TGTGAACCAAGCAGTGGCCATGGTTCCGTCGCAGGAATTGCAACCAAAGGTTGATGGCTT 1620 1560 TGTGAACCAAGCAGTGGCCATGGTTCCGTCGCAGGAATTGCAACCAAAGGTTGATGGCTT 1619 520 --V--N--Q--A--V--A--M--V--P--S--Q--E--L--Q--P--K--V--D--G--L 540 1621 AACCGATACCTCTTCCCTGGGCAATGGCAATGCGATATTGTCTGAGCGAAATAAACAAAC 1680 1620 AACCGATACCTCTTCCCTGGGCAATGGCAATGCGATATTGTCTGAGCGAAATAAACAAAC 1679 540 --T--D--T--S--S--L--G--N--G--N--A--I--L--S--E--R--N--K--Q--T 560 1681 ATCCCAGCATCAAAATCCATTTTCTATGCCAGCTTCCCATGGAAAGGACACAGGGGCAGG 1740 1680 ATCCCAGCATCAAAATCCATTTTCTATGCCAGCTTCCCATGGAAAGGACACAGGGGCAGG 1739 560 --S--Q--H--Q--N--P--F--S--M--P--A--S--H--G--K--D--T--G--A--G 580 1741 GCTTGCTGCACAAACTTTCCCAACTAAGGATGCTATTGTTTCAAATGGTGTTGTACCTAG 1800 1740 GCTTGCTGCACAAACTTTCCCAACTAAGGATGCTATTGTTTCAAATGGTGTTGTACCTAG 1799 580 --L--A--A--Q--T--F--P--T--K--D--A--I--V--S--N--G--V--V--P--S 600 1801 TAGCAGGGATCCAATTTCCAGTGAGAAGGTGTGTGGCTTGCAAAAATCCATCAAGCAAGA 1860 1800 TAGCAGGGATCCAATTTCCAGTGAGAAGGTGTGTGGCTTGCAAAAATCCATCAAGCAAGA 1859 600 --S--R--D--P--I--S--S--E--K--V--C--G--L--Q--K--S--I--K--Q--D 620 1861 TGACAAAACGGTGAAAGAACTTCCTATAAGTGAGAACAATATAGTATCAGGACTTGAACG 1920 1860 TGACAAAACGGTGAAAGAACTTCCTATAAGTGAGAACAATATAGTATCAGGACTTGAACG 1919 620 --D--K--T--V--K--E--L--P--I--S--E--N--N--I--V--S--G--L--E--R 640 1921 AGTCAACGCCAGAAAACAGACTAGCTCTGAAGTTTCCATGAAGGTAGCTGCAGCTGATTC 1980 1920 AGTCAACGCCAGAAAACAGACTAGCTCTGAAGTTTCCATGAAGGTAGCTGCAGCTGATTC 1979 640 --V--N--A--R--K--Q--T--S--S--E--V--S--M--K--V--A--A--A--D--S 660 1981 GTGCAATAGCAACACACCTAAAAGGGTGGATTTGAAGTCAAAGAAACTTGTGAGATATCC 2040 1980 GTGCAATAGCAACACACCTAAAAGGGTGGATTTGAAGTCAAAGAAACTTGTGAGATATCC 2039 660 --C--N--S--N--T--P--K--R--V--D--L--K--S--K--K--L--V--R--Y--P 680 2041 AGTCATGAACATGTGGCTTGGGCCCAGACAAGTTATGCTAGGTTCACTAAAGGTACAAAA 2100 2040 AGTCATGAACATGTGGCTTGGGCCCAGACAAGTTATGCTAGGTTCACTAAAGGTACAAAA 2099 680 --V--M--N--M--W--L--G--P--R--Q--V--M--L--G--S--L--K--V--Q--K 700 2101 GAAAAAGAAATGCAATAGAACTAGAAGACGGTCTGTAGTTTGTGAGGACATGGCCAATGC 2160 2100 GAAAAAGAAATGCAATAGAACTAGAAGACGGTCTGTAGTTTGTGAGGACATGGCCAATGC 2159 700 --K--K--K--C--N--R--T--R--R--R--S--V--V--C--E--D--M--A--N--A 720 2161 CACTTGTTCAGGTAACAACACAAGCGAGCAGCAGGCATCAACATCAACAACAACGTCGTC 2220 2160 CACTTGTTCAGGTAACAACACAAGCGAGCAGCAGGCATCAACATCAACAACAACGTCGTC 2219 720 --T--C--S--G--N--N--T--S--E--Q--Q--A--S--T--S--T--T--T--S--S 740 2221 TGAAACTGTGCAATGTACTCCCAGAGGGCGGAAACGTGCCTATGATAGTGACAGTCCTAA 2280 2220 TGAAACTGTGCAATGTACTCCCAGAGGGCGGAAACGTGCCTATGATAGTGACAGTCCTAA 2279 740 --E--T--V--Q--C--T--P--R--G--R--K--R--A--Y--D--S--D--S--P--K 760 2281 AAATAATAACCAGAAGCAAAACAAGCAAGACGTTATTGGAGCCGATACTGGTAGTGGTGA 2340 2280 AAATAATAACCAGAAGCAAAACAAGCAAGACGTTATTGGAGCCGATACTGGTAGTGGTGA 2339 760 --N--N--N--Q--K--Q--N--K--Q--D--V--I--G--A--D--T--G--S--G--E 780 2341 ACTTAACATGGATAAGAGAAATGTTATTAGTGAAACCGCTGCTAGTGCTGAGCTTCCGAA 2400 2340 ACTTAACATGGATAAGAGAAATGTTATTAGTGAAACCGCTGCTAGTGCTGAGCTTCCGAA 2399 780 --L--N--M--D--K--R--N--V--I--S--E--T--A--A--S--A--E--L--P--K 800 2401 GCTGGGTCCAGGCTCTTCTGCAAATCAGGAACATTCAAGGAACAATGTTCATGCAAAATT 2460 2400 GCTGGGTCCAGGCTCTTCTGCAAATCAGGAACATTCAAGGAACAATGTTCATGCAAAATT 2459 800 --L--G--P--G--S--S--A--N--Q--E--H--S--R--N--N--V--H--A--K--L 820 2461 GGGAGTTCCCCGGCATTTTACTGTTCTGACAAGGGACTTGGCTGAAGTTACTGTTCCATG 2520 2460 GGGAGTTCCCCGGCATTTTACTGTTCTGACAAGGGACTTGGCTGAAGTTACTGTTCCATG 2519 820 --G--V--P--R--H--F--T--V--L--T--R--D--L--A--E--V--T--V--P--C 840 2521 CTGGGATGATGTTGCTGTGTCAAATGCTGAGGCAAGAGAGTCAAAACATTCAGAAAGCAA 2580 2520 CTGGGATGATGTTGCTGTGTCAAATGCTGAGGCAAGAGAGTCAAAACATTCAGAAAGCAA 2579 840 --W--D--D--V--A--V--S--N--A--E--A--R--E--S--K--H--S--E--S--K 860 2581 GAGCATTGGATATGTGTTAGATGAATGGGACGAGGAGTATGACCGTGGAAAGACCAAGAA 2640 2580 GAGCATTGGATATGTGTTAGATGAATGGGACGAGGAGTATGACCGTGGAAAGACCAAGAA 2639 860 --S--I--G--Y--V--L--D--E--W--D--E--E--Y--D--R--G--K--T--K--K 880 2641 AATCAGAAATTCAAAGGAAGACTACGGTGGACCAAACCCCTTCCAGGAGGAGGCCAACTA 2700 2640 AATCAGAAATTCAAAGGAAGACTACGGTGGACCAAACCCCTTCCAGGAGGAGGCCAACTA 2699 880 --I--R--N--S--K--E--D--Y--G--G--P--N--P--F--Q--E--E--A--N--Y 900 2701 CATCTCACAGAGAAACATGAAACAGAGGACCTATCAACCCAAATCCTGGAAGAAACATGC 2760 2700 CATCTCACAGAGAAACATGAAACAGAGGACCTATCAACCCAAATCCTGGAAGAAACATGC 2759 900 --I--S--Q--R--N--M--K--Q--R--T--Y--Q--P--K--S--W--K--K--H--A 920 2761 CCATGTTAGAAGATGACAATGACGATTGACGATGCCCATGTTGTAGTAGCAGTGTAGCGC 2820 2760 CCATGTTAGAAGATGA............................................ 2775 920 --H--V--R--R--*-............................................ 924 2821 CCATTTTTGAAGAATTCATTTGTTGTTCGTTTTGCCGTGTTACATCTTAGCATTCCGGAC 2880 ............................................................ ............................................................ 2881 AAACAGCTGCTGGGACTGGACATGCATTCAACTGTTGTTTTCGCCATGTCGTATTTAAAC 2940 ............................................................ ............................................................ 2941 AGCTGGAACCTCTGTATTCAATTGTATTGGATTGTTGTAGCGAGAACGAGTTGGTTAATA 3000 ............................................................ ............................................................ 3001 CTACTGTCGTTCC 3013 ............. .............
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