Oryza sativa Japonica Group (IRGSP-1.0) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationExternal ReferencesGeneral identifiersOligo probesSupporting evidenceID History.
Chromosome 5: 27,868,472-27,877,526 reverse strand.
This transcript has 19 exons, is annotated with 21 domains and features and is associated with 985 variant alleles.
This transcript is a product of gene Os05g0559900 Show transcript tableHide transcript table
.
1 GGCTCAGATCACACCCGGTGGCGAGCTGCTGCGATCACCGACGCGGCGCACCCACGCCAC 60 ............................................................ ............................................................ 61 CACCACCACCCGCGGCCGAACGCACTAAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCCGCCG 120 ............................................................ ............................................................ 121 CCACGACCCGACGCGACGCGACGGGGCCCAGCCCACGCCCAACTCCCCCTACATCTCCCC 180 ............................................................ ............................................................ 181 CCGCCGCGGCGGCGGGGGCGCGGTGAAGCTTCCTCCCCGCTCCGCTCCGCCGCGCTGCTC 240 ............................................................ ............................................................ 241 TGCTCTGCCTCTGCAGCCGCCGCCGCCGTTCCCGGCCCTTCGATCGGGGCGGGGGGCCAG 300 ............................................................ ............................................................ 301 ATCCCCCCCGCGCGTCGGCCGAGTGGGAGTGGGGCGCGCGGGACGGAGGTGCGGATCTGA 360 ............................................................ ............................................................ 361 TTGGTCTACGCGCGAGATCTAGCCGGGTGCTGCTGTTCCTGCTGGTGGTTGCGGGGATCG 420 ............................................................ ............................................................ 421 GAGCGGAGGCGGGGGAGGAGGAGGGATGGCGTGGTGGTCGGGGAAGGTGTCGCTCGGTGG 480 .........................ATGGCGTGGTGGTCGGGGAAGGTGTCGCTCGGTGG 35 .........................-M--A--W--W--S--G--K--V--S--L--G--G 12 481 CCTGCAGGATATCGCAGGGGCCGTGAATAAGATCAGCGAGAGCGTGAAGAACATCGAGAA 540 36 CCTGCAGGATATCGCAGGGGCCGTGAATAAGATCAGCGAGAGCGTGAAGAACATCGAGAA 95 12 --L--Q--D--I--A--G--A--V--N--K--I--S--E--S--V--K--N--I--E--K 32 541 GAACTTCGACAGCGCGCTCGGGCTCGAGGAGAAGCGCGACGATGAGGAAGGATCAGGATC 600 96 GAACTTCGACAGCGCGCTCGGGCTCGAGGAGAAGCGCGACGATGAGGAAGGATCAGGATC 155 32 --N--F--D--S--A--L--G--L--E--E--K--R--D--D--E--E--G--S--G--S 52 601 ACATGCATCTAACTCTGATAGAATAGGGTTCTTTAATCCTGTCATGGCATTCATGGGAAA 660 156 ACATGCATCTAACTCTGATAGAATAGGGTTCTTTAATCCTGTCATGGCATTCATGGGAAA 215 52 --H--A--S--N--S--D--R--I--G--F--F--N--P--V--M--A--F--M--G--N 72 661 TAATGGCGAGGAGGATTCTGCTGAAGCATCAGAAAAGCAGCAACCTCCAAAAAGTACAAC 720 216 TAATGGCGAGGAGGATTCTGCTGAAGCATCAGAAAAGCAGCAACCTCCAAAAAGTACAAC 275 72 --N--G--E--E--D--S--A--E--A--S--E--K--Q--Q--P--P--K--S--T--T 92 721 CGCAGAACAGAGCCAAAGTGCCTCCACAGAGGCGCCTACATCCAAGGTAGATGCTTCTGA 780 276 CGCAGAACAGAGCCAAAGTGCCTCCACAGAGGCGCCTACATCCAAGGTAGATGCTTCTGA 335 92 --A--E--Q--S--Q--S--A--S--T--E--A--P--T--S--K--V--D--A--S--E 112 781 AGAATCGGAATCAACACAATCTCCAAAGCCTTCTGAACAAGGAGAGACTCTTATCAGCTC 840 336 AGAATCGGAATCAACACAATCTCCAAAGCCTTCTGAACAAGGAGAGACTCTTATCAGCTC 395 112 --E--S--E--S--T--Q--S--P--K--P--S--E--Q--G--E--T--L--I--S--S 132 841 AACTGAGCCACCTGTATCCAAGGCTGAGGTTTCTGAGCAACTAGCAACACCAAAAACTCC 900 396 AACTGAGCCACCTGTATCCAAGGCTGAGGTTTCTGAGCAACTAGCAACACCAAAAACTCC 455 132 --T--E--P--P--V--S--K--A--E--V--S--E--Q--L--A--T--P--K--T--P 152 901 AAAATCACTTTCAGCAACAGAAGAAAAGCCTAGTCATTCTACTGAATCACCCACATATAA 960 456 AAAATCACTTTCAGCAACAGAAGAAAAGCCTAGTCATTCTACTGAATCACCCACATATAA 515 152 --K--S--L--S--A--T--E--E--K--P--S--H--S--T--E--S--P--T--Y--K 172 961 AGGGGATTCAGAAGCACCACAATCTCCCACAGATCCATCAACAGCAGAAGAAAACAGTGG 1020 516 AGGGGATTCAGAAGCACCACAATCTCCCACAGATCCATCAACAGCAGAAGAAAACAGTGG 575 172 --G--D--S--E--A--P--Q--S--P--T--D--P--S--T--A--E--E--N--S--G 192 1021 ATCCACTGAGACGGGTAATACAATTGAGACGGGAAACCAGGATCATCAAGAGACAAAATA 1080 576 ATCCACTGAGACGGGTAATACAATTGAGACGGGAAACCAGGATCATCAAGAGACAAAATA 635 192 --S--T--E--T--G--N--T--I--E--T--G--N--Q--D--H--Q--E--T--K--Y 212 1081 TTCTGGTCCTAATGATGAAGCGCCACAAAGTCAGATTGGAGAATCTGACAGAGGCATACC 1140 636 TTCTGGTCCTAATGATGAAGCGCCACAAAGTCAGATTGGAGAATCTGACAGAGGCATACC 695 212 --S--G--P--N--D--E--A--P--Q--S--Q--I--G--E--S--D--R--G--I--P 232 1141 TGATGGTACAAAGCCTTCTTCACCTACTGAATTAGATCAATCAGGTAACACGGGAACAAC 1200 696 TGATGGTACAAAGCCTTCTTCACCTACTGAATTAGATCAATCAGGTAACACGGGAACAAC 755 232 --D--G--T--K--P--S--S--P--T--E--L--D--Q--S--G--N--T--G--T--T 252 1201 TGAATACCTTCATGCTGGAACGGAAAACATAGATGATAAAAATGCCATACAATCACAACC 1260 756 TGAATACCTTCATGCTGGAACGGAAAACATAGATGATAAAAATGCCATACAATCACAACC 815 252 --E--Y--L--H--A--G--T--E--N--I--D--D--K--N--A--I--Q--S--Q--P 272 1261 ACTAGATTCCATTCTAGCCAGTTCAGATGATGTAAATGAAGCTGTGAAAATTGTTAAAGG 1320 816 ACTAGATTCCATTCTAGCCAGTTCAGATGATGTAAATGAAGCTGTGAAAATTGTTAAAGG 875 272 --L--D--S--I--L--A--S--S--D--D--V--N--E--A--V--K--I--V--K--G 292 1321 AGCTGATGATCGAAATGAAATAAGCAGTTCACATGAGAATACTGACACCGTTGACCAAGC 1380 876 AGCTGATGATCGAAATGAAATAAGCAGTTCACATGAGAATACTGACACCGTTGACCAAGC 935 292 --A--D--D--R--N--E--I--S--S--S--H--E--N--T--D--T--V--D--Q--A 312 1381 TAGTCATGTGGAAGTCATAGAACATGATGAGCATACTAATGCTGCTGAAAATGATGAAGA 1440 936 TAGTCATGTGGAAGTCATAGAACATGATGAGCATACTAATGCTGCTGAAAATGATGAAGA 995 312 --S--H--V--E--V--I--E--H--D--E--H--T--N--A--A--E--N--D--E--E 332 1441 AGCTAATCGAACAGAAGCACAGGTAGCAACTGTTGTTGAAAGGGAGGAGAATACAATGGT 1500 996 AGCTAATCGAACAGAAGCACAGGTAGCAACTGTTGTTGAAAGGGAGGAGAATACAATGGT 1055 332 --A--N--R--T--E--A--Q--V--A--T--V--V--E--R--E--E--N--T--M--V 352 1501 GCAGCTTGAAGACCTTAGCTCAATGTCCATAATTGTGAGCAATGATTCAAACTCGCAAAA 1560 1056 GCAGCTTGAAGACCTTAGCTCAATGTCCATAATTGTGAGCAATGATTCAAACTCGCAAAA 1115 352 --Q--L--E--D--L--S--S--M--S--I--I--V--S--N--D--S--N--S--Q--N 372 1561 TGAGTCGGTGCCCACTTCTGCAGATGTGCCTGTTGGACTGGTAGAGGTTGGTTCCAATTC 1620 1116 TGAGTCGGTGCCCACTTCTGCAGATGTGCCTGTTGGACTGGTAGAGGTTGGTTCCAATTC 1175 372 --E--S--V--P--T--S--A--D--V--P--V--G--L--V--E--V--G--S--N--S 392 1621 AAATGATTTGAGAAAAGAAGAAAATATCCAGGGCTCTGTTACAACTAGCAATCATCTGGA 1680 1176 AAATGATTTGAGAAAAGAAGAAAATATCCAGGGCTCTGTTACAACTAGCAATCATCTGGA 1235 392 --N--D--L--R--K--E--E--N--I--Q--G--S--V--T--T--S--N--H--L--E 412 1681 ATCTGTCGGTGCTGTCGCTGAACTTGAGAAATTAAGACGTGAAATGAAGATGATGGAAGC 1740 1236 ATCTGTCGGTGCTGTCGCTGAACTTGAGAAATTAAGACGTGAAATGAAGATGATGGAAGC 1295 412 --S--V--G--A--V--A--E--L--E--K--L--R--R--E--M--K--M--M--E--A 432 1741 TGCATTGCAAGGTGCTGCAAGACAATCCCAGTCCAAAGCTGATGAAATTGCAAGACTGAT 1800 1296 TGCATTGCAAGGTGCTGCAAGACAATCCCAGTCCAAAGCTGATGAAATTGCAAGACTGAT 1355 432 --A--L--Q--G--A--A--R--Q--S--Q--S--K--A--D--E--I--A--R--L--M 452 1801 GAATGAGAATGAACAACTGAAATCAACAATTGATGATCTTAAGAGCAAGTCAGCTGAAGC 1860 1356 GAATGAGAATGAACAACTGAAATCAACAATTGATGATCTTAAGAGCAAGTCAGCTGAAGC 1415 452 --N--E--N--E--Q--L--K--S--T--I--D--D--L--K--S--K--S--A--E--A 472 1861 CGAAATGGATGCACTTAAAGATGAATATCACCAGAGAGTAGCAACTCTTGAAAGGAAGGT 1920 1416 CGAAATGGATGCACTTAAAGATGAATATCACCAGAGAGTAGCAACTCTTGAAAGGAAGGT 1475 472 --E--M--D--A--L--K--D--E--Y--H--Q--R--V--A--T--L--E--R--K--V 492 1921 GTATGCCTTGACCAAAGAACGGGATACATTAAGGAGAGAGCAAAATAAAAAAAGTGATGC 1980 1476 GTATGCCTTGACCAAAGAACGGGATACATTAAGGAGAGAGCAAAATAAAAAAAGTGATGC 1535 492 --Y--A--L--T--K--E--R--D--T--L--R--R--E--Q--N--K--K--S--D--A 512 1981 AGCTGCTCTTTTGAAAGAAAAGGATGAAATTATCAGTCAGGTCATGGCGGAAGGTGAAGA 2040 1536 AGCTGCTCTTTTGAAAGAAAAGGATGAAATTATCAGTCAGGTCATGGCGGAAGGTGAAGA 1595 512 --A--A--L--L--K--E--K--D--E--I--I--S--Q--V--M--A--E--G--E--E 532 2041 GCTATCAAAAAAACAAGCTGCTCAAGAAGCTACTATGCGGAAACTTAGGGCACAGGTTCG 2100 1596 GCTATCAAAAAAACAAGCTGCTCAAGAAGCTACTATGCGGAAACTTAGGGCACAGGTTCG 1655 532 --L--S--K--K--Q--A--A--Q--E--A--T--M--R--K--L--R--A--Q--V--R 552 2101 TGAACTTGAAGAAGAAAAACAACGGCTGAACTCAAAGATCCAGGTTGAGGAGACAAAGGT 2160 1656 TGAACTTGAAGAAGAAAAACAACGGCTGAACTCAAAGATCCAGGTTGAGGAGACAAAGGT 1715 552 --E--L--E--E--E--K--Q--R--L--N--S--K--I--Q--V--E--E--T--K--V 572 2161 TGAGAGTATTAAAAGAGATAAGGCTGCAACGGAGAAATTGCTACAGGAAACAATAGAAAG 2220 1716 TGAGAGTATTAAAAGAGATAAGGCTGCAACGGAGAAATTGCTACAGGAAACAATAGAAAG 1775 572 --E--S--I--K--R--D--K--A--A--T--E--K--L--L--Q--E--T--I--E--R 592 2221 AAATCAAACTGAACTTGCAGCTCAGAAGGAGTTCTACACCAATGCTCTTAACGCAGCTAA 2280 1776 AAATCAAACTGAACTTGCAGCTCAGAAGGAGTTCTACACCAATGCTCTTAACGCAGCTAA 1835 592 --N--Q--T--E--L--A--A--Q--K--E--F--Y--T--N--A--L--N--A--A--K 612 2281 AGAGGCTGAGGCATTAGCCGAAGCAAGAGTCAACACTGAAGCCAAAGTTGAACTTGAGAG 2340 1836 AGAGGCTGAGGCATTAGCCGAAGCAAGAGTCAACACTGAAGCCAAAGTTGAACTTGAGAG 1895 612 --E--A--E--A--L--A--E--A--R--V--N--T--E--A--K--V--E--L--E--S 632 2341 TCGTTTAAGAGAAGCTTGTGAAAAAGAAAATATCTTAATTAAGACGATTGAGGAGTTGAG 2400 1896 TCGTTTAAGAGAAGCTTGTGAAAAAGAAAATATCTTAATTAAGACGATTGAGGAGTTGAG 1955 632 --R--L--R--E--A--C--E--K--E--N--I--L--I--K--T--I--E--E--L--R 652 2401 GCATGCTCTCACAAGGCAAGAACAGGAGGCTGCATTCAGGGAAGAAAGGCTGAAAAGGGA 2460 1956 GCATGCTCTCACAAGGCAAGAACAGGAGGCTGCATTCAGGGAAGAAAGGCTGAAAAGGGA 2015 652 --H--A--L--T--R--Q--E--Q--E--A--A--F--R--E--E--R--L--K--R--D 672 2461 TTATGATGATCTTCAAAGGCGGTATCAATCCAGTGAACTTCGTTACAATGAACTGGTCAC 2520 2016 TTATGATGATCTTCAAAGGCGGTATCAATCCAGTGAACTTCGTTACAATGAACTGGTCAC 2075 672 --Y--D--D--L--Q--R--R--Y--Q--S--S--E--L--R--Y--N--E--L--V--T 692 2521 ACAAGTTCCTGAATCCACCAGACCACTTCTAAGGCAAATTGAAGCCATGCAGGAAACAGC 2580 2076 ACAAGTTCCTGAATCCACCAGACCACTTCTAAGGCAAATTGAAGCCATGCAGGAAACAGC 2135 692 --Q--V--P--E--S--T--R--P--L--L--R--Q--I--E--A--M--Q--E--T--A 712 2581 TGCTCGAAGGGCAGAGGCTTGGGCTGGTGTAGAGAGAACCTTAAACTCTCGACTTCAGGA 2640 2136 TGCTCGAAGGGCAGAGGCTTGGGCTGGTGTAGAGAGAACCTTAAACTCTCGACTTCAGGA 2195 712 --A--R--R--A--E--A--W--A--G--V--E--R--T--L--N--S--R--L--Q--E 732 2641 AGCAGAAGCAAAAGCTGCTGCTGCAGAAGAAAAGGAACGGTCTGTAAATGAACGTTTGTC 2700 2196 AGCAGAAGCAAAAGCTGCTGCTGCAGAAGAAAAGGAACGGTCTGTAAATGAACGTTTGTC 2255 732 --A--E--A--K--A--A--A--A--E--E--K--E--R--S--V--N--E--R--L--S 752 2701 TCAAAGCTCATCCCGGATAACTGTTCTAGAGACCCAGATTACAATTCTTAGAACAGAGCA 2760 2256 TCAAAGCTCATCCCGGATAACTGTTCTAGAGACCCAGATTACAATTCTTAGAACAGAGCA 2315 752 --Q--S--S--S--R--I--T--V--L--E--T--Q--I--T--I--L--R--T--E--Q 772 2761 GACACAGCTGAGTCGATCTCTTGAAAAAGAGAGGCAGAGAGCATCCGAAAGTAGACAGGA 2820 2316 GACACAGCTGAGTCGATCTCTTGAAAAAGAGAGGCAGAGAGCATCCGAAAGTAGACAGGA 2375 772 --T--Q--L--S--R--S--L--E--K--E--R--Q--R--A--S--E--S--R--Q--E 792 2821 GTACCTGGCAATTAAGGAGGAGGCGGCAATGCAAGAAGGACGGGCGAAACAGCTTGAAGA 2880 2376 GTACCTGGCAATTAAGGAGGAGGCGGCAATGCAAGAAGGACGGGCGAAACAGCTTGAAGA 2435 792 --Y--L--A--I--K--E--E--A--A--M--Q--E--G--R--A--K--Q--L--E--E 812 2881 AGAAATAAAGGAGCTTCGTACTAGGCACAAAAAGGAGCTGCAAGATGCAGCAGAACACAG 2940 2436 AGAAATAAAGGAGCTTCGTACTAGGCACAAAAAGGAGCTGCAAGATGCAGCAGAACACAG 2495 812 --E--I--K--E--L--R--T--R--H--K--K--E--L--Q--D--A--A--E--H--R 832 2941 GGAGCTGCTTGAGAAGGACCTTGAAAGAGAAAAGGCTGCCAGGGCAGAGCTTGAGAAAAC 3000 2496 GGAGCTGCTTGAGAAGGACCTTGAAAGAGAAAAGGCTGCCAGGGCAGAGCTTGAGAAAAC 2555 832 --E--L--L--E--K--D--L--E--R--E--K--A--A--R--A--E--L--E--K--T 852 3001 ATCTTCCCGTGATGCACCAAAAATTCCGCTTCCAGATCAGACAAGAAATGCTCCTCTCAG 3060 2556 ATCTTCCCGTGATGCACCAAAAATTCCGCTTCCAGATCAGACAAGAAATGCTCCTCTCAG 2615 852 --S--S--R--D--A--P--K--I--P--L--P--D--Q--T--R--N--A--P--L--R 872 3061 AAAGCTCTCTAGTTCTGGCAGTATCAATAGTCTGGAAGAAAGCCATTTCCTTCAAGCATC 3120 2616 AAAGCTCTCTAGTTCTGGCAGTATCAATAGTCTGGAAGAAAGCCATTTCCTTCAAGCATC 2675 872 --K--L--S--S--S--G--S--I--N--S--L--E--E--S--H--F--L--Q--A--S 892 3121 ATTAGATTTGTCAGACAACGCTTCATTAGAGAGGAGAATGTCTGCTGAAAGTAATATGTC 3180 2676 ATTAGATTTGTCAGACAACGCTTCATTAGAGAGGAGAATGTCTGCTGAAAGTAATATGTC 2735 892 --L--D--L--S--D--N--A--S--L--E--R--R--M--S--A--E--S--N--M--S 912 3181 GTATTATCTTCGGAGCATGACTCCAAGTGCTTTTGAATCAGCACTCCGTCAGAAAGATGG 3240 2736 GTATTATCTTCGGAGCATGACTCCAAGTGCTTTTGAATCAGCACTCCGTCAGAAAGATGG 2795 912 --Y--Y--L--R--S--M--T--P--S--A--F--E--S--A--L--R--Q--K--D--G 932 3241 AGAGCTAGCTTCTTACACATCGCGTTTGGCCTCATTAGAATCTATTCGGAATTCTCTGGC 3300 2796 AGAGCTAGCTTCTTACACATCGCGTTTGGCCTCATTAGAATCTATTCGGAATTCTCTGGC 2855 932 --E--L--A--S--Y--T--S--R--L--A--S--L--E--S--I--R--N--S--L--A 952 3301 AGAGGAGTTGGTGAAAATGACTGAACAGTGTGAGAAGTTGCGTACCGAGGCTTCTGCTCT 3360 2856 AGAGGAGTTGGTGAAAATGACTGAACAGTGTGAGAAGTTGCGTACCGAGGCTTCTGCTCT 2915 952 --E--E--L--V--K--M--T--E--Q--C--E--K--L--R--T--E--A--S--A--L 972 3361 GCCTGGTTTAAGGGCTGAGCTGGAAGCTTTGAAACAAAGACACTTTCAAGCTCTAGAACT 3420 2916 GCCTGGTTTAAGGGCTGAGCTGGAAGCTTTGAAACAAAGACACTTTCAAGCTCTAGAACT 2975 972 --P--G--L--R--A--E--L--E--A--L--K--Q--R--H--F--Q--A--L--E--L 992 3421 AATGGGGGAACGTGATGAAGAGTTGGAAGAGCTAAGAAATGACATTGTTGACCTAAAAGA 3480 2976 AATGGGGGAACGTGATGAAGAGTTGGAAGAGCTAAGAAATGACATTGTTGACCTAAAAGA 3035 992 --M--G--E--R--D--E--E--L--E--E--L--R--N--D--I--V--D--L--K--E 1012 3481 GATGTACAGAGAACAAGTGGATCTTCTTGTTAGCCAGCTCCAATCTTTGGGTGCTCGTGT 3540 3036 GATGTACAGAGAACAAGTGGATCTTCTTGTTAGCCAGCTCCAATCTTTGGGTGCTCGTGT 3095 1012 --M--Y--R--E--Q--V--D--L--L--V--S--Q--L--Q--S--L--G--A--R--V 1032 3541 ATAGTGCTGCTGTATGTCAGTATGTAGCTTCGGCTGCCATCCATTTTTTTTTCGCATCGC 3600 3096 ATAG........................................................ 3099 --*-........................................................ 1032 3601 GCTAATCTACTAAGCCCCATACAGCAGATCTGAAGCTTGGCGTGTTTCTTCGAAATTCAA 3660 ............................................................ ............................................................ 3661 GCCGTGACAAATACCGAAAGTTCATAGCCATACCAGTGTGAAAATATTCGTTTTTGTACA 3720 ............................................................ ............................................................ 3721 TCTTGAAGCACAAGTCTTTTTGGACAGTTGAGCACCCTTGTTTAATTTAGTAGGTTACTC 3780 ............................................................ ............................................................ 3781 TGTTGTATACTAGTTTGGATAGCTTTACGGTTTTTAAGCCTATTGTTTGCAATTCTTTCC 3840 ............................................................ ............................................................ 3841 AGTGAAGTGTATCAAATTTGTAATTCGATTAAAAGTGTATCACAGCGGAATGCAACCCCA 3900 ............................................................ ............................................................ 3901 ATAATATGAGAGCTCGTTTTTGTCATTTTCCTCAGGTTCGACC 3943 ........................................... ...........................................
.
.
Ensembl Plants release 62 - September 2025 © EMBL-EBI EMBL-EBI
.
.
![[RSS logo]](/i/rss_icon_16.png "Ensembl blog"){kind=icon}
![[twitter logo]](/i/twitter.png "Follow us on Twitter!")
