Oryza sativa Japonica Group (IRGSP-1.0)
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About this transcript

This transcript has 1 exon, is annotated with 26 domains and features and is associated with 81 variant alleles.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
OsWD40-62-201Os03t0145600-011423427aa
 
Protein coding
A3AE27 Q8H033 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • 3 prime UTR
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Other
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     1 AAGTCCCAACCACGACGATGGCGGCGGTGCAGCTCCTTCCCCTTCCTCCCGCCGCCCCTC     60
       .................ATGGCGGCGGTGCAGCTCCTTCCCCTTCCTCCCGCCGCCCCTC     43
       .................-M--A--A--V--Q--L--L--P--L--P--P--A--A--P--     14

                                                                          
    61 CTCAGCCGCGCCGCGGCAAACCTGGTTGCTGGAACACGCCGCCAGCGCCGCCGAAGGTTT    120
    44 CTCAGCCGCGCCGCGGCAAACCTGGTTGCTGGAACACGCCGCCAGCGCCGCCGAAGGTTT    103
    15 P--Q--P--R--R--G--K--P--G--C--W--N--T--P--P--A--P--P--K--V--     34

                                                                          
   121 GCCACTACTGGAAGTCCGGCAGGTGCAGCCGGAACCCCTGCCGATTCCTCCACACCGACG    180
   104 GCCACTACTGGAAGTCCGGCAGGTGCAGCCGGAACCCCTGCCGATTCCTCCACACCGACG    163
    35 C--H--Y--W--K--S--G--R--C--S--R--N--P--C--R--F--L--H--T--D--     54

                                       M                                  
   181 CGCCTGATCCGGCGCCGCCGATCGCCGCCGTCAACACGCGCAGCAACACGTGGGTCAACC    240
   164 CGCCTGATCCGGCGCCGCCGATCGCCGCCGTCAACACGCGCAGCAACACGTGGGTCAACC    223
    55 A--P--D--P--A--P--P--I--A--A--V--N--T--R--S--N--T--W--V--N--     74

                                                                          
   241 CGTCCTGCGTCGCCGCGAATTCGGATGGCAAGGGTAGGGCTCCTCCGGTTCAGCCGGCGA    300
   224 CGTCCTGCGTCGCCGCGAATTCGGATGGCAAGGGTAGGGCTCCTCCGGTTCAGCCGGCGA    283
    75 P--S--C--V--A--A--N--S--D--G--K--G--R--A--P--P--V--Q--P--A--     94

                                                                          
   301 AGCGGCAGGTTGAGGCGCCGCCGGAAACGCCTGCCAAGCGCCGATGCGGCGGCGGCGCGT    360
   284 AGCGGCAGGTTGAGGCGCCGCCGGAAACGCCTGCCAAGCGCCGATGCGGCGGCGGCGCGT    343
    95 K--R--Q--V--E--A--P--P--E--T--P--A--K--R--R--C--G--G--G--A--    114

                                                                          
   361 GGTGCGTCGGCGACGGCTTCTGCGGCGTCGCGCGGCTCAAGGGTCACGCCAAGGCGGTCA    420
   344 GGTGCGTCGGCGACGGCTTCTGCGGCGTCGCGCGGCTCAAGGGTCACGCCAAGGCGGTCA    403
   115 W--C--V--G--D--G--F--C--G--V--A--R--L--K--G--H--A--K--A--V--    134

                                                            R             
   421 CCGGCTTCGCGCTGCCGGAAGGGTCGGACAAGCTGTTCTCCGGCAGCCTGGACAGCACGG    480
   404 CCGGCTTCGCGCTGCCGGAAGGGTCGGACAAGCTGTTCTCCGGCAGCCTGGACAGCACGG    463
   135 T--G--F--A--L--P--E--G--S--D--K--L--F--S--G--S--L--D--S--T--    154

                            S                                             
   481 TGCGCGCCTGGGACTGCAGCACCGGGCAGTGCGTCCGCGTCGAGGAGATGCAAGAAGGGG    540
   464 TGCGCGCCTGGGACTGCAGCACCGGGCAGTGCGTCCGCGTCGAGGAGATGCAAGAAGGGG    523
   155 V--R--A--W--D--C--S--T--G--Q--C--V--R--V--E--E--M--Q--E--G--    174

                                                                          
   541 AGGTGCACAAGCTGATCGCCATGGGCCCGTGGGTCCTCGCCGGCGTGCGCGGCGCCGTCA    600
   524 AGGTGCACAAGCTGATCGCCATGGGCCCGTGGGTCCTCGCCGGCGTGCGCGGCGCCGTCA    583
   175 E--V--H--K--L--I--A--M--G--P--W--V--L--A--G--V--R--G--A--V--    194

                                                                          
   601 AGGCGATCCACACGGGGACCGGCAAGGAGCTCCGGCTGCGAGGGCCCGCGTCGCAGATCA    660
   584 AGGCGATCCACACGGGGACCGGCAAGGAGCTCCGGCTGCGAGGGCCCGCGTCGCAGATCA    643
   195 K--A--I--H--T--G--T--G--K--E--L--R--L--R--G--P--A--S--Q--I--    214

                                                           Y              
   661 CCGCCATGCTAGCCGAGGACGAGGACCACCTCTTCGCCGGCGCGGAGGACGGTGCCGTGT    720
   644 CCGCCATGCTAGCCGAGGACGAGGACCACCTCTTCGCCGGCGCGGAGGACGGTGCCGTGT    703
   215 T--A--M--L--A--E--D--E--D--H--L--F--A--G--A--E--D--G--A--V--    234

                                                         Y                
   721 TCATGTGGAGGATGAACCAAGAACAGCAATCGTTCGACGAGGTCGCCGCGCTCACCGGCC    780
   704 TCATGTGGAGGATGAACCAAGAACAGCAATCGTTCGACGAGGTCGCCGCGCTCACCGGCC    763
   235 F--M--W--R--M--N--Q--E--Q--Q--S--F--D--E--V--A--A--L--T--G--    254

                                                                          
   781 ACTACAAGGCCGTCGTGTCGCTCGCGCAGGGCAAGGGCGCGCTCTACTCCGGCTCAACAG    840
   764 ACTACAAGGCCGTCGTGTCGCTCGCGCAGGGCAAGGGCGCGCTCTACTCCGGCTCAACAG    823
   255 H--Y--K--A--V--V--S--L--A--Q--G--K--G--A--L--Y--S--G--S--T--    274

                                                                          
   841 ACGGCAGCATCAGGGTCTGGGACCTCGACACCCACCGCTGCATCTACAGCTTCGCCGGCC    900
   824 ACGGCAGCATCAGGGTCTGGGACCTCGACACCCACCGCTGCATCTACAGCTTCGCCGGCC    883
   275 D--G--S--I--R--V--W--D--L--D--T--H--R--C--I--Y--S--F--A--G--    294

                                                                          
   901 ACTCGTCGACGGTCACCGCATTGCTCTGCTGGGAGCGGTTCTTGCTCTCCTCGTCCGACG    960
   884 ACTCGTCGACGGTCACCGCATTGCTCTGCTGGGAGCGGTTCTTGCTCTCCTCGTCCGACG    943
   295 H--S--S--T--V--T--A--L--L--C--W--E--R--F--L--L--S--S--S--D--    314

                   R         R    R                                       
   961 ATGGCACCGTGAAGGTCTGGCAGTGGAAGCCTGATCACGACGACCTCGACCTCGAGGTGC   1020
   944 ATGGCACCGTGAAGGTCTGGCAGTGGAAGCCTGATCACGACGACCTCGACCTCGAGGTGC   1003
   315 D--G--T--V--K--V--W--Q--W--K--P--D--H--D--D--L--D--L--E--V--    334

                                   Y                                      
  1021 ACTACACCCACAAGGAAGACGAACGGGTCGTTTCCATGGACGGAACGTACGACGCCGACG   1080
  1004 ACTACACCCACAAGGAAGACGAACGGGTCGTTTCCATGGACGGAACGTACGACGCCGACG   1063
   335 H--Y--T--H--K--E--D--E--R--V--V--S--M--D--G--T--Y--D--A--D--    354

                       K  S  S        Y            R        M             
  1081 AGAAGCCCGTGCTGCTTGTCTCCCGCGGCGATGGCGTTGTCCGTGTCTACGATCTCCCGT   1140
  1064 AGAAGCCCGTGCTGCTTGTCTCCCGCGGCGATGGCGTTGTCCGTGTCTACGATCTCCCGT   1123
   355 E--K--P--V--L--L--V--S--R--G--D--G--V--V--R--V--Y--D--L--P--    374

                              MK                                          
  1141 CGCTGAAGAAGAGAGGGGATATTATCTGCGACGACGAGGTCAGGACGATATCCGTCAGGT   1200
  1124 CGCTGAAGAAGAGAGGGGATATTATCTGCGACGACGAGGTCAGGACGATATCCGTCAGGT   1183
   375 S--L--K--K--R--G--D--I--I--C--D--D--E--V--R--T--I--S--V--R--    394

        K                                               RR                
  1201 CGCGCGGCGTCGTCTTCACCGGAGATGCGTCCGGCGAGGTCAGAGTGGTGAAGTGGACAT   1260
  1184 CGCGCGGCGTCGTCTTCACCGGAGATGCGTCCGGCGAGGTCAGAGTGGTGAAGTGGACAT   1243
   395 S--R--G--V--V--F--T--G--D--A--S--G--E--V--R--V--V--K--W--T--    414

            R        R R   * *  *      R  RY   W  * *                     
  1261 CACTGAGTGATGCAGCAGAGTCTTATTTAGCTATGGCCTGAATTAGTTTTGATTTAAGAG   1320
  1244 CACTGAGTGATGCAGCAGAGTCTTATTTAGCTATGGCCTGA...................   1284
   415 S--L--S--D--A--A--E--S--Y--L--A--M--A--*-...................    427

               SS  R                       Y  R     Y     R   *           
  1321 AACCATCAGCCAATTTTTGCTTTGTGGTCTTGTGATTCAGTACTCCGATGTATGTAGTGT   1380
       ............................................................       
       ............................................................       

        ** WWY  WS       WK     K   M                                     
  1381 ACACAACGTTGTAAACAGTGGAACCGCTACGCGGCTTGTGAAT                    1423
       ...........................................                        
       ...........................................