Oryza rufipogon (OR_W1943)
Location
About this transcript

This transcript has 20 exons, is annotated with 12 domains and features and maps to 52 oligo probes.

Gene
Show/hide columns (1 hidden)
  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI12G21730.12844947aa
 
Protein coding
A0A0E0RKA6 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGAACGTGTTCGCGGGGGTGGGCGGGGGCGCGGCGGGGAAGGAGGCGGGGACGGTGGGC     60
     1 ATGAACGTGTTCGCGGGGGTGGGCGGGGGCGCGGCGGGGAAGGAGGCGGGGACGGTGGGC     60
     1 -M--N--V--F--A--G--V--G--G--G--A--A--G--K--E--A--G--T--V--G-     20

                                                                          
    61 GGCGGGGCGCTGCTGGAGCTGACGCCGCACAAGCTGGCGCTGTGCCACCTCGTGCAGGTG    120
    61 GGCGGGGCGCTGCTGGAGCTGACGCCGCACAAGCTGGCGCTGTGCCACCTCGTGCAGGTG    120
    21 -G--G--A--L--L--E--L--T--P--H--K--L--A--L--C--H--L--V--Q--V-     40

                                                                          
   121 TTCGCGCCGCCGCCGCAGGCCGGGGTCTCGGCCCCCGCGCTGCCCTTCCCCTTCGAGTCC    180
   121 TTCGCGCCGCCGCCGCAGGCCGGGGTCTCGGCCCCCGCGCTGCCCTTCCCCTTCGAGTCC    180
    41 -F--A--P--P--P--Q--A--G--V--S--A--P--A--L--P--F--P--F--E--S-     60

                                                                          
   181 GTCGCCCACCACAACCGCCTCGGCCTCTTCCTCTTCGCCCTCACCCGCTCGTGCGAGGAT    240
   181 GTCGCCCACCACAACCGCCTCGGCCTCTTCCTCTTCGCCCTCACCCGCTCGTGCGAGGAT    240
    61 -V--A--H--H--N--R--L--G--L--F--L--F--A--L--T--R--S--C--E--D-     80

                                                                          
   241 TTTCGGGAACCTCCACTGGAAGAGCTTCTAAGGCAGCTGAAGGCAGTTGATGCTTTGGTT    300
   241 TTTCGGGAACCTCCACTGGAAGAGCTTCTAAGGCAGCTGAAGGCAGTTGATGCTTTGGTT    300
    81 -F--R--E--P--P--L--E--E--L--L--R--Q--L--K--A--V--D--A--L--V-    100

                                                                          
   301 AATGGCTGGCTCTGTGAGCAGCTTACAAGTACCCTTTCAGCGCTTACTTCACCGGATGAT    360
   301 AATGGCTGGCTCTGTGAGCAGCTTACAAGTACCCTTTCAGCGCTTACTTCACCGGATGAT    360
   101 -N--G--W--L--C--E--Q--L--T--S--T--L--S--A--L--T--S--P--D--D-    120

                                                                          
   361 CTGTTCAACTTCTTTGATAAGCTACGAGGCGTTCTGTCTGCGCCAGAAGGTGCAAATGTG    420
   361 CTGTTCAACTTCTTTGATAAGCTACGAGGCGTTCTGTCTGCGCCAGAAGGTGCAAATGTG    420
   121 -L--F--N--F--F--D--K--L--R--G--V--L--S--A--P--E--G--A--N--V-    140

                                                                          
   421 GAAGACGAATTTCTGGATCCAAATAGTCAGCTTGGAGTTTTTCTTCGTTGCTGTATACTT    480
   421 GAAGACGAATTTCTGGATCCAAATAGTCAGCTTGGAGTTTTTCTTCGTTGCTGTATACTT    480
   141 -E--D--E--F--L--D--P--N--S--Q--L--G--V--F--L--R--C--C--I--L-    160

                                                                          
   481 TCCTTCAATACAATGACCTTTGAGGGTGTCTGCCATCTTTTGGCAAATCTTGTGGAGTAT    540
   481 TCCTTCAATACAATGACCTTTGAGGGTGTCTGCCATCTTTTGGCAAATCTTGTGGAGTAT    540
   161 -S--F--N--T--M--T--F--E--G--V--C--H--L--L--A--N--L--V--E--Y-    180

                                                                          
   541 TGTAACTCCGCTGACACCTCATACGACTTGGCAGAAGATGAGGACTTCAACAGTGAAATG    600
   541 TGTAACTCCGCTGACACCTCATACGACTTGGCAGAAGATGAGGACTTCAACAGTGAAATG    600
   181 -C--N--S--A--D--T--S--Y--D--L--A--E--D--E--D--F--N--S--E--M-    200

                                                                          
   601 GAAATGAGCAACTTCATGGATACAAATATGCATGTTAGAGATGGTGTATTTGACAAATAC    660
   601 GAAATGAGCAACTTCATGGATACAAATATGCATGTTAGAGATGGTGTATTTGACAAATAC    660
   201 -E--M--S--N--F--M--D--T--N--M--H--V--R--D--G--V--F--D--K--Y-    220

                                                                          
   661 AATCAAGGTTATGCCCCTAGGAGCCATATGGTAGACAGCTCGTCATCTCTAGTACATGCT    720
   661 AATCAAGGTTATGCCCCTAGGAGCCATATGGTAGACAGCTCGTCATCTCTAGTACATGCT    720
   221 -N--Q--G--Y--A--P--R--S--H--M--V--D--S--S--S--S--L--V--H--A-    240

                                                                          
   721 CCAGCCTCACTCCATGATTTTGAGGAAGCTAATATGTTCAAGGCAGATGATAACCTGGGT    780
   721 CCAGCCTCACTCCATGATTTTGAGGAAGCTAATATGTTCAAGGCAGATGATAACCTGGGT    780
   241 -P--A--S--L--H--D--F--E--E--A--N--M--F--K--A--D--D--N--L--G-    260

                                                                          
   781 CCAACTTGTCTGAGGTCAAGATGGCAATTAGAGGCATATCTTAACCAACAAGCTGATATT    840
   781 CCAACTTGTCTGAGGTCAAGATGGCAATTAGAGGCATATCTTAACCAACAAGCTGATATT    840
   261 -P--T--C--L--R--S--R--W--Q--L--E--A--Y--L--N--Q--Q--A--D--I-    280

                                                                          
   841 CTTGAGAAGGATCCTAGTTCGGTGCCTTTGAATTCATTTAATGCTACTATGAGTCAACTT    900
   841 CTTGAGAAGGATCCTAGTTCGGTGCCTTTGAATTCATTTAATGCTACTATGAGTCAACTT    900
   281 -L--E--K--D--P--S--S--V--P--L--N--S--F--N--A--T--M--S--Q--L-    300

                                                                          
   901 CAGAAATTAGCTCCAGAGCTCCATCGTAATTGTGAAGAGTTCCTTGTCACAATGGTTTAT    960
   901 CAGAAATTAGCTCCAGAGCTCCATCGTAATTGTGAAGAGTTCCTTGTCACAATGGTTTAT    960
   301 -Q--K--L--A--P--E--L--H--R--N--C--E--E--F--L--V--T--M--V--Y-    320

                                                                          
   961 TTTGATCTATATTCTACCTGTCAGGTCCAATTTTTGCAGTATTTGAATGCTCTTACCCAT   1020
   961 TTTGATCTATATTCTACCTGTCAGGTCCAATTTTTGCAGTATTTGAATGCTCTTACCCAT   1020
   321 -F--D--L--Y--S--T--C--Q--V--Q--F--L--Q--Y--L--N--A--L--T--H-    340

                                                                          
  1021 GATGACTACGTTGCTGCATTAGATAATCTTCACCGCTATTTTGATTACAGTGCAGGGATG   1080
  1021 GATGACTACGTTGCTGCATTAGATAATCTTCACCGCTATTTTGATTACAGTGCAGGGATG   1080
   341 -D--D--Y--V--A--A--L--D--N--L--H--R--Y--F--D--Y--S--A--G--M-    360

                                                                          
  1081 CAAGGACTTTTCAGTCGTACCGCGTCTCCATTCCAAGATATTATAGTTGGGAAGTATGAG   1140
  1081 CAAGGACTTTTCAGTCGTACCGCGTCTCCATTCCAAGATATTATAGTTGGGAAGTATGAG   1140
   361 -Q--G--L--F--S--R--T--A--S--P--F--Q--D--I--I--V--G--K--Y--E-    380

                                                                          
  1141 AGTGCTTTGCTCTGCTTAGGTAACTTGCACTGTTATTTTGGACATCCGAAGAAAGCCTTA   1200
  1141 AGTGCTTTGCTCTGCTTAGGTAACTTGCACTGTTATTTTGGACATCCGAAGAAAGCCTTA   1200
   381 -S--A--L--L--C--L--G--N--L--H--C--Y--F--G--H--P--K--K--A--L-    400

                                                                          
  1201 GAGGCATTCACAGAAGCAGTGCGTGTTTCCCAAATGAACAATGATGATTCATGCCTGGCC   1260
  1201 GAGGCATTCACAGAAGCAGTGCGTGTTTCCCAAATGAACAATGATGATTCATGCCTGGCC   1260
   401 -E--A--F--T--E--A--V--R--V--S--Q--M--N--N--D--D--S--C--L--A-    420

                                                                          
  1261 TATATATTAGGAGCTATTTCCAATCTGTTATCAAAGATAGGCATGTCAAGCACAGTTGGA   1320
  1261 TATATATTAGGAGCTATTTCCAATCTGTTATCAAAGATAGGCATGTCAAGCACAGTTGGA   1320
   421 -Y--I--L--G--A--I--S--N--L--L--S--K--I--G--M--S--S--T--V--G-    440

                                                                          
  1321 ACAATTGGTTCTCCTTATTCACTTGGAAATAACATCGGATTAGGCACACCGCTGTCCATT   1380
  1321 ACAATTGGTTCTCCTTATTCACTTGGAAATAACATCGGATTAGGCACACCGCTGTCCATT   1380
   441 -T--I--G--S--P--Y--S--L--G--N--N--I--G--L--G--T--P--L--S--I-    460

                                                                          
  1381 CAGCAACAGCTGCTTGTTCTTTTAAAGAGATCACTTAAGCGAGCTGATACCTTGAAACTT   1440
  1381 CAGCAACAGCTGCTTGTTCTTTTAAAGAGATCACTTAAGCGAGCTGATACCTTGAAACTT   1440
   461 -Q--Q--Q--L--L--V--L--L--K--R--S--L--K--R--A--D--T--L--K--L-    480

                                                                          
  1441 ACAAGCTTGCTGTCCTTTGATCACCTTTCTCTTGCAAAATTTGATCTGAAGCATGTCCAA   1500
  1441 ACAAGCTTGCTGTCCTTTGATCACCTTTCTCTTGCAAAATTTGATCTGAAGCATGTCCAA   1500
   481 -T--S--L--L--S--F--D--H--L--S--L--A--K--F--D--L--K--H--V--Q-    500

                                                                          
  1501 AGGCCTCTGGTGTCCTTTGGCCCTAATGCTTCCACAAAGCTTAGAACATGTCCTGCAGAT   1560
  1501 AGGCCTCTGGTGTCCTTTGGCCCTAATGCTTCCACAAAGCTTAGAACATGTCCTGCAGAT   1560
   501 -R--P--L--V--S--F--G--P--N--A--S--T--K--L--R--T--C--P--A--D-    520

                                                                          
  1561 GTCTGCAAGAATTTGAGATTAAGTTCACGTGTGTTGACTGACTTTGGCACAGATGGCTTA   1620
  1561 GTCTGCAAGAATTTGAGATTAAGTTCACGTGTGTTGACTGACTTTGGCACAGATGGCTTA   1620
   521 -V--C--K--N--L--R--L--S--S--R--V--L--T--D--F--G--T--D--G--L-    540

                                                                          
  1621 TCAGCATCAAATGATAATGGTAGTTTTAGTACTTCATGGCTTAGGAATCTGTCTGCTGCT   1680
  1621 TCAGCATCAAATGATAATGGTAGTTTTAGTACTTCATGGCTTAGGAATCTGTCTGCTGCT   1680
   541 -S--A--S--N--D--N--G--S--F--S--T--S--W--L--R--N--L--S--A--A-    560

                                                                          
  1681 TCTAATTCTTGGTGTAGCAGCTCGAAAAAATCTGGAAAACTACTTACGAATGACTTCGAC   1740
  1681 TCTAATTCTTGGTGTAGCAGCTCGAAAAAATCTGGAAAACTACTTACGAATGACTTCGAC   1740
   561 -S--N--S--W--C--S--S--S--K--K--S--G--K--L--L--T--N--D--F--D-    580

                                                                          
  1741 AATTTCCATTTTCATGCACAACCAAGTCCTATACCTGCATCAGTATTGCAATTAGCTGGC   1800
  1741 AATTTCCATTTTCATGCACAACCAAGTCCTATACCTGCATCAGTATTGCAATTAGCTGGC   1800
   581 -N--F--H--F--H--A--Q--P--S--P--I--P--A--S--V--L--Q--L--A--G-    600

                                                                          
  1801 TCAGCTTATTTGCTGAGGGCCACTGCTTGGGAACACTACGGGAGTGCTCCGATGGTTCGA   1860
  1801 TCAGCTTATTTGCTGAGGGCCACTGCTTGGGAACACTACGGGAGTGCTCCGATGGTTCGA   1860
   601 -S--A--Y--L--L--R--A--T--A--W--E--H--Y--G--S--A--P--M--V--R-    620

                                                                          
  1861 ATGAATTCGTTGGTCTATGCAACCTGCTTTGCTGATGCTGCAAGTTCATCAGAGCTGTCG   1920
  1861 ATGAATTCGTTGGTCTATGCAACCTGCTTTGCTGATGCTGCAAGTTCATCAGAGCTGTCG   1920
   621 -M--N--S--L--V--Y--A--T--C--F--A--D--A--A--S--S--S--E--L--S-    640

                                                                          
  1921 CTAGCATATGTCAAGCTAATTCAGCATTTAGCAACTTTCAAAGGGTATTCAGCGGCATTC   1980
  1921 CTAGCATATGTCAAGCTAATTCAGCATTTAGCAACTTTCAAAGGGTATTCAGCGGCATTC   1980
   641 -L--A--Y--V--K--L--I--Q--H--L--A--T--F--K--G--Y--S--A--A--F-    660

                                                                          
  1981 TCTGCTCTCAAGCTTGCTGAAGAGAAGTTCCCGTTGTCAGCAAATTCACATATCCAGCTT   2040
  1981 TCTGCTCTCAAGCTTGCTGAAGAGAAGTTCCCGTTGTCAGCAAATTCACATATCCAGCTT   2040
   661 -S--A--L--K--L--A--E--E--K--F--P--L--S--A--N--S--H--I--Q--L-    680

                                                                          
  2041 CTTAAAATGCAATTATTGCACGAGCGTGCTCTGCATCGAGGACACCTGAAAGTTGCGCAA   2100
  2041 CTTAAAATGCAATTATTGCACGAGCGTGCTCTGCATCGAGGACACCTGAAAGTTGCGCAA   2100
   681 -L--K--M--Q--L--L--H--E--R--A--L--H--R--G--H--L--K--V--A--Q-    700

                                                                          
  2101 CAGATCTGTGATGAGTTTGCTGTGTTGTCATCTTCTGTTAGTGGAGTCGACATTGAGCTG   2160
  2101 CAGATCTGTGATGAGTTTGCTGTGTTGTCATCTTCTGTTAGTGGAGTCGACATTGAGCTG   2160
   701 -Q--I--C--D--E--F--A--V--L--S--S--S--V--S--G--V--D--I--E--L-    720

                                                                          
  2161 AAGACAGAAGCTAGGTTACGGCATGCTCGCACGCTTCTTGCCGCAAAACAATTTAGTCAG   2220
  2161 AAGACAGAAGCTAGGTTACGGCATGCTCGCACGCTTCTTGCCGCAAAACAATTTAGTCAG   2220
   721 -K--T--E--A--R--L--R--H--A--R--T--L--L--A--A--K--Q--F--S--Q-    740

                                                                          
  2221 GCAGCAAATGTGGCAAATTCTCTTTTCTCTACTTGCTACAAGTACAACATGCAGGTGGAG   2280
  2221 GCAGCAAATGTGGCAAATTCTCTTTTCTCTACTTGCTACAAGTACAACATGCAGGTGGAG   2280
   741 -A--A--N--V--A--N--S--L--F--S--T--C--Y--K--Y--N--M--Q--V--E-    760

                                                                          
  2281 AATGCAAGTGTTCTTTTATTACTTGCAGAGATACAGAAAAATTCTGACAATGCAGTCCTT   2340
  2281 AATGCAAGTGTTCTTTTATTACTTGCAGAGATACAGAAAAATTCTGACAATGCAGTCCTT   2340
   761 -N--A--S--V--L--L--L--L--A--E--I--Q--K--N--S--D--N--A--V--L-    780

                                                                          
  2341 GGGCTTCCTTACGCATTAGCTAGTCAATCATTCTGCAAATCATTTAACTTAGATCTGCTT   2400
  2341 GGGCTTCCTTACGCATTAGCTAGTCAATCATTCTGCAAATCATTTAACTTAGATCTGCTT   2400
   781 -G--L--P--Y--A--L--A--S--Q--S--F--C--K--S--F--N--L--D--L--L-    800

                                                                          
  2401 GAAGCCTCGGCTACACTAACTCTTACTGAATTATGGCTGGCTCTTGGATCAACCCATGCA   2460
  2401 GAAGCCTCGGCTACACTAACTCTTACTGAATTATGGCTGGCTCTTGGATCAACCCATGCA   2460
   801 -E--A--S--A--T--L--T--L--T--E--L--W--L--A--L--G--S--T--H--A-    820

                                                                          
  2461 AAGAGGGCCTTGAGTCTTGTTTGCCAAAGCCTTCCAATGATCCTTGGTCATGGTGGACTT   2520
  2461 AAGAGGGCCTTGAGTCTTGTTTGCCAAAGCCTTCCAATGATCCTTGGTCATGGTGGACTT   2520
   821 -K--R--A--L--S--L--V--C--Q--S--L--P--M--I--L--G--H--G--G--L-    840

                                                                          
  2521 GAGCTGCGCGCTCGAGCTCACATAGTTCTTGCAAAATGCTATCTGTCCGATCCAAAATTC   2580
  2521 GAGCTGCGCGCTCGAGCTCACATAGTTCTTGCAAAATGCTATCTGTCCGATCCAAAATTC   2580
   841 -E--L--R--A--R--A--H--I--V--L--A--K--C--Y--L--S--D--P--K--F-    860

                                                                          
  2581 TCAGAAAAACCGGTTCCCCTTTGTCCTTTCATCATGGCAGTTTCCGAAGACCCTTCTGCT   2640
  2581 TCAGAAAAACCGGTTCCCCTTTGTCCTTTCATCATGGCAGTTTCCGAAGACCCTTCTGCT   2640
   861 -S--E--K--P--V--P--L--C--P--F--I--M--A--V--S--E--D--P--S--A-    880

                                                                          
  2641 GTTCTAGATCCTCTGAACCAAGCTGCGGAAGATCTGGAGGTTTTGGAGTACCACGAAATG   2700
  2641 GTTCTAGATCCTCTGAACCAAGCTGCGGAAGATCTGGAGGTTTTGGAGTACCACGAAATG   2700
   881 -V--L--D--P--L--N--Q--A--A--E--D--L--E--V--L--E--Y--H--E--M-    900

                                                                          
  2701 GCGGCAGAAGCATACTACCTAAAGGCAATGGTCTACAACAATCTAGGAAAACTGGATGAG   2760
  2701 GCGGCAGAAGCATACTACCTAAAGGCAATGGTCTACAACAATCTAGGAAAACTGGATGAG   2760
   901 -A--A--E--A--Y--Y--L--K--A--M--V--Y--N--N--L--G--K--L--D--E-    920

                                                                          
  2761 AGGGAGGAAGCTGCAGCTTCTTTCAAGGAGCACACACTCGCCCTTGAAAACCCATATAAC   2820
  2761 AGGGAGGAAGCTGCAGCTTCTTTCAAGGAGCACACACTCGCCCTTGAAAACCCATATAAC   2820
   921 -R--E--E--A--A--A--S--F--K--E--H--T--L--A--L--E--N--P--Y--N-    940

                                                                          
  2821 GAAGAGGATTCACTTGCTTGCTGA                                       2844
  2821 GAAGAGGATTCACTTGCTTGCTGA                                       2844
   941 -E--E--D--S--L--A--C--*-                                        947