Oryza rufipogon (OR_W1943)
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About this transcript

This transcript has 8 exons, is annotated with 18 domains and features and maps to 38 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI11G18300.11139378aa
 
Protein coding
A0A0E0R9T7 Ensembl Canonical
-ORUFI11G18300.21107368aa
 
Protein coding
A0A0E0R9T8 -
Variants
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Markup
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     1 ATGGCGGCGGCGGCGGAGGCGGAGGAGGAGGTGCGGCAGGAGGTGGAGGCGGTGGCGTCG     60
     1 ATGGCGGCGGCGGCGGAGGCGGAGGAGGAGGTGCGGCAGGAGGTGGAGGCGGTGGCGTCG     60
     1 -M--A--A--A--A--E--A--E--E--E--V--R--Q--E--V--E--A--V--A--S-     20

                                                                          
    61 GTGTACGGCGACGACTGCCGCGTGGTGCGCGGCTTCCCTCCCCACCTCGTCGTCCACGTC    120
    61 GTGTACGGCGACGACTGCCGCGTGGTGCGCGGCTTCCCTCCCCACCTCGTCGTCCACGTC    120
    21 -V--Y--G--D--D--C--R--V--V--R--G--F--P--P--H--L--V--V--H--V-     40

                                                                          
   121 CGCCCCCGCACCGCCGACGACTCCTCGCAGCAGTTCGTGGAGCTATTTCTTGGAATTAAA    180
   121 CGCCCCCGCACCGCCGACGACTCCTCGCAGCAGTTCGTGGAGCTATTTCTTGGAATTAAA    180
    41 -R--P--R--T--A--D--D--S--S--Q--Q--F--V--E--L--F--L--G--I--K-     60

                                                                          
   181 GCATCTTCTCAGTATCCAAAAGCACCTCCTCATGTTTATGCCGTGGAAAGTAAGGGCCTT    240
   181 GCATCTTCTCAGTATCCAAAAGCACCTCCTCATGTTTATGCCGTGGAAAGTAAGGGCCTT    240
    61 -A--S--S--Q--Y--P--K--A--P--P--H--V--Y--A--V--E--S--K--G--L-     80

                                                                          
   241 GATGAGAATCGACAGGTGTATCTTATTAGCAGCATCCAGAACAAGGCAAGAGAACTTTCC    300
   241 GATGAGAATCGACAGGTGTATCTTATTAGCAGCATCCAGAACAAGGCAAGAGAACTTTCC    300
    81 -D--E--N--R--Q--V--Y--L--I--S--S--I--Q--N--K--A--R--E--L--S-    100

                                                                          
   301 TGCTACCCGATGCTTGTGACGCTGTGTGAGGAAGCTGTGGAGATGCTCTCAAATATGAAT    360
   301 TGCTACCCGATGCTTGTGACGCTGTGTGAGGAAGCTGTGGAGATGCTCTCAAATATGAAT    360
   101 -C--Y--P--M--L--V--T--L--C--E--E--A--V--E--M--L--S--N--M--N-    120

                                                                          
   361 CATCCAGCTGGGGATTGCCCACTTTGTCTATATCCTTTAGTCAAAGAGAATGATGGTTCT    420
   361 CATCCAGCTGGGGATTGCCCACTTTGTCTATATCCTTTAGTCAAAGAGAATGATGGTTCT    420
   121 -H--P--A--G--D--C--P--L--C--L--Y--P--L--V--K--E--N--D--G--S-    140

                                                                          
   421 GCTTTGCCATTTATGAAGTTGATGTCGTGCTACCACTGCTTCCACAGTGACTGCATTATG    480
   421 GCTTTGCCATTTATGAAGTTGATGTCGTGCTACCACTGCTTCCACAGTGACTGCATTATG    480
   141 -A--L--P--F--M--K--L--M--S--C--Y--H--C--F--H--S--D--C--I--M-    160

                                                                          
   481 AGATGGTGGGAATGGCTACAGAATGATGATACTGACTCGAAGAAGAGTAGTACAGCAGCA    540
   481 AGATGGTGGGAATGGCTACAGAATGATGATACTGACTCGAAGAAGAGTAGTACAGCAGCA    540
   161 -R--W--W--E--W--L--Q--N--D--D--T--D--S--K--K--S--S--T--A--A-    180

                                                                          
   541 ACTACTGAAGGATTGGATTTGTCCAGCTCAGCTAAGCATCACAATGTAAGTCAGCACAAA    600
   541 ACTACTGAAGGATTGGATTTGTCCAGCTCAGCTAAGCATCACAATGTAAGTCAGCACAAA    600
   181 -T--T--E--G--L--D--L--S--S--S--A--K--H--H--N--V--S--Q--H--K-    200

                                                                          
   601 GGACTATGTCCAGTTTGCCGCAAAGTGTTTGATGAGAAGGATATTGAGCATGTTCGTGAT    660
   601 GGACTATGTCCAGTTTGCCGCAAAGTGTTTGATGAGAAGGATATTGAGCATGTTCGTGAT    660
   201 -G--L--C--P--V--C--R--K--V--F--D--E--K--D--I--E--H--V--R--D-    220

                                                                          
   661 CTGCTAGGTGCAAATACTTCTCAACTGGCATCTTTATCGATTGATCTGGACGAAGATGAA    720
   661 CTGCTAGGTGCAAATACTTCTCAACTGGCATCTTTATCGATTGATCTGGACGAAGATGAA    720
   221 -L--L--G--A--N--T--S--Q--L--A--S--L--S--I--D--L--D--E--D--E-    240

                                                                          
   721 AAAGAAGTACTTCATTCTGAGTCAGAGAAGATCCGTCAAGAAAAGTTCGCATCGCTGTTC    780
   721 AAAGAAGTACTTCATTCTGAGTCAGAGAAGATCCGTCAAGAAAAGTTCGCATCGCTGTTC    780
   241 -K--E--V--L--H--S--E--S--E--K--I--R--Q--E--K--F--A--S--L--F-    260

                                                                          
   781 AATCTACAACAAGAACGAAATGGCCTGATTGAACCAAAGAAAGACCTTTCCATACAGCCT    840
   781 AATCTACAACAAGAACGAAATGGCCTGATTGAACCAAAGAAAGACCTTTCCATACAGCCT    840
   261 -N--L--Q--Q--E--R--N--G--L--I--E--P--K--K--D--L--S--I--Q--P-    280

                                                                          
   841 GGAATGTACATCCCTCGTCCTCCCAGCGCGCCTACTGCTTCCGAAGGAGACACCGTTGAT    900
   841 GGAATGTACATCCCTCGTCCTCCCAGCGCGCCTACTGCTTCCGAAGGAGACACCGTTGAT    900
   281 -G--M--Y--I--P--R--P--P--S--A--P--T--A--S--E--G--D--T--V--D-    300

                                                                          
   901 GATTCTTGTGAAGACACCACAACTTCAACCTCAGGAATGGAGCCACTCAACCAGACAAAC    960
   901 GATTCTTGTGAAGACACCACAACTTCAACCTCAGGAATGGAGCCACTCAACCAGACAAAC    960
   301 -D--S--C--E--D--T--T--T--S--T--S--G--M--E--P--L--N--Q--T--N-    320

                                                                          
   961 AGCACTGGTGGTACCACCAAGCACAACAGCAGTTCAGGAGACATCGATCTCATGCTTCAA   1020
   961 AGCACTGGTGGTACCACCAAGCACAACAGCAGTTCAGGAGACATCGATCTCATGCTTCAA   1020
   321 -S--T--G--G--T--T--K--H--N--S--S--S--G--D--I--D--L--M--L--Q-    340

                                                                          
  1021 GAAGACAACCACATGGGCAAGGGCAACCTGCTAGGCAACAATGGCAGAGGAAAGGCGGAG   1080
  1021 GAAGACAACCACATGGGCAAGGGCAACCTGCTAGGCAACAATGGCAGAGGAAAGGCGGAG   1080
   341 -E--D--N--H--M--G--K--G--N--L--L--G--N--N--G--R--G--K--A--E-    360

                                                                          
  1081 ACACTTCACACCAATAGCAGGAAAGGTTGTGGGAGGTTTGTTTTTTGTCGGTTATAATC    1139
  1081 ACACTTCACACCAATAGCAGGAAAGGTTGTGGGAGGTTTGTTTTTTGTCGGTTATAA..    1137
   361 -T--L--H--T--N--S--R--K--G--C--G--R--F--V--F--C--R--L--*-..     378