Oryza rufipogon (OR_W1943)
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About this transcript

This transcript has 7 exons, is annotated with 6 domains and features and maps to 59 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI10G20820.11044347aa
 
Protein coding
A0A0E0R2W4 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Variants
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Other
  • UTR
Markup
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     1 ATGTGGGTGGAGATTCTGTGCGGGCTGTTGGCGTACAAGATCATCCGCCGCGTCTTCTTC     60
     1 ATGTGGGTGGAGATTCTGTGCGGGCTGTTGGCGTACAAGATCATCCGCCGCGTCTTCTTC     60
     1 -M--W--V--E--I--L--C--G--L--L--A--Y--K--I--I--R--R--V--F--F-     20

                                                                          
    61 GCCGACTCCGACGACCCCGCGCACCTCGCCGACCTCGATTCCGCCCACTCCGACCTCTGC    120
    61 GCCGACTCCGACGACCCCGCGCACCTCGCCGACCTCGATTCCGCCCACTCCGACCTCTGC    120
    21 -A--D--S--D--D--P--A--H--L--A--D--L--D--S--A--H--S--D--L--C-     40

                                                                          
   121 TTCGCCCTCGCCTCCAGGCTCGAGAAGCTCTACTCCGCCCGCTGCTTCGTCGGCCTCCGC    180
   121 TTCGCCCTCGCCTCCAGGCTCGAGAAGCTCTACTCCGCCCGCTGCTTCGTCGGCCTCCGC    180
    41 -F--A--L--A--S--R--L--E--K--L--Y--S--A--R--C--F--V--G--L--R-     60

                                                                          
   181 ATCCCCGACCCCGACGCCGGCGAGCGCCAGCATGTCGACCTCGTCCTCCTTACCAACAGG    240
   181 ATCCCCGACCCCGACGCCGGCGAGCGCCAGCATGTCGACCTCGTCCTCCTTACCAACAGG    240
    61 -I--P--D--P--D--A--G--E--R--Q--H--V--D--L--V--L--L--T--N--R-     80

                                                                          
   241 GAGGTCATGGTAGTGGCTATCCACAACATTTCTGGTTTTGTTGAGGTCGATAAGGATGGC    300
   241 GAGGTCATGGTAGTGGCTATCCACAACATTTCTGGTTTTGTTGAGGTCGATAAGGATGGC    300
    81 -E--V--M--V--V--A--I--H--N--I--S--G--F--V--E--V--D--K--D--G-    100

                                                                          
   301 AACTGGACTTGCCCCAGTGATAAGAAGAACAAGCATGGTGTTATCCCAAACCCGGTACTG    360
   301 AACTGGACTTGCCCCAGTGATAAGAAGAACAAGCATGGTGTTATCCCAAACCCGGTACTG    360
   101 -N--W--T--C--P--S--D--K--K--N--K--H--G--V--I--P--N--P--V--L-    120

                                                                          
   361 CAAGTCAATAGACTGGCTGCCAATCTTCAATCGTACTTGGAGAAGAGGGGAGCAAAACTG    420
   361 CAAGTCAATAGACTGGCTGCCAATCTTCAATCGTACTTGGAGAAGAGGGGAGCAAAACTG    420
   121 -Q--V--N--R--L--A--A--N--L--Q--S--Y--L--E--K--R--G--A--K--L-    140

                                                                          
   421 CCTGATGGTCATATAACTGGAAAGATTGTACTGCCAAATCCCAACTGCAGGCCTTCCTAT    480
   421 CCTGATGGTCATATAACTGGAAAGATTGTACTGCCAAATCCCAACTGCAGGCCTTCCTAT    480
   141 -P--D--G--H--I--T--G--K--I--V--L--P--N--P--N--C--R--P--S--Y-    160

                                                                          
   481 GCCATCACTCTTCAACCAGAAGTTATCTTGTACGATCAATGGAAAGATCTTAAAGCAGAT    540
   481 GCCATCACTCTTCAACCAGAAGTTATCTTGTACGATCAATGGAAAGATCTTAAAGCAGAT    540
   161 -A--I--T--L--Q--P--E--V--I--L--Y--D--Q--W--K--D--L--K--A--D-    180

                                                                          
   541 TCCAAAGGTGGACTTTCAACATGGATTAAAGGTGCATTCAGTGGAAGCAAAGGTGACATG    600
   541 TCCAAAGGTGGACTTTCAACATGGATTAAAGGTGCATTCAGTGGAAGCAAAGGTGACATG    600
   181 -S--K--G--G--L--S--T--W--I--K--G--A--F--S--G--S--K--G--D--M-    200

                                                                          
   601 CAAGATTCGTTACTCCAAAATCTACATTTCATTCTCAGCACGTCGCCTATGTGGGACAGG    660
   601 CAAGATTCGTTACTCCAAAATCTACATTTCATTCTCAGCACGTCGCCTATGTGGGACAGG    660
   201 -Q--D--S--L--L--Q--N--L--H--F--I--L--S--T--S--P--M--W--D--R-    220

                                                                          
   661 TTGGAACTCAAAGGGGACAGGAATATTCTTGGTGAATTCATTGAATTCAAAGGCAGGCAC    720
   661 TTGGAACTCAAAGGGGACAGGAATATTCTTGGTGAATTCATTGAATTCAAAGGCAGGCAC    720
   221 -L--E--L--K--G--D--R--N--I--L--G--E--F--I--E--F--K--G--R--H-    240

                                                                          
   721 GATGATATTCAGGCCTTGAAATGTCTGAAGAGATCAAAAGTTTGCCGATTCATAGTCCAG    780
   721 GATGATATTCAGGCCTTGAAATGTCTGAAGAGATCAAAAGTTTGCCGATTCATAGTCCAG    780
   241 -D--D--I--Q--A--L--K--C--L--K--R--S--K--V--C--R--F--I--V--Q-    260

                                                                          
   781 AAATCAACTCTGTTTGGAGGTTTTGGTAACTTTTCTGCACTGTACCTTCTTGTTATTCTG    840
   781 AAATCAACTCTGTTTGGAGGTTTTGGTAACTTTTCTGCACTGTACCTTCTTGTTATTCTG    840
   261 -K--S--T--L--F--G--G--F--G--N--F--S--A--L--Y--L--L--V--I--L-    280

                                                                          
   841 TTTGCGAAGCACTCCTGTGAACGTCGGTCAAGAGTGCAAATATTGTATTCACCACGAGAT    900
   841 TTTGCGAAGCACTCCTGTGAACGTCGGTCAAGAGTGCAAATATTGTATTCACCACGAGAT    900
   281 -F--A--K--H--S--C--E--R--R--S--R--V--Q--I--L--Y--S--P--R--D-    300

                                                                          
   901 TATCGTGCTGAAGGAACTTCATCCTCTGAATGGAAAGAGATATCAGTGAAACAATATACA    960
   901 TATCGTGCTGAAGGAACTTCATCCTCTGAATGGAAAGAGATATCAGTGAAACAATATACA    960
   301 -Y--R--A--E--G--T--S--S--S--E--W--K--E--I--S--V--K--Q--Y--T-    320

                                                                          
   961 GAAATTCTTTTTCAGCCATTGCACTCGAAAAAAGTTAAGAAGTTCAAGCTGTCAAGTGTT   1020
   961 GAAATTCTTTTTCAGCCATTGCACTCGAAAAAAGTTAAGAAGTTCAAGCTGTCAAGTGTT   1020
   321 -E--I--L--F--Q--P--L--H--S--K--K--V--K--K--F--K--L--S--S--V-    340

                                                                          
  1021 GCTTCTGTGACACTGAGTGCCTAG                                       1044
  1021 GCTTCTGTGACACTGAGTGCCTAG                                       1044
   341 -A--S--V--T--L--S--A--*-                                        347