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Oryza rufipogon (OR_W1943)
Location
About this transcript

This transcript has 5 exons, is annotated with 16 domains and features and maps to 55 oligo probes.

Gene
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  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI06G06590.22121542aa
 
Protein coding
A0A0E0PUQ5 Ensembl Canonical
-ORUFI06G06590.12088542aa
 
Protein coding
A0A0E0PUQ5 -
-ORUFI06G06590.31629542aa
 
Protein coding
A0A0E0PUQ5 -
-ORUFI06G06590.41596531aa
 
Protein coding
A0A0E0PUQ6 -
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
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     1 ATGACTTCACTCAATAAAGTTGTTTCCAATGGAGATACAAGGTCAATGTTGCCAAATAAA     60
     1 ATGACTTCACTCAATAAAGTTGTTTCCAATGGAGATACAAGGTCAATGTTGCCAAATAAA     60
     1 -M--T--S--L--N--K--V--V--S--N--G--D--T--R--S--M--L--P--N--K-     20

                                                                          
    61 GTCACAGCATTGAATCCCAACGCAGCAGAATTTGTACCTTCATGTATTAGACCATCTTTT    120
    61 GTCACAGCATTGAATCCCAACGCAGCAGAATTTGTACCTTCATGTATTAGACCATCTTTT    120
    21 -V--T--A--L--N--P--N--A--A--E--F--V--P--S--C--I--R--P--S--F-     40

                                                                          
   121 GAGAGTAGCGCTGTCTCAGATGTAAGTAAGGCAGATCTTAGGGCTTCTGGGAAAACTATC    180
   121 GAGAGTAGCGCTGTCTCAGATGTAAGTAAGGCAGATCTTAGGGCTTCTGGGAAAACTATC    180
    41 -E--S--S--A--V--S--D--V--S--K--A--D--L--R--A--S--G--K--T--I-     60

                                                                          
   181 CTAGATAGGTCCGAGTCATCAAAGTCAAATAACTCGGATGATGAGGCACACCAGTTTTGG    240
   181 CTAGATAGGTCCGAGTCATCAAAGTCAAATAACTCGGATGATGAGGCACACCAGTTTTGG    240
    61 -L--D--R--S--E--S--S--K--S--N--N--S--D--D--E--A--H--Q--F--W-     80

                                                                          
   241 CGTAAGCAGCTTCCTGATGACATTATTCCAGACTTCAGTTTTGAGAAAATTGAACAAGAA    300
   241 CGTAAGCAGCTTCCTGATGACATTATTCCAGACTTCAGTTTTGAGAAAATTGAACAAGAA    300
    81 -R--K--Q--L--P--D--D--I--I--P--D--F--S--F--E--K--I--E--Q--E-    100

                                                                          
   301 CCTGAAGAATTGTCTCTTGCTGGATTATCCTTGAATGCACCCCCTTTCTATGGAACAACA    360
   301 CCTGAAGAATTGTCTCTTGCTGGATTATCCTTGAATGCACCCCCTTTCTATGGAACAACA    360
   101 -P--E--E--L--S--L--A--G--L--S--L--N--A--P--P--F--Y--G--T--T-    120

                                                                          
   361 GCTAGCCGCTTTTCAAGAGAGCATGATTTATCTTCTCAAGCTAACAAGAGCCTGGAACTG    420
   361 GCTAGCCGCTTTTCAAGAGAGCATGATTTATCTTCTCAAGCTAACAAGAGCCTGGAACTG    420
   121 -A--S--R--F--S--R--E--H--D--L--S--S--Q--A--N--K--S--L--E--L-    140

                                                                          
   421 GGGCTTACCAGTTTACTTTATGAAGATAATTCACAAGCATCGTTTCCAACTATGGGTTCA    480
   421 GGGCTTACCAGTTTACTTTATGAAGATAATTCACAAGCATCGTTTCCAACTATGGGTTCA    480
   141 -G--L--T--S--L--L--Y--E--D--N--S--Q--A--S--F--P--T--M--G--S-    160

                                                                          
   481 AGCAATTGGGAGCAAAATTTTGTAGGGGATCTCCATTTTACGAATGGAAATCAGGGCCTT    540
   481 AGCAATTGGGAGCAAAATTTTGTAGGGGATCTCCATTTTACGAATGGAAATCAGGGCCTT    540
   161 -S--N--W--E--Q--N--F--V--G--D--L--H--F--T--N--G--N--Q--G--L-    180

                                                                          
   541 CATTATGATTCTGAAAGTGCTGCAGGCTTTTCTGACAGTTTTGCTAGCGATTATGCTGCA    600
   541 CATTATGATTCTGAAAGTGCTGCAGGCTTTTCTGACAGTTTTGCTAGCGATTATGCTGCA    600
   181 -H--Y--D--S--E--S--A--A--G--F--S--D--S--F--A--S--D--Y--A--A-    200

                                                                          
   601 GCAACAGACGATGTTCTTGACCCCCTAGCGTATTTAGCTTCACAGTTTCCTGATTTTTCA    660
   601 GCAACAGACGATGTTCTTGACCCCCTAGCGTATTTAGCTTCACAGTTTCCTGATTTTTCA    660
   201 -A--T--D--D--V--L--D--P--L--A--Y--L--A--S--Q--F--P--D--F--S-    220

                                                                          
   661 TCAGAGAGCCTTGCAGAGCTGTACTATGCTAATGGATGTGACTTCAACCATACTATTGAA    720
   661 TCAGAGAGCCTTGCAGAGCTGTACTATGCTAATGGATGTGACTTCAACCATACTATTGAA    720
   221 -S--E--S--L--A--E--L--Y--Y--A--N--G--C--D--F--N--H--T--I--E-    240

                                                                          
   721 ATCCTCACCCAGCTAGAGATGCAAGTTGATGCTACCTCCAATCCAACTCTGACCCCCAGG    780
   721 ATCCTCACCCAGCTAGAGATGCAAGTTGATGCTACCTCCAATCCAACTCTGACCCCCAGG    780
   241 -I--L--T--Q--L--E--M--Q--V--D--A--T--S--N--P--T--L--T--P--R-    260

                                                                          
   781 ACACCAAACTTTAGCACAGGGGACTTCCCCGCACTGCCAACAGTTGAAGACCAAAATGGT    840
   781 ACACCAAACTTTAGCACAGGGGACTTCCCCGCACTGCCAACAGTTGAAGACCAAAATGGT    840
   261 -T--P--N--F--S--T--G--D--F--P--A--L--P--T--V--E--D--Q--N--G-    280

                                                                          
   841 TTTTCCAAAGGCAATGCAGATATTCTAAGCATCTTCAATGGACGCAGCTCACCCTCTGTA    900
   841 TTTTCCAAAGGCAATGCAGATATTCTAAGCATCTTCAATGGACGCAGCTCACCCTCTGTA    900
   281 -F--S--K--G--N--A--D--I--L--S--I--F--N--G--R--S--S--P--S--V-    300

                                                                          
   901 TCTACTGGTACTGGTGATTTTGTTTCAGCTGTTCGCAAACTTGCATCGCAAAATTCTGGC    960
   901 TCTACTGGTACTGGTGATTTTGTTTCAGCTGTTCGCAAACTTGCATCGCAAAATTCTGGC    960
   301 -S--T--G--T--G--D--F--V--S--A--V--R--K--L--A--S--Q--N--S--G-    320

                                                                          
   961 CATTGGAAGTATAAGAAAGGTCCTGAATACGGTAATGGTGTTTCAACTGTTTCTGTACCC   1020
   961 CATTGGAAGTATAAGAAAGGTCCTGAATACGGTAATGGTGTTTCAACTGTTTCTGTACCC   1020
   321 -H--W--K--Y--K--K--G--P--E--Y--G--N--G--V--S--T--V--S--V--P-    340

                                                                          
  1021 AAGCAGTACAGTTCTACGACCAAAACATCTTCTGGAAACAAGTTTCAAAGTGTTAGCAGT   1080
  1021 AAGCAGTACAGTTCTACGACCAAAACATCTTCTGGAAACAAGTTTCAAAGTGTTAGCAGT   1080
   341 -K--Q--Y--S--S--T--T--K--T--S--S--G--N--K--F--Q--S--V--S--S-    360

                                                                          
  1081 GCAAGAGCTGCTCCATGGCTCGAAACTGGAGATGCAGTAGCAAACATGTACTCAGAATCA   1140
  1081 GCAAGAGCTGCTCCATGGCTCGAAACTGGAGATGCAGTAGCAAACATGTACTCAGAATCA   1140
   361 -A--R--A--A--P--W--L--E--T--G--D--A--V--A--N--M--Y--S--E--S-    380

                                                                          
  1141 AGGGGAGAAGCCCGTGATTTTGCCCGCATCCGAAATGCATGTTTTGAGCAGGCTAGACAG   1200
  1141 AGGGGAGAAGCCCGTGATTTTGCCCGCATCCGAAATGCATGTTTTGAGCAGGCTAGACAG   1200
   381 -R--G--E--A--R--D--F--A--R--I--R--N--A--C--F--E--Q--A--R--Q-    400

                                                                          
  1201 GCTTACCTGATTGGCAACAAAGCTCTAGCCAAGGAATTGAGTATGAAGGGACAGACATAT   1260
  1201 GCTTACCTGATTGGCAACAAAGCTCTAGCCAAGGAATTGAGTATGAAGGGACAGACATAT   1260
   401 -A--Y--L--I--G--N--K--A--L--A--K--E--L--S--M--K--G--Q--T--Y-    420

                                                                          
  1261 AACACACAAATGAAAGCATCTCATGAGAAAGCAAGAGAAGCTATTTATCGACAGAGGAAC   1320
  1261 AACACACAAATGAAAGCATCTCATGAGAAAGCAAGAGAAGCTATTTATCGACAGAGGAAC   1320
   421 -N--T--Q--M--K--A--S--H--E--K--A--R--E--A--I--Y--R--Q--R--N-    440

                                                                          
  1321 CCATCTTCGCAACGAGGGAGCGACCGTCTGATCGATCTACATGGTCTCCATGTGAACGAA   1380
  1321 CCATCTTCGCAACGAGGGAGCGACCGTCTGATCGATCTACATGGTCTCCATGTGAACGAA   1380
   441 -P--S--S--Q--R--G--S--D--R--L--I--D--L--H--G--L--H--V--N--E-    460

                                                                          
  1381 GCAATCCATATACTTAAGGTCGAGCTCGGTACTCTTAAGAGCACCGCGAGGGCTACAGGT   1440
  1381 GCAATCCATATACTTAAGGTCGAGCTCGGTACTCTTAAGAGCACCGCGAGGGCTACAGGT   1440
   461 -A--I--H--I--L--K--V--E--L--G--T--L--K--S--T--A--R--A--T--G-    480

                                                                          
  1441 GAGAGGATGCAAGTCATGATATGTGTCGGGACAGGTCATCACACCAAGGGTTCTCGCACC   1500
  1441 GAGAGGATGCAAGTCATGATATGTGTCGGGACAGGTCATCACACCAAGGGTTCTCGCACC   1500
   481 -E--R--M--Q--V--M--I--C--V--G--T--G--H--H--T--K--G--S--R--T-    500

                                                                          
  1501 GCCAGGCTGCCCATCGCCGTCGAGCAGTTTCTTCTGGAGGAAGGCCTCCACTACACGCAG   1560
  1501 GCCAGGCTGCCCATCGCCGTCGAGCAGTTTCTTCTGGAGGAAGGCCTCCACTACACGCAG   1560
   501 -A--R--L--P--I--A--V--E--Q--F--L--L--E--E--G--L--H--Y--T--Q-    520

                                                                          
  1561 GCACAACCTGGTTTGCTCCGTGTTGTGGTGTTCTAA                           1596
  1561 GCACAACCTGGTTTGCTCCGTGTTGTGGTGTTCTAA                           1596
   521 -A--Q--P--G--L--L--R--V--V--V--F--*-                            531