Oryza rufipogon (OR_W1943)
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This transcript has 14 exons, is annotated with 19 domains and features and maps to 54 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI06G04800.12793930aa
 
Protein coding
A0A0E0PU40 Ensembl Canonical
-ORUFI06G04800.22763920aa
 
Protein coding
A0A0E0PU41 -
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Other
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     1 ATGCTGACCGGGCGGGAGAGCCTTGTCCGCCTCATCGGGCGGCGCCGCCGCTCCCCTCTC     60
     1 ATGCTGACCGGGCGGGAGAGCCTTGTCCGCCTCATCGGGCGGCGCCGCCGCTCCCCTCTC     60
     1 -M--L--T--G--R--E--S--L--V--R--L--I--G--R--R--R--R--S--P--L-     20

                                                                          
    61 CCCGCCGCCCTCGCCCTCGCCGTGCCCCCCTCCCGCTCCCTTCAGGATGATGCGGCCGAT    120
    61 CCCGCCGCCCTCGCCCTCGCCGTGCCCCCCTCCCGCTCCCTTCAGGATGATGCGGCCGAT    120
    21 -P--A--A--L--A--L--A--V--P--P--S--R--S--L--Q--D--D--A--A--D-     40

                                                                          
   121 GCGGAGAGGGAAGCCGCGGCGGGTGGTTCTTCGTCGGGAGGGGGCGACGCCGCCGGCGCG    180
   121 GCGGAGAGGGAAGCCGCGGCGGGTGGTTCTTCGTCGGGAGGGGGCGACGCCGCCGGCGCG    180
    41 -A--E--R--E--A--A--A--G--G--S--S--S--G--G--G--D--A--A--G--A-     60

                                                                          
   181 GCGGGGTGGGTGGCGTGCCCCGTCTGCGGCGAGTCCATCCGCGGCACGGATTACTGCGTC    240
   181 GCGGGGTGGGTGGCGTGCCCCGTCTGCGGCGAGTCCATCCGCGGCACGGATTACTGCGTC    240
    61 -A--G--W--V--A--C--P--V--C--G--E--S--I--R--G--T--D--Y--C--V-     80

                                                                          
   241 AACACGCACCTCGATATATGCCTTACAAGAGGAACAAAACGGAAGTTAACTCAGAGCACC    300
   241 AACACGCACCTCGATATATGCCTTACAAGAGGAACAAAACGGAAGTTAACTCAGAGCACC    300
    81 -N--T--H--L--D--I--C--L--T--R--G--T--K--R--K--L--T--Q--S--T-    100

                                                                          
   301 CTTCTTGATTTCAGTTTCAGTAGAAAAGCCACAGATGATTACGCTTTGAACAATTTGAAC    360
   301 CTTCTTGATTTCAGTTTCAGTAGAAAAGCCACAGATGATTACGCTTTGAACAATTTGAAC    360
   101 -L--L--D--F--S--F--S--R--K--A--T--D--D--Y--A--L--N--N--L--N-    120

                                                                          
   361 ACCAGTGATGAGGCAGAGCATATGGAACCGACCGATGGAAATGTATCTAGCGATGGAGCT    420
   361 ACCAGTGATGAGGCAGAGCATATGGAACCGACCGATGGAAATGTATCTAGCGATGGAGCT    420
   121 -T--S--D--E--A--E--H--M--E--P--T--D--G--N--V--S--S--D--G--A-    140

                                                                          
   421 TTCTTCTCGTTGAATAATGACAAGGTCAATTCAAAGGGAAGTGCTAATGCTTCATCACCT    480
   421 TTCTTCTCGTTGAATAATGACAAGGTCAATTCAAAGGGAAGTGCTAATGCTTCATCACCT    480
   141 -F--F--S--L--N--N--D--K--V--N--S--K--G--S--A--N--A--S--S--P-    160

                                                                          
   481 GGCTGCCTGCATGGCTCTCCTGACATCTCGGAGACATGTGATACCTGTCTACCACCCAAT    540
   481 GGCTGCCTGCATGGCTCTCCTGACATCTCGGAGACATGTGATACCTGTCTACCACCCAAT    540
   161 -G--C--L--H--G--S--P--D--I--S--E--T--C--D--T--C--L--P--P--N-    180

                                                                          
   541 GTATTATTACCATATACAGAAAATACTGCAAACAATGGTGTAGTCAAGAAGTGCTTGTCC    600
   541 GTATTATTACCATATACAGAAAATACTGCAAACAATGGTGTAGTCAAGAAGTGCTTGTCC    600
   181 -V--L--L--P--Y--T--E--N--T--A--N--N--G--V--V--K--K--C--L--S-    200

                                                                          
   601 CACATGCCTTCAACTGATGCAACTTCGAGTACTATTGGTTTGCTTTCAGTGACAGATTCT    660
   601 CACATGCCTTCAACTGATGCAACTTCGAGTACTATTGGTTTGCTTTCAGTGACAGATTCT    660
   201 -H--M--P--S--T--D--A--T--S--S--T--I--G--L--L--S--V--T--D--S-    220

                                                                          
   661 AGCAATTCGGTAGTAGTTGACACTGTCATAGTGGGCAGGAGGTTCCATGAAAACATAGAA    720
   661 AGCAATTCGGTAGTAGTTGACACTGTCATAGTGGGCAGGAGGTTCCATGAAAACATAGAA    720
   221 -S--N--S--V--V--V--D--T--V--I--V--G--R--R--F--H--E--N--I--E-    240

                                                                          
   721 TTGCAAGAAGGTGTGAGCATTACTCTTCTCCGAGATCCTCAGAATGCAAAGGACCCTGAC    780
   721 TTGCAAGAAGGTGTGAGCATTACTCTTCTCCGAGATCCTCAGAATGCAAAGGACCCTGAC    780
   241 -L--Q--E--G--V--S--I--T--L--L--R--D--P--Q--N--A--K--D--P--D-    260

                                                                          
   781 GCTATCAAGATGCTTGGATACTTACCTCGAGAGCTGGCTAAAGTTTTGGCTCCTCTACTG    840
   781 GCTATCAAGATGCTTGGATACTTACCTCGAGAGCTGGCTAAAGTTTTGGCTCCTCTACTG    840
   261 -A--I--K--M--L--G--Y--L--P--R--E--L--A--K--V--L--A--P--L--L-    280

                                                                          
   841 GACAGACACTACATTGAATGCGAGGGATGTGTGGTTGGCGTGCCTGAACAACAACTTGAT    900
   841 GACAGACACTACATTGAATGCGAGGGATGTGTGGTTGGCGTGCCTGAACAACAACTTGAT    900
   281 -D--R--H--Y--I--E--C--E--G--C--V--V--G--V--P--E--Q--Q--L--D-    300

                                                                          
   901 CATGTTCCCATCCAGCTTAAGTGCCAGAAATATACAGATGAAAATGAGACATATGATGAT    960
   901 CATGTTCCCATCCAGCTTAAGTGCCAGAAATATACAGATGAAAATGAGACATATGATGAT    960
   301 -H--V--P--I--Q--L--K--C--Q--K--Y--T--D--E--N--E--T--Y--D--D-    320

                                                                          
   961 CTGAAGCATCCACAGTTCTTATGGGAAAATTTCATAGGTGCTGTTGGAAATGGAAATTTG   1020
   961 CTGAAGCATCCACAGTTCTTATGGGAAAATTTCATAGGTGCTGTTGGAAATGGAAATTTG   1020
   321 -L--K--H--P--Q--F--L--W--E--N--F--I--G--A--V--G--N--G--N--L-    340

                                                                          
  1021 CTGCAACCTAGCAGTACGAGATACCAGACAAATTTTAGTTCGATGATAACAGATGTGATG   1080
  1021 CTGCAACCTAGCAGTACGAGATACCAGACAAATTTTAGTTCGATGATAACAGATGTGATG   1080
   341 -L--Q--P--S--S--T--R--Y--Q--T--N--F--S--S--M--I--T--D--V--M-    360

                                                                          
  1081 GCAAACCATTCACACCTTTTTAGTGACAAGGAAAATATCTCATATCGTGAGATATCAGAT   1140
  1081 GCAAACCATTCACACCTTTTTAGTGACAAGGAAAATATCTCATATCGTGAGATATCAGAT   1140
   361 -A--N--H--S--H--L--F--S--D--K--E--N--I--S--Y--R--E--I--S--D-    380

                                                                          
  1141 ATGGGGCAGGCAGCCATGGAACTTAAGTGTTATATTGACATGATATCCTGCATGGATGAT   1200
  1141 ATGGGGCAGGCAGCCATGGAACTTAAGTGTTATATTGACATGATATCCTGCATGGATGAT   1200
   381 -M--G--Q--A--A--M--E--L--K--C--Y--I--D--M--I--S--C--M--D--D-    400

                                                                          
  1201 CTATCTAACTATGATTTGAAGGAGGTTATTGACGTGCTAAGTGTTCCTGAAATGAAAGAA   1260
  1201 CTATCTAACTATGATTTGAAGGAGGTTATTGACGTGCTAAGTGTTCCTGAAATGAAAGAA   1260
   401 -L--S--N--Y--D--L--K--E--V--I--D--V--L--S--V--P--E--M--K--E-    420

                                                                          
  1261 ATTCTAAAAGAGCTCCAAAAGAATAACGTCAGCTGCACACGCCGACATGAGCTTCTTAGC   1320
  1261 ATTCTAAAAGAGCTCCAAAAGAATAACGTCAGCTGCACACGCCGACATGAGCTTCTTAGC   1320
   421 -I--L--K--E--L--Q--K--N--N--V--S--C--T--R--R--H--E--L--L--S-    440

                                                                          
  1321 ACCCTTCTGTATTTATATCGTAATGGAACCTGCACAATTCTACCAAAGCGAATTCTGAAG   1380
  1321 ACCCTTCTGTATTTATATCGTAATGGAACCTGCACAATTCTACCAAAGCGAATTCTGAAG   1380
   441 -T--L--L--Y--L--Y--R--N--G--T--C--T--I--L--P--K--R--I--L--K-    460

                                                                          
  1381 TGGACAGGAACATGCATAAGAACTTCTGATGTGGCTGATGAACTTCTGTGGCGTGTCCAG   1440
  1381 TGGACAGGAACATGCATAAGAACTTCTGATGTGGCTGATGAACTTCTGTGGCGTGTCCAG   1440
   461 -W--T--G--T--C--I--R--T--S--D--V--A--D--E--L--L--W--R--V--Q-    480

                                                                          
  1441 AGACTCTTTTTTCTAAATGGTGATCAAGATCTCTCATTCTTTCTGTTAGTGGATCTTGGT   1500
  1441 AGACTCTTTTTTCTAAATGGTGATCAAGATCTCTCATTCTTTCTGTTAGTGGATCTTGGT   1500
   481 -R--L--F--F--L--N--G--D--Q--D--L--S--F--F--L--L--V--D--L--G-    500

                                                                          
  1501 CTGGTGAGGTTTCCAGTCTATGCCTGCACCATTTCTCACCGCGTTTTTCAGGAAATAAGT   1560
  1501 CTGGTGAGGTTTCCAGTCTATGCCTGCACCATTTCTCACCGCGTTTTTCAGGAAATAAGT   1560
   501 -L--V--R--F--P--V--Y--A--C--T--I--S--H--R--V--F--Q--E--I--S-    520

                                                                          
  1561 GATCTACTACAGTATGAAGAGGCTATTCAAGTGGCACAGGTAATGGATCAATCTCTTGAT   1620
  1561 GATCTACTACAGTATGAAGAGGCTATTCAAGTGGCACAGGTAATGGATCAATCTCTTGAT   1620
   521 -D--L--L--Q--Y--E--E--A--I--Q--V--A--Q--V--M--D--Q--S--L--D-    540

                                                                          
  1621 AATAGTAACATGGAAATGGTGACAAGATGCATTGAGTTATCTGAGAATCGACTAAGCACA   1680
  1621 AATAGTAACATGGAAATGGTGACAAGATGCATTGAGTTATCTGAGAATCGACTAAGCACA   1680
   541 -N--S--N--M--E--M--V--T--R--C--I--E--L--S--E--N--R--L--S--T-    560

                                                                          
  1681 GCACCAAAAGAAGAAAATGCAACTAGGGCTGAACCTCCCCCATCATTCTTCTCACGTTTT   1740
  1681 GCACCAAAAGAAGAAAATGCAACTAGGGCTGAACCTCCCCCATCATTCTTCTCACGTTTT   1740
   561 -A--P--K--E--E--N--A--T--R--A--E--P--P--P--S--F--F--S--R--F-    580

                                                                          
  1741 TCAGCTTCCTCGGTCTATTCGAAGATACTTACGTTAGGTGTATCTGTTTATGAACGAGAC   1800
  1741 TCAGCTTCCTCGGTCTATTCGAAGATACTTACGTTAGGTGTATCTGTTTATGAACGAGAC   1800
   581 -S--A--S--S--V--Y--S--K--I--L--T--L--G--V--S--V--Y--E--R--D-    600

                                                                          
  1801 CGTAGGTATACTGATGCAATAAGAGTTCTAAAGAGACTACTCAGTACTGTTGCTTCGGAT   1860
  1801 CGTAGGTATACTGATGCAATAAGAGTTCTAAAGAGACTACTCAGTACTGTTGCTTCGGAT   1860
   601 -R--R--Y--T--D--A--I--R--V--L--K--R--L--L--S--T--V--A--S--D-    620

                                                                          
  1861 AGAAAGCGAGGATATTGGGCTTTGAGACTATCTGTTGATTTGGAGCACATGAATCGTTCC   1920
  1861 AGAAAGCGAGGATATTGGGCTTTGAGACTATCTGTTGATTTGGAGCACATGAATCGTTCC   1920
   621 -R--K--R--G--Y--W--A--L--R--L--S--V--D--L--E--H--M--N--R--S-    640

                                                                          
  1921 AATGAGAGCCTGTCAATAGCTGAAGCAGGGGTAATTGATCCATGGGTCCGTGCTGGTTCA   1980
  1921 AATGAGAGCCTGTCAATAGCTGAAGCAGGGGTAATTGATCCATGGGTCCGTGCTGGTTCA   1980
   641 -N--E--S--L--S--I--A--E--A--G--V--I--D--P--W--V--R--A--G--S-    660

                                                                          
  1981 AAGATTGCACTGCAAAGGAGAGTTGTGCGTTTAAGCAAACCTCCACGGCGCTGGAAAGTT   2040
  1981 AAGATTGCACTGCAAAGGAGAGTTGTGCGTTTAAGCAAACCTCCACGGCGCTGGAAAGTT   2040
   661 -K--I--A--L--Q--R--R--V--V--R--L--S--K--P--P--R--R--W--K--V-    680

                                                                          
  2041 CCCAGTTATGCCAATGCTGTTACGACAAATATAAAAGAGGTAAATATAGAAGGAAGACCG   2100
  2041 CCCAGTTATGCCAATGCTGTTACGACAAATATAAAAGAGGTAAATATAGAAGGAAGACCG   2100
   681 -P--S--Y--A--N--A--V--T--T--N--I--K--E--V--N--I--E--G--R--P-    700

                                                                          
  2101 TTAAATTGTGAAACAGGTGCAAAGAATGTATTTTACGGATACGATGGTGAGCTTTGTGGG   2160
  2101 TTAAATTGTGAAACAGGTGCAAAGAATGTATTTTACGGATACGATGGTGAGCTTTGTGGG   2160
   701 -L--N--C--E--T--G--A--K--N--V--F--Y--G--Y--D--G--E--L--C--G-    720

                                                                          
  2161 GTAGAACAATTGGCTTTACAATATTACGCAGATGAAGGAGGGGGTTGGCGAGGTACCCAT   2220
  2161 GTAGAACAATTGGCTTTACAATATTACGCAGATGAAGGAGGGGGTTGGCGAGGTACCCAT   2220
   721 -V--E--Q--L--A--L--Q--Y--Y--A--D--E--G--G--G--W--R--G--T--H-    740

                                                                          
  2221 TCAGAAGGTGGCATTTGGATGACTATCTTTGGCCTTCTAATGTGGGATGCAATATTTTCA   2280
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   741 -S--E--G--G--I--W--M--T--I--F--G--L--L--M--W--D--A--I--F--S-    760

                                                                          
  2281 GACGTACCAGATGTTTTCCAGACTAAATTTCAGACAGCCCCTCTGGACCTGGAAACTGAT   2340
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   761 -D--V--P--D--V--F--Q--T--K--F--Q--T--A--P--L--D--L--E--T--D-    780

                                                                          
  2341 GAATTCTACAGATCAAGAAAGGACCTTATAGAGTCCCAGCTGAAAAAGATTCAAGATGGC   2400
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   781 -E--F--Y--R--S--R--K--D--L--I--E--S--Q--L--K--K--I--Q--D--G-    800

                                                                          
  2401 ATTGCTGAAGAGATTCTTATCAGCTCCTGGGAGCTACACCAGGGGACATCCTGCAGGGGT   2460
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   801 -I--A--E--E--I--L--I--S--S--W--E--L--H--Q--G--T--S--C--R--G-    820

                                                                          
  2461 GTTAACTGGGACCGGCATTCCTTGACAGATCTACGAGCTGCCGTCGTATGCACCGGTGGC   2520
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   821 -V--N--W--D--R--H--S--L--T--D--L--R--A--A--V--V--C--T--G--G-    840

                                                                          
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  2761 TAG                                                            2763
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       -*-                                                             920