Oryza rufipogon (OR_W1943)
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This transcript has 16 exons, is annotated with 20 domains and features and maps to 80 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI06G04300.12619872aa
 
Protein coding
A0A0E0PTX9 Ensembl Canonical
-ORUFI06G04300.22502833aa
 
Protein coding
A0A0E0PTY0 -
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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  • Another exon
Variants
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Other
  • UTR
Markup
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     1 ATGGCGAGCGCGGCGCCGCTGCCCCCCACGCCGCCGCCATCGCAGCAGCAGCAGCCGCAG     60
     1 ATGGCGAGCGCGGCGCCGCTGCCCCCCACGCCGCCGCCATCGCAGCAGCAGCAGCCGCAG     60
     1 -M--A--S--A--A--P--L--P--P--T--P--P--P--S--Q--Q--Q--Q--P--Q-     20

                                                                          
    61 CCGCAGGGCAAGGAGCAGCAGCAGCAGATGGCGGTGGCGATGAACGCGCGCCGCCTGGTG    120
    61 CCGCAGGGCAAGGAGCAGCAGCAGCAGATGGCGGTGGCGATGAACGCGCGCCGCCTGGTG    120
    21 -P--Q--G--K--E--Q--Q--Q--Q--M--A--V--A--M--N--A--R--R--L--V-     40

                                                                          
   121 ATGATCGGGGACCGCCTCAGGACCCACTTCCGCGGCGGCGGCGGAACCGTCCTCGAGCCG    180
   121 ATGATCGGGGACCGCCTCAGGACCCACTTCCGCGGCGGCGGCGGAACCGTCCTCGAGCCG    180
    41 -M--I--G--D--R--L--R--T--H--F--R--G--G--G--G--T--V--L--E--P-     60

                                                                          
   181 CCCGACCTCGCGCACCTCGTCTACGCCTTCGCCAGAGGGATCGATTTCGCTCTTTCTAGC    240
   181 CCCGACCTCGCGCACCTCGTCTACGCCTTCGCCAGAGGGATCGATTTCGCTCTTTCTAGC    240
    61 -P--D--L--A--H--L--V--Y--A--F--A--R--G--I--D--F--A--L--S--S-     80

                                                                          
   241 GGCGATGTTCCTACCGTGGCCAGTGAAATACCCAGCATTTTGAAGAAGGTGTATCTGGTA    300
   241 GGCGATGTTCCTACCGTGGCCAGTGAAATACCCAGCATTTTGAAGAAGGTGTATCTGGTA    300
    81 -G--D--V--P--T--V--A--S--E--I--P--S--I--L--K--K--V--Y--L--V-    100

                                                                          
   301 GGAAAAGATCAATTTCTGCAATCTTCTGTTATGGTGCTAATGATATCATGCAAGAATGCT    360
   301 GGAAAAGATCAATTTCTGCAATCTTCTGTTATGGTGCTAATGATATCATGCAAGAATGCT    360
   101 -G--K--D--Q--F--L--Q--S--S--V--M--V--L--M--I--S--C--K--N--A-    120

                                                                          
   361 TGTTCTGAAAAATGGTTTCAACCCACAGATTGTACTGAAATTCTCAGGATGGCTAATGAG    420
   361 TGTTCTGAAAAATGGTTTCAACCCACAGATTGTACTGAAATTCTCAGGATGGCTAATGAG    420
   121 -C--S--E--K--W--F--Q--P--T--D--C--T--E--I--L--R--M--A--N--E-    140

                                                                          
   421 CTCTCTGGCAAATTCTGCACGCCTGTCAGCCAGCCAGGTAATGACAGCACTGTGATCCAA    480
   421 CTCTCTGGCAAATTCTGCACGCCTGTCAGCCAGCCAGGTAATGACAGCACTGTGATCCAA    480
   141 -L--S--G--K--F--C--T--P--V--S--Q--P--G--N--D--S--T--V--I--Q-    160

                                                                          
   481 ATTATTTCAACAATAATGCCAAGGTACTATCCTCAATTGAAGTTTGAACGTCTAGTCACT    540
   481 ATTATTTCAACAATAATGCCAAGGTACTATCCTCAATTGAAGTTTGAACGTCTAGTCACT    540
   161 -I--I--S--T--I--M--P--R--Y--Y--P--Q--L--K--F--E--R--L--V--T-    180

                                                                          
   541 TCGCTGGAAGCAAAGGTTGGATATGATGTTTTAATGGCCGATTTTTTCATCCATAAGAAT    600
   541 TCGCTGGAAGCAAAGGTTGGATATGATGTTTTAATGGCCGATTTTTTCATCCATAAGAAT    600
   181 -S--L--E--A--K--V--G--Y--D--V--L--M--A--D--F--F--I--H--K--N-    200

                                                                          
   601 GTGCCTCGAGAGGAAAAGATTAATCTAATTGTTGTGCAAAAGGAAGACTTAGATGCCTCA    660
   601 GTGCCTCGAGAGGAAAAGATTAATCTAATTGTTGTGCAAAAGGAAGACTTAGATGCCTCA    660
   201 -V--P--R--E--E--K--I--N--L--I--V--V--Q--K--E--D--L--D--A--S-    220

                                                                          
   661 TCATGTATTGCAAACCCGCCACATGTGAGCTTTTTAGTCAATGGAAAAGGCGTGGACAAG    720
   661 TCATGTATTGCAAACCCGCCACATGTGAGCTTTTTAGTCAATGGAAAAGGCGTGGACAAG    720
   221 -S--C--I--A--N--P--P--H--V--S--F--L--V--N--G--K--G--V--D--K-    240

                                                                          
   721 AGGACAAATGTTTCAATGGAAACAGGACCCCAGTTCCCCACTGATATTACTAGGATGCTC    780
   721 AGGACAAATGTTTCAATGGAAACAGGACCCCAGTTCCCCACTGATATTACTAGGATGCTC    780
   241 -R--T--N--V--S--M--E--T--G--P--Q--F--P--T--D--I--T--R--M--L-    260

                                                                          
   781 AAATACGGGGCAAACATCATCCAAGCTATAGGATATTTTAATGCTAACTATATCATAGCT    840
   781 AAATACGGGGCAAACATCATCCAAGCTATAGGATATTTTAATGCTAACTATATCATAGCT    840
   261 -K--Y--G--A--N--I--I--Q--A--I--G--Y--F--N--A--N--Y--I--I--A-    280

                                                                          
   841 GTTGCATTTCTGAATAAATTGGAGTCCTTTGACGCTCCAAACCTAAATGATTATGCACAA    900
   841 GTTGCATTTCTGAATAAATTGGAGTCCTTTGACGCTCCAAACCTAAATGATTATGCACAA    900
   281 -V--A--F--L--N--K--L--E--S--F--D--A--P--N--L--N--D--Y--A--Q-    300

                                                                          
   901 CCAGTCGCTGCTAATCCTCCTGATTCTGATTTACTCGAAGGGCCATCTAGAGTTTCCCTG    960
   901 CCAGTCGCTGCTAATCCTCCTGATTCTGATTTACTCGAAGGGCCATCTAGAGTTTCCCTG    960
   301 -P--V--A--A--N--P--P--D--S--D--L--L--E--G--P--S--R--V--S--L-    320

                                                                          
   961 AAGTGCCCCATAAGTTTTAGGCGCATAAAAACTCCCATCAAAGGGCGCCTATGCAAACAC   1020
   961 AAGTGCCCCATAAGTTTTAGGCGCATAAAAACTCCCATCAAAGGGCGCCTATGCAAACAC   1020
   321 -K--C--P--I--S--F--R--R--I--K--T--P--I--K--G--R--L--C--K--H-    340

                                                                          
  1021 TATCAGTGTTTTGATTATGATAATTACATGGAGATGAACTTGAGGAAGCCGACTTGGCGC   1080
  1021 TATCAGTGTTTTGATTATGATAATTACATGGAGATGAACTTGAGGAAGCCGACTTGGCGC   1080
   341 -Y--Q--C--F--D--Y--D--N--Y--M--E--M--N--L--R--K--P--T--W--R-    360

                                                                          
  1081 TGTCCATTTTGTAATACACCTTCAAACTTCACTGACCTACGGATTGATCAAAAGATGGTC   1140
  1081 TGTCCATTTTGTAATACACCTTCAAACTTCACTGACCTACGGATTGATCAAAAGATGGTC   1140
   361 -C--P--F--C--N--T--P--S--N--F--T--D--L--R--I--D--Q--K--M--V-    380

                                                                          
  1141 AAGATATTACAAGAGACTGGAGAAGATACTATTGATGTCCTTGTGTTTGCTGATGGATCT   1200
  1141 AAGATATTACAAGAGACTGGAGAAGATACTATTGATGTCCTTGTGTTTGCTGATGGATCT   1200
   381 -K--I--L--Q--E--T--G--E--D--T--I--D--V--L--V--F--A--D--G--S-    400

                                                                          
  1201 TGGAAAGCCATTTCAACTAATGATGAGAGATCTGATAGACATTCCAGTGACGTCATTCAG   1260
  1201 TGGAAAGCCATTTCAACTAATGATGAGAGATCTGATAGACATTCCAGTGACGTCATTCAG   1260
   401 -W--K--A--I--S--T--N--D--E--R--S--D--R--H--S--S--D--V--I--Q-    420

                                                                          
  1261 CACAGTAGAGATACTATGGACACTGATGCGACTGCTGATGATGTCATAGATCTGATAAAT   1320
  1261 CACAGTAGAGATACTATGGACACTGATGCGACTGCTGATGATGTCATAGATCTGATAAAT   1320
   421 -H--S--R--D--T--M--D--T--D--A--T--A--D--D--V--I--D--L--I--N-    440

                                                                          
  1321 GAAGACAATGATGGTGATGTGCCAATGAGTTTTACCTCTGCATCAGAAGATGTGAAGCCT   1380
  1321 GAAGACAATGATGGTGATGTGCCAATGAGTTTTACCTCTGCATCAGAAGATGTGAAGCCT   1380
   441 -E--D--N--D--G--D--V--P--M--S--F--T--S--A--S--E--D--V--K--P-    460

                                                                          
  1381 TTCTTGAATTGTCAGGATCTATCTGTGGCAGACTATCTTTCGGATTTGCCTATGAACACA   1440
  1381 TTCTTGAATTGTCAGGATCTATCTGTGGCAGACTATCTTTCGGATTTGCCTATGAACACA   1440
   461 -F--L--N--C--Q--D--L--S--V--A--D--Y--L--S--D--L--P--M--N--T-    480

                                                                          
  1441 GTTTCGCAGGCAGAAGATCTATATGCAGGCGGTGCAAGCCGTGGAAACAATGAACGTGGA   1500
  1441 GTTTCGCAGGCAGAAGATCTATATGCAGGCGGTGCAAGCCGTGGAAACAATGAACGTGGA   1500
   481 -V--S--Q--A--E--D--L--Y--A--G--G--A--S--R--G--N--N--E--R--G-    500

                                                                          
  1501 AATGCCACTTCAACTTCTGGCCAAAATTCATCACTGCCTTCTACTGGCGGTCTGGGCTCT   1560
  1501 AATGCCACTTCAACTTCTGGCCAAAATTCATCACTGCCTTCTACTGGCGGTCTGGGCTCT   1560
   501 -N--A--T--S--T--S--G--Q--N--S--S--L--P--S--T--G--G--L--G--S-    520

                                                                          
  1561 AGTTCATTCGGGACTTTGGAGTCTATTCTGCCTCATAACATTCTGCACCCTGTTATCACA   1620
  1561 AGTTCATTCGGGACTTTGGAGTCTATTCTGCCTCATAACATTCTGCACCCTGTTATCACA   1620
   521 -S--S--F--G--T--L--E--S--I--L--P--H--N--I--L--H--P--V--I--T-    540

                                                                          
  1621 GATGCAGTCTCTCCTTCTCTTGATACCTCTAATTCTGTAGTTCCGAGACAGCATGTAGCA   1680
  1621 GATGCAGTCTCTCCTTCTCTTGATACCTCTAATTCTGTAGTTCCGAGACAGCATGTAGCA   1680
   541 -D--A--V--S--P--S--L--D--T--S--N--S--V--V--P--R--Q--H--V--A-    560

                                                                          
  1681 CAAGGAACACGTTCTGATATTGTGCCGTCGCAACCACGAATAGATCCACAGCTTAGATTA   1740
  1681 CAAGGAACACGTTCTGATATTGTGCCGTCGCAACCACGAATAGATCCACAGCTTAGATTA   1740
   561 -Q--G--T--R--S--D--I--V--P--S--Q--P--R--I--D--P--Q--L--R--L-    580

                                                                          
  1741 GAAATTGCAAGACCTCCTATACCAAGGAATGTCGCGAGAGAACCTACAGGAATTCAGGCT   1800
  1741 GAAATTGCAAGACCTCCTATACCAAGGAATGTCGCGAGAGAACCTACAGGAATTCAGGCT   1800
   581 -E--I--A--R--P--P--I--P--R--N--V--A--R--E--P--T--G--I--Q--A-    600

                                                                          
  1801 CTGCCAGTGCAACCACAGAGAGTGCGACCAAATATCTACAATTGTCCACCTCCTTTCCCA   1860
  1801 CTGCCAGTGCAACCACAGAGAGTGCGACCAAATATCTACAATTGTCCACCTCCTTTCCCA   1860
   601 -L--P--V--Q--P--Q--R--V--R--P--N--I--Y--N--C--P--P--P--F--P-    620

                                                                          
  1861 CAATCCAGTCCAGCTTCAGCATATCAAGTACATCAGGTGACAAACGCAGATAGTGTCATT   1920
  1861 CAATCCAGTCCAGCTTCAGCATATCAAGTACATCAGGTGACAAACGCAGATAGTGTCATT   1920
   621 -Q--S--S--P--A--S--A--Y--Q--V--H--Q--V--T--N--A--D--S--V--I-    640

                                                                          
  1921 ACTGCTATGAGCACTGGTATTGGATCACTATCAAGGGCTCCAGATGCTGCTCCGTTATTG   1980
  1921 ACTGCTATGAGCACTGGTATTGGATCACTATCAAGGGCTCCAGATGCTGCTCCGTTATTG   1980
   641 -T--A--M--S--T--G--I--G--S--L--S--R--A--P--D--A--A--P--L--L-    660

                                                                          
  1981 CAACACCAGTCAACACAGCAGGAGATTCGAGCCACGCAAAACTATCATCAAGGCCAGTTC   2040
  1981 CAACACCAGTCAACACAGCAGGAGATTCGAGCCACGCAAAACTATCATCAAGGCCAGTTC   2040
   661 -Q--H--Q--S--T--Q--Q--E--I--R--A--T--Q--N--Y--H--Q--G--Q--F-    680

                                                                          
  2041 ATTGGGCTTACTGCTGCTCAAAATTTCATGGGTACAAGACCGCCGCCAGGAGTCCCAGGA   2100
  2041 ATTGGGCTTACTGCTGCTCAAAATTTCATGGGTACAAGACCGCCGCCAGGAGTCCCAGGA   2100
   681 -I--G--L--T--A--A--Q--N--F--M--G--T--R--P--P--P--G--V--P--G-    700

                                                                          
  2101 CAGGCTATAGGTGCTAATGCCCATGGAGCTCCCCCCGCACAACAGTCCCATCACGTTCAT   2160
  2101 CAGGCTATAGGTGCTAATGCCCATGGAGCTCCCCCCGCACAACAGTCCCATCACGTTCAT   2160
   701 -Q--A--I--G--A--N--A--H--G--A--P--P--A--Q--Q--S--H--H--V--H-    720

                                                                          
  2161 CGGCTAGTGAGCAATCTAATGAATCAACTTGGACAAGCTACAGTGGCTCAACCTTCCACA   2220
  2161 CGGCTAGTGAGCAATCTAATGAATCAACTTGGACAAGCTACAGTGGCTCAACCTTCCACA   2220
   721 -R--L--V--S--N--L--M--N--Q--L--G--Q--A--T--V--A--Q--P--S--T-    740

                                                                          
  2221 GCTCCACAGGTCTTGCCATCTCAACCAGGCGGCACAAGTGCAGTCAACCCGCAGATCCGC   2280
  2221 GCTCCACAGGTCTTGCCATCTCAACCAGGCGGCACAAGTGCAGTCAACCCGCAGATCCGC   2280
   741 -A--P--Q--V--L--P--S--Q--P--G--G--T--S--A--V--N--P--Q--I--R-    760

                                                                          
  2281 GGTCATCTTTTCCCTGCGCAACAACGCAGCCAAGCAATGAGACCACAAGCAGTGCCCCGA   2340
  2281 GGTCATCTTTTCCCTGCGCAACAACGCAGCCAAGCAATGAGACCACAAGCAGTGCCCCGA   2340
   761 -G--H--L--F--P--A--Q--Q--R--S--Q--A--M--R--P--Q--A--V--P--R-    780

                                                                          
  2341 CCTACAATTTCTCAGGCACCACCTCGTGCACAGTCTCCCTTCTTGCCAGCTACTGCTCGG   2400
  2341 CCTACAATTTCTCAGGCACCACCTCGTGCACAGTCTCCCTTCTTGCCAGCTACTGCTCGG   2400
   781 -P--T--I--S--Q--A--P--P--R--A--Q--S--P--F--L--P--A--T--A--R-    800

                                                                          
  2401 CCTCCGAGCACACCTCCCCCTATCGGAACTTCCGATGATCTTCAGGAGCTTCCTGTGGAT   2460
  2401 CCTCCGAGCACACCTCCCCCTATCGGAACTTCCGATGATCTTCAGGAGCTTCCTGTGGAT   2460
   801 -P--P--S--T--P--P--P--I--G--T--S--D--D--L--Q--E--L--P--V--D-    820

                                                                          
  2461 GAAAGCTGGCGTCCCACAGGGCAGATGAGAGGGAGCCTGACTGGTGAAGCTTACAGCGTA   2520
  2461 GAAAGCTGGCGTCCCACAGGGCAGATGAGAGGGAGCCTGACTGGTGAAGCTTACAGCGTA   2520
   821 -E--S--W--R--P--T--G--Q--M--R--G--S--L--T--G--E--A--Y--S--V-    840

                                                                          
  2521 GCGATTGGACGCTACAACCCCAGTGTGAACATTGCTGGTCAGCAGACAAGTCATGTGACA   2580
  2521 GCGATTGGACGCTACAACCCCAGTGTGAACATTGCTGGTCAGCAGACAAGTCATGTGACA   2580
   841 -A--I--G--R--Y--N--P--S--V--N--I--A--G--Q--Q--T--S--H--V--T-    860

                                                                          
  2581 AGTCAGGCTCGGCCAGCTGGTCCGGATGCGCGCAGGTAA                        2619
  2581 AGTCAGGCTCGGCCAGCTGGTCCGGATGCGCGCAGGTAA                        2619
   861 -S--Q--A--R--P--A--G--P--D--A--R--R--*-                         872