Oryza rufipogon (OR_W1943)
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About this transcript

This transcript has 2 exons, is annotated with 42 domains and features and maps to 38 oligo probes.

Gene
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI05G26790.11011336aa
 
Protein coding
A0A0E0PQW3 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Variants
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Other
  • UTR
Markup
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     1 ATGGCGGGCCAGGAGTCGCTCACCCTGGCGGGCGTCCTGCGCGGCCACAACGACATGGTG     60
     1 ATGGCGGGCCAGGAGTCGCTCACCCTGGCGGGCGTCCTGCGCGGCCACAACGACATGGTG     60
     1 -M--A--G--Q--E--S--L--T--L--A--G--V--L--R--G--H--N--D--M--V-     20

                                                                          
    61 ACGGCGATCGCGGCGCCGATTGACAACTCGCCCTTCATCGTCTCCTCCTCCCGCGACAAG    120
    61 ACGGCGATCGCGGCGCCGATTGACAACTCGCCCTTCATCGTCTCCTCCTCCCGCGACAAG    120
    21 -T--A--I--A--A--P--I--D--N--S--P--F--I--V--S--S--S--R--D--K-     40

                                                                          
   121 TCGCTGCTGGTGTGGGACATCACCAACCCGTCCACCGCCGTGGCCACGGATCCCGAGGCG    180
   121 TCGCTGCTGGTGTGGGACATCACCAACCCGTCCACCGCCGTGGCCACGGATCCCGAGGCG    180
    41 -S--L--L--V--W--D--I--T--N--P--S--T--A--V--A--T--D--P--E--A-     60

                                                                          
   181 GCCCCGCCGGAGTACGGCGTCTCGTACCGCCGCCTCACCGGCCACTCCCACTTCGTCCAG    240
   181 GCCCCGCCGGAGTACGGCGTCTCGTACCGCCGCCTCACCGGCCACTCCCACTTCGTCCAG    240
    61 -A--P--P--E--Y--G--V--S--Y--R--R--L--T--G--H--S--H--F--V--Q-     80

                                                                          
   241 GACGTCGTCCTCAGCTCCGACGGCCAGTTCGCGCTCTCGGGATCCTGGGACGGCGAGCTC    300
   241 GACGTCGTCCTCAGCTCCGACGGCCAGTTCGCGCTCTCGGGATCCTGGGACGGCGAGCTC    300
    81 -D--V--V--L--S--S--D--G--Q--F--A--L--S--G--S--W--D--G--E--L-    100

                                                                          
   301 CGCCTCTGGGACCTAGCCACCGGCCGCACCACCCGCCGCTTCGTCGGCCACACCAAGGAC    360
   301 CGCCTCTGGGACCTAGCCACCGGCCGCACCACCCGCCGCTTCGTCGGCCACACCAAGGAC    360
   101 -R--L--W--D--L--A--T--G--R--T--T--R--R--F--V--G--H--T--K--D-    120

                                                                          
   361 GTCCTCTCCGTCGCCTTCTCCGTCGACAACCGCCAGATCGTCTCCGCGGCGCGCGACAAC    420
   361 GTCCTCTCCGTCGCCTTCTCCGTCGACAACCGCCAGATCGTCTCCGCGGCGCGCGACAAC    420
   121 -V--L--S--V--A--F--S--V--D--N--R--Q--I--V--S--A--A--R--D--N-    140

                                                                          
   421 ACCATCAAGCTCTGGAACACCCTCGGCGAGTGCAAGTACACCATCGGCGGCGACCATGGC    480
   421 ACCATCAAGCTCTGGAACACCCTCGGCGAGTGCAAGTACACCATCGGCGGCGACCATGGC    480
   141 -T--I--K--L--W--N--T--L--G--E--C--K--Y--T--I--G--G--D--H--G-    160

                                                                          
   481 GCCGGCGAGGGCCACACCGGGTGGGTCTCCTGCGTCAGATTCTCCCCCAACCCCATGGCC    540
   481 GCCGGCGAGGGCCACACCGGGTGGGTCTCCTGCGTCAGATTCTCCCCCAACCCCATGGCC    540
   161 -A--G--E--G--H--T--G--W--V--S--C--V--R--F--S--P--N--P--M--A-    180

                                                                          
   541 CCCACCATCGTCTCCGGCTCGTGGGATCGCAGCGTCAAGGTCTGGAACCTCACGAACTGC    600
   541 CCCACCATCGTCTCCGGCTCGTGGGATCGCAGCGTCAAGGTCTGGAACCTCACGAACTGC    600
   181 -P--T--I--V--S--G--S--W--D--R--S--V--K--V--W--N--L--T--N--C-    200

                                                                          
   601 AAGCTGCGCACCAAGCTCGAGGGCCACAACGGCTACGTCAACGCCGTCGCCGTGAGCCCA    660
   601 AAGCTGCGCACCAAGCTCGAGGGCCACAACGGCTACGTCAACGCCGTCGCCGTGAGCCCA    660
   201 -K--L--R--T--K--L--E--G--H--N--G--Y--V--N--A--V--A--V--S--P-    220

                                                                          
   661 GACGGCTCCTTGTGTGCCTCCGGTGGGAAGGACGGAACCACCCTGCTCTGGGATCTCACC    720
   661 GACGGCTCCTTGTGTGCCTCCGGTGGGAAGGACGGAACCACCCTGCTCTGGGATCTCACC    720
   221 -D--G--S--L--C--A--S--G--G--K--D--G--T--T--L--L--W--D--L--T-    240

                                                                          
   721 GAGGGGAAGATGCTGTACAAGCTCGACGCCGGCGCCATCATCCACTCCCTCTGCTTCTCG    780
   721 GAGGGGAAGATGCTGTACAAGCTCGACGCCGGCGCCATCATCCACTCCCTCTGCTTCTCG    780
   241 -E--G--K--M--L--Y--K--L--D--A--G--A--I--I--H--S--L--C--F--S-    260

                                                                          
   781 CCCAACCGCTACTGGCTCTGCGCCGCGACAGAGGACTCCGTCAAGATCTGGGACCTCGAG    840
   781 CCCAACCGCTACTGGCTCTGCGCCGCGACAGAGGACTCCGTCAAGATCTGGGACCTCGAG    840
   261 -P--N--R--Y--W--L--C--A--A--T--E--D--S--V--K--I--W--D--L--E-    280

                                                                          
   841 TCCAAGCTCGTCATGCAGGACCTCAAGCCAGAAGTCCAGGCCTTCAAGAGCCAGATGCTG    900
   841 TCCAAGCTCGTCATGCAGGACCTCAAGCCAGAAGTCCAGGCCTTCAAGAGCCAGATGCTG    900
   281 -S--K--L--V--M--Q--D--L--K--P--E--V--Q--A--F--K--S--Q--M--L-    300

                                                                          
   901 TACTGCACAAGTTTGAGCTGGAGCGCTGATGGCAGCACCCTCTTCGCTGGCTACACTGAT    960
   901 TACTGCACAAGTTTGAGCTGGAGCGCTGATGGCAGCACCCTCTTCGCTGGCTACACTGAT    960
   301 -Y--C--T--S--L--S--W--S--A--D--G--S--T--L--F--A--G--Y--T--D-    320

                                                                          
   961 GGAACTATCAGGGTTTGGAAGGTCTCAGGGTTTGGCGGCTATGCAATCTAG            1011
   961 GGAACTATCAGGGTTTGGAAGGTCTCAGGGTTTGGCGGCTATGCAATCTAG            1011
   321 -G--T--I--R--V--W--K--V--S--G--F--G--G--Y--A--I--*-             336