Oryza rufipogon (OR_W1943)
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This transcript has 6 exons, is annotated with 39 domains and features and maps to 36 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI04G21020.12515747aa
 
Protein coding
A0A0E0PBV1 Ensembl Canonical
-ORUFI04G21020.22476734aa
 
Protein coding
A0A0E0PBV2 -
-ORUFI04G21020.32440722aa
 
Protein coding
A0A0E0PBV3 -
-ORUFI04G21020.52380702aa
 
Protein coding
A0A0E0PBV5 -
-ORUFI04G21020.42320682aa
 
Protein coding
A0A0E0PBV4 -
Codons
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  • Alternating codons
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     1 AGTCGCGCAGACAGGCAGCAGCTGACGCGCGCGCGGGGGCGAGGGCAGGAACCCGTCGCG     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
    61 ATTGGGCGGACGACGAACCGGTCGCGCGCGGGCGCGTTCGGGAATCGTGGTGGATCTGAC    120
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   121 GCCACCACCGCCGCCGCCGCCGCCGCTCGGTTGCTCCTCTCCTCGCCGCGCCGTCGCGTG    180
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   181 CGTCGCCGTCGCCTCCTTGCCCCTAGCGGGCGGCCGGGCAATTCCCCGCGCGCCTGCTCG    240
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   241 ATCTGCCTCGGTGGTCAATGCGGGCGAGGAGATGAGCGGCGCCGAGGAGGAGGAGGAGGA    300
       ...............................ATGAGCGGCGCCGAGGAGGAGGAGGAGGA     29
       ...............................-M--S--G--A--E--E--E--E--E--E     10

                                                                          
   301 GGAGGAGGTGTTCTATGAGGCGCGGGACCGCGTGCTCTCCTCCTCCTCCTGCTCCTCCAC    360
    30 GGAGGAGGTGTTCTATGAGGCGCGGGACCGCGTGCTCTCCTCCTCCTCCTGCTCCTCCAC     89
    10 --E--E--V--F--Y--E--A--R--D--R--V--L--S--S--S--S--C--S--S--T     30

                                                                          
   361 CTCGGCCTCGGACGACGACGACCACCCGCCGGCGGCGGCGGCGGCGCTCGACGTGTGGAC    420
    90 CTCGGCCTCGGACGACGACGACCACCCGCCGGCGGCGGCGGCGGCGCTCGACGTGTGGAC    149
    30 --S--A--S--D--D--D--D--H--P--P--A--A--A--A--A--L--D--V--W--T     50

                                                                          
   421 GTCGGAGCCAGCGCCCGTGCAGGAACGACGCCGGAGGCTTCTCCAGATGATGGGGCTCTC    480
   150 GTCGGAGCCAGCGCCCGTGCAGGAACGACGCCGGAGGCTTCTCCAGATGATGGGGCTCTC    209
    50 --S--E--P--A--P--V--Q--E--R--R--R--R--L--L--Q--M--M--G--L--S     70

                                                                          
   481 CGGTGACCCCTCTCTGGCGCGCCTCGAGATGGGTCGATCGGCCTCCTACGACGGGCCCAT    540
   210 CGGTGACCCCTCTCTGGCGCGCCTCGAGATGGGTCGATCGGCCTCCTACGACGGGCCCAT    269
    70 --G--D--P--S--L--A--R--L--E--M--G--R--S--A--S--Y--D--G--P--I     90

                                                                          
   541 CCGGCCGGAGACGGTGTCGCCCATCTCCCGATCCAGATCGGATGGCAGCGTGCCGGCCTC    600
   270 CCGGCCGGAGACGGTGTCGCCCATCTCCCGATCCAGATCGGATGGCAGCGTGCCGGCCTC    329
    90 --R--P--E--T--V--S--P--I--S--R--S--R--S--D--G--S--V--P--A--S    110

                                                                          
   601 CGCCACCAAGCCCCCGCTCGCGGCCCGGTCGCGCCAAACATCGTCCGACTCCTCCGAGGC    660
   330 CGCCACCAAGCCCCCGCTCGCGGCCCGGTCGCGCCAAACATCGTCCGACTCCTCCGAGGC    389
   110 --A--T--K--P--P--L--A--A--R--S--R--Q--T--S--S--D--S--S--E--A    130

                                                                          
   661 CACGCCAGGGGGAGATGACGCGGACCCCAGGTGCCTAATCCGAAACCTCGACGACGGCAG    720
   390 CACGCCAGGGGGAGATGACGCGGACCCCAGGTGCCTAATCCGAAACCTCGACGACGGCAG    449
   130 --T--P--G--G--D--D--A--D--P--R--C--L--I--R--N--L--D--D--G--S    150

                                                                          
   721 CGAGTTCGTGGTGAAGGAGGAGTCCGCGCTCCGCGAGGTGGGCACGGGGAGGCAGCTCAC    780
   450 CGAGTTCGTGGTGAAGGAGGAGTCCGCGCTCCGCGAGGTGGGCACGGGGAGGCAGCTCAC    509
   150 --E--F--V--V--K--E--E--S--A--L--R--E--V--G--T--G--R--Q--L--T    170

                                                                          
   781 CATGGAGGAGTTCGACCTCTGCGTCGGTCGCTCCCCCATCGTCCAGGAGCTCATGCGCCG    840
   510 CATGGAGGAGTTCGACCTCTGCGTCGGTCGCTCCCCCATCGTCCAGGAGCTCATGCGCCG    569
   170 --M--E--E--F--D--L--C--V--G--R--S--P--I--V--Q--E--L--M--R--R    190

                                                                          
   841 CCAGAACGTGGCAAGCTCCGGTTCGAGCAACGGAGCGTCCGCTCTCATCCAGAGGTCCAG    900
   570 CCAGAACGTGGCAAGCTCCGGTTCGAGCAACGGAGCGTCCGCTCTCATCCAGAGGTCCAG    629
   190 --Q--N--V--A--S--S--G--S--S--N--G--A--S--A--L--I--Q--R--S--S    210

                                                                          
   901 CTCTGATTCAAGCAACGGCGCGACGCGCCACAGGCGGCGCGGCAGCTGGCTCCGGAGCAT    960
   630 CTCTGATTCAAGCAACGGCGCGACGCGCCACAGGCGGCGCGGCAGCTGGCTCCGGAGCAT    689
   210 --S--D--S--S--N--G--A--T--R--H--R--R--R--G--S--W--L--R--S--I    230

                                                                          
   961 CCGCAACGTCGCTGGCTCCATGGTGGTCGGCTCCCGCGACCGCCGAAGCAGCGACGAGAA   1020
   690 CCGCAACGTCGCTGGCTCCATGGTGGTCGGCTCCCGCGACCGCCGAAGCAGCGACGAGAA    749
   230 --R--N--V--A--G--S--M--V--V--G--S--R--D--R--R--S--S--D--E--K    250

                                                                          
  1021 GGACACCTCCTCGGAAAAGGGAGGGCGTCGGTCCAGCTCAGCCACAGACGACAGCCAGGA   1080
   750 GGACACCTCCTCGGAAAAGGGAGGGCGTCGGTCCAGCTCAGCCACAGACGACAGCCAGGA    809
   250 --D--T--S--S--E--K--G--G--R--R--S--S--S--A--T--D--D--S--Q--E    270

                                                                          
  1081 AAGTGCCAGCGCCGTGCGCCGTGGCCCGGAGCGTGTCAAGGTACGGCAGTACGGGAAGAC   1140
   810 AAGTGCCAGCGCCGTGCGCCGTGGCCCGGAGCGTGTCAAGGTACGGCAGTACGGGAAGAC    869
   270 --S--A--S--A--V--R--R--G--P--E--R--V--K--V--R--Q--Y--G--K--T    290

                                                                          
  1141 ATGCAAGGAGCTCAGTGGGCTGTTCATGAACCAGGATATACAGGCGCACAACGGGTCCAT   1200
   870 ATGCAAGGAGCTCAGTGGGCTGTTCATGAACCAGGATATACAGGCGCACAACGGGTCCAT    929
   290 --C--K--E--L--S--G--L--F--M--N--Q--D--I--Q--A--H--N--G--S--I    310

                                                                          
  1201 CTGGAGCATAAAGTTTAGTCACGACGGGCGGTACCTCGCGAGTGCTGGGGAGGATTGCGT   1260
   930 CTGGAGCATAAAGTTTAGTCACGACGGGCGGTACCTCGCGAGTGCTGGGGAGGATTGCGT    989
   310 --W--S--I--K--F--S--H--D--G--R--Y--L--A--S--A--G--E--D--C--V    330

                                                                          
  1261 GATCCATGTCTGGGAGGTGTCGGAGCTTGAGAGGAAACGGGAGGGAAATGGGGTGTGCAA   1320
   990 GATCCATGTCTGGGAGGTGTCGGAGCTTGAGAGGAAACGGGAGGGAAATGGGGTGTGCAA   1049
   330 --I--H--V--W--E--V--S--E--L--E--R--K--R--E--G--N--G--V--C--N    350

                                                                          
  1321 TCAACTTGTTGCCGTCGTGTGCAATGGTTCGCCGGAGCCGATATTGGCATTGGCAAGTGT   1380
  1050 TCAACTTGTTGCCGTCGTGTGCAATGGTTCGCCGGAGCCGATATTGGCATTGGCAAGTGT   1109
   350 --Q--L--V--A--V--V--C--N--G--S--P--E--P--I--L--A--L--A--S--V    370

                                                                          
  1381 TGATGGAAGCTGTTGGGAGAAGAAGCATCGGGCTAGAATCTTGGAAACTCGGAAGTCTGC   1440
  1110 TGATGGAAGCTGTTGGGAGAAGAAGCATCGGGCTAGAATCTTGGAAACTCGGAAGTCTGC   1169
   370 --D--G--S--C--W--E--K--K--H--R--A--R--I--L--E--T--R--K--S--A    390

                                                                          
  1441 GAGCTCTGACCGGTTGATGTTTCCAGAGCATGTGTTCGCACTATCAGAAAAACCGGTCAA   1500
  1170 GAGCTCTGACCGGTTGATGTTTCCAGAGCATGTGTTCGCACTATCAGAAAAACCGGTCAA   1229
   390 --S--S--D--R--L--M--F--P--E--H--V--F--A--L--S--E--K--P--V--K    410

                                                                          
  1501 AACTTTTGAGGGGCATTCGGAGGATGTGCTTGATCTCTGCTGGTCTAAATCTCAGTACTT   1560
  1230 AACTTTTGAGGGGCATTCGGAGGATGTGCTTGATCTCTGCTGGTCTAAATCTCAGTACTT   1289
   410 --T--F--E--G--H--S--E--D--V--L--D--L--C--W--S--K--S--Q--Y--L    430

                                                                          
  1561 ACTTTCATCTTCAATGGATAAAACAGTGAAGTTATGGCATATGTCAAGAACTTCATGTTT   1620
  1290 ACTTTCATCTTCAATGGATAAAACAGTGAAGTTATGGCATATGTCAAGAACTTCATGTTT   1349
   430 --L--S--S--S--M--D--K--T--V--K--L--W--H--M--S--R--T--S--C--L    450

                                                                          
  1621 GAAAACATTTTCACATAGTGACTATGTGACATGCATCCAATTCAACCCTGTTGATGATAG   1680
  1350 GAAAACATTTTCACATAGTGACTATGTGACATGCATCCAATTCAACCCTGTTGATGATAG   1409
   450 --K--T--F--S--H--S--D--Y--V--T--C--I--Q--F--N--P--V--D--D--R    470

                                                                          
  1681 ATACTTCATTAGTGGTTCTCTGGATGAAAAGGTTCGCATATGGAGCATTCCGGGACGTGA   1740
  1410 ATACTTCATTAGTGGTTCTCTGGATGAAAAGGTTCGCATATGGAGCATTCCGGGACGTGA   1469
   470 --Y--F--I--S--G--S--L--D--E--K--V--R--I--W--S--I--P--G--R--E    490

                                                                          
  1741 AATTGTTGATTGGAATGATCTGCATGAAATGGTCACTGCTGCTTGCTATACACCTGATGG   1800
  1470 AATTGTTGATTGGAATGATCTGCATGAAATGGTCACTGCTGCTTGCTATACACCTGATGG   1529
   490 --I--V--D--W--N--D--L--H--E--M--V--T--A--A--C--Y--T--P--D--G    510

                                                                          
  1801 ACAGAGAGCATTAGTCGGTTCCCACAAGGGCAGCTGTCATATTTATGATACATCTGGTAT   1860
  1530 ACAGAGAGCATTAGTCGGTTCCCACAAGGGCAGCTGTCATATTTATGATACATCTGGTAT   1589
   510 --Q--R--A--L--V--G--S--H--K--G--S--C--H--I--Y--D--T--S--G--I    530

                                                                          
  1861 ATCTCACCCTCTCATGATCCTCATATCTTATGAGTTTTCGAAATACCAACAGCCAAATAT   1920
  1590 ATCTCACCCTCTCATGATCCTCATATCTTATGAGTTTTCGAAATACCAACAGCCAAATAT   1649
   530 --S--H--P--L--M--I--L--I--S--Y--E--F--S--K--Y--Q--Q--P--N--I    550

                                                                          
  1921 CAGCTTGCCTGTCTTCGAACGGGAGGGCAGAAGCAAGGCCGTTGTGTCTGTCACAAATTC   1980
  1650 CAGCTTGCCTGTCTTCGAACGGGAGGGCAGAAGCAAGGCCGTTGTGTCTGTCACAAATTC   1709
   550 --S--L--P--V--F--E--R--E--G--R--S--K--A--V--V--S--V--T--N--S    570

                                                                          
  1981 GTATGAACACTTCCACTGCCAGGATGTGACTGTAGCTGTTGCTTTGCCATCTGCTGGATC   2040
  1710 GTATGAACACTTCCACTGCCAGGATGTGACTGTAGCTGTTGCTTTGCCATCTGCTGGATC   1769
   570 --Y--E--H--F--H--C--Q--D--V--T--V--A--V--A--L--P--S--A--G--S    590

                                                                          
  2041 AGCAATGACGTCCAGAACAAATTCCAGGAAGACCGAGGAGCAGGATAGCATACCGCAGCA   2100
  1770 AGCAATGACGTCCAGAACAAATTCCAGGAAGACCGAGGAGCAGGATAGCATACCGCAGCA   1829
   590 --A--M--T--S--R--T--N--S--R--K--T--E--E--Q--D--S--I--P--Q--Q    610

                                                                          
  2101 GCACACTCAACCTGACAAACAGCAAGATTCCTCTGATTTCCAATGCCTAAGCGGCAACGG   2160
  1830 GCACACTCAACCTGACAAACAGCAAGATTCCTCTGATTTCCAATGCCTAAGCGGCAACGG   1889
   610 --H--T--Q--P--D--K--Q--Q--D--S--S--D--F--Q--C--L--S--G--N--G    630

                                                                          
  2161 CCTAAGCACTAGTTCAAACCACAGTGGTGACAGAACATCTGCAACTTGGCCTGAAGAGTT   2220
  1890 CCTAAGCACTAGTTCAAACCACAGTGGTGACAGAACATCTGCAACTTGGCCTGAAGAGTT   1949
   630 --L--S--T--S--S--N--H--S--G--D--R--T--S--A--T--W--P--E--E--L    650

                                                                          
  2221 GATGACACCAAGTAAGCAGAGCCCTCCGTCCAGTACCAGCCTTCCCAACGGTGCTGGCCA   2280
  1950 GATGACACCAAGTAAGCAGAGCCCTCCGTCCAGTACCAGCCTTCCCAACGGTGCTGGCCA   2009
   650 --M--T--P--S--K--Q--S--P--P--S--S--T--S--L--P--N--G--A--G--Q    670

                                                                          
  2281 AGCACCAAGCCGGTCGGCCTGGGGTTTAGTGATCGTCACGGCAGGCCGTGGAGGCCAGAT   2340
  2010 AGCACCAAGCCGGTCGGCCTGGGGTTTAGTGATCGTCACGGCAGGCCGTGGAGGCCAGAT   2069
   670 --A--P--S--R--S--A--W--G--L--V--I--V--T--A--G--R--G--G--Q--I    690

                                                                          
  2341 CAGAGCATTTCAGAATTTTGGGTTTCCTGTTCGAGTATAG                       2380
  2070 CAGAGCATTTCAGAATTTTGGGTTTCCTGTTCGAGTATAG                       2109
   690 --R--A--F--Q--N--F--G--F--P--V--R--V--*-                        702