Oryza rufipogon (OR_W1943)
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About this transcript

This transcript has 4 exons, is annotated with 8 domains and features and maps to 55 oligo probes.

Gene
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI03G00190.1798265aa
 
Protein coding
A0A0E0NNG6 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
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Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGCGATGGCGATGCAGGAGGAGCAGAGGGTGGTGGTGATGCGTCACGGCGACCGCGTG     60
     1 ATGGCGATGGCGATGCAGGAGGAGCAGAGGGTGGTGGTGATGCGTCACGGCGACCGCGTG     60
     1 -M--A--M--A--M--Q--E--E--Q--R--V--V--V--M--R--H--G--D--R--V-     20

                                                                          
    61 GACCACGCGGATCCATTGTGGGCCGCCAACAATCCCCGCCCCTGGGATCCGCCGCTCACC    120
    61 GACCACGCGGATCCATTGTGGGCCGCCAACAATCCCCGCCCCTGGGATCCGCCGCTCACC    120
    21 -D--H--A--D--P--L--W--A--A--N--N--P--R--P--W--D--P--P--L--T-     40

                                                                          
   121 GACGCCGGCCTCCTCCGCGCCTCCACCGTCGCCAGTCGCATCCTCGCCGACGGCTTCCAC    180
   121 GACGCCGGCCTCCTCCGCGCCTCCACCGTCGCCAGTCGCATCCTCGCCGACGGCTTCCAC    180
    41 -D--A--G--L--L--R--A--S--T--V--A--S--R--I--L--A--D--G--F--H-     60

                                                                          
   181 ATCCACCGCGTCCTCGTCTCCCCCTTCATCCGCTGCCTCCAGACCGCCGCCCAGGCCATC    240
   181 ATCCACCGCGTCCTCGTCTCCCCCTTCATCCGCTGCCTCCAGACCGCCGCCCAGGCCATC    240
    61 -I--H--R--V--L--V--S--P--F--I--R--C--L--Q--T--A--A--Q--A--I-     80

                                                                          
   241 GCCGCGCTCTCCCCCCTGCCCCGCATCAACATCAAGGTTTCAATTGAATATGGGTTGTCC    300
   241 GCCGCGCTCTCCCCCCTGCCCCGCATCAACATCAAGGTTTCAATTGAATATGGGTTGTCC    300
    81 -A--A--L--S--P--L--P--R--I--N--I--K--V--S--I--E--Y--G--L--S-    100

                                                                          
   301 GAGATGATGAACACTCAAGCAATGGGCATTCTAGTCAGCCAGATAGCTCCAAGCATCGAC    360
   301 GAGATGATGAACACTCAAGCAATGGGCATTCTAGTCAGCCAGATAGCTCCAAGCATCGAC    360
   101 -E--M--M--N--T--Q--A--M--G--I--L--V--S--Q--I--A--P--S--I--D-    120

                                                                          
   361 AGGTGGTTTCCTGACATGTCACAACTGGAAGCTGCTTTGCCAGCTGCTACCATTGATCAC    420
   361 AGGTGGTTTCCTGACATGTCACAACTGGAAGCTGCTTTGCCAGCTGCTACCATTGATCAC    420
   121 -R--W--F--P--D--M--S--Q--L--E--A--A--L--P--A--A--T--I--D--H-    140

                                                                          
   421 TCCGCGGAGCCACTCTACCAGGAGGTACCTAAGTGGGGGGAATCTGTTTGGGAAGCAAGA    480
   421 TCCGCGGAGCCACTCTACCAGGAGGTACCTAAGTGGGGGGAATCTGTTTGGGAAGCAAGA    480
   141 -S--A--E--P--L--Y--Q--E--V--P--K--W--G--E--S--V--W--E--A--R-    160

                                                                          
   481 AGCAGATATGCTAGTGTAATCAAGGCTCTTGCTGACAAATACCCTGATGAGAACCTACTT    540
   481 AGCAGATATGCTAGTGTAATCAAGGCTCTTGCTGACAAATACCCTGATGAGAACCTACTT    540
   161 -S--R--Y--A--S--V--I--K--A--L--A--D--K--Y--P--D--E--N--L--L-    180

                                                                          
   541 CTGGTGACGCATGGTGAGGGTGTTGGTGCATCGGTGTCATTCTTTGAGCCAGGTGTGGAG    600
   541 CTGGTGACGCATGGTGAGGGTGTTGGTGCATCGGTGTCATTCTTTGAGCCAGGTGTGGAG    600
   181 -L--V--T--H--G--E--G--V--G--A--S--V--S--F--F--E--P--G--V--E-    200

                                                                          
   601 ATTTACGAGGTGGAGTATTGTGCCTACTCTGTCCTGGGAAGGCAGCAGCACAAGGTCGGG    660
   601 ATTTACGAGGTGGAGTATTGTGCCTACTCTGTCCTGGGAAGGCAGCAGCACAAGGTCGGG    660
   201 -I--Y--E--V--E--Y--C--A--Y--S--V--L--G--R--Q--Q--H--K--V--G-    220

                                                                          
   661 ATTGAACAAGGAAGCGAGGAGGAAGGGTTGAAGAATCTGAGAGTGCTGAGCACAAGTGGA    720
   661 ATTGAACAAGGAAGCGAGGAGGAAGGGTTGAAGAATCTGAGAGTGCTGAGCACAAGTGGA    720
   221 -I--E--Q--G--S--E--E--E--G--L--K--N--L--R--V--L--S--T--S--G-    240

                                                                          
   721 CCTACAGGCATCCACTACTACTACACTACCCCAGCACCAGCACCAGCACCAGCACCATCT    780
   721 CCTACAGGCATCCACTACTACTACACTACCCCAGCACCAGCACCAGCACCAGCACCATCT    780
   241 -P--T--G--I--H--Y--Y--Y--T--T--P--A--P--A--P--A--P--A--P--S-    260

                                                                          
   781 GAGGTCCCCGACCGTTAG                                              798
   781 GAGGTCCCCGACCGTTAG                                              798
   261 -E--V--P--D--R--*-                                              265