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Oryza rufipogon (OR_W1943)
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About this transcript

This transcript has 17 exons, is annotated with 36 domains and features and maps to 48 oligo probes.

Gene
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  • Name
  • Transcript ID
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  • UniProt
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI02G38490.12337778aa
 
Protein coding
A0A0E0NMP4 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
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Other
  • UTR
Markup
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     1 ATGGCGCAGAGCAACTGGGAAGCAGATAAGATGCTTGATGTGTATATCTATGACTATCTG     60
     1 ATGGCGCAGAGCAACTGGGAAGCAGATAAGATGCTTGATGTGTATATCTATGACTATCTG     60
     1 -M--A--Q--S--N--W--E--A--D--K--M--L--D--V--Y--I--Y--D--Y--L-     20

                                                                          
    61 CTGAAGAGGAACTTGCAGTCGACGGCCAAGGCTTTCATGGCGGAGGGAAAGGTCGCCGCT    120
    61 CTGAAGAGGAACTTGCAGTCGACGGCCAAGGCTTTCATGGCGGAGGGAAAGGTCGCCGCT    120
    21 -L--K--R--N--L--Q--S--T--A--K--A--F--M--A--E--G--K--V--A--A-     40

                                                                          
   121 GATCCAGTCGCAATTGATGCTCCTGGAGGGTTTCTCTTTGAGTGGTGGTCTGTTTTTTGG    180
   121 GATCCAGTCGCAATTGATGCTCCTGGAGGGTTTCTCTTTGAGTGGTGGTCTGTTTTTTGG    180
    41 -D--P--V--A--I--D--A--P--G--G--F--L--F--E--W--W--S--V--F--W-     60

                                                                          
   181 GATATATTTATTGCAAGAACAAATGAGAAGCATTCTGAGGTTGCAGCGGCATACCTAGAG    240
   181 GATATATTTATTGCAAGAACAAATGAGAAGCATTCTGAGGTTGCAGCGGCATACCTAGAG    240
    61 -D--I--F--I--A--R--T--N--E--K--H--S--E--V--A--A--A--Y--L--E-     80

                                                                          
   241 GCACAGCAAATCAAAGCGAGAGAGCACCAACAGCAGATGCAGATGCAGCAGTTGCAACTA    300
   241 GCACAGCAAATCAAAGCGAGAGAGCACCAACAGCAGATGCAGATGCAGCAGTTGCAACTA    300
    81 -A--Q--Q--I--K--A--R--E--H--Q--Q--Q--M--Q--M--Q--Q--L--Q--L-    100

                                                                          
   301 ATACAACACAGACATGCTCAACTGCAGCGAACTAATGCAAGTCATCCTTCACTTAATGGT    360
   301 ATACAACACAGACATGCTCAACTGCAGCGAACTAATGCAAGTCATCCTTCACTTAATGGT    360
   101 -I--Q--H--R--H--A--Q--L--Q--R--T--N--A--S--H--P--S--L--N--G-    120

                                                                          
   361 CCAATAAACACCCTAAATTCTGATGGCATTCTGGGGCATTCAACAGCTAGTGTTTTGGCT    420
   361 CCAATAAACACCCTAAATTCTGATGGCATTCTGGGGCATTCAACAGCTAGTGTTTTGGCT    420
   121 -P--I--N--T--L--N--S--D--G--I--L--G--H--S--T--A--S--V--L--A-    140

                                                                          
   421 GCCAAGATGTATGAAGAGCGCTTGAAGCACCCTCAATCCTTGGACTCTGAGGGATCACAG    480
   421 GCCAAGATGTATGAAGAGCGCTTGAAGCACCCTCAATCCTTGGACTCTGAGGGATCACAG    480
   141 -A--K--M--Y--E--E--R--L--K--H--P--Q--S--L--D--S--E--G--S--Q-    160

                                                                          
   481 CTTCTTGATGCTAGTAGGATGGCTCTTCTCAAGTCAGCTGCAACAAATCATGCAGGGCAA    540
   481 CTTCTTGATGCTAGTAGGATGGCTCTTCTCAAGTCAGCTGCAACAAATCATGCAGGGCAA    540
   161 -L--L--D--A--S--R--M--A--L--L--K--S--A--A--T--N--H--A--G--Q-    180

                                                                          
   541 TTAGTTCCCGGAACTCCCGGAAATGTGTCTACAACGCTGCAACAAATCCAGTCTAGGAAT    600
   541 TTAGTTCCCGGAACTCCCGGAAATGTGTCTACAACGCTGCAACAAATCCAGTCTAGGAAT    600
   181 -L--V--P--G--T--P--G--N--V--S--T--T--L--Q--Q--I--Q--S--R--N-    200

                                                                          
   601 CAACAAACTATGGATATAAAAAGTGAAGGTAATATGGGTGTTGCCCAAAGATCTTTGCCC    660
   601 CAACAAACTATGGATATAAAAAGTGAAGGTAATATGGGTGTTGCCCAAAGATCTTTGCCC    660
   201 -Q--Q--T--M--D--I--K--S--E--G--N--M--G--V--A--Q--R--S--L--P-    220

                                                                          
   661 ATGGACCCATCATCCTTATATGGACAGGGTATTATTCAGCCAAAACCTGGATTGGGCGGT    720
   661 ATGGACCCATCATCCTTATATGGACAGGGTATTATTCAGCCAAAACCTGGATTGGGCGGT    720
   221 -M--D--P--S--S--L--Y--G--Q--G--I--I--Q--P--K--P--G--L--G--G-    240

                                                                          
   721 GCAGGACTAAACCAAGGAGTAAGCGGTCTACCATTGAAAGGGTGGCCATTAACTGGAATT    780
   721 GCAGGACTAAACCAAGGAGTAAGCGGTCTACCATTGAAAGGGTGGCCATTAACTGGAATT    780
   241 -A--G--L--N--Q--G--V--S--G--L--P--L--K--G--W--P--L--T--G--I-    260

                                                                          
   781 GACCAATTGCGACCAAATTTAGGTGCTCAAATGCAGAAGCCATTTCTTTCAACACAGTCA    840
   781 GACCAATTGCGACCAAATTTAGGTGCTCAAATGCAGAAGCCATTTCTTTCAACACAGTCA    840
   261 -D--Q--L--R--P--N--L--G--A--Q--M--Q--K--P--F--L--S--T--Q--S-    280

                                                                          
   841 CAGTTTCAACTTATGTCACCACAGCAGCAGCAACAATTCTTAGCACAGGCCCAAGCACAA    900
   841 CAGTTTCAACTTATGTCACCACAGCAGCAGCAACAATTCTTAGCACAGGCCCAAGCACAA    900
   281 -Q--F--Q--L--M--S--P--Q--Q--Q--Q--Q--F--L--A--Q--A--Q--A--Q-    300

                                                                          
   901 GGCAATCTTAGCAACTCAAGTAACTATGGGGATTTGGATCCCCGGAGATATACAGCACTA    960
   901 GGCAATCTTAGCAACTCAAGTAACTATGGGGATTTGGATCCCCGGAGATATACAGCACTA    960
   301 -G--N--L--S--N--S--S--N--Y--G--D--L--D--P--R--R--Y--T--A--L-    320

                                                                          
   961 ACCAGGGGTGGCTTGAATGGTAAGGATGGACAGCCTGCTGGAACTGATGGGTGTATTAGT   1020
   961 ACCAGGGGTGGCTTGAATGGTAAGGATGGACAGCCTGCTGGAACTGATGGGTGTATTAGT   1020
   321 -T--R--G--G--L--N--G--K--D--G--Q--P--A--G--T--D--G--C--I--S-    340

                                                                          
  1021 TCCCCAATGCAATCCAGTTCACCCAAAGTTAGGTCAGACCAAGAGTATCTCATAAAGGTA   1080
  1021 TCCCCAATGCAATCCAGTTCACCCAAAGTTAGGTCAGACCAAGAGTATCTCATAAAGGTA   1080
   341 -S--P--M--Q--S--S--S--P--K--V--R--S--D--Q--E--Y--L--I--K--V-    360

                                                                          
  1081 CAACAGACATCTTCCCAGCAACCGCAGGAACAGCAGCAGCAGCAGAGCCAGCAACAACAG   1140
  1081 CAACAGACATCTTCCCAGCAACCGCAGGAACAGCAGCAGCAGCAGAGCCAGCAACAACAG   1140
   361 -Q--Q--T--S--S--Q--Q--P--Q--E--Q--Q--Q--Q--Q--S--Q--Q--Q--Q-    380

                                                                          
  1141 CAGCAGCAAAGCCAGCAACAGCAAATGCAACAGAGCAATAGAAAAAGAAAGCAACCTACA   1200
  1141 CAGCAGCAAAGCCAGCAACAGCAAATGCAACAGAGCAATAGAAAAAGAAAGCAACCTACA   1200
   381 -Q--Q--Q--S--Q--Q--Q--Q--M--Q--Q--S--N--R--K--R--K--Q--P--T-    400

                                                                          
  1201 TCTTCAGGAGCAGCAAATAGTACTGGAACAGGGAATACAGTTGGCCCTTCAACCAATTCT   1260
  1201 TCTTCAGGAGCAGCAAATAGTACTGGAACAGGGAATACAGTTGGCCCTTCAACCAATTCT   1260
   401 -S--S--G--A--A--N--S--T--G--T--G--N--T--V--G--P--S--T--N--S-    420

                                                                          
  1261 CCACCATCTACTCCATCCACGCATACCCCAGGAGATGGACTTGGGATGCCTGGCAATATG   1320
  1261 CCACCATCTACTCCATCCACGCATACCCCAGGAGATGGACTTGGGATGCCTGGCAATATG   1320
   421 -P--P--S--T--P--S--T--H--T--P--G--D--G--L--G--M--P--G--N--M-    440

                                                                          
  1321 CGCCACGTCCCGAAAAATTTAGTGATGTATGGTGCTGACGGAACAGGACTAGCATCCTCT   1380
  1321 CGCCACGTCCCGAAAAATTTAGTGATGTATGGTGCTGACGGAACAGGACTAGCATCCTCT   1380
   441 -R--H--V--P--K--N--L--V--M--Y--G--A--D--G--T--G--L--A--S--S-    460

                                                                          
  1381 TCAAACCAAATGGATGATCTCGAGCCATTTGGTGATGTTGGCTCTTTGGAAGATAATGTT   1440
  1381 TCAAACCAAATGGATGATCTCGAGCCATTTGGTGATGTTGGCTCTTTGGAAGATAATGTT   1440
   461 -S--N--Q--M--D--D--L--E--P--F--G--D--V--G--S--L--E--D--N--V-    480

                                                                          
  1441 GAATCATTCTTAGCCAATGATGATGGAGATGCAAGGGATATTTTTGCTGCACTTAAAAGA   1500
  1441 GAATCATTCTTAGCCAATGATGATGGAGATGCAAGGGATATTTTTGCTGCACTTAAAAGA   1500
   481 -E--S--F--L--A--N--D--D--G--D--A--R--D--I--F--A--A--L--K--R-    500

                                                                          
  1501 AGTCCTGCAGAGCCTAACCCAGCGGCTTCAAAAGATGGCAAGATATTGGCTAGCGCTGGA   1560
  1501 AGTCCTGCAGAGCCTAACCCAGCGGCTTCAAAAGATGGCAAGATATTGGCTAGCGCTGGA   1560
   501 -S--P--A--E--P--N--P--A--A--S--K--D--G--K--I--L--A--S--A--G-    520

                                                                          
  1561 CATGAAAAGAAGGCTGTACTTTGGAACATGGACACCTTCCAGAGCCAGTATACATCAGAA   1620
  1561 CATGAAAAGAAGGCTGTACTTTGGAACATGGACACCTTCCAGAGCCAGTATACATCAGAA   1620
   521 -H--E--K--K--A--V--L--W--N--M--D--T--F--Q--S--Q--Y--T--S--E-    540

                                                                          
  1621 GAACACAGCCTCATAATTACTGATGTCCGTTTCCGGCCTAATTCTTCCCAGCTGGCAACA   1680
  1621 GAACACAGCCTCATAATTACTGATGTCCGTTTCCGGCCTAATTCTTCCCAGCTGGCAACA   1680
   541 -E--H--S--L--I--I--T--D--V--R--F--R--P--N--S--S--Q--L--A--T-    560

                                                                          
  1681 TCATCCTTTGATAGAACTATTAAGCTGTGGAATGCTGCAGATCCTGGATTCTGTTTGCAT   1740
  1681 TCATCCTTTGATAGAACTATTAAGCTGTGGAATGCTGCAGATCCTGGATTCTGTTTGCAT   1740
   561 -S--S--F--D--R--T--I--K--L--W--N--A--A--D--P--G--F--C--L--H-    580

                                                                          
  1741 ACGTTTGTTGGGCATAATGTCCAAGTCACATCTTTAGATTTTCATCCAAAGAAGACGGAC   1800
  1741 ACGTTTGTTGGGCATAATGTCCAAGTCACATCTTTAGATTTTCATCCAAAGAAGACGGAC   1800
   581 -T--F--V--G--H--N--V--Q--V--T--S--L--D--F--H--P--K--K--T--D-    600

                                                                          
  1801 CTTTTGTGCTCTTGTGATGGCAATGGTGAAATCCGGTACTGGAATCTGACCCAGCTTAGC   1860
  1801 CTTTTGTGCTCTTGTGATGGCAATGGTGAAATCCGGTACTGGAATCTGACCCAGCTTAGC   1860
   601 -L--L--C--S--C--D--G--N--G--E--I--R--Y--W--N--L--T--Q--L--S-    620

                                                                          
  1861 TGCATGCGTGCCATGAAGGGAGGTACTGCCCAAGTTCGATTCCAACCTAACACTGGACAG   1920
  1861 TGCATGCGTGCCATGAAGGGAGGTACTGCCCAAGTTCGATTCCAACCTAACACTGGACAG   1920
   621 -C--M--R--A--M--K--G--G--T--A--Q--V--R--F--Q--P--N--T--G--Q-    640

                                                                          
  1921 TTTCTCGCAGCTGCTGCGGAGACTATGGTTGCCATTTTTGATGTTGAAACGCACAGCAAA   1980
  1921 TTTCTCGCAGCTGCTGCGGAGACTATGGTTGCCATTTTTGATGTTGAAACGCACAGCAAA   1980
   641 -F--L--A--A--A--A--E--T--M--V--A--I--F--D--V--E--T--H--S--K-    660

                                                                          
  1981 AAATACACACTACAGGGCCATAACACAGATGTGCAATCAGTGTGTTGGGACAGCAGTGGG   2040
  1981 AAATACACACTACAGGGCCATAACACAGATGTGCAATCAGTGTGTTGGGACAGCAGTGGG   2040
   661 -K--Y--T--L--Q--G--H--N--T--D--V--Q--S--V--C--W--D--S--S--G-    680

                                                                          
  2041 GAGTACCTTGCCTCTGTCAGTCAGGACTTGGTTAAGGTCTGGTCAATATCATCAGGAGAG   2100
  2041 GAGTACCTTGCCTCTGTCAGTCAGGACTTGGTTAAGGTCTGGTCAATATCATCAGGAGAG   2100
   681 -E--Y--L--A--S--V--S--Q--D--L--V--K--V--W--S--I--S--S--G--E-    700

                                                                          
  2101 TGCATTCATGAGGTTAGCTCCAATGGAAACAAGTTCCACTCTTGTGTGTTCCACCCAAGC   2160
  2101 TGCATTCATGAGGTTAGCTCCAATGGAAACAAGTTCCACTCTTGTGTGTTCCACCCAAGC   2160
   701 -C--I--H--E--V--S--S--N--G--N--K--F--H--S--C--V--F--H--P--S-    720

                                                                          
  2161 TATGCCAATCTCCTTGTTATTGGAGGCTACCAGTCCCTGGAGCTATGGAACATGGTAAAG   2220
  2161 TATGCCAATCTCCTTGTTATTGGAGGCTACCAGTCCCTGGAGCTATGGAACATGGTAAAG   2220
   721 -Y--A--N--L--L--V--I--G--G--Y--Q--S--L--E--L--W--N--M--V--K-    740

                                                                          
  2221 AACCAGAGCATGACGATACAAGCCCATGAAGGTCTAATTGCGGCCTTGGCGCAATCGCCA   2280
  2221 AACCAGAGCATGACGATACAAGCCCATGAAGGTCTAATTGCGGCCTTGGCGCAATCGCCA   2280
   741 -N--Q--S--M--T--I--Q--A--H--E--G--L--I--A--A--L--A--Q--S--P-    760

                                                                          
  2281 GTGAACGGGACGGTGGCTTCTGCGAGCCACGACAACTCTGTCAAGTTGTGGAAGTAA      2337
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   761 -V--N--G--T--V--A--S--A--S--H--D--N--S--V--K--L--W--K--*-       778