Oryza rufipogon (OR_W1943)
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This transcript has 6 exons, is annotated with 22 domains and features and maps to 39 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORUFI02G08580.11455484aa
 
Protein coding
A0A0E0NBM9 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
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Other
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     1 ATGGACCCCTCGTCGGCGGGCGCGGGCGGCAACTCGCTGGCGTCGGCGTCGTGCGGCGAC     60
     1 ATGGACCCCTCGTCGGCGGGCGCGGGCGGCAACTCGCTGGCGTCGGCGTCGTGCGGCGAC     60
     1 -M--D--P--S--S--A--G--A--G--G--N--S--L--A--S--A--S--C--G--D-     20

                                                                          
    61 GCGCAGAAGCGGCGGGTGTGCTACTTCTACGACCCGGAGGTGGGCAACTACTACTACGGT    120
    61 GCGCAGAAGCGGCGGGTGTGCTACTTCTACGACCCGGAGGTGGGCAACTACTACTACGGT    120
    21 -A--Q--K--R--R--V--C--Y--F--Y--D--P--E--V--G--N--Y--Y--Y--G-     40

                                                                          
   121 CAGGGCCACCCGATGAAGCCCCACCGGGTGAGGATGACCCACGCGCTGCTCGCCCACTAC    180
   121 CAGGGCCACCCGATGAAGCCCCACCGGGTGAGGATGACCCACGCGCTGCTCGCCCACTAC    180
    41 -Q--G--H--P--M--K--P--H--R--V--R--M--T--H--A--L--L--A--H--Y-     60

                                                                          
   181 GGCCTCCTCGCCCCGGCCAAGATGGAGGTGCTCCGCCCGCTCCCCGCCCGCGGCATCGAC    240
   181 GGCCTCCTCGCCCCGGCCAAGATGGAGGTGCTCCGCCCGCTCCCCGCCCGCGGCATCGAC    240
    61 -G--L--L--A--P--A--K--M--E--V--L--R--P--L--P--A--R--G--I--D-     80

                                                                          
   241 CTCTGCCGCTTCCACTCCGACGACTACGTCGCCTTCCTCCGCGCCGTCACCCCGGAGACC    300
   241 CTCTGCCGCTTCCACTCCGACGACTACGTCGCCTTCCTCCGCGCCGTCACCCCGGAGACC    300
    81 -L--C--R--F--H--S--D--D--Y--V--A--F--L--R--A--V--T--P--E--T-    100

                                                                          
   301 CAGCTCGGCCAGGTCCGCGCCCTCCGCCGCTTCAACATCGGCCCGGACTGCCCCGTCTTC    360
   301 CAGCTCGGCCAGGTCCGCGCCCTCCGCCGCTTCAACATCGGCCCGGACTGCCCCGTCTTC    360
   101 -Q--L--G--Q--V--R--A--L--R--R--F--N--I--G--P--D--C--P--V--F-    120

                                                                          
   361 GACGGCCTCTACGCCTACTGCCAGACCTACGCGGGGGCCTCCGTCGGCGCCGCCGTCAAG    420
   361 GACGGCCTCTACGCCTACTGCCAGACCTACGCGGGGGCCTCCGTCGGCGCCGCCGTCAAG    420
   121 -D--G--L--Y--A--Y--C--Q--T--Y--A--G--A--S--V--G--A--A--V--K-    140

                                                                          
   421 CTCAACCACGGCACCCACGACATCGCCATCAACTGGTCCGGCGGGTTGCACCACGCCAAG    480
   421 CTCAACCACGGCACCCACGACATCGCCATCAACTGGTCCGGCGGGTTGCACCACGCCAAG    480
   141 -L--N--H--G--T--H--D--I--A--I--N--W--S--G--G--L--H--H--A--K-    160

                                                                          
   481 AAGTCCGAGGCCTCCGGCTTCTGCTATGTCAACGACATCGTCCTCGCCATCCTCGAGCTC    540
   481 AAGTCCGAGGCCTCCGGCTTCTGCTATGTCAACGACATCGTCCTCGCCATCCTCGAGCTC    540
   161 -K--S--E--A--S--G--F--C--Y--V--N--D--I--V--L--A--I--L--E--L-    180

                                                                          
   541 CTCAAGCTCCATGAGCGAGTTCTGTATATTGATATTGATATCCATCATGGAGATGGAGTT    600
   541 CTCAAGCTCCATGAGCGAGTTCTGTATATTGATATTGATATCCATCATGGAGATGGAGTT    600
   181 -L--K--L--H--E--R--V--L--Y--I--D--I--D--I--H--H--G--D--G--V-    200

                                                                          
   601 GAGGAGGCGTTCTACACAACAAACAGGGTTATGACAGTCTCATTTCACAAGTTTGGGGAT    660
   601 GAGGAGGCGTTCTACACAACAAACAGGGTTATGACAGTCTCATTTCACAAGTTTGGGGAT    660
   201 -E--E--A--F--Y--T--T--N--R--V--M--T--V--S--F--H--K--F--G--D-    220

                                                                          
   661 TATTTCCCGGGAACAGGGGATATCCGCGACATTGGGTATTCAGAAGGGAAGTATTACTGC    720
   661 TATTTCCCGGGAACAGGGGATATCCGCGACATTGGGTATTCAGAAGGGAAGTATTACTGC    720
   221 -Y--F--P--G--T--G--D--I--R--D--I--G--Y--S--E--G--K--Y--Y--C-    240

                                                                          
   721 CTGAATGTCCCGCTGGATGATGGAATTGATGATGACAGCTACCAGTCCATCTTCAAGCCG    780
   721 CTGAATGTCCCGCTGGATGATGGAATTGATGATGACAGCTACCAGTCCATCTTCAAGCCG    780
   241 -L--N--V--P--L--D--D--G--I--D--D--D--S--Y--Q--S--I--F--K--P-    260

                                                                          
   781 ATCATCAGCAAAGTCATGGAGATGTATCGTCCTGGTGCAGTCGTGCTTCAGTGCGGCGCT    840
   781 ATCATCAGCAAAGTCATGGAGATGTATCGTCCTGGTGCAGTCGTGCTTCAGTGCGGCGCT    840
   261 -I--I--S--K--V--M--E--M--Y--R--P--G--A--V--V--L--Q--C--G--A-    280

                                                                          
   841 GATTCGTTGTCCGGTGATAGGTTGGGCTGTTTCAATCTCTCAGGGAAAGGTCATGCTGAA    900
   841 GATTCGTTGTCCGGTGATAGGTTGGGCTGTTTCAATCTCTCAGGGAAAGGTCATGCTGAA    900
   281 -D--S--L--S--G--D--R--L--G--C--F--N--L--S--G--K--G--H--A--E-    300

                                                                          
   901 TGTGTTAAGTTCATGAGGTCTTTCAATGTTCCGTTGCTTCTTCTTGGTGGTGGTGGATAT    960
   901 TGTGTTAAGTTCATGAGGTCTTTCAATGTTCCGTTGCTTCTTCTTGGTGGTGGTGGATAT    960
   301 -C--V--K--F--M--R--S--F--N--V--P--L--L--L--L--G--G--G--G--Y-    320

                                                                          
   961 ACCATAAGAAATGTTGCACGCTGCTGGTGTTACGAGACAGGAGTTGCACTTGGTGAAGAG   1020
   961 ACCATAAGAAATGTTGCACGCTGCTGGTGTTACGAGACAGGAGTTGCACTTGGTGAAGAG   1020
   321 -T--I--R--N--V--A--R--C--W--C--Y--E--T--G--V--A--L--G--E--E-    340

                                                                          
  1021 CTACAGGAGAAGTTGCCTTACAATGAGTATTATGAATATTTTGGTCCAGAATACAGTCTT   1080
  1021 CTACAGGAGAAGTTGCCTTACAATGAGTATTATGAATATTTTGGTCCAGAATACAGTCTT   1080
   341 -L--Q--E--K--L--P--Y--N--E--Y--Y--E--Y--F--G--P--E--Y--S--L-    360

                                                                          
  1081 TACGTTGCAGCAAGTAACATGGAGAACAGAAATACAAACAAGCAACTGGAGGAAATAAAA   1140
  1081 TACGTTGCAGCAAGTAACATGGAGAACAGAAATACAAACAAGCAACTGGAGGAAATAAAA   1140
   361 -Y--V--A--A--S--N--M--E--N--R--N--T--N--K--Q--L--E--E--I--K-    380

                                                                          
  1141 TGCAATATTCTGGACAATCTTTCAAAACTTCAACATGCACCTAGCGTCCAATTTCAAGAG   1200
  1141 TGCAATATTCTGGACAATCTTTCAAAACTTCAACATGCACCTAGCGTCCAATTTCAAGAG   1200
   381 -C--N--I--L--D--N--L--S--K--L--Q--H--A--P--S--V--Q--F--Q--E-    400

                                                                          
  1201 CGAATTCCTGAAACAAAGCTACCTGAGCCAGATGAAGATCAAGAGGATCCAGATGAAAGG   1260
  1201 CGAATTCCTGAAACAAAGCTACCTGAGCCAGATGAAGATCAAGAGGATCCAGATGAAAGG   1260
   401 -R--I--P--E--T--K--L--P--E--P--D--E--D--Q--E--D--P--D--E--R-    420

                                                                          
  1261 CACGACCCTGACTCTGATATGGTGTTGGATGATCACAAACCTACGGGACACTCAGCAAGA   1320
  1261 CACGACCCTGACTCTGATATGGTGTTGGATGATCACAAACCTACGGGACACTCAGCAAGA   1320
   421 -H--D--P--D--S--D--M--V--L--D--D--H--K--P--T--G--H--S--A--R-    440

                                                                          
  1321 AGCCTTATTCACAACATCGGAGTAAAGAGAGAAATTACTGAAACAGAGACCAAAGATCAG   1380
  1321 AGCCTTATTCACAACATCGGAGTAAAGAGAGAAATTACTGAAACAGAGACCAAAGATCAG   1380
   441 -S--L--I--H--N--I--G--V--K--R--E--I--T--E--T--E--T--K--D--Q-    460

                                                                          
  1381 ACTGCGGATGCAAATGCGGTGGCCGTCAACGCGCCAGGCAACGCCAGGAATGAACCGGGA   1440
  1381 ACTGCGGATGCAAATGCGGTGGCCGTCAACGCGCCAGGCAACGCCAGGAATGAACCGGGA   1440
   461 -T--A--D--A--N--A--V--A--V--N--A--P--G--N--A--R--N--E--P--G-    480

                                                                          
  1441 AGCTCACCCAAATGA                                                1455
  1441 AGCTCACCCAAATGA                                                1455
   481 -S--S--P--K--*-                                                 484