Oryza rufipogon (OR_W1943) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Chromosome 1: 3,150,032-3,153,851 forward strand.
This transcript has 9 exons, is annotated with 19 domains and features and maps to 47 oligo probes.
This transcript is a product of gene ORUFI01G04610 Show transcript tableHide transcript table
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1 CCAACTATTAAATGATGCACAAATAAATAAACGAGCGCGCACACACAGTGACACAAACCT 60 ............................................................ ............................................................ 61 AACCAACCCCAACCAACCGCGCGCACGCAACGCAAGCAACGAGTCGACGACGATATCCAA 120 ............................................................ ............................................................ 121 ACCCCCCGACCACGCCCGAAAAAGAAATAATAATAAACAAAAACATTAGACCCCCAAAAA 180 ............................................................ ............................................................ 181 AAAATCTGAGAAAGAAGCGAAAATATCCTCTCGACCCCCCTCACCGGAAAAGGGTATTGC 240 ............................................................ ............................................................ 241 GTCGCCTCCCGCCGCGACGGCGACGACGACGACGACGACGAGCGCGGGCTCCCTCCACCG 300 ............................................................ ............................................................ 301 CCGCCTCCGCCACCGCCTCGCCGCCTGCCTCCGCGCGCCTCCCCCGCCTCCTCCTCCTCC 360 ............................................................ ............................................................ 361 TCCTCCTCCTCCCACATCGGACCCCGCCGCGGTGAGGCTGCGTCGCCGCCGGCTCTTCTG 420 ............................................................ ............................................................ 421 GAAGGGGGCGCATCGTGCTCCGATGGACGCGCAGGTTCAGCAGCAGCAGCAGGCGGCGCC 480 ......................ATGGACGCGCAGGTTCAGCAGCAGCAGCAGGCGGCGCC 38 ......................-M--D--A--Q--V--Q--Q--Q--Q--Q--A--A--P 13 481 GCAGCAGCAGCCGCCGCCCGCGGCCGCGGCGGCGGCGGGGAGGAGGTACGGCGTGCACTT 540 39 GCAGCAGCAGCCGCCGCCCGCGGCCGCGGCGGCGGCGGGGAGGAGGTACGGCGTGCACTT 98 13 --Q--Q--Q--P--P--P--A--A--A--A--A--A--G--R--R--Y--G--V--H--F 33 541 CTCGGCGTCGAGCTTCATCCAGGCGCCGCTCTCCGCGCTGCTCGAGTACTCCGGGATCCT 600 99 CTCGGCGTCGAGCTTCATCCAGGCGCCGCTCTCCGCGCTGCTCGAGTACTCCGGGATCCT 158 33 --S--A--S--S--F--I--Q--A--P--L--S--A--L--L--E--Y--S--G--I--L 53 601 CCGCGCGGACCCCGGCGGCGGGCCGCATCAGGTTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGG 660 159 CCGCGCGGACCCCGGCGGCGGGCCGCATCAGGTTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGG 218 53 --R--A--D--P--G--G--G--P--H--Q--V--G--G--G--G--G--G--G--G--G 73 661 TGAGGTGTCGATCCGGATTGTCGGGTCCGGGGAGGCCGCCGGGGCGGCGTCCGAGAGGGG 720 219 TGAGGTGTCGATCCGGATTGTCGGGTCCGGGGAGGCCGCCGGGGCGGCGTCCGAGAGGGG 278 73 --E--V--S--I--R--I--V--G--S--G--E--A--A--G--A--A--S--E--R--G 93 721 GGAGGAAGGGGTCGTGGAGGACGAGGCGGGGGCCGCCCCGCAGGCGAACCCATCCACATC 780 279 GGAGGAAGGGGTCGTGGAGGACGAGGCGGGGGCCGCCCCGCAGGCGAACCCATCCACATC 338 93 --E--E--G--V--V--E--D--E--A--G--A--A--P--Q--A--N--P--S--T--S 113 781 GGCTGCGGCGGCGGCGACGGCCGGCGGCGGGGAGGCGGGGAGGGAGTCCTCGTCGTCGTA 840 339 GGCTGCGGCGGCGGCGACGGCCGGCGGCGGGGAGGCGGGGAGGGAGTCCTCGTCGTCGTA 398 113 --A--A--A--A--A--T--A--G--G--G--E--A--G--R--E--S--S--S--S--Y 133 841 CCAGAGGTACGACATACAGCAGGTGGCGAGGTGGGTGGAGCAGATACTCCCCTTCTCCCT 900 399 CCAGAGGTACGACATACAGCAGGTGGCGAGGTGGGTGGAGCAGATACTCCCCTTCTCCCT 458 133 --Q--R--Y--D--I--Q--Q--V--A--R--W--V--E--Q--I--L--P--F--S--L 153 901 TCTGCTGCTCGTCGTCTTCATCAGGCAGCACTTGCAAGGTTTCTTCGTGACGATTTGGAT 960 459 TCTGCTGCTCGTCGTCTTCATCAGGCAGCACTTGCAAGGTTTCTTCGTGACGATTTGGAT 518 153 --L--L--L--V--V--F--I--R--Q--H--L--Q--G--F--F--V--T--I--W--I 173 961 TGCCGCCGTGATGTTCAAGTCTAATGATATCCTGCGCAAGCAAACTGCTTTGAAGGGGGA 1020 519 TGCCGCCGTGATGTTCAAGTCTAATGATATCCTGCGCAAGCAAACTGCTTTGAAGGGGGA 578 173 --A--A--V--M--F--K--S--N--D--I--L--R--K--Q--T--A--L--K--G--E 193 1021 GAGAAAAATGTCAGTCCTTGTTGGGATCACAATATTATTCGTTGTTCATGTATTTGGAGT 1080 579 GAGAAAAATGTCAGTCCTTGTTGGGATCACAATATTATTCGTTGTTCATGTATTTGGAGT 638 193 --R--K--M--S--V--L--V--G--I--T--I--L--F--V--V--H--V--F--G--V 213 1081 TTACTGGTGTTACAAGAATGGTGACCTCGTACGACCTCTGGTGGCTCTTGCTCCAAAAGA 1140 639 TTACTGGTGTTACAAGAATGGTGACCTCGTACGACCTCTGGTGGCTCTTGCTCCAAAAGA 698 213 --Y--W--C--Y--K--N--G--D--L--V--R--P--L--V--A--L--A--P--K--E 233 1141 AATTCCACCGTTTTGGCATGCAATATTCATCATTTTGGTGAATGATACAATGGTGCGCCA 1200 699 AATTCCACCGTTTTGGCATGCAATATTCATCATTTTGGTGAATGATACAATGGTGCGCCA 758 233 --I--P--P--F--W--H--A--I--F--I--I--L--V--N--D--T--M--V--R--Q 253 1201 AACTGCTATGATCATCAAGTGCATGTTACTTATGTACTACAAGAACAGCAAAGGGCGTAG 1260 759 AACTGCTATGATCATCAAGTGCATGTTACTTATGTACTACAAGAACAGCAAAGGGCGTAG 818 253 --T--A--M--I--I--K--C--M--L--L--M--Y--Y--K--N--S--K--G--R--S 273 1261 CTATCGTAGGCAGGGCCAAATGTTAACAGTTGTGGAATATTTTCTACTTCTGTACCGAGC 1320 819 CTATCGTAGGCAGGGCCAAATGTTAACAGTTGTGGAATATTTTCTACTTCTGTACCGAGC 878 273 --Y--R--R--Q--G--Q--M--L--T--V--V--E--Y--F--L--L--L--Y--R--A 293 1321 ATTATTGCCTGCTCCTGTATGGTACCGATTTTTCCTGAACAAGGAGTATGGAAGCCTATT 1380 879 ATTATTGCCTGCTCCTGTATGGTACCGATTTTTCCTGAACAAGGAGTATGGAAGCCTATT 938 293 --L--L--P--A--P--V--W--Y--R--F--F--L--N--K--E--Y--G--S--L--F 313 1381 TTCGTCTCTAACCACTGGATTATACCTTACTTTCAAGTTGACATCAGTTGTGGAAAAGGT 1440 939 TTCGTCTCTAACCACTGGATTATACCTTACTTTCAAGTTGACATCAGTTGTGGAAAAGGT 998 313 --S--S--L--T--T--G--L--Y--L--T--F--K--L--T--S--V--V--E--K--V 333 1441 TCAATCATTTTTGACAGCATTGAGAGCGTTATCTCATAAAGACTTCCATTACGGTTCATA 1500 999 TCAATCATTTTTGACAGCATTGAGAGCGTTATCTCATAAAGACTTCCATTACGGTTCATA 1058 333 --Q--S--F--L--T--A--L--R--A--L--S--H--K--D--F--H--Y--G--S--Y 353 1501 CGCAACTAGTGAACAGGTTAGTGCTACTGGAGATATGTGTGCTATATGCCAGGAAAAGAT 1560 1059 CGCAACTAGTGAACAGGTTAGTGCTACTGGAGATATGTGTGCTATATGCCAGGAAAAGAT 1118 353 --A--T--S--E--Q--V--S--A--T--G--D--M--C--A--I--C--Q--E--K--M 373 1561 GCATACTCCCATTCTTTTGCGCTGTAAGCATATCTTTTGCGAGGATTGTGTCTCTGAATG 1620 1119 GCATACTCCCATTCTTTTGCGCTGTAAGCATATCTTTTGCGAGGATTGTGTCTCTGAATG 1178 373 --H--T--P--I--L--L--R--C--K--H--I--F--C--E--D--C--V--S--E--W 393 1621 GTTCGAGAGGGAGCGGACATGCCCGCTATGCAGAGCGTTGGTGAAACCAGCAGACCTCCG 1680 1179 GTTCGAGAGGGAGCGGACATGCCCGCTATGCAGAGCGTTGGTGAAACCAGCAGACCTCCG 1238 393 --F--E--R--E--R--T--C--P--L--C--R--A--L--V--K--P--A--D--L--R 413 1681 GTCGTTCGACAAGAAGGCAGGCAAGCAAGCAGGCAGGTGTTTTAGGTGCGTGCGTCTGTG 1740 1239 GTCGTTCGACAAGAAGGCAGGCAAGCAAGCAGGCAGGTGTTTTAGGTGCGTGCGTCTGTG 1298 413 --S--F--D--K--K--A--G--K--Q--A--G--R--C--F--R--C--V--R--L--C 433 1741 TTGCTCGCGTTTGCGAGCAGAGCAGCCCTATGTGGTGCTGAATCAATCTCCACGTCTTCC 1800 1299 TTGCTCGCGTTTGCGAGCAGAGCAGCCCTATGTGGTGCTGAATCAATCTCCACGTCTTCC 1358 433 --C--S--R--L--R--A--E--Q--P--Y--V--V--L--N--Q--S--P--R--L--P 453 1801 CCATCAACTGAAAGCGAAGAAGAGTACATGAGTGTGTGAGTGCGTGCGTGTGTGTACTGA 1860 1359 CCATCAACTGAAAGCGAAGAAGAGTACATGA............................. 1389 453 --H--Q--L--K--A--K--K--S--T--*-............................. 462 1861 GTGTGCATATATTATCCCCATGTATAGGCTCTTGCGAGGTATGTATGCTTGAGCAAATCT 1920 ............................................................ ............................................................ 1921 CTTTATATAAGAGAACTCACCTTGACCCTACACGAATTTTACATAAATAGAGATGAGTAT 1980 ............................................................ ............................................................ 1981 ATACACCGTATTACTGCC 1998 .................. ..................
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Ensembl Plants release 60 - October 2024 © EMBL-EBI EMBL-EBI
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