Oryza nivara (Oryza_nivara_v1.0)
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This transcript has 12 exons, is annotated with 12 domains and features and maps to 71 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ONIVA09G08110.23036832aa
 
Protein coding
A0A0E0IIW7 Ensembl Canonical
-ONIVA09G08110.12403800aa
 
Protein coding
A0A0E0IIW6 -
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Other
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     1 ATGGCGGCGGTGGATTGCGGGGCGCCGCCGGTGCTCGTGGGCTGGGCGTACGGCCGCGGC     60
     1 ATGGCGGCGGTGGATTGCGGGGCGCCGCCGGTGCTCGTGGGCTGGGCGTACGGCCGCGGC     60
     1 -M--A--A--V--D--C--G--A--P--P--V--L--V--G--W--A--Y--G--R--G-     20

                                                                          
    61 GGCGTGGAGGAGGAGACGGAGACGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGACAGCAGCAGCGAC    120
    61 GGCGTGGAGGAGGAGACGGAGACGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGACAGCAGCAGCGAC    120
    21 -G--V--E--E--E--T--E--T--E--E--E--E--E--E--E--D--S--S--S--D-     40

                                                                          
   121 GAGATGAGGACGGTGGCGGCGATGGGGAGCGCGCCCCTGCTCGGCACCACCGTCGACGAG    180
   121 GAGATGAGGACGGTGGCGGCGATGGGGAGCGCGCCCCTGCTCGGCACCACCGTCGACGAG    180
    41 -E--M--R--T--V--A--A--M--G--S--A--P--L--L--G--T--T--V--D--E-     60

                                                                          
   181 GAGGATTTCTCGCCGCCGAGCACCAGCGGGCGCGGCCGCGGCGGCAGGAAGCAGGGACGC    240
   181 GAGGATTTCTCGCCGCCGAGCACCAGCGGGCGCGGCCGCGGCGGCAGGAAGCAGGGACGC    240
    61 -E--D--F--S--P--P--S--T--S--G--R--G--R--G--G--R--K--Q--G--R-     80

                                                                          
   241 GGGAGGGGTGGGAATTCGTGCCACCAATGCAAGAGGGTGAAGCCGCGGCCGGAGGAGATG    300
   241 GGGAGGGGTGGGAATTCGTGCCACCAATGCAAGAGGGTGAAGCCGCGGCCGGAGGAGATG    300
    81 -G--R--G--G--N--S--C--H--Q--C--K--R--V--K--P--R--P--E--E--M-    100

                                                                          
   301 GTCAGGTGCCAGCTCTGCGGCGACAAGGTCTTCTGCGCCGCATGCATCAAGAACAAGTAC    360
   301 GTCAGGTGCCAGCTCTGCGGCGACAAGGTCTTCTGCGCCGCATGCATCAAGAACAAGTAC    360
   101 -V--R--C--Q--L--C--G--D--K--V--F--C--A--A--C--I--K--N--K--Y-    120

                                                                          
   361 CCGGAGATGCAGCAGGCCGAGGTTAGAGATGAGTGCCCTTTCTGTCGAAATATCTGCAAC    420
   361 CCGGAGATGCAGCAGGCCGAGGTTAGAGATGAGTGCCCTTTCTGTCGAAATATCTGCAAC    420
   121 -P--E--M--Q--Q--A--E--V--R--D--E--C--P--F--C--R--N--I--C--N-    140

                                                                          
   421 TGCACTCGCTGCAATCCCAGTGACAAGTCGGATGGACCCAGGAACCCATTTGTCAGGAGA    480
   421 TGCACTCGCTGCAATCCCAGTGACAAGTCGGATGGACCCAGGAACCCATTTGTCAGGAGA    480
   141 -C--T--R--C--N--P--S--D--K--S--D--G--P--R--N--P--F--V--R--R-    160

                                                                          
   481 TGTAACAGCAGTAGTTCAGTAAAACGGAGAGTGAAGACTGCTGCCTCAGGTTTAAGATGC    540
   481 TGTAACAGCAGTAGTTCAGTAAAACGGAGAGTGAAGACTGCTGCCTCAGGTTTAAGATGC    540
   161 -C--N--S--S--S--S--V--K--R--R--V--K--T--A--A--S--G--L--R--C-    180

                                                                          
   541 AGGGTTGATACTGCGGCACTACAGGCAAAAGCAATTGATAAATTAGAAGCTAACAGTAGG    600
   541 AGGGTTGATACTGCGGCACTACAGGCAAAAGCAATTGATAAATTAGAAGCTAACAGTAGG    600
   181 -R--V--D--T--A--A--L--Q--A--K--A--I--D--K--L--E--A--N--S--R-    200

                                                                          
   601 ATAAACAATGAATCCGCTATGTTAGATAAGGCAGATACACTAGATGTCAGGACTGATGAG    660
   601 ATAAACAATGAATCCGCTATGTTAGATAAGGCAGATACACTAGATGTCAGGACTGATGAG    660
   201 -I--N--N--E--S--A--M--L--D--K--A--D--T--L--D--V--R--T--D--E-    220

                                                                          
   661 GTTGACACTGAAACTAAAAGCAAATATGCCAACTACATGCTACACTACTTGGCGCCACAT    720
   661 GTTGACACTGAAACTAAAAGCAAATATGCCAACTACATGCTACACTACTTGGCGCCACAT    720
   221 -V--D--T--E--T--K--S--K--Y--A--N--Y--M--L--H--Y--L--A--P--H-    240

                                                                          
   721 TTGACAAAGCTGAACAAGGACCAGATGAGTGAGATAGAAAAGGAGGCTAAAATTCAAATG    780
   721 TTGACAAAGCTGAACAAGGACCAGATGAGTGAGATAGAAAAGGAGGCTAAAATTCAAATG    780
   241 -L--T--K--L--N--K--D--Q--M--S--E--I--E--K--E--A--K--I--Q--M-    260

                                                                          
   781 ACCATTGCAAAACTTCAATCTTTGATCTGCATAGAAGCTGTCCAGGCTGCTCCTATGAAT    840
   781 ACCATTGCAAAACTTCAATCTTTGATCTGCATAGAAGCTGTCCAGGCTGCTCCTATGAAT    840
   261 -T--I--A--K--L--Q--S--L--I--C--I--E--A--V--Q--A--A--P--M--N-    280

                                                                          
   841 TATGCATCGTCTGTTGAGCTCCGCGAAGGCAAACTTATGGGCTCTTGTAAGGAAGAACTG    900
   841 TATGCATCGTCTGTTGAGCTCCGCGAAGGCAAACTTATGGGCTCTTGTAAGGAAGAACTG    900
   281 -Y--A--S--S--V--E--L--R--E--G--K--L--M--G--S--C--K--E--E--L-    300

                                                                          
   901 TTCTCTTATCCTAATAGAGGACCTGACTACATGCATGGTGGTGATGGTGATTCAGTACCA    960
   901 TTCTCTTATCCTAATAGAGGACCTGACTACATGCATGGTGGTGATGGTGATTCAGTACCA    960
   301 -F--S--Y--P--N--R--G--P--D--Y--M--H--G--G--D--G--D--S--V--P-    320

                                                                          
   961 GAGTTGATAAACTACAGACAAGGAGACCTGTCTAGCAACCAATCTAAGGACATACAGTGG   1020
   961 GAGTTGATAAACTACAGACAAGGAGACCTGTCTAGCAACCAATCTAAGGACATACAGTGG   1020
   321 -E--L--I--N--Y--R--Q--G--D--L--S--S--N--Q--S--K--D--I--Q--W-    340

                                                                          
  1021 CGTGTTGATTCTGACAAGATTTATTGTCCTCCAACTGAACTTGGTGGGTGTGGTAATCAT   1080
  1021 CGTGTTGATTCTGACAAGATTTATTGTCCTCCAACTGAACTTGGTGGGTGTGGTAATCAT   1080
   341 -R--V--D--S--D--K--I--Y--C--P--P--T--E--L--G--G--C--G--N--H-    360

                                                                          
  1081 ATTCTTCAGTTGAGACGAATATTTTCAAAAGACTGGTTGAGTAAACTCGAAATGGATGCT   1140
  1081 ATTCTTCAGTTGAGACGAATATTTTCAAAAGACTGGTTGAGTAAACTCGAAATGGATGCT   1140
   361 -I--L--Q--L--R--R--I--F--S--K--D--W--L--S--K--L--E--M--D--A-    380

                                                                          
  1141 TTCCAAATGTGTAAACAATTAGAACCATCTGATATTATCGGTAGAGACACTTGTGAGTGC   1200
  1141 TTCCAAATGTGTAAACAATTAGAACCATCTGATATTATCGGTAGAGACACTTGTGAGTGC   1200
   381 -F--Q--M--C--K--Q--L--E--P--S--D--I--I--G--R--D--T--C--E--C-    400

                                                                          
  1201 TCATGTTCTACTGATCATGCAAGTTCAAGGAAAGCTGCCAGCAGAGAGGATTCGACTGAT   1260
  1201 TCATGTTCTACTGATCATGCAAGTTCAAGGAAAGCTGCCAGCAGAGAGGATTCGACTGAT   1260
   401 -S--C--S--T--D--H--A--S--S--R--K--A--A--S--R--E--D--S--T--D-    420

                                                                          
  1261 AACTACATATACTGCCCTACATTGGATAATGGAAAGCCAGAAGATCTCACACACTTCCAG   1320
  1261 AACTACATATACTGCCCTACATTGGATAATGGAAAGCCAGAAGATCTCACACACTTCCAG   1320
   421 -N--Y--I--Y--C--P--T--L--D--N--G--K--P--E--D--L--T--H--F--Q-    440

                                                                          
  1321 AAGCATTGGGTGAAAGGCGAACCCGTAATTGTTCAACAGGTTCTCAAGAAAATGTCATGT   1380
  1321 AAGCATTGGGTGAAAGGCGAACCCGTAATTGTTCAACAGGTTCTCAAGAAAATGTCATGT   1380
   441 -K--H--W--V--K--G--E--P--V--I--V--Q--Q--V--L--K--K--M--S--C-    460

                                                                          
  1381 TTGAGTTGGGAGCCACCAGATATGTGGTCTAAAGTACATGGCACCGGCACTAGTCCTGAG   1440
  1381 TTGAGTTGGGAGCCACCAGATATGTGGTCTAAAGTACATGGCACCGGCACTAGTCCTGAG   1440
   461 -L--S--W--E--P--P--D--M--W--S--K--V--H--G--T--G--T--S--P--E-    480

                                                                          
  1441 ATGAAAAACGTGAAGGCTATTGATTGTTTATCTTGCTGTGAGGTCGAGATATGCACTCAA   1500
  1441 ATGAAAAACGTGAAGGCTATTGATTGTTTATCTTGCTGTGAGGTCGAGATATGCACTCAA   1500
   481 -M--K--N--V--K--A--I--D--C--L--S--C--C--E--V--E--I--C--T--Q-    500

                                                                          
  1501 GACTTCTTCAATGGGTATTATGAAGGTCGGATGTATCAAAATCTATGGCCTGAAATGCTT   1560
  1501 GACTTCTTCAATGGGTATTATGAAGGTCGGATGTATCAAAATCTATGGCCTGAAATGCTT   1560
   501 -D--F--F--N--G--Y--Y--E--G--R--M--Y--Q--N--L--W--P--E--M--L-    520

                                                                          
  1561 AAATTGAAGGACTGGCCTACATCAAATCATTTTGAAGAGCTTTTGCCTTCCCATGGAGTT   1620
  1561 AAATTGAAGGACTGGCCTACATCAAATCATTTTGAAGAGCTTTTGCCTTCCCATGGAGTT   1620
   521 -K--L--K--D--W--P--T--S--N--H--F--E--E--L--L--P--S--H--G--V-    540

                                                                          
  1621 AAATACATGAATTCTTTACCTTTTCAACCATACACAAACTTGAAGTCTGGTTTGCTGAAT   1680
  1621 AAATACATGAATTCTTTACCTTTTCAACCATACACAAACTTGAAGTCTGGTTTGCTGAAT   1680
   541 -K--Y--M--N--S--L--P--F--Q--P--Y--T--N--L--K--S--G--L--L--N-    560

                                                                          
  1681 GTCTCAACCTTGCTTCCTGATGACATCTTAAAGCTTGACATGGGCCCAAAATCATATATA   1740
  1681 GTCTCAACCTTGCTTCCTGATGACATCTTAAAGCTTGACATGGGCCCAAAATCATATATA   1740
   561 -V--S--T--L--L--P--D--D--I--L--K--L--D--M--G--P--K--S--Y--I-    580

                                                                          
  1741 GCTTATGGCTATGCACAGGAACTTGGTAGAGGAGATTCTGTTACAAAGCTTCACTGCGAT   1800
  1741 GCTTATGGCTATGCACAGGAACTTGGTAGAGGAGATTCTGTTACAAAGCTTCACTGCGAT   1800
   581 -A--Y--G--Y--A--Q--E--L--G--R--G--D--S--V--T--K--L--H--C--D-    600

                                                                          
  1801 TTGTCTGATGCAGTTAACGTTTTGATGCATACTGCTGAAGTTGACCCTTCCGAGGAACAA   1860
  1801 TTGTCTGATGCAGTTAACGTTTTGATGCATACTGCTGAAGTTGACCCTTCCGAGGAACAA   1860
   601 -L--S--D--A--V--N--V--L--M--H--T--A--E--V--D--P--S--E--E--Q-    620

                                                                          
  1861 ATAGATGCAATAAAAAGTTTGAAAAGAAGACATACAGCGCAAAATGAAAAGGAGTGTTCT   1920
  1861 ATAGATGCAATAAAAAGTTTGAAAAGAAGACATACAGCGCAAAATGAAAAGGAGTGTTCT   1920
   621 -I--D--A--I--K--S--L--K--R--R--H--T--A--Q--N--E--K--E--C--S-    640

                                                                          
  1921 GGGAATGCAGACGGAAATTATACATCTCCTAAAATCTGTGGGGATGCAAATGAGTTGTCC   1980
  1921 GGGAATGCAGACGGAAATTATACATCTCCTAAAATCTGTGGGGATGCAAATGAGTTGTCC   1980
   641 -G--N--A--D--G--N--Y--T--S--P--K--I--C--G--D--A--N--E--L--S-    660

                                                                          
  1981 TGTCCTATAAACAGTGAGACCAACAAGGGAGGTGCTTTATGGGATATTTTTAGGAGGGAA   2040
  1981 TGTCCTATAAACAGTGAGACCAACAAGGGAGGTGCTTTATGGGATATTTTTAGGAGGGAA   2040
   661 -C--P--I--N--S--E--T--N--K--G--G--A--L--W--D--I--F--R--R--E-    680

                                                                          
  2041 GATGTTCCAAAACTGAAATTGTACCTCGACAAGCATTCTAAGGAATTTCGCCATATATAC   2100
  2041 GATGTTCCAAAACTGAAATTGTACCTCGACAAGCATTCTAAGGAATTTCGCCATATATAC   2100
   681 -D--V--P--K--L--K--L--Y--L--D--K--H--S--K--E--F--R--H--I--Y-    700

                                                                          
  2101 TGTTCTGCAGTTCAAAAGGTATGTAACCCTGTACATGATGAAACATTTTATCTAACAGAA   2160
  2101 TGTTCTGCAGTTCAAAAGGTATGTAACCCTGTACATGATGAAACATTTTATCTAACAGAA   2160
   701 -C--S--A--V--Q--K--V--C--N--P--V--H--D--E--T--F--Y--L--T--E-    720

                                                                          
  2161 GAACACAAGAGAAAACTCAAGGAGGAGCATGGAATCGAGCCTTGGACATTTGTACAAAAA   2220
  2161 GAACACAAGAGAAAACTCAAGGAGGAGCATGGAATCGAGCCTTGGACATTTGTACAAAAA   2220
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   741 -L--G--E--A--V--F--I--P--A--G--C--P--H--Q--V--R--N--L--K--S-    760

                                                                          
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   781 -T--E--D--F--R--R--L--P--K--N--H--R--A--K--E--D--K--L--E--S-    800

                                                                          
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       -*-                                                             800