Oryza nivara (Oryza_nivara_v1.0)
Description

WD40 Polycomb protein of the PRC2 complex, Regulation of vegetative and reproductive developmen [Source: Projected from Oryza sativa (Os08g0137100)]

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About this transcript

This transcript has 14 exons, is annotated with 27 domains and features and maps to 28 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ONIVA08G02510.41992584aa
 
Protein coding
A0A0E0I739 Ensembl Canonical
-ONIVA08G02510.13252464aa
 
Protein coding
A0A0E0I737 -
-ONIVA08G02510.23171464aa
 
Protein coding
A0A0E0I737 -
-ONIVA08G02510.51888350aa
 
Protein coding
A0A0E0I740 -
-ONIVA08G02510.31698565aa
 
Protein coding
A0A0E0I738 -
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
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Other
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     1 ATGAAAAAACTCCAGCCTCATGGGCCTGTGCATATGACCCATAGGCAGGCGACACCGCGG     60
     1 ATGAAAAAACTCCAGCCTCATGGGCCTGTGCATATGACCCATAGGCAGGCGACACCGCGG     60
     1 -M--K--K--L--Q--P--H--G--P--V--H--M--T--H--R--Q--A--T--P--R-     20

                                                                          
    61 CAGCAGAGCGCTGCACGACCTCCGCCTCCCCAATCCGTCCCGTCTCCTCGCCCGCCGCCC    120
    61 CAGCAGAGCGCTGCACGACCTCCGCCTCCCCAATCCGTCCCGTCTCCTCGCCCGCCGCCC    120
    21 -Q--Q--S--A--A--R--P--P--P--P--Q--S--V--P--S--P--R--P--P--P-     40

                                                                          
   121 TCGACTCCCGTCTCCTCGCCTGCCGCTGGCGCCGATCTCCATCCTGCTAGCAGAGGTGGC    180
   121 TCGACTCCCGTCTCCTCGCCTGCCGCTGGCGCCGATCTCCATCCTGCTAGCAGAGGTGGC    180
    41 -S--T--P--V--S--S--P--A--A--G--A--D--L--H--P--A--S--R--G--G-     60

                                                                          
   181 GCCGGCGTCCTCCTGCTCCCGCCGCATTCGCTCACCGGTGAGCATCCTAATCCATCCCAT    240
   181 GCCGGCGTCCTCCTGCTCCCGCCGCATTCGCTCACCGGTGAGCATCCTAATCCATCCCAT    240
    61 -A--G--V--L--L--L--P--P--H--S--L--T--G--E--H--P--N--P--S--H-     80

                                                                          
   241 CCGGTCTCGGTCTCGGCCTCGGCCTCGAATTTCGTCTCCTCGCCCGCCGCTTGCGCCGAT    300
   241 CCGGTCTCGGTCTCGGCCTCGGCCTCGAATTTCGTCTCCTCGCCCGCCGCTTGCGCCGAT    300
    81 -P--V--S--V--S--A--S--A--S--N--F--V--S--S--P--A--A--C--A--D-    100

                                                                          
   301 CCCCATCCTGCGAGCAGAGGTGGCGCCCGGCGTCCTCCTTCTTCCACCGCATCGTCGCTC    360
   301 CCCCATCCTGCGAGCAGAGGTGGCGCCCGGCGTCCTCCTTCTTCCACCGCATCGTCGCTC    360
   101 -P--H--P--A--S--R--G--G--A--R--R--P--P--S--S--T--A--S--S--L-    120

                                                                          
   361 GCCGGTGAGCATCCCTCCCTACCCACACCTCATCAGGTATTCTGCGTTATCCCTCAAAAA    420
   361 GCCGGTGAGCATCCCTCCCTACCCACACCTCATCAGGTATTCTGCGTTATCCCTCAAAAA    420
   121 -A--G--E--H--P--S--L--P--T--P--H--Q--V--F--C--V--I--P--Q--K-    140

                                                                          
   421 GTTTGGGGGTTCAACCGAAACAGGGTTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCA    480
   421 GTTTGGGGGTTCAACCGAAACAGGGTTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCA    480
   141 -V--W--G--F--N--R--N--R--V--R--S--A--S--A--Q--L--H--L--L--S-    160

                                                                          
   481 AATGTAATTTGGTTATTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATCCGTTATGAA    540
   481 AATGTAATTTGGTTATTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATCCGTTATGAA    540
   161 -N--V--I--W--L--L--N--L--I--Q--T--P--L--E--R--K--I--R--Y--E-    180

                                                                          
   541 CTTCCAAATTTGGTTCCAAACTCTGAACTTTTGCTCGCCCTACTAATCCCCCTCACAAAT    600
   541 CTTCCAAATTTGGTTCCAAACTCTGAACTTTTGCTCGCCCTACTAATCCCCCTCACAAAT    600
   181 -L--P--N--L--V--P--N--S--E--L--L--L--A--L--L--I--P--L--T--N-    200

                                                                          
   601 CACCCAAAATCCGAACGACGCCGCCGCCGGAATCCGCCACCGCCGCCGACGGAAGCAAGG    660
   601 CACCCAAAATCCGAACGACGCCGCCGCCGGAATCCGCCACCGCCGCCGACGGAAGCAAGG    660
   201 -H--P--K--S--E--R--R--R--R--R--N--P--P--P--P--P--T--E--A--R-    220

                                                                          
   661 GCAGGTCAGGCCGTCGTCGGGAGGGGGGGAGAGGAGAGGCGCATGGCGAAGCTGGGGCCG    720
   661 GCAGGTCAGGCCGTCGTCGGGAGGGGGGGAGAGGAGAGGCGCATGGCGAAGCTGGGGCCG    720
   221 -A--G--Q--A--V--V--G--R--G--G--E--E--R--R--M--A--K--L--G--P-    240

                                                                          
   721 GGGCAGGGGCTGGGGTGCGAGGCGGCGGTGGGGTTGCTGGCGCCAAGCAGGAAGAGGGAG    780
   721 GGGCAGGGGCTGGGGTGCGAGGCGGCGGTGGGGTTGCTGGCGCCAAGCAGGAAGAGGGAG    780
   241 -G--Q--G--L--G--C--E--A--A--V--G--L--L--A--P--S--R--K--R--E-    260

                                                                          
   781 TACAAGGCGTGCAACAAGCTCACCGAGGGGAAGCGGCCGCTCTACGCCATCGGATTCAAC    840
   781 TACAAGGCGTGCAACAAGCTCACCGAGGGGAAGCGGCCGCTCTACGCCATCGGATTCAAC    840
   261 -Y--K--A--C--N--K--L--T--E--G--K--R--P--L--Y--A--I--G--F--N-    280

                                                                          
   841 TTCCTCGACGTCCGCTACTACGAGGTCTTCGCCACCGTCGGCGGCAACCGCGTGACAACC    900
   841 TTCCTCGACGTCCGCTACTACGAGGTCTTCGCCACCGTCGGCGGCAACCGCGTGACAACC    900
   281 -F--L--D--V--R--Y--Y--E--V--F--A--T--V--G--G--N--R--V--T--T-    300

                                                                          
   901 TACAGCTGCCTCAAGGATGGTAATTTTGCTATCCTGCAAGCATATATTGATGAGGATAAG    960
   901 TACAGCTGCCTCAAGGATGGTAATTTTGCTATCCTGCAAGCATATATTGATGAGGATAAG    960
   301 -Y--S--C--L--K--D--G--N--F--A--I--L--Q--A--Y--I--D--E--D--K-    320

                                                                          
   961 GATGAATCGTTCTACACACTGAGTTGGGCTTGTGATCTTGATGGCACACCGCTGTTAGTG   1020
   961 GATGAATCGTTCTACACACTGAGTTGGGCTTGTGATCTTGATGGCACACCGCTGTTAGTG   1020
   321 -D--E--S--F--Y--T--L--S--W--A--C--D--L--D--G--T--P--L--L--V-    340

                                                                          
  1021 GCTGCAGGAAGCAATGGGATCATTCGGGTCATCAACTGTGCCACTGAGAAGTTACTCAAG   1080
  1021 GCTGCAGGAAGCAATGGGATCATTCGGGTCATCAACTGTGCCACTGAGAAGTTACTCAAG   1080
   341 -A--A--G--S--N--G--I--I--R--V--I--N--C--A--T--E--K--L--L--K-    360

                                                                          
  1081 ACTTTTGTTGGCCATGGCGATTCAATAAACGAGATAAGAACTCAAGCATTAAAGCCTTCG   1140
  1081 ACTTTTGTTGGCCATGGCGATTCAATAAACGAGATAAGAACTCAAGCATTAAAGCCTTCG   1140
   361 -T--F--V--G--H--G--D--S--I--N--E--I--R--T--Q--A--L--K--P--S-    380

                                                                          
  1141 CTCATCATTTCTGCAAGCAAGGATGAATCTGTTAGGCTGTGGAATGTTCACACAGGGATC   1200
  1141 CTCATCATTTCTGCAAGCAAGGATGAATCTGTTAGGCTGTGGAATGTTCACACAGGGATC   1200
   381 -L--I--I--S--A--S--K--D--E--S--V--R--L--W--N--V--H--T--G--I-    400

                                                                          
  1201 TGCATTTTGATTTTTGCTGGAGCAGGAGGTCACCGGAATGAAGTATTGAGTGTTGACTTC   1260
  1201 TGCATTTTGATTTTTGCTGGAGCAGGAGGTCACCGGAATGAAGTATTGAGTGTTGACTTC   1260
   401 -C--I--L--I--F--A--G--A--G--G--H--R--N--E--V--L--S--V--D--F-    420

                                                                          
  1261 CACCCATCTGATATCTACCGCATAGCAAGTTGTGGCATGGATAACACTGTTAAAATATGG   1320
  1261 CACCCATCTGATATCTACCGCATAGCAAGTTGTGGCATGGATAACACTGTTAAAATATGG   1320
   421 -H--P--S--D--I--Y--R--I--A--S--C--G--M--D--N--T--V--K--I--W-    440

                                                                          
  1321 TCAATGAAGGAATTCTGGCCATATGTTGAGCAATCCTTTACATGGACTGACCTTCCATCA   1380
  1321 TCAATGAAGGAATTCTGGCCATATGTTGAGCAATCCTTTACATGGACTGACCTTCCATCA   1380
   441 -S--M--K--E--F--W--P--Y--V--E--Q--S--F--T--W--T--D--L--P--S-    460

                                                                          
  1381 AAATTTCCAACAAAATATGTGCAATTTCCGAGTGTTGACAATGAAATTGTGCTGTGGGAG   1440
  1381 AAATTTCCAACAAAATATGTGCAATTTCCGAGTGTTGACAATGAAATTGTGCTGTGGGAG   1440
   461 -K--F--P--T--K--Y--V--Q--F--P--S--V--D--N--E--I--V--L--W--E-    480

                                                                          
  1441 CCAAAAACAAAAGAACAAAGCCCCGGGGAGGGTAGCATTGATATTCTTCAGAAGTATCCT   1500
  1441 CCAAAAACAAAAGAACAAAGCCCCGGGGAGGGTAGCATTGATATTCTTCAGAAGTATCCT   1500
   481 -P--K--T--K--E--Q--S--P--G--E--G--S--I--D--I--L--Q--K--Y--P-    500

                                                                          
  1501 GTGCCAGAATGTGATATCTGGTTTATCAAATTCTCATGCGATTTTCACTTCAATCAATTG   1560
  1501 GTGCCAGAATGTGATATCTGGTTTATCAAATTCTCATGCGATTTTCACTTCAATCAATTG   1560
   501 -V--P--E--C--D--I--W--F--I--K--F--S--C--D--F--H--F--N--Q--L-    520

                                                                          
  1561 GCAATAGGCAACCGTGAAGGAAAAGTCTTTGTCTGGGAAGTACAGTCCAGTCCTCCTGTT   1620
  1561 GCAATAGGCAACCGTGAAGGAAAAGTCTTTGTCTGGGAAGTACAGTCCAGTCCTCCTGTT   1620
   521 -A--I--G--N--R--E--G--K--V--F--V--W--E--V--Q--S--S--P--P--V-    540

                                                                          
  1621 TTAACTGCTCGGCTGACTAATCCGCAATGCAAATCTGCGATAAGGCAGACTGCCGTGTCA   1680
  1621 TTAACTGCTCGGCTGACTAATCCGCAATGCAAATCTGCGATAAGGCAGACTGCCGTGTCA   1680
   541 -L--T--A--R--L--T--N--P--Q--C--K--S--A--I--R--Q--T--A--V--S-    560

                                                                          
  1681 TTTGATGGAAGGTTGTGA                                             1698
  1681 TTTGATGGAAGGTTGTGA                                             1698
   561 -F--D--G--R--L--*-                                              565