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Oryza nivara (Oryza_nivara_v1.0)
Description

ubiquitin-specific protease 24 [Source:Projected from Arabidopsis thaliana (AT4G30890) TAIR;Acc:AT4G30890]

Location
About this transcript

This transcript has 7 exons, is annotated with 16 domains and features and maps to 50 oligo probes.

Gene
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  • Name
  • Transcript ID
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  • Protein
  • Translation ID
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  • UniProt
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ONIVA07G24910.12490666aa
 
Protein coding
A0A0E0I589 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGGCAGCGGCAAGGCCAACCACCCGGCGGCTTCCTCGTCCAAGGTCTCCTCCGTCTCC     60
     1 ATGGGCAGCGGCAAGGCCAACCACCCGGCGGCTTCCTCGTCCAAGGTCTCCTCCGTCTCC     60
     1 -M--G--S--G--K--A--N--H--P--A--A--S--S--S--K--V--S--S--V--S-     20

                                                                          
    61 TCCTCCAAACCCAAACCCAAACCCACCCCGATTAGAAACCCTACGCCTCCGCCTCCTCCT    120
    61 TCCTCCAAACCCAAACCCAAACCCACCCCGATTAGAAACCCTACGCCTCCGCCTCCTCCT    120
    21 -S--S--K--P--K--P--K--P--T--P--I--R--N--P--T--P--P--P--P--P-     40

                                                                          
   121 CCTCGCCGCCGCACGCCCCCACCTCCGCCGCCGGGGTCGGGCCCGGGGCCGCAGCGACCT    180
   121 CCTCGCCGCCGCACGCCCCCACCTCCGCCGCCGGGGTCGGGCCCGGGGCCGCAGCGACCT    180
    41 -P--R--R--R--T--P--P--P--P--P--P--G--S--G--P--G--P--Q--R--P-     60

                                                                          
   181 TCCTACCTCTCGGTAGCGCTCCGCCGCCGCGGGCCTCCCGCGGGCAGCGCGGCCGGGACC    240
   181 TCCTACCTCTCGGTAGCGCTCCGCCGCCGCGGGCCTCCCGCGGGCAGCGCGGCCGGGACC    240
    61 -S--Y--L--S--V--A--L--R--R--R--G--P--P--A--G--S--A--A--G--T-     80

                                                                          
   241 CCGGCGCCGCCGCGCGCCGCCGCCGCCTTTGATGTCGCCCCCCCGGTCGCCGAGCGCACG    300
   241 CCGGCGCCGCCGCGCGCCGCCGCCGCCTTTGATGTCGCCCCCCCGGTCGCCGAGCGCACG    300
    81 -P--A--P--P--R--A--A--A--A--F--D--V--A--P--P--V--A--E--R--T-    100

                                                                          
   301 GACCCCGTTGTCTTCCCCGCTTCATTAGCCGAGATGAGCGGCGGCGGCGGCAGCAGCAGC    360
   301 GACCCCGTTGTCTTCCCCGCTTCATTAGCCGAGATGAGCGGCGGCGGCGGCAGCAGCAGC    360
   101 -D--P--V--V--F--P--A--S--L--A--E--M--S--G--G--G--G--S--S--S-    120

                                                                          
   361 AGCGACGATCAGATCCTTCTGTTTGGGAGCTTCACAGAGGCTGAAACCAAGTTGTGGCAG    420
   361 AGCGACGATCAGATCCTTCTGTTTGGGAGCTTCACAGAGGCTGAAACCAAGTTGTGGCAG    420
   121 -S--D--D--Q--I--L--L--F--G--S--F--T--E--A--E--T--K--L--W--Q-    140

                                                                          
   421 CCTAATGCAAATAAAACACGGGAACTCTCTGAGATCCAGTTTGGGTCACTGAATTTCTCA    480
   421 CCTAATGCAAATAAAACACGGGAACTCTCTGAGATCCAGTTTGGGTCACTGAATTTCTCA    480
   141 -P--N--A--N--K--T--R--E--L--S--E--I--Q--F--G--S--L--N--F--S-    160

                                                                          
   481 GCTCTAAATTTATCGAAAGAATCAAATTCTATTACTCAAGGTGCTGTCTATCCTGCAAAA    540
   481 GCTCTAAATTTATCGAAAGAATCAAATTCTATTACTCAAGGTGCTGTCTATCCTGCAAAA    540
   161 -A--L--N--L--S--K--E--S--N--S--I--T--Q--G--A--V--Y--P--A--K-    180

                                                                          
   541 TTAAGTGACGGCCAGAACAAAATCATCATTACAAAGGATATTGCATGCAGCAACAAAAAG    600
   541 TTAAGTGACGGCCAGAACAAAATCATCATTACAAAGGATATTGCATGCAGCAACAAAAAG    600
   181 -L--S--D--G--Q--N--K--I--I--I--T--K--D--I--A--C--S--N--K--K-    200

                                                                          
   601 GAAACAGTAGCTCCTACATTACCAAATGGCAAGCCAGTGCTATTCAATGGATCTCCCACT    660
   601 GAAACAGTAGCTCCTACATTACCAAATGGCAAGCCAGTGCTATTCAATGGATCTCCCACT    660
   201 -E--T--V--A--P--T--L--P--N--G--K--P--V--L--F--N--G--S--P--T-    220

                                                                          
   661 GCCAATGCCAATGTGTCTCCCAACAATGGCGTCATTGAGAATAATCAGAAGGCTGTAGCT    720
   661 GCCAATGCCAATGTGTCTCCCAACAATGGCGTCATTGAGAATAATCAGAAGGCTGTAGCT    720
   221 -A--N--A--N--V--S--P--N--N--G--V--I--E--N--N--Q--K--A--V--A-    240

                                                                          
   721 GCAGTTCTCACGAGTGTTCCTGCTAAAAATGTCAGCAGCCCAGCACCACTTTCAGTGCCA    780
   721 GCAGTTCTCACGAGTGTTCCTGCTAAAAATGTCAGCAGCCCAGCACCACTTTCAGTGCCA    780
   241 -A--V--L--T--S--V--P--A--K--N--V--S--S--P--A--P--L--S--V--P-    260

                                                                          
   781 GAGGTGGACCATGATGGGATCGAACGCAATCAAAACAGCAGTTTAGTCCCAGAAATAACT    840
   781 GAGGTGGACCATGATGGGATCGAACGCAATCAAAACAGCAGTTTAGTCCCAGAAATAACT    840
   261 -E--V--D--H--D--G--I--E--R--N--Q--N--S--S--L--V--P--E--I--T-    280

                                                                          
   841 GAAAATGGAGGGCCAGCTATTGATACACCAACTACTGCAGCTCCAGTGGATGAGCTTGTG    900
   841 GAAAATGGAGGGCCAGCTATTGATACACCAACTACTGCAGCTCCAGTGGATGAGCTTGTG    900
   281 -E--N--G--G--P--A--I--D--T--P--T--T--A--A--P--V--D--E--L--V-    300

                                                                          
   901 ACAAGCTTAAATAAAAAGGACTTTCGGAACAAGCCCTTGCTTCCTCATGGTTTGAAGAAT    960
   901 ACAAGCTTAAATAAAAAGGACTTTCGGAACAAGCCCTTGCTTCCTCATGGTTTGAAGAAT    960
   301 -T--S--L--N--K--K--D--F--R--N--K--P--L--L--P--H--G--L--K--N-    320

                                                                          
   961 ACAGGAAATATATGCTTCCTGAATTCATCCTTGCAGGCATTGCTCTCATGCTGGCCTTTT   1020
   961 ACAGGAAATATATGCTTCCTGAATTCATCCTTGCAGGCATTGCTCTCATGCTGGCCTTTT   1020
   321 -T--G--N--I--C--F--L--N--S--S--L--Q--A--L--L--S--C--W--P--F-    340

                                                                          
  1021 GTCCAGCTTTTACAGAACTTGAGGAACCAGAATATACCTAAGGCTGGTTACCCAACACTG   1080
  1021 GTCCAGCTTTTACAGAACTTGAGGAACCAGAATATACCTAAGGCTGGTTACCCAACACTG   1080
   341 -V--Q--L--L--Q--N--L--R--N--Q--N--I--P--K--A--G--Y--P--T--L-    360

                                                                          
  1081 AATGCATTTATTGAGTTCATCTCTCAATTCGACGTGCTCGATGATTCAAATGTTAAGAAA   1140
  1081 AATGCATTTATTGAGTTCATCTCTCAATTCGACGTGCTCGATGATTCAAATGTTAAGAAA   1140
   361 -N--A--F--I--E--F--I--S--Q--F--D--V--L--D--D--S--N--V--K--K-    380

                                                                          
  1141 GACGAGAAGTTTGCTACAATAGCTTCAAAATCAGTTATTCCCTCCATGTTTGACACAGTT   1200
  1141 GACGAGAAGTTTGCTACAATAGCTTCAAAATCAGTTATTCCCTCCATGTTTGACACAGTT   1200
   381 -D--E--K--F--A--T--I--A--S--K--S--V--I--P--S--M--F--D--T--V-    400

                                                                          
  1201 CTGAGAAATTTTACTCCAGATGTGCCAGCTGGAACAGCTTCTAGGCCAAGGCAGGAAGAT   1260
  1201 CTGAGAAATTTTACTCCAGATGTGCCAGCTGGAACAGCTTCTAGGCCAAGGCAGGAAGAT   1260
   401 -L--R--N--F--T--P--D--V--P--A--G--T--A--S--R--P--R--Q--E--D-    420

                                                                          
  1261 GCTCAAGAATTCTTAAGTTTTGCGATGGATAGAATGCATGATGAACTAGTGAAGCTTAAT   1320
  1261 GCTCAAGAATTCTTAAGTTTTGCGATGGATAGAATGCATGATGAACTAGTGAAGCTTAAT   1320
   421 -A--Q--E--F--L--S--F--A--M--D--R--M--H--D--E--L--V--K--L--N-    440

                                                                          
  1321 GGCAATGGCTCAAATTCAAAGGAGGGTATGATTGTTTCATCAAATGATGATGATGCTTGG   1380
  1321 GGCAATGGCTCAAATTCAAAGGAGGGTATGATTGTTTCATCAAATGATGATGATGCTTGG   1380
   441 -G--N--G--S--N--S--K--E--G--M--I--V--S--S--N--D--D--D--A--W-    460

                                                                          
  1381 GAGACTGTTGGAAAGAAGAACAAGTCTGCCATAATGAGGAGTCAGAGTTTTGTTCCCTCC   1440
  1381 GAGACTGTTGGAAAGAAGAACAAGTCTGCCATAATGAGGAGTCAGAGTTTTGTTCCCTCC   1440
   461 -E--T--V--G--K--K--N--K--S--A--I--M--R--S--Q--S--F--V--P--S-    480

                                                                          
  1441 GAGTTAACTGCTATTTTTGGAGGCCAGCTGCAAAGCTGTGTGAAAGCTACTGGTAACAAA   1500
  1441 GAGTTAACTGCTATTTTTGGAGGCCAGCTGCAAAGCTGTGTGAAAGCTACTGGTAACAAA   1500
   481 -E--L--T--A--I--F--G--G--Q--L--Q--S--C--V--K--A--T--G--N--K-    500

                                                                          
  1501 GCATCAGTCACCGTTCAGCCTTTTCGACTGATCCATCTTGACATATTCCCAGATGCTGTT   1560
  1501 GCATCAGTCACCGTTCAGCCTTTTCGACTGATCCATCTTGACATATTCCCAGATGCTGTT   1560
   501 -A--S--V--T--V--Q--P--F--R--L--I--H--L--D--I--F--P--D--A--V-    520

                                                                          
  1561 CAGAAACTTGATGATGCCCTTCGTCTGTTTGCTGCTCCTGAATCTTTGGAAGGATACAGA   1620
  1561 CAGAAACTTGATGATGCCCTTCGTCTGTTTGCTGCTCCTGAATCTTTGGAAGGATACAGA   1620
   521 -Q--K--L--D--D--A--L--R--L--F--A--A--P--E--S--L--E--G--Y--R-    540

                                                                          
  1621 ACAGCTGCTGGAAAGGCTGGGTTGGTGACGGCTAGAAAATCAGTGAAGATACACTCACTT   1680
  1621 ACAGCTGCTGGAAAGGCTGGGTTGGTGACGGCTAGAAAATCAGTGAAGATACACTCACTT   1680
   541 -T--A--A--G--K--A--G--L--V--T--A--R--K--S--V--K--I--H--S--L-    560

                                                                          
  1681 TCAAAGATAATGATACTGCACCTGAAGAGGTTTAGTTATGGAAGTCATGGCTGCACGAAA   1740
  1681 TCAAAGATAATGATACTGCACCTGAAGAGGTTTAGTTATGGAAGTCATGGCTGCACGAAA   1740
   561 -S--K--I--M--I--L--H--L--K--R--F--S--Y--G--S--H--G--C--T--K-    580

                                                                          
  1741 CTCTTCAAGCCAATTCACTTCCCTCTTGAGCTGGTTCTTAGTCGTGATCTGCTGAGTTCG   1800
  1741 CTCTTCAAGCCAATTCACTTCCCTCTTGAGCTGGTTCTTAGTCGTGATCTGCTGAGTTCG   1800
   581 -L--F--K--P--I--H--F--P--L--E--L--V--L--S--R--D--L--L--S--S-    600

                                                                          
  1801 CCATCATCAGAGAGTAGAAGATATGAGCTTGTTGCAACCATCACGCATCTTGGGGCAAAC   1860
  1801 CCATCATCAGAGAGTAGAAGATATGAGCTTGTTGCAACCATCACGCATCTTGGGGCAAAC   1860
   601 -P--S--S--E--S--R--R--Y--E--L--V--A--T--I--T--H--L--G--A--N-    620

                                                                          
  1861 CCGTCCAGGGGCCATTACACTGCCGATGCAAAGTCTGCCAGTGGGCAGTGGCTTCGCTTC   1920
  1861 CCGTCCAGGGGCCATTACACTGCCGATGCAAAGTCTGCCAGTGGGCAGTGGCTTCGCTTC   1920
   621 -P--S--R--G--H--Y--T--A--D--A--K--S--A--S--G--Q--W--L--R--F-    640

                                                                          
  1921 GACGATGATAACGTCACACCTGTCAGTCTGAACAAGGTCTTGCATGACCAAGCATATGTC   1980
  1921 GACGATGATAACGTCACACCTGTCAGTCTGAACAAGGTCTTGCATGACCAAGCATATGTC   1980
   641 -D--D--D--N--V--T--P--V--S--L--N--K--V--L--H--D--Q--A--Y--V-    660

                                                                          
  1981 CTGTTCTACAAACAATTATAAGTTTGGGGGTATTGCTACGGAGTTGATTAGCGGTTCTCT   2040
  1981 CTGTTCTACAAACAATTATAA.......................................   2001
   661 -L--F--Y--K--Q--L--*-.......................................    666

                                                                          
  2041 TATTGCTTGAACAGCTAGATATATACTAACTATATCGCCCAGTTAATGTAGCTGCCGTGT   2100
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2101 AACTGAGAATCTTGTGTCAAGTGCCTGGTTTCCTGCGTTTATTTATATATGCTTGATCAC   2160
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2161 ATAGTGGGGGATTTTTGTTCAGGCCATTGTTGAGGTTTTGTAAAATGCAAATGTCATCTT   2220
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2221 GGTAATGACCATTAAAGTAACCATGAGATGATATCACTCGTTGGCCCTAAGAAACTATAT   2280
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2281 TGATCATGTTATTGCGGTGTTGCATTTGATTATATTAAAACGTGATTAAAACGTCCAGCT   2340
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  2341 TGTGAGCTTGACGATTGCTGAAATATGGCTCTATGGCTGCCTACTGCGCTTCAGGTTTCA   2400
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  2401 GTGGCTGTCAATCAGTTTGGAAAGCTGAAGCTGTAGAGATCAACCTGAAACTGTGAATTT   2460
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  2461 GTGAAGCAGTTTATGCCTACTATATACGAG                                 2490
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