Oryza nivara (Oryza_nivara_v1.0) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Chromosome 6: 9,999,146-10,002,774 forward strand.
This transcript has 3 exons, is annotated with 26 domains and features and maps to 50 oligo probes.
This transcript is a product of gene ONIVA06G12720 Show transcript tableHide transcript table
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1 GCGGAGCAGCGGCCGCGACGAGCCCCCCATGGCCTCGCCGCCTGCCGGCGACGCCCCGCC 60 ............................ATGGCCTCGCCGCCTGCCGGCGACGCCCCGCC 32 ............................-M--A--S--P--P--A--G--D--A--P--P 11 61 GGCGGCGGCGGCGGCACGGGAGGAGGAGGAGGAGGGCGTGAGCTGCGGCATCTGCCTGAC 120 33 GGCGGCGGCGGCGGCACGGGAGGAGGAGGAGGAGGGCGTGAGCTGCGGCATCTGCCTGAC 92 11 --A--A--A--A--A--R--E--E--E--E--E--G--V--S--C--G--I--C--L--T 31 121 GGACGCGCGGCGGGCGGTGCGCGGGGAGCTCGACTGCTGCGCCCACCACTTCTGCTTCGT 180 93 GGACGCGCGGCGGGCGGTGCGCGGGGAGCTCGACTGCTGCGCCCACCACTTCTGCTTCGT 152 31 --D--A--R--R--A--V--R--G--E--L--D--C--C--A--H--H--F--C--F--V 51 181 CTGCATCATGGCGTGGGCGCGCGTCGAGTCGCGCTGCCCCTTCTGCAAGGCCCGCTTCCG 240 153 CTGCATCATGGCGTGGGCGCGCGTCGAGTCGCGCTGCCCCTTCTGCAAGGCCCGCTTCCG 212 51 --C--I--M--A--W--A--R--V--E--S--R--C--P--F--C--K--A--R--F--R 71 241 CACCATCACCCGCCCGCCCGTCCCCGGCCGCTTCCCTTCCCAGCGCGTCGTCGCCGTCCC 300 213 CACCATCACCCGCCCGCCCGTCCCCGGCCGCTTCCCTTCCCAGCGCGTCGTCGCCGTCCC 272 71 --T--I--T--R--P--P--V--P--G--R--F--P--S--Q--R--V--V--A--V--P 91 301 CGAGCGCAACCAGGCTTGCAACCCTTCGGGCAATGGCAGCAGCACTGTAGACGCTGATCT 360 273 CGAGCGCAACCAGGCTTGCAACCCTTCGGGCAATGGCAGCAGCACTGTAGACGCTGATCT 332 91 --E--R--N--Q--A--C--N--P--S--G--N--G--S--S--T--V--D--A--D--L 111 361 CTATGCAAACACCAGCTGTAGCGTATGTAACCTCTCCAATGATGATGAACTGCTGATGTT 420 333 CTATGCAAACACCAGCTGTAGCGTATGTAACCTCTCCAATGATGATGAACTGCTGATGTT 392 111 --Y--A--N--T--S--C--S--V--C--N--L--S--N--D--D--E--L--L--M--L 131 421 GTGCGAGCTCTGCGATTCTGCTGTGCACACTTACTGTGCCGGTCTAGGCACTGAAATTCC 480 393 GTGCGAGCTCTGCGATTCTGCTGTGCACACTTACTGTGCCGGTCTAGGCACTGAAATTCC 452 131 --C--E--L--C--D--S--A--V--H--T--Y--C--A--G--L--G--T--E--I--P 151 481 TGAGGGTGACTGGTTCTGTACGGACTGCATGACAGCCAAGGAGGATCATTCGAGGTGTGA 540 453 TGAGGGTGACTGGTTCTGTACGGACTGCATGACAGCCAAGGAGGATCATTCGAGGTGTGA 512 151 --E--G--D--W--F--C--T--D--C--M--T--A--K--E--D--H--S--R--C--E 171 541 GATTGACGATGACAATTCTAGTGATCATGGTGAATTTAAAATCACCATTGAAGTTCCAAT 600 513 GATTGACGATGACAATTCTAGTGATCATGGTGAATTTAAAATCACCATTGAAGTTCCAAT 572 171 --I--D--D--D--N--S--S--D--H--G--E--F--K--I--T--I--E--V--P--I 191 601 AGCTGATCCAGTTGCTGCTCCTTCCATTTCGGATATTGTGGATGAGGGTCACTCTCCAAA 660 573 AGCTGATCCAGTTGCTGCTCCTTCCATTTCGGATATTGTGGATGAGGGTCACTCTCCAAA 632 191 --A--D--P--V--A--A--P--S--I--S--D--I--V--D--E--G--H--S--P--N 211 661 TTTAGTACAAAGGTCAAGTGTGCAGAGCAACAGGCCTTCCATTTCTGATCCAGTTCCTTC 720 633 TTTAGTACAAAGGTCAAGTGTGCAGAGCAACAGGCCTTCCATTTCTGATCCAGTTCCTTC 692 211 --L--V--Q--R--S--S--V--Q--S--N--R--P--S--I--S--D--P--V--P--S 231 721 CATTTATGATATTGTGGATGACGATTACACCACAATTCCAATAGGCAGGGTCAATGCAAG 780 693 CATTTATGATATTGTGGATGACGATTACACCACAATTCCAATAGGCAGGGTCAATGCAAG 752 231 --I--Y--D--I--V--D--D--D--Y--T--T--I--P--I--G--R--V--N--A--R 251 781 GAGCACTAGGCTGGACAGTAGGGCTGAGCGTTTGCCATCACAGGGTATTTCCGTTGGACC 840 753 GAGCACTAGGCTGGACAGTAGGGCTGAGCGTTTGCCATCACAGGGTATTTCCGTTGGACC 812 251 --S--T--R--L--D--S--R--A--E--R--L--P--S--Q--G--I--S--V--G--P 271 841 ACAATGCCCTGAATCTCCTCAGGAGCGAGAAAATAGTCGGGTGTGTTCGCATGCCCGTTC 900 813 ACAATGCCCTGAATCTCCTCAGGAGCGAGAAAATAGTCGGGTGTGTTCGCATGCCCGTTC 872 271 --Q--C--P--E--S--P--Q--E--R--E--N--S--R--V--C--S--H--A--R--S 291 901 TCGCATTGAGTCTGAGAGAGCTAGAACACTGCGTAACTCTCGCAATCTTGGTAGCCGTAT 960 873 TCGCATTGAGTCTGAGAGAGCTAGAACACTGCGTAACTCTCGCAATCTTGGTAGCCGTAT 932 291 --R--I--E--S--E--R--A--R--T--L--R--N--S--R--N--L--G--S--R--I 311 961 AAGGGAACTGCGTGAGAACTGGTCTGCTCTCCGTTCAGGTTCGATTGGGTTTGCAACACA 1020 933 AAGGGAACTGCGTGAGAACTGGTCTGCTCTCCGTTCAGGTTCGATTGGGTTTGCAACACA 992 311 --R--E--L--R--E--N--W--S--A--L--R--S--G--S--I--G--F--A--T--Q 331 1021 ATTACACAATAGGAGAAGGGGAAATGTTGCTGGTACTTGTGATATTGAAGAACGCCATCG 1080 993 ATTACACAATAGGAGAAGGGGAAATGTTGCTGGTACTTGTGATATTGAAGAACGCCATCG 1052 331 --L--H--N--R--R--R--G--N--V--A--G--T--C--D--I--E--E--R--H--R 351 1081 GTCCACAACAACCTTCATGGAGGTGGCTGCTTCCTCATCTGGTCATGCTAAAAAAATTTC 1140 1053 GTCCACAACAACCTTCATGGAGGTGGCTGCTTCCTCATCTGGTCATGCTAAAAAAATTTC 1112 351 --S--T--T--T--F--M--E--V--A--A--S--S--S--G--H--A--K--K--I--S 371 1141 ACCTAAGAATAGTTCTGATGTGCACAAGGCATGGAAAATGCTAGAAATGGCAAAATCATC 1200 1113 ACCTAAGAATAGTTCTGATGTGCACAAGGCATGGAAAATGCTAGAAATGGCAAAATCATC 1172 371 --P--K--N--S--S--D--V--H--K--A--W--K--M--L--E--M--A--K--S--S 391 1201 TGGTGGGAAGAAGAAACCTGACAACCCTTCCTCCCTCAATTGCAGTGTTCCATTCTCCAT 1260 1173 TGGTGGGAAGAAGAAACCTGACAACCCTTCCTCCCTCAATTGCAGTGTTCCATTCTCCAT 1232 391 --G--G--K--K--K--P--D--N--P--S--S--L--N--C--S--V--P--F--S--M 411 1261 GGGGAATAGATCGACTTCATACAGCCCAATTGATGCAATTTTAGGACATAAGAATAACAA 1320 1233 GGGGAATAGATCGACTTCATACAGCCCAATTGATGCAATTTTAGGACATAAGAATAACAA 1292 411 --G--N--R--S--T--S--Y--S--P--I--D--A--I--L--G--H--K--N--N--K 431 1321 GCTGTATGATGGAATAACTCAGAAAAACAACGCGGAACAACACCATAGTACAAACATGGA 1380 1293 GCTGTATGATGGAATAACTCAGAAAAACAACGCGGAACAACACCATAGTACAAACATGGA 1352 431 --L--Y--D--G--I--T--Q--K--N--N--A--E--Q--H--H--S--T--N--M--E 451 1381 AAATAAACCTCCAACAATGAATTTTGGAGAATGCCGTAAACTGCAGGAGAAATTCCATGG 1440 1353 AAATAAACCTCCAACAATGAATTTTGGAGAATGCCGTAAACTGCAGGAGAAATTCCATGG 1412 451 --N--K--P--P--T--M--N--F--G--E--C--R--K--L--Q--E--K--F--H--G 471 1441 GTCAGCTCATGGAAGAACACCTTCTACAATTATGAGGCAGGAAAGTTTGACTGGTAAAGT 1500 1413 GTCAGCTCATGGAAGAACACCTTCTACAATTATGAGGCAGGAAAGTTTGACTGGTAAAGT 1472 471 --S--A--H--G--R--T--P--S--T--I--M--R--Q--E--S--L--T--G--K--V 491 1501 TTCCTCATCAAGCAATAATAAGAAGCATAATCGTAGTATAAACATGGAAAATAGGCCTCC 1560 1473 TTCCTCATCAAGCAATAATAAGAAGCATAATCGTAGTATAAACATGGAAAATAGGCCTCC 1532 491 --S--S--S--S--N--N--K--K--H--N--R--S--I--N--M--E--N--R--P--P 511 1561 AACAGTGAATTTTGGAGAACACCGTAAACTGCAAGAGAGTGCATCAGTTCATGGAAGAAT 1620 1533 AACAGTGAATTTTGGAGAACACCGTAAACTGCAAGAGAGTGCATCAGTTCATGGAAGAAT 1592 511 --T--V--N--F--G--E--H--R--K--L--Q--E--S--A--S--V--H--G--R--I 531 1621 ACCTTCTACAGTTATGATGCAGGAAAATTTGAATGGTAAAGTTGCCTCATCAAGCAATAA 1680 1593 ACCTTCTACAGTTATGATGCAGGAAAATTTGAATGGTAAAGTTGCCTCATCAAGCAATAA 1652 531 --P--S--T--V--M--M--Q--E--N--L--N--G--K--V--A--S--S--S--N--N 551 1681 TGAGGATGCAGGTCAAATATTTGAATCTTCACGTGACGTAAGCAGACCAGAGAAATCCAA 1740 1653 TGAGGATGCAGGTCAAATATTTGAATCTTCACGTGACGTAAGCAGACCAGAGAAATCCAA 1712 551 --E--D--A--G--Q--I--F--E--S--S--R--D--V--S--R--P--E--K--S--K 571 1741 ACCAGTTGTATCCTGTCCGCTTACGTTCAGTTTACTATCTGGCCAGTCCATGGTGACCTT 1800 1713 ACCAGTTGTATCCTGTCCGCTTACGTTCAGTTTACTATCTGGCCAGTCCATGGTGACCTT 1772 571 --P--V--V--S--C--P--L--T--F--S--L--L--S--G--Q--S--M--V--T--L 591 1801 ATCACAACAATTAAGACCTGGATGGAGCCAATCTACCGAAATGGTAAGCTCTCAGGAACC 1860 1773 ATCACAACAATTAAGACCTGGATGGAGCCAATCTACCGAAATGGTAAGCTCTCAGGAACC 1832 591 --S--Q--Q--L--R--P--G--W--S--Q--S--T--E--M--V--S--S--Q--E--P 611 1861 ATCAGCCACTGCGGCATCTATTGACATCGGTACAGCTGGAGCAAACGACAAAGTTAAAGG 1920 1833 ATCAGCCACTGCGGCATCTATTGACATCGGTACAGCTGGAGCAAACGACAAAGTTAAAGG 1892 611 --S--A--T--A--A--S--I--D--I--G--T--A--G--A--N--D--K--V--K--G 631 1921 TTCTAGACCAGATCGTCTTGAGCGCAAGAGAAAACTTGGTTCTGAAACACATGATGACAA 1980 1893 TTCTAGACCAGATCGTCTTGAGCGCAAGAGAAAACTTGGTTCTGAAACACATGATGACAA 1952 631 --S--R--P--D--R--L--E--R--K--R--K--L--G--S--E--T--H--D--D--K 651 1981 GGGATCCAAGAGATCTATGTCAAGTTGTAAAATAAGAAAAAGTGATATTTCATTTTTGGC 2040 1953 GGGATCCAAGAGATCTATGTCAAGTTGTAAAATAAGAAAAAGTGATATTTCATTTTTGGC 2012 651 --G--S--K--R--S--M--S--S--C--K--I--R--K--S--D--I--S--F--L--A 671 2041 CATACGTGAGTTGAAGCTGCTCAATATAGACAAAACTTATGGTTCTGACACCTTCAAGGA 2100 2013 CATACGTGAGTTGAAGCTGCTCAATATAGACAAAACTTATGGTTCTGACACCTTCAAGGA 2072 671 --I--R--E--L--K--L--L--N--I--D--K--T--Y--G--S--D--T--F--K--E 691 2101 AGTTGCTCGAGCAGCAACGCATACTGTTTTGGCCTCCTGTGGATTGGAACATTCACCATC 2160 2073 AGTTGCTCGAGCAGCAACGCATACTGTTTTGGCCTCCTGTGGATTGGAACATTCACCATC 2132 691 --V--A--R--A--A--T--H--T--V--L--A--S--C--G--L--E--H--S--P--S 711 2161 GGTAGCTCTTGCACTCCCAAGACCGGTTTGCAAGCACACCTGCAAAACTGAACCTCTCCC 2220 2133 GGTAGCTCTTGCACTCCCAAGACCGGTTTGCAAGCACACCTGCAAAACTGAACCTCTCCC 2192 711 --V--A--L--A--L--P--R--P--V--C--K--H--T--C--K--T--E--P--L--P 731 2221 ATCTCCAGATGTACTGACCGATTTTTGCAGAGAATGCTTGTGTAATTTTGTAAAAGAAGT 2280 2193 ATCTCCAGATGTACTGACCGATTTTTGCAGAGAATGCTTGTGTAATTTTGTAAAAGAAGT 2252 731 --S--P--D--V--L--T--D--F--C--R--E--C--L--C--N--F--V--K--E--V 751 2281 CATCAGCTCATTGTTGTCTGGCAGGAAGATGGAGTGAACTGCTTCATCATGTTAGAATAG 2340 2253 CATCAGCTCATTGTTGTCTGGCAGGAAGATGGAGTGA....................... 2289 751 --I--S--S--L--L--S--G--R--K--M--E--*-....................... 762 2341 TTTAGAAACCTAGACACAGTTGTGGTTTTCTTTCCTGTAGTTACCTAAGGTGAAACATCC 2400 ............................................................ ............................................................ 2401 TGCAACAGATAGTGTAGACAGTGTAGACATGTTGTACATTCTGTACCATGTTAAGGTTAG 2460 ............................................................ ............................................................ 2461 TGTAGACATGTACATTCTATACCGTGTTAAGGTTATCATTACAGAGCAGTTTTTTTCTCT 2520 ............................................................ ............................................................ 2521 CTCTTTCTCTCTTCGTTGTGAATTACAGTGCAGCTGTGCAAGTGCAGTTGCTAGGCCTAA 2580 ............................................................ ............................................................ 2581 TCCATACTGTCATACTGACACTCTCTTTAATTTGCCATAATTTTGGTGCTGGCAGTCTAG 2640 ............................................................ ............................................................ 2641 CACCAAACACCTGCTGCTTCATATGAGGTATGGTTGGTGCACCTGGAGCACGGAATCAAT 2700 ............................................................ ............................................................ 2701 CTCACATGGCTGGATTTGTAAAGTTCAGGACAAAAGTCCCCCA 2743 ........................................... ...........................................
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