Oryza nivara (Oryza_nivara_v1.0)
Description

tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein [Source:Projected from Arabidopsis thaliana (AT2G39090) TAIR;Acc:AT2G39090]

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About this transcript

This transcript has 20 exons, is annotated with 24 domains and features and maps to 68 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ONIVA05G03350.12744586aa
 
Protein coding
A0A0E0H9F9 Ensembl Canonical
-ONIVA05G03350.33528561aa
 
Protein coding
A0A0E0H9G1 -
-ONIVA05G03350.22885561aa
 
Protein coding
A0A0E0H9G1 -
Codons
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  • Alternating codons
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     1 GGAGTGGACAAATCTCCGAACCACAAATTCCAATTCAAAAACTTTTTCCCCGAGTAGCCT     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
    61 CGCCGTCGCCGTCGCCGGAGATGGAGGCGGCGCGGGAGTCAATGGCGGCGCTCGTCGACG    120
       ....................ATGGAGGCGGCGCGGGAGTCAATGGCGGCGCTCGTCGACG     40
       ....................-M--E--A--A--R--E--S--M--A--A--L--V--D--     13

                                                                          
   121 CCGGCCTCTACGACTGCGCCCAGACGCTCGGGTGCTTTCTTGTGTCTTCATCACCTGCGA    180
    41 CCGGCCTCTACGACTGCGCCCAGACGCTCGGGTGCTTTCTTGTGTCTTCATCACCTGCGA    100
    14 A--G--L--Y--D--C--A--Q--T--L--G--C--F--L--V--S--S--S--P--A--     33

                                                                          
   181 GCAGCGAGGCTGGTATGTCCATGAAGGTGGAAAGCTTGGTACTGCATGGTGATGCTTTGC    240
   101 GCAGCGAGGCTGGTATGTCCATGAAGGTGGAAAGCTTGGTACTGCATGGTGATGCTTTGC    160
    34 S--S--E--A--G--M--S--M--K--V--E--S--L--V--L--H--G--D--A--L--     53

                                                                          
   241 ATGGAGAGAAAGAATTTCGCAGGGCACTGAGTGCCTACAAACAAGCTATGCAATACAGCA    300
   161 ATGGAGAGAAAGAATTTCGCAGGGCACTGAGTGCCTACAAACAAGCTATGCAATACAGCA    220
    54 H--G--E--K--E--F--R--R--A--L--S--A--Y--K--Q--A--M--Q--Y--S--     73

                                                                          
   301 AAAACATTCCTAGGCAAGCAACAAGTAATACTAGAAGCTCAGTAACTGCCACTGGCCGGT    360
   221 AAAACATTCCTAGGCAAGCAACAAGTAATACTAGAAGCTCAGTAACTGCCACTGGCCGGT    280
    74 K--N--I--P--R--Q--A--T--S--N--T--R--S--S--V--T--A--T--G--R--     93

                                                                          
   361 CTCCTTCTCCAAATTCTTCAAGTCTTGCACCACTCAATGAAAATGAGGTGAAATTTAAAA    420
   281 CTCCTTCTCCAAATTCTTCAAGTCTTGCACCACTCAATGAAAATGAGGTGAAATTTAAAA    340
    94 S--P--S--P--N--S--S--S--L--A--P--L--N--E--N--E--V--K--F--K--    113

                                                                          
   421 TTGCACTTTGCTATTCTGCTCTACGTGAGCATCGTGAAGCACTTCAAGAGATGGAAGGGA    480
   341 TTGCACTTTGCTATTCTGCTCTACGTGAGCATCGTGAAGCACTTCAAGAGATGGAAGGGA    400
   114 I--A--L--C--Y--S--A--L--R--E--H--R--E--A--L--Q--E--M--E--G--    133

                                                                          
   481 TTCCTTCTAAAGCGAGGACTCTAAAAATGAATCTGATGTTAGGGAAGCTATATCGGATAT    540
   401 TTCCTTCTAAAGCGAGGACTCTAAAAATGAATCTGATGTTAGGGAAGCTATATCGGATAT    460
   134 I--P--S--K--A--R--T--L--K--M--N--L--M--L--G--K--L--Y--R--I--    153

                                                                          
   541 CCAGAAATAATCGTGCAGCTGCTGTATGTTATAAAGAGTGCCTGAGGCAATGCCCTTATG    600
   461 CCAGAAATAATCGTGCAGCTGCTGTATGTTATAAAGAGTGCCTGAGGCAATGCCCTTATG    520
   154 S--R--N--N--R--A--A--A--V--C--Y--K--E--C--L--R--Q--C--P--Y--    173

                                                                          
   601 TTTTTGAGGCTATTACAGCTTTGGCTGAAATGGGGCTTTCTTCAAAGGAGTTCTCTTTGA    660
   521 TTTTTGAGGCTATTACAGCTTTGGCTGAAATGGGGCTTTCTTCAAAGGAGTTCTCTTTGA    580
   174 V--F--E--A--I--T--A--L--A--E--M--G--L--S--S--K--E--F--S--L--    193

                                                                          
   661 TATTCTCACAAGCACCAAATCGAGGAGGCAAGGCTCCAGGTGACTCTTTAGATGCACAGC    720
   581 TATTCTCACAAGCACCAAATCGAGGAGGCAAGGCTCCAGGTGACTCTTTAGATGCACAGC    640
   194 I--F--S--Q--A--P--N--R--G--G--K--A--P--G--D--S--L--D--A--Q--    213

                                                                          
   721 GTTGGTGGAACCGCTATGTTGAGGCCCAATGTTGCATTGCTTCACATGATTATAAAGGTG    780
   641 GTTGGTGGAACCGCTATGTTGAGGCCCAATGTTGCATTGCTTCACATGATTATAAAGGTG    700
   214 R--W--W--N--R--Y--V--E--A--Q--C--C--I--A--S--H--D--Y--K--G--    233

                                                                          
   781 GCCTTGACATATATCTAGACTTAATGCAGCGATTCCCGAACAATGTGCACATCTTGCTGG    840
   701 GCCTTGACATATATCTAGACTTAATGCAGCGATTCCCGAACAATGTGCACATCTTGCTGG    760
   234 G--L--D--I--Y--L--D--L--M--Q--R--F--P--N--N--V--H--I--L--L--    253

                                                                          
   841 AAATTGCTAAGGTTGAAGCCATCATAGGTAGGAATGATGAAGCTATCATGAACTTTGAAA    900
   761 AAATTGCTAAGGTTGAAGCCATCATAGGTAGGAATGATGAAGCTATCATGAACTTTGAAA    820
   254 E--I--A--K--V--E--A--I--I--G--R--N--D--E--A--I--M--N--F--E--    273

                                                                          
   901 AGGCTCGGTTAATTGATCCAAACATCATGACATATATGGATGAGTATGCAATTCTCCTTA    960
   821 AGGCTCGGTTAATTGATCCAAACATCATGACATATATGGATGAGTATGCAATTCTCCTTA    880
   274 K--A--R--L--I--D--P--N--I--M--T--Y--M--D--E--Y--A--I--L--L--    293

                                                                          
   961 AGTCAAAATCTGACTACACAAAGCTTAACAAGTTGGTACATGATATGCTGCATATTGACC   1020
   881 AGTCAAAATCTGACTACACAAAGCTTAACAAGTTGGTACATGATATGCTGCATATTGACC    940
   294 K--S--K--S--D--Y--T--K--L--N--K--L--V--H--D--M--L--H--I--D--    313

                                                                          
  1021 CTGCAAGACCAGAAACATGTCTTGCTCTTGCAGCATTGTGGGAAAGAAAAGATGAAAGAA   1080
   941 CTGCAAGACCAGAAACATGTCTTGCTCTTGCAGCATTGTGGGAAAGAAAAGATGAAAGAA   1000
   314 P--A--R--P--E--T--C--L--A--L--A--A--L--W--E--R--K--D--E--R--    333

                                                                          
  1081 AAGCTTTGACATATGCTGAAAAGAGTCTCCGAGTTGATGATAGACATATAACTGGATATA   1140
  1001 AAGCTTTGACATATGCTGAAAAGAGTCTCCGAGTTGATGATAGACATATAACTGGATATA   1060
   334 K--A--L--T--Y--A--E--K--S--L--R--V--D--D--R--H--I--T--G--Y--    353

                                                                          
  1141 TCATGAAGGGAAATCTTCATCTTTTGTTGAATCGACCTGATTTGGCAGTCACAGACTTCA   1200
  1061 TCATGAAGGGAAATCTTCATCTTTTGTTGAATCGACCTGATTTGGCAGTCACAGACTTCA   1120
   354 I--M--K--G--N--L--H--L--L--L--N--R--P--D--L--A--V--T--D--F--    373

                                                                          
  1201 GGGGAGCTCAAGAACTTAGGGCCGATCTTCGCTCTTATCAAGGATTGGTACGTGCTTATC   1260
  1121 GGGGAGCTCAAGAACTTAGGGCCGATCTTCGCTCTTATCAAGGATTGGTACGTGCTTATC   1180
   374 R--G--A--Q--E--L--R--A--D--L--R--S--Y--Q--G--L--V--R--A--Y--    393

                                                                          
  1261 TAGCGCTCTCTAAATGCAAAGATGCATTATTCACTGCACGTGAAGCAATGAAGGTTATGC   1320
  1181 TAGCGCTCTCTAAATGCAAAGATGCATTATTCACTGCACGTGAAGCAATGAAGGTTATGC   1240
   394 L--A--L--S--K--C--K--D--A--L--F--T--A--R--E--A--M--K--V--M--    413

                                                                          
  1321 ATCAGTCTGCAAAAGCTCTCAAATTAGTTGGTGATGTGCATGCTATCAGTTCCAGTGGAA   1380
  1241 ATCAGTCTGCAAAAGCTCTCAAATTAGTTGGTGATGTGCATGCTATCAGTTCCAGTGGAA   1300
   414 H--Q--S--A--K--A--L--K--L--V--G--D--V--H--A--I--S--S--S--G--    433

                                                                          
  1381 GAGAGAAGGCTAGGAAGTTCTATGAATCCGCCATTCGTCTTGAACCTGGATTTCTGGGAG   1440
  1301 GAGAGAAGGCTAGGAAGTTCTATGAATCCGCCATTCGTCTTGAACCTGGATTTCTGGGAG   1360
   434 R--E--K--A--R--K--F--Y--E--S--A--I--R--L--E--P--G--F--L--G--    453

                                                                          
  1441 CTGCATTGGCTTTGGCTGATCTGCATGTCGCTGAAGGACGAAATAAGGATGCAGTATTGC   1500
  1361 CTGCATTGGCTTTGGCTGATCTGCATGTCGCTGAAGGACGAAATAAGGATGCAGTATTGC   1420
   454 A--A--L--A--L--A--D--L--H--V--A--E--G--R--N--K--D--A--V--L--    473

                                                                          
  1501 TGCTTGAAAGATATCTAAGACAGTGGGCAGATGATTCTCTACACATCAAGTTGGCTCAAG   1560
  1421 TGCTTGAAAGATATCTAAGACAGTGGGCAGATGATTCTCTACACATCAAGTTGGCTCAAG   1480
   474 L--L--E--R--Y--L--R--Q--W--A--D--D--S--L--H--I--K--L--A--Q--    493

                                                                          
  1561 TTTTTGCAGCAACGAATATGCTTTCTGATGCACTTTCCCACTACCAATCTGCTCTAAGGA   1620
  1481 TTTTTGCAGCAACGAATATGCTTTCTGATGCACTTTCCCACTACCAATCTGCTCTAAGGA   1540
   494 V--F--A--A--T--N--M--L--S--D--A--L--S--H--Y--Q--S--A--L--R--    513

                                                                          
  1621 TAAACCCACATAATGAGGCCGCAAAGAAAGGATTGGAACGCTTAGAGAAGCAAATGAAGG   1680
  1541 TAAACCCACATAATGAGGCCGCAAAGAAAGGATTGGAACGCTTAGAGAAGCAAATGAAGG   1600
   514 I--N--P--H--N--E--A--A--K--K--G--L--E--R--L--E--K--Q--M--K--    533

                                                                          
  1681 GAGTAGACCCGGACGCGCCTGAAGAGGACGAAGAGAACGAAGCTGACGATGTCGACGGTG   1740
  1601 GAGTAGACCCGGACGCGCCTGAAGAGGACGAAGAGAACGAAGCTGACGATGTCGACGGTG   1660
   534 G--V--D--P--D--A--P--E--E--D--E--E--N--E--A--D--D--V--D--G--    553

                                                                          
  1741 ATCAAGACGACGCTGAACTACTGCACGGCAACTGGAAGACGAGTGACGACGACGGGTGCC   1800
  1661 ATCAAGACGACGCTGAACTACTGCACGGCAACTGGAAGACGAGTGACGACGACGGGTGCC   1720
   554 D--Q--D--D--A--E--L--L--H--G--N--W--K--T--S--D--D--D--G--C--    573

                                                                          
  1801 TCTCCCTTACCGCGATGATCAGATACGTACGGTATGTATAAGTACGGCGATTCTACCACG   1860
  1721 TCTCCCTTACCGCGATGATCAGATACGTACGGTATGTATAA...................   1761
   574 L--S--L--T--A--M--I--R--Y--V--R--Y--V--*-...................    586

                                                                          
  1861 CACAGTGGTACATACGTATACGTACACTAGCCAGCAGCTGGAGCTGGCTGGCTTCTCTAC   1920
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1921 TACACTGGCATGCAGCTTGGTGTGGCAGGCTACACCCAGAGCGCGCCGGCGTCGCGGAGG   1980
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1981 AGCGGGACAAGGCCGCCGGCGACGTGGAGCGACATGACCCGGTCGGTGGAGCCGACGAGC   2040
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2041 CTGCCGCCGATGAACACTGTCGGCACCACGACGCCGCGGCCGCGGCCACCGCCGTTGGCG   2100
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2101 GCGGTGCCGGCGAGCAACATCCCGGCGAGCGCGTTCTCCATGTCGGCGCCGGCGGGCTCC   2160
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2161 TCGTCGAGCTCCACCACGCGGGCGTCGACGCCGAGCTCCCGGAGCAGGCGCGTCACGGCG   2220
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2221 TGGGACATGCCGCACGAGCTCTTGCTGAACACCACCACCGCCTTCTGCGACGCCAGCCTT   2280
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2281 GTCACCCTGTCCATCTCTATATATGCAAATGTCTATGTGCCTAGTGTCTTCTTCCCCGTC   2340
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2341 TCCGGCGACTACGACCTGGCCGCGGAATGCGCCGGGATCTTTGGCTGGATGGATGTCACC   2400
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       ............................................................       

                                                                          
  2401 GGCGGTGATCGCCCGATTGATCGAGGTTGTGTCACTTGTCAGTGATGCTGATCTGCTGGT   2460
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       ............................................................       

                                                                          
  2461 TGTGCTTGCATTTGAGAGGTTAGGGAAGGCATGCTTATATAGTGTTCTTATGCATGTTGG   2520
       ............................................................       
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  2521 CGAAATGGTATATCGCGCGTGCAAATGCTGGGTGAAGATGGAGTTAAAGAATCTTCAGAG   2580
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       ............................................................       

                                                                          
  2581 GAATAATTAAAGGCGATCGATCGATTTATGCATTTCTGCGGGTTTTTTTTTTCTTCTCTC   2640
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2641 TCTCTTTTGGTTTTGGGATAATGCTTGGCACCATTTCTGGGTTGTGAAAAAGATGAGCTG   2700
       ............................................................       
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  2701 ATAGATAGGTTGGTAAGGAATATGGAACATTTTGGCGGCGACGG                   2744
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