Oryza nivara (Oryza_nivara_v1.0) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Chromosome 4: 19,145,328-19,152,820 forward strand.
This transcript has 9 exons, is annotated with 42 domains and features and maps to 35 oligo probes.
This transcript is a product of gene ONIVA04G17680 Show transcript tableHide transcript table
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1 GACAGTAAACAGTAACCCCTGGTGGTAACAAAACCGACGATGACGACGACGCGAGGCGGG 60 ............................................................ ............................................................ 61 CAGAGAGGGGGGAGGGGAGGGGAGGCGTTGGCATCACCGCAATAACAACGACGACGGCAC 120 ............................................................ ............................................................ 121 CAGCACCAACCACCAGTCGCGCAGACAGGCAGCAGCTGACGCGCGCGCGGGGGCGAGGGC 180 ............................................................ ............................................................ 181 AGGAACCCGTCGCGATTGGGCGGACGACGAACCGGTCGCGCGCGGGCGCGTTCGGGAAGT 240 ............................................................ ............................................................ 241 GGTGGATCTGACGCCACCACCGCCGCCGCCGCCGCTCGGTTGCTCCTCTCCTCGCCGCGC 300 ............................................................ ............................................................ 301 CGTCGCGTGCGTCGCCGTCGCCTCCTTGCCCCTAGCGGGCGGCCGGGCAATTCCCCGCGC 360 ............................................................ ............................................................ 361 GCCTGCTCGATCTGCCTCGGTGGTCAATGCGGGCGAGGAGATGAGCGGCGCCGAGGAGGA 420 ........................................ATGAGCGGCGCCGAGGAGGA 20 ........................................-M--S--G--A--E--E--E 7 421 GGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGTTCTATGAGGCGCGGGACCGCGTGCTCTCCTCCTC 480 21 GGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGTTCTATGAGGCGCGGGACCGCGTGCTCTCCTCCTC 80 7 --E--E--E--E--E--E--E--V--F--Y--E--A--R--D--R--V--L--S--S--S 27 481 CTCCTGCTCCTCCACCTCGGCCTCGGACGACGACGACCACCCGCGGCGAGGTCGGGATGC 540 81 CTCCTGCTCCTCCACCTCGGCCTCGGACGACGACGACCACCCGCGGCGAGGTCGGGATGC 140 27 --S--C--S--S--T--S--A--S--D--D--D--D--H--P--R--R--G--R--D--A 47 541 GGCGGCTGCTGCTGCTGCGGCGGCGGCGGCGGCGCTCGACGTGTGGACGTCGGAGCCAGC 600 141 GGCGGCTGCTGCTGCTGCGGCGGCGGCGGCGGCGCTCGACGTGTGGACGTCGGAGCCAGC 200 47 --A--A--A--A--A--A--A--A--A--A--A--L--D--V--W--T--S--E--P--A 67 601 GCCCGTGCAGGAACGACGCCGGAGGCTTCTCCAGATGATGGGGCTCTCCGGTGACCCCTC 660 201 GCCCGTGCAGGAACGACGCCGGAGGCTTCTCCAGATGATGGGGCTCTCCGGTGACCCCTC 260 67 --P--V--Q--E--R--R--R--R--L--L--Q--M--M--G--L--S--G--D--P--S 87 661 TCTGGCGCGCCTCGAGATGGGTCGATCGGCCTCCTACGACGGGCCCATCCGGCCGGAGAC 720 261 TCTGGCGCGCCTCGAGATGGGTCGATCGGCCTCCTACGACGGGCCCATCCGGCCGGAGAC 320 87 --L--A--R--L--E--M--G--R--S--A--S--Y--D--G--P--I--R--P--E--T 107 721 GGTGTCGCCCATCTCCCGATCCAGATCGGATGGCAGCGTGCCGGCCTCCGCCACCAAGCC 780 321 GGTGTCGCCCATCTCCCGATCCAGATCGGATGGCAGCGTGCCGGCCTCCGCCACCAAGCC 380 107 --V--S--P--I--S--R--S--R--S--D--G--S--V--P--A--S--A--T--K--P 127 781 CCCGCTCGCGGCCCGGTCGCGCCAAACATCGTCCGACTCCTCCGAGGCCACGCCAGGGGG 840 381 CCCGCTCGCGGCCCGGTCGCGCCAAACATCGTCCGACTCCTCCGAGGCCACGCCAGGGGG 440 127 --P--L--A--A--R--S--R--Q--T--S--S--D--S--S--E--A--T--P--G--G 147 841 AGATGACGCGGACCCCAGGTGCCTAATCCGAAACCTCGACGACGGCAGCGAGTTCGTGGT 900 441 AGATGACGCGGACCCCAGGTGCCTAATCCGAAACCTCGACGACGGCAGCGAGTTCGTGGT 500 147 --D--D--A--D--P--R--C--L--I--R--N--L--D--D--G--S--E--F--V--V 167 901 GAAGGAGGAGTCCGCGCTCCGCGAGGTGGGCACGGGGAGGCAGCTCACCATGGAGGAGTT 960 501 GAAGGAGGAGTCCGCGCTCCGCGAGGTGGGCACGGGGAGGCAGCTCACCATGGAGGAGTT 560 167 --K--E--E--S--A--L--R--E--V--G--T--G--R--Q--L--T--M--E--E--F 187 961 CGACCTCTGCGTCGGTCGCTCCCCCATCGTCCAGGAGCTCATGCGCCGCCAGAACGTGGC 1020 561 CGACCTCTGCGTCGGTCGCTCCCCCATCGTCCAGGAGCTCATGCGCCGCCAGAACGTGGC 620 187 --D--L--C--V--G--R--S--P--I--V--Q--E--L--M--R--R--Q--N--V--A 207 1021 AAGCTCCGGTTCGAGCAACGGAGCGTCCGCTCTCATCCAGAGGTCCAGCTCTGATTCAAG 1080 621 AAGCTCCGGTTCGAGCAACGGAGCGTCCGCTCTCATCCAGAGGTCCAGCTCTGATTCAAG 680 207 --S--S--G--S--S--N--G--A--S--A--L--I--Q--R--S--S--S--D--S--S 227 1081 CAACGGCGCGACGCGCCACAGGCGGCGCGGCAGCTGGCTCCGGAGCATCCGCAACGTCGC 1140 681 CAACGGCGCGACGCGCCACAGGCGGCGCGGCAGCTGGCTCCGGAGCATCCGCAACGTCGC 740 227 --N--G--A--T--R--H--R--R--R--G--S--W--L--R--S--I--R--N--V--A 247 1141 TGGCTCCATGGTGGTCGGCTCCCGCGACCGCCGAAGCAGCGACGAGAAGGACACCTCCTC 1200 741 TGGCTCCATGGTGGTCGGCTCCCGCGACCGCCGAAGCAGCGACGAGAAGGACACCTCCTC 800 247 --G--S--M--V--V--G--S--R--D--R--R--S--S--D--E--K--D--T--S--S 267 1201 GGAAAAGGGAGGGCGTCGGTCCAGCTCAGCCACAGACGACAGCCAGGAAAGTGCCAGCGC 1260 801 GGAAAAGGGAGGGCGTCGGTCCAGCTCAGCCACAGACGACAGCCAGGAAAGTGCCAGCGC 860 267 --E--K--G--G--R--R--S--S--S--A--T--D--D--S--Q--E--S--A--S--A 287 1261 CGTGCGCCGTGGCCCGGAGCGTGTCAAGGTACGGCAGTACGGGAAGACATGCAAGGAGCT 1320 861 CGTGCGCCGTGGCCCGGAGCGTGTCAAGGTACGGCAGTACGGGAAGACATGCAAGGAGCT 920 287 --V--R--R--G--P--E--R--V--K--V--R--Q--Y--G--K--T--C--K--E--L 307 1321 CAGTGGGCTGTTCATGAACCAGGATATACAGGCGCACAACGGGTCCATCTGGAGCATAAA 1380 921 CAGTGGGCTGTTCATGAACCAGGATATACAGGCGCACAACGGGTCCATCTGGAGCATAAA 980 307 --S--G--L--F--M--N--Q--D--I--Q--A--H--N--G--S--I--W--S--I--K 327 1381 GTTTAGTCACGACGGGCGGTACCTCGCGAGTGCTGGGGAGGATTGCGTGATCCATGTCTG 1440 981 GTTTAGTCACGACGGGCGGTACCTCGCGAGTGCTGGGGAGGATTGCGTGATCCATGTCTG 1040 327 --F--S--H--D--G--R--Y--L--A--S--A--G--E--D--C--V--I--H--V--W 347 1441 GGAGGTGTCGGAGCTTGAGAGGAACCGGGAGGGAAATGGGGTGTGCAATCAACTTGTTGC 1500 1041 GGAGGTGTCGGAGCTTGAGAGGAACCGGGAGGGAAATGGGGTGTGCAATCAACTTGTTGC 1100 347 --E--V--S--E--L--E--R--N--R--E--G--N--G--V--C--N--Q--L--V--A 367 1501 CGTCGTGTGCAATGGTTCGCCGGAGCCGATATTGGCATTGGCAAGTGTTGATGGAAGCTG 1560 1101 CGTCGTGTGCAATGGTTCGCCGGAGCCGATATTGGCATTGGCAAGTGTTGATGGAAGCTG 1160 367 --V--V--C--N--G--S--P--E--P--I--L--A--L--A--S--V--D--G--S--C 387 1561 TTGGGAGAAGAAGCATCGGGCTAGAATCTTGGAAACTCGGAAGTCTGCGAGCTCTGACCG 1620 1161 TTGGGAGAAGAAGCATCGGGCTAGAATCTTGGAAACTCGGAAGTCTGCGAGCTCTGACCG 1220 387 --W--E--K--K--H--R--A--R--I--L--E--T--R--K--S--A--S--S--D--R 407 1621 GTTGATGTTTCCAGAGCATGTGTTCGCACTATCAGAAAAACCGGTCAAAACTTTTGAGGG 1680 1221 GTTGATGTTTCCAGAGCATGTGTTCGCACTATCAGAAAAACCGGTCAAAACTTTTGAGGG 1280 407 --L--M--F--P--E--H--V--F--A--L--S--E--K--P--V--K--T--F--E--G 427 1681 GCATTCGGAGGATGTGCTTGATCTCTGCTGGTCTAAATCTCAGTACTTACTTTCATCTTC 1740 1281 GCATTCGGAGGATGTGCTTGATCTCTGCTGGTCTAAATCTCAGTACTTACTTTCATCTTC 1340 427 --H--S--E--D--V--L--D--L--C--W--S--K--S--Q--Y--L--L--S--S--S 447 1741 AATGGATAAAACAGTGAAGTTATGGCATATGTCAAGAACTTCATGTTTGAAAACATTTTC 1800 1341 AATGGATAAAACAGTGAAGTTATGGCATATGTCAAGAACTTCATGTTTGAAAACATTTTC 1400 447 --M--D--K--T--V--K--L--W--H--M--S--R--T--S--C--L--K--T--F--S 467 1801 ACATAGTGACTATGTGACATGCATCCAATTCAACCCTGTTGATGATAGATACTTCATTAG 1860 1401 ACATAGTGACTATGTGACATGCATCCAATTCAACCCTGTTGATGATAGATACTTCATTAG 1460 467 --H--S--D--Y--V--T--C--I--Q--F--N--P--V--D--D--R--Y--F--I--S 487 1861 TGGTTCTCTGGATGAAAAGGTTCGCATATGGAGCATTCCGGGACGTGAAATTGTTGATTG 1920 1461 TGGTTCTCTGGATGAAAAGGTTCGCATATGGAGCATTCCGGGACGTGAAATTGTTGATTG 1520 487 --G--S--L--D--E--K--V--R--I--W--S--I--P--G--R--E--I--V--D--W 507 1921 GAATGATCTGCATGAAATGGTCACTGCTGCTTGCTATACACCTGATGGACAGAGAGCATT 1980 1521 GAATGATCTGCATGAAATGGTCACTGCTGCTTGCTATACACCTGATGGACAGAGAGCATT 1580 507 --N--D--L--H--E--M--V--T--A--A--C--Y--T--P--D--G--Q--R--A--L 527 1981 AGTCGGTTCCCACAAGGGCAGCTGTCATATTTATGATACATCTGATAATAAGCTTCTCCA 2040 1581 AGTCGGTTCCCACAAGGGCAGCTGTCATATTTATGATACATCTGATAATAAGCTTCTCCA 1640 527 --V--G--S--H--K--G--S--C--H--I--Y--D--T--S--D--N--K--L--L--Q 547 2041 AAAGAAACAGATTGACTTGCAAAATAAGAAAAGGAAGTCCAATCAGAAGAAAATCACAGG 2100 1641 AAAGAAACAGATTGACTTGCAAAATAAGAAAAGGAAGTCCAATCAGAAGAAAATCACAGG 1700 547 --K--K--Q--I--D--L--Q--N--K--K--R--K--S--N--Q--K--K--I--T--G 567 2101 GTTTCAGTTTCTCCCAGGAAGTTCTTCAAAGGTGCTCATCACATCTGCAGATTCACGAAT 2160 1701 GTTTCAGTTTCTCCCAGGAAGTTCTTCAAAGGTGCTCATCACATCTGCAGATTCACGAAT 1760 567 --F--Q--F--L--P--G--S--S--S--K--V--L--I--T--S--A--D--S--R--I 587 2161 ACGAGTTGTTGATGGTTTTGAACTAGTTCATAAATTCAAAGGTTTTCGAAATACCAACAG 2220 1761 ACGAGTTGTTGATGGTTTTGAACTAGTTCATAAATTCAAAGGTTTTCGAAATACCAACAG 1820 587 --R--V--V--D--G--F--E--L--V--H--K--F--K--G--F--R--N--T--N--S 607 2221 CCAAATATCAGCTTGCCTGTCTTCGAATGGGAGAAGCAAGGCCGTTGTGTCTGTCACAAA 2280 1821 CCAAATATCAGCTTGCCTGTCTTCGAATGGGAGAAGCAAGGCCGTTGTGTCTGTCACAAA 1880 607 --Q--I--S--A--C--L--S--S--N--G--R--S--K--A--V--V--S--V--T--N 627 2281 TTCGTATGAACACTTCCACTGCCAGGATGTGACTGTAGCTGTTGCTTTGCCATCTGCTGG 2340 1881 TTCGTATGAACACTTCCACTGCCAGGATGTGACTGTAGCTGTTGCTTTGCCATCTGCTGG 1940 627 --S--Y--E--H--F--H--C--Q--D--V--T--V--A--V--A--L--P--S--A--G 647 2341 ATCAGCAATGACGTCCAGAACAAATTCCAGGAAGACCGAGGAGCAGGATAGCATACCGCA 2400 1941 ATCAGCAATGACGTCCAGAACAAATTCCAGGAAGACCGAGGAGCAGGATAGCATACCGCA 2000 647 --S--A--M--T--S--R--T--N--S--R--K--T--E--E--Q--D--S--I--P--Q 667 2401 GCAGCACACTCAACCTGACAAACAGCAAGATTCCTCTGATTTCCAATGCCTAAGCGGCAA 2460 2001 GCAGCACACTCAACCTGACAAACAGCAAGATTCCTCTGATTTCCAATGCCTAAGCGGCAA 2060 667 --Q--H--T--Q--P--D--K--Q--Q--D--S--S--D--F--Q--C--L--S--G--N 687 2461 CGGCCTAAGCACTAGTTCAAACCACAGTGGTGACAGAACATCTGCAACTTGGCCTGAAGA 2520 2061 CGGCCTAAGCACTAGTTCAAACCACAGTGGTGACAGAACATCTGCAACTTGGCCTGAAGA 2120 687 --G--L--S--T--S--S--N--H--S--G--D--R--T--S--A--T--W--P--E--E 707 2521 GTTGATGACACCAAGTAAGCAGAGCCCTCCGTCCAGTACCAGCCTTCCCAACGGTGCTGG 2580 2121 GTTGATGACACCAAGTAAGCAGAGCCCTCCGTCCAGTACCAGCCTTCCCAACGGTGCTGG 2180 707 --L--M--T--P--S--K--Q--S--P--P--S--S--T--S--L--P--N--G--A--G 727 2581 CCAAGCACCAAGCCGGTCGGCCTGGGGTTTAGTGATCGTCACGGCAGGCCGTGGAGGCCA 2640 2181 CCAAGCACCAAGCCGGTCGGCCTGGGGTTTAGTGATCGTCACGGCAGGCCGTGGAGGCCA 2240 727 --Q--A--P--S--R--S--A--W--G--L--V--I--V--T--A--G--R--G--G--Q 747 2641 GATCAGAGCATTTCAGAATTTTGGGTTTCCTGTTCGAGCGTCGATCAAACGTGAACAGTG 2700 2241 GATCAGAGCATTTCAGAATTTTGGGTTTCCTGTTCGAGCGTCGATCAAACGTGAACAGTG 2300 747 --I--R--A--F--Q--N--F--G--F--P--V--R--A--S--I--K--R--E--Q--W 767 2701 GAAGTATGTGACAAGGACGCCGGTGAACAGTGGGAGTATGTGA 2743 2301 GAAGTATGTGACAAGGACGCCGGTGAACAGTGGGAGTATGTGA 2343 767 --K--Y--V--T--R--T--P--V--N--S--G--S--M--*- 780
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