Oryza meridionalis (Oryza_meridionalis_v1.3) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Chromosome 8: 224,099-233,861 forward strand.
This transcript has 12 exons, is annotated with 41 domains and features and maps to 77 oligo probes.
This transcript is a product of gene OMERI08G00260 Show transcript tableHide transcript table
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1 ATGACGCGCCGGGTGCGGCGCCGGCTGTGCAAGGACGGTGGGAAGGGTAAGGATGTGGCG 60 1 ATGACGCGCCGGGTGCGGCGCCGGCTGTGCAAGGACGGTGGGAAGGGTAAGGATGTGGCG 60 1 -M--T--R--R--V--R--R--R--L--C--K--D--G--G--K--G--K--D--V--A- 20 61 GCGGATGAGGAGAGGGAGCTGGTGAGCTGTTCGTCGTCGAGTCGGCGGCGGGGGGGTTTG 120 61 GCGGATGAGGAGAGGGAGCTGGTGAGCTGTTCGTCGTCGAGTCGGCGGCGGGGGGGTTTG 120 21 -A--D--E--E--R--E--L--V--S--C--S--S--S--S--R--R--R--G--G--L- 40 121 GGGGTGGCGGTGGCGGCGAGGGGGGGTGGCAGTGGCGGTGGCGGGAGCTGCGTGGTGGAC 180 121 GGGGTGGCGGTGGCGGCGAGGGGGGGTGGCAGTGGCGGTGGCGGGAGCTGCGTGGTGGAC 180 41 -G--V--A--V--A--A--R--G--G--G--S--G--G--G--G--S--C--V--V--D- 60 181 TGGAGGACGCTGCCGGATGACACGGTGCTGCAGCTGTTCGGGCGGCTGAACTACCGCGAC 240 181 TGGAGGACGCTGCCGGATGACACGGTGCTGCAGCTGTTCGGGCGGCTGAACTACCGCGAC 240 61 -W--R--T--L--P--D--D--T--V--L--Q--L--F--G--R--L--N--Y--R--D- 80 241 CGGGCGAGCATGGCGGCGGCGTGCAGGACGTGGAGGGACCTGGGGGCGTCGCCGTGCCTG 300 241 CGGGCGAGCATGGCGGCGGCGTGCAGGACGTGGAGGGACCTGGGGGCGTCGCCGTGCCTG 300 81 -R--A--S--M--A--A--A--C--R--T--W--R--D--L--G--A--S--P--C--L- 100 301 TGGAGCGCGCTCGACCTCCGCGCGCACCGGTGCGACGCCGAGGTGGCGTCGTCGCTCTCG 360 301 TGGAGCGCGCTCGACCTCCGCGCGCACCGGTGCGACGCCGAGGTGGCGTCGTCGCTCTCG 360 101 -W--S--A--L--D--L--R--A--H--R--C--D--A--E--V--A--S--S--L--S- 120 361 TCGCGGTGCGGGAGCCTGCGGCGGCTGCGGCTGCGGGGGCACGAGGCGGCGGCGGCGGCC 420 361 TCGCGGTGCGGGAGCCTGCGGCGGCTGCGGCTGCGGGGGCACGAGGCGGCGGCGGCGGCC 420 121 -S--R--C--G--S--L--R--R--L--R--L--R--G--H--E--A--A--A--A--A- 140 421 TCGGGCCTCCGCGCGCGGGGGCTCCGGGAGGTGGTGGCCGACGGCTGCCGCGGCCTCACG 480 421 TCGGGCCTCCGCGCGCGGGGGCTCCGGGAGGTGGTGGCCGACGGCTGCCGCGGCCTCACG 480 141 -S--G--L--R--A--R--G--L--R--E--V--V--A--D--G--C--R--G--L--T- 160 481 GACGCCACGCTCGCCGTCCTCGCGGCGCGGCACGAGGCCCTCGAGAGCCTCCAGATCGGG 540 481 GACGCCACGCTCGCCGTCCTCGCGGCGCGGCACGAGGCCCTCGAGAGCCTCCAGATCGGG 540 161 -D--A--T--L--A--V--L--A--A--R--H--E--A--L--E--S--L--Q--I--G- 180 541 CCCGACCCCCTCGAGCGCATCTCCAGCGACGCCCTCCGCCAAGTAGCCTTCTGCTGCTCG 600 541 CCCGACCCCCTCGAGCGCATCTCCAGCGACGCCCTCCGCCAAGTAGCCTTCTGCTGCTCG 600 181 -P--D--P--L--E--R--I--S--S--D--A--L--R--Q--V--A--F--C--C--S- 200 601 CGCCTCCGCCGCCTGCGCCTCTCGGGTCTCCGCGATGCCGACGCGGACGCCATCGGAGCG 660 601 CGCCTCCGCCGCCTGCGCCTCTCGGGTCTCCGCGATGCCGACGCGGACGCCATCGGAGCG 660 201 -R--L--R--R--L--R--L--S--G--L--R--D--A--D--A--D--A--I--G--A- 220 661 CTCGCGCGCTACTGCCCCCTCCTAGAAGACGTCGCCTTCCTCGACTGCGGATCCATAGAT 720 661 CTCGCGCGCTACTGCCCCCTCCTAGAAGACGTCGCCTTCCTCGACTGCGGATCCATAGAT 720 221 -L--A--R--Y--C--P--L--L--E--D--V--A--F--L--D--C--G--S--I--D- 240 721 GAGGCTGCCATCGCCGGCATCCTATCCCTCCGGTTCCTCTCCGTCGCTGGATGTCACAAC 780 721 GAGGCTGCCATCGCCGGCATCCTATCCCTCCGGTTCCTCTCCGTCGCTGGATGTCACAAC 780 241 -E--A--A--I--A--G--I--L--S--L--R--F--L--S--V--A--G--C--H--N- 260 781 CTGAAATGGGCTACAGCATCCACGTCCTGGGCTCAGCTGCCCTCCCTTGTTGCCGTTGAT 840 781 CTGAAATGGGCTACAGCATCCACGTCCTGGGCTCAGCTGCCCTCCCTTGTTGCCGTTGAT 840 261 -L--K--W--A--T--A--S--T--S--W--A--Q--L--P--S--L--V--A--V--D- 280 841 GTGTCCCGCACCGATGTCTCACCAAGTGCCATCTCTAGGCTCATCTCCCACTCCAAAACC 900 841 GTGTCCCGCACCGATGTCTCACCAAGTGCCATCTCTAGGCTCATCTCCCACTCCAAAACC 900 281 -V--S--R--T--D--V--S--P--S--A--I--S--R--L--I--S--H--S--K--T- 300 901 CTCAAGCTTATATGCACGCTTAACTGCAAATCTGTTGAGGAGGAACAGTCACACAATCCT 960 901 CTCAAGCTTATATGCACGCTTAACTGCAAATCTGTTGAGGAGGAACAGTCACACAATCCT 960 301 -L--K--L--I--C--T--L--N--C--K--S--V--E--E--E--Q--S--H--N--P- 320 961 GGAGCATTTAGCAACTCCAAGGGCAAGCTTGTACTCACCATTACAAGCCACATTTTCAAA 1020 961 GGAGCATTTAGCAACTCCAAGGGCAAGCTTGTACTCACCATTACAAGCCACATTTTCAAA 1020 321 -G--A--F--S--N--S--K--G--K--L--V--L--T--I--T--S--H--I--F--K- 340 1021 TCGGTCGTCTCACTTTTTCCTGATAAGGTTGTGAAGGAGAATGAGGTGTTCAATGAATGT 1080 1021 TCGGTCGTCTCACTTTTTCCTGATAAGGTTGTGAAGGAGAATGAGGTGTTCAATGAATGT 1080 341 -S--V--V--S--L--F--P--D--K--V--V--K--E--N--E--V--F--N--E--C- 360 1081 AACTGGAAGGGCAAAGACAATGCACTTGGTGATATGATGAGCTGGCTTGAGTGGATCCTG 1140 1081 AACTGGAAGGGCAAAGACAATGCACTTGGTGATATGATGAGCTGGCTTGAGTGGATCCTG 1140 361 -N--W--K--G--K--D--N--A--L--G--D--M--M--S--W--L--E--W--I--L- 380 1141 TCGCAGACACTTCTACGGATAGCGGAGTCCAACCCGCAAGGAATGGATGACTTCTGGCTG 1200 1141 TCGCAGACACTTCTACGGATAGCGGAGTCCAACCCGCAAGGAATGGATGACTTCTGGCTG 1200 381 -S--Q--T--L--L--R--I--A--E--S--N--P--Q--G--M--D--D--F--W--L- 400 1201 CAGCAGGGCGCAGATATGCTGCTTAGTTTGGTGAAGAGCTCTCAGGAGGATGTGCAGGAG 1260 1201 CAGCAGGGCGCAGATATGCTGCTTAGTTTGGTGAAGAGCTCTCAGGAGGATGTGCAGGAG 1260 401 -Q--Q--G--A--D--M--L--L--S--L--V--K--S--S--Q--E--D--V--Q--E- 420 1261 CGTGCAGCTACAACACTTGCTACGTTTGTGGTTATTGATGACGAGAGCGCGAATGTGGAT 1320 1261 CGTGCAGCTACAACACTTGCTACGTTTGTGGTTATTGATGACGAGAGCGCGAATGTGGAT 1320 421 -R--A--A--T--T--L--A--T--F--V--V--I--D--D--E--S--A--N--V--D- 440 1321 GCTGCAAGATCAGAGGCAGTGATGTGTGTTGGGGGCATCCCAATGCTACTGGACCTTGCA 1380 1321 GCTGCAAGATCAGAGGCAGTGATGTGTGTTGGGGGCATCCCAATGCTACTGGACCTTGCA 1380 441 -A--A--R--S--E--A--V--M--C--V--G--G--I--P--M--L--L--D--L--A- 460 1381 AGGTGTTCAAGGGAGAGTGCACAGTCAGAAGCAGCAAAGGCAATTGCCAACTTATCGGTG 1440 1381 AGGTGTTCAAGGGAGAGTGCACAGTCAGAAGCAGCAAAGGCAATTGCCAACTTATCGGTG 1440 461 -R--C--S--R--E--S--A--Q--S--E--A--A--K--A--I--A--N--L--S--V- 480 1441 AATGCCAAGGTCGCAAAGGCAGTTGCAGACGAGGGAGGTATCACAATACTAACCAATTTG 1500 1441 AATGCCAAGGTCGCAAAGGCAGTTGCAGACGAGGGAGGTATCACAATACTAACCAATTTG 1500 481 -N--A--K--V--A--K--A--V--A--D--E--G--G--I--T--I--L--T--N--L- 500 1501 GCCAGGTCAATGAATCGGCTTGTTGCTGAAGAAGCTGCTGGTGGCCTTTGGAATCTCTCC 1560 1501 GCCAGGTCAATGAATCGGCTTGTTGCTGAAGAAGCTGCTGGTGGCCTTTGGAATCTCTCC 1560 501 -A--R--S--M--N--R--L--V--A--E--E--A--A--G--G--L--W--N--L--S- 520 1561 GTGGGTGAGGAGCACAAGGCAGCCATTGCAGCAGCTGGTGGTATAAAGGCTTTGGTCGAT 1620 1561 GTGGGTGAGGAGCACAAGGCAGCCATTGCAGCAGCTGGTGGTATAAAGGCTTTGGTCGAT 1620 521 -V--G--E--E--H--K--A--A--I--A--A--A--G--G--I--K--A--L--V--D- 540 1621 CTCATACTCCGCTGGCCTGCTGGGACTGATGGAGTTCTTGAACGTGCTGCTGGGGCACTT 1680 1621 CTCATACTCCGCTGGCCTGCTGGGACTGATGGAGTTCTTGAACGTGCTGCTGGGGCACTT 1680 541 -L--I--L--R--W--P--A--G--T--D--G--V--L--E--R--A--A--G--A--L- 560 1681 GCAAACCTAGCTGCTGATGACAAGTGTAGCATGGAAGTTGCAAAGGCTGGTGGTGTCCAT 1740 1681 GCAAACCTAGCTGCTGATGACAAGTGTAGCATGGAAGTTGCAAAGGCTGGTGGTGTCCAT 1740 561 -A--N--L--A--A--D--D--K--C--S--M--E--V--A--K--A--G--G--V--H- 580 1741 GCTTTGGTCATGCTTGCTCGATCATGTAAACTTGAGGGTGTCCTAGAACAGGCTGCAAGG 1800 1741 GCTTTGGTCATGCTTGCTCGATCATGTAAACTTGAGGGTGTCCTAGAACAGGCTGCAAGG 1800 581 -A--L--V--M--L--A--R--S--C--K--L--E--G--V--L--E--Q--A--A--R- 600 1801 GCATTAGCTAACTTAGCCGCACATGGAGATAACAACAATAATAATGCCGCTGTGGGTCAG 1860 1801 GCATTAGCTAACTTAGCCGCACATGGAGATAACAACAATAATAATGCCGCTGTGGGTCAG 1860 601 -A--L--A--N--L--A--A--H--G--D--N--N--N--N--N--A--A--V--G--Q- 620 1861 GAAGCAGGGGCTCTTGAGGCATTAGTGCAGCTAACAAGCTCTCAAAATGAGGGTGTAAGA 1920 1861 GAAGCAGGGGCTCTTGAGGCATTAGTGCAGCTAACAAGCTCTCAAAATGAGGGTGTAAGA 1920 621 -E--A--G--A--L--E--A--L--V--Q--L--T--S--S--Q--N--E--G--V--R- 640 1921 CAAGAAGCTGCTGGTGCTCTGTGGAATCTGTCATTTGATGATAGAAACCGTGAAGGCATT 1980 1921 CAAGAAGCTGCTGGTGCTCTGTGGAATCTGTCATTTGATGATAGAAACCGTGAAGGCATT 1980 641 -Q--E--A--A--G--A--L--W--N--L--S--F--D--D--R--N--R--E--G--I- 660 1981 GCTGCTGCGGGTGGCGTTGAAGCTTTGGTTTCACTTGCGCAAGAATGTTTGAATGCTTCG 2040 1981 GCTGCTGCGGGTGGCGTTGAAGCTTTGGTTTCACTTGCGCAAGAATGTTTGAATGCTTCG 2040 661 -A--A--A--G--G--V--E--A--L--V--S--L--A--Q--E--C--L--N--A--S- 680 2041 GAAGGCCTTCAGGAGAGAGCTGCTGGCGCATTATGGGGACTATCTGTTTCAGAAGCTAAC 2100 2041 GAAGGCCTTCAGGAGAGAGCTGCTGGCGCATTATGGGGACTATCTGTTTCAGAAGCTAAC 2100 681 -E--G--L--Q--E--R--A--A--G--A--L--W--G--L--S--V--S--E--A--N- 700 2101 AGTATGGCAATTGGACAGGAGGGTGGTGTCGCACCTTTGCTCACACTGGCACAATCAGAT 2160 2101 AGTATGGCAATTGGACAGGAGGGTGGTGTCGCACCTTTGCTCACACTGGCACAATCAGAT 2160 701 -S--M--A--I--G--Q--E--G--G--V--A--P--L--L--T--L--A--Q--S--D- 720 2161 GTTGAAGATGTTCACGAGACAGCTGCAGGGGCACTGTGGAATCTTGCTTTCTATTCTGGT 2220 2161 GTTGAAGATGTTCACGAGACAGCTGCAGGGGCACTGTGGAATCTTGCTTTCTATTCTGGT 2220 721 -V--E--D--V--H--E--T--A--A--G--A--L--W--N--L--A--F--Y--S--G- 740 2221 AATGCTCTCCGTATAGTTGAAGAAGGTGGGGTTCCTATTCTAGTGCGGCTTTGCTCATCA 2280 2221 AATGCTCTCCGTATAGTTGAAGAAGGTGGGGTTCCTATTCTAGTGCGGCTTTGCTCATCA 2280 741 -N--A--L--R--I--V--E--E--G--G--V--P--I--L--V--R--L--C--S--S- 760 2281 TCAGGGTCAAAAATGGCACGTTTCATGTCTGCGCTAGCCCTTGCTTATATGTTCGATGGA 2340 2281 TCAGGGTCAAAAATGGCACGTTTCATGTCTGCGCTAGCCCTTGCTTATATGTTCGATGGA 2340 761 -S--G--S--K--M--A--R--F--M--S--A--L--A--L--A--Y--M--F--D--G- 780 2341 AGAATGGATGAGGTTGCATTGGTTGGGACGTCATCAGAGGGCAGTTCCAAGAGTGTTAAT 2400 2341 AGAATGGATGAGGTTGCATTGGTTGGGACGTCATCAGAGGGCAGTTCCAAGAGTGTTAAT 2400 781 -R--M--D--E--V--A--L--V--G--T--S--S--E--G--S--S--K--S--V--N- 800 2401 GTTGAGGGAGCTAGGAGAATGGCTTTGAAGCATATACAGACTTTTGTTCTGACATTTTCG 2460 2401 GTTGAGGGAGCTAGGAGAATGGCTTTGAAGCATATACAGACTTTTGTTCTGACATTTTCG 2460 801 -V--E--G--A--R--R--M--A--L--K--H--I--Q--T--F--V--L--T--F--S- 820 2461 GACCCACAAGTTTTCACTACGGCTTCCGCCTCCTCAGCCTCAGCAGCACTATCTCAGATT 2520 2461 GACCCACAAGTTTTCACTACGGCTTCCGCCTCCTCAGCCTCAGCAGCACTATCTCAGATT 2520 821 -D--P--Q--V--F--T--T--A--S--A--S--S--A--S--A--A--L--S--Q--I- 840 2521 GCTGATGCAGTGTTTATACAAGAAGCTGGACACCTGAGATGCAGTGGTGCTGAGATCGCT 2580 2521 GCTGATGCAGTGTTTATACAAGAAGCTGGACACCTGAGATGCAGTGGTGCTGAGATCGCT 2580 841 -A--D--A--V--F--I--Q--E--A--G--H--L--R--C--S--G--A--E--I--A- 860 2581 AGATTTGTTGCCATGCTCCGGAATCCTGCATCAATTCTTCGCGCTTGTGCTGCCTTTGCC 2640 2581 AGATTTGTTGCCATGCTCCGGAATCCTGCATCAATTCTTCGCGCTTGTGCTGCCTTTGCC 2640 861 -R--F--V--A--M--L--R--N--P--A--S--I--L--R--A--C--A--A--F--A- 880 2641 CTTCTCCAGTTCACAATCCCTGGAGGTCGGCACGCAGTGCACCATGCAGGTCTCCTGCAG 2700 2641 CTTCTCCAGTTCACAATCCCTGGAGGTCGGCACGCAGTGCACCATGCAGGTCTCCTGCAG 2700 881 -L--L--Q--F--T--I--P--G--G--R--H--A--V--H--H--A--G--L--L--Q- 900 2701 AAAGCAGGGGCAGCTCGAGTCTTGCGTGCAGCAGCAGCAGCCACGACCGCTTCTATCGAA 2760 2701 AAAGCAGGGGCAGCTCGAGTCTTGCGTGCAGCAGCAGCAGCCACGACCGCTTCTATCGAA 2760 901 -K--A--G--A--A--R--V--L--R--A--A--A--A--A--T--T--A--S--I--E- 920 2761 GCCAAAGTCTTTGCAAGAATTGTCCTCAGAAATTTGGAACACCATCAGACAGGGACTTCA 2820 2761 GCCAAAGTCTTTGCAAGAATTGTCCTCAGAAATTTGGAACACCATCAGACAGGGACTTCA 2820 921 -A--K--V--F--A--R--I--V--L--R--N--L--E--H--H--Q--T--G--T--S- 940 2821 ACATGAAAGCACAGCAGTGGAGCTTATGCTAATCTTCCAACAAGGCATTTCTTCAGCAGC 2880 2821 ACATGA...................................................... 2826 941 -T--*-...................................................... 941 2881 CTTCTCAGCCTGTTCAAAACATCGCAAAATTGCGGCCCAGGTAATGTTTTGGCTTTCAAA 2940 ............................................................ ............................................................ 2941 GCTTGTGTCACATTACCACTCGGCATGTGCAGGCTGTTTGTTTCGGGATGTAGGTAGAAT 3000 ............................................................ ............................................................ 3001 CACCTAAAGAGAGCTGTGAGCTGAGTAAACATGAACGAGGCAATCGGGAGTGTTGGGGAG 3060 ............................................................ ............................................................ 3061 TCGCTTCATGGCTCTCCATGAGGGAACCCCATAGAGTAGTTTTTCTTGCCTTTTTTGTTT 3120 ............................................................ ............................................................ 3121 GCAACGTGGGGGACGTGTGCAATTTTCTTTTATTCATTTGGTGTGTAAAAGTAACTTTGA 3180 ............................................................ ............................................................ 3181 AATGTCACCGGAGATGGGAATTCAGGACCTTCATGCGGTATACCGTAAGTTTATTTGTTG 3240 ............................................................ ............................................................ 3241 ATTAATGAGGTGTGGTGGTGCCAGACTAGGCTGCTCCACCTGCGCTGTAACTTTGTAAAT 3300 ............................................................ ............................................................ 3301 GTACTGATTACTATATAAAGTTTATGTTTCTGGAATTTGCAAGGTGTACAGTGAAAACTG 3360 ............................................................ ............................................................ 3361 GTGCTTAGCGAGTACTCCCAACCCTCACCTTCAGCACGAAAAATGGAGCTGCA 3413 ..................................................... 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