Oryza meridionalis (Oryza_meridionalis_v1.3) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Chromosome 4: 19,725,718-19,734,761 forward strand.
This transcript has 7 exons, is annotated with 21 domains and features and maps to 46 oligo probes.
This transcript is a product of gene OMERI04G14270 Show transcript tableHide transcript table
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1 GAATAGTAGCGCCACGCCAACCGCCAAGCCTTTGCTTTGGCATGGCCATACGCTATTATT 60 ............................................................ ............................................................ 61 CGGCGGCTCAGGACAAATTAAGCCACCGCTTTTCCTCTTCTCCCCGTGTTATCTCCACCT 120 ............................................................ ............................................................ 121 CCTCCCCCCCTCGTGCCTCTCCCAAAACAAATCAATTTCCTTCCTCCCGACCGAGCAAGG 180 ............................................................ ............................................................ 181 GGGCGAAAGGACGAGCTACGGACCGAGCCATGGAGGAATTCAAGGCTCGCTCCTTCGTCG 240 ............................................................ ............................................................ 241 CCTTGTCTCCCTCGGGTAAAATTTCATCAATATAGGAAAATAGATTATACCATCAGTTTT 300 ............................................................ ............................................................ 301 TGCACACGCGGATGAAATTTGACTAGGAGAGGCACCATGGAGAAAGTCGAGGTCGATGGG 360 ....................................ATGGAGAAAGTCGAGGTCGATGGG 24 ....................................-M--E--K--V--E--V--D--G- 8 361 AACTTCATTGGTACGGGTAATTGGAAGCTGCATGGAGCACTATGTAAGCAACTTCACAAA 420 25 AACTTCATTGGTACGGGTAATTGGAAGCTGCATGGAGCACTATGTAAGCAACTTCACAAA 84 9 -N--F--I--G--T--G--N--W--K--L--H--G--A--L--C--K--Q--L--H--K- 28 421 GTAGTTCTTGAAGTATTGGATGTTATTCCTGTCCTTGAAGCTACAAGGCCTGGAAACAGT 480 85 GTAGTTCTTGAAGTATTGGATGTTATTCCTGTCCTTGAAGCTACAAGGCCTGGAAACAGT 144 29 -V--V--L--E--V--L--D--V--I--P--V--L--E--A--T--R--P--G--N--S- 48 481 TCTGGACTTCTTGCATTGAGTTCCTTGCGCATAGCTGTTGAGAAGACCAAGAATCTACTT 540 145 TCTGGACTTCTTGCATTGAGTTCCTTGCGCATAGCTGTTGAGAAGACCAAGAATCTACTT 204 49 -S--G--L--L--A--L--S--S--L--R--I--A--V--E--K--T--K--N--L--L- 68 541 CAGTATTGCTCAGAGTGCAGCAAGCTATACTTGGCCTTTACAGCAGAAAATGTCCTGGCA 600 205 CAGTATTGCTCAGAGTGCAGCAAGCTATACTTGGCCTTTACAGCAGAAAATGTCCTGGCA 264 69 -Q--Y--C--S--E--C--S--K--L--Y--L--A--F--T--A--E--N--V--L--A- 88 601 AAATTTGAGAAAGCAAGATATGCACTTCTGGAAAGTCTTCACCAATTGGAAGAAACACTT 660 265 AAATTTGAGAAAGCAAGATATGCACTTCTGGAAAGTCTTCACCAATTGGAAGAAACACTT 324 89 -K--F--E--K--A--R--Y--A--L--L--E--S--L--H--Q--L--E--E--T--L- 108 661 CCAGAAGCAGCCAGTTCTCAGATACTAGATATCGCAAAAGATCTGGAGAAAGCAGTTTTT 720 325 CCAGAAGCAGCCAGTTCTCAGATACTAGATATCGCAAAAGATCTGGAGAAAGCAGTTTTT 384 109 -P--E--A--A--S--S--Q--I--L--D--I--A--K--D--L--E--K--A--V--F- 128 721 ACCTTGGATCTGATTGAAAAGCAAGCTGGTGTGGATGTGAATCAATTAGTTCAGAATGAA 780 385 ACCTTGGATCTGATTGAAAAGCAAGCTGGTGTGGATGTGAATCAATTAGTTCAGAATGAA 444 129 -T--L--D--L--I--E--K--Q--A--G--V--D--V--N--Q--L--V--Q--N--E- 148 781 GCAAAATCCAATGGCTTTCTTCATGACAATGAACTTGAATTTTTCCGACAAACTGCATTT 840 445 GCAAAATCCAATGGCTTTCTTCATGACAATGAACTTGAATTTTTCCGACAAACTGCATTT 504 149 -A--K--S--N--G--F--L--H--D--N--E--L--E--F--F--R--Q--T--A--F- 168 841 CGGGTCGGCGTTGCATCATCGGCAACAGCTCTTACCGAGAGAAGAGCACTTAGAAGGCTT 900 505 CGGGTCGGCGTTGCATCATCGGCAACAGCTCTTACCGAGAGAAGAGCACTTAGAAGGCTT 564 169 -R--V--G--V--A--S--S--A--T--A--L--T--E--R--R--A--L--R--R--L- 188 901 CTTGAGAGGGCTCATGCAGAGGAAGACATAAAGAAAGAATCAGTTGCATCTTATCTACTG 960 565 CTTGAGAGGGCTCATGCAGAGGAAGACATAAAGAAAGAATCAGTTGCATCTTATCTACTG 624 189 -L--E--R--A--H--A--E--E--D--I--K--K--E--S--V--A--S--Y--L--L- 208 961 CACCTAATGAGGAAATACTCAAGCATTTTTAGGAGCGAAACGACGGATTTCACCAACACA 1020 625 CACCTAATGAGGAAATACTCAAGCATTTTTAGGAGCGAAACGACGGATTTCACCAACACA 684 209 -H--L--M--R--K--Y--S--S--I--F--R--S--E--T--T--D--F--T--N--T- 228 1021 TCCATGTGCTCAAGCCCTTCTTGCTCTTCCAGATCATTGTCCAGCTCGATTGATCTCCAT 1080 685 TCCATGTGCTCAAGCCCTTCTTGCTCTTCCAGATCATTGTCCAGCTCGATTGATCTCCAT 744 229 -S--M--C--S--S--P--S--C--S--S--R--S--L--S--S--S--I--D--L--H- 248 1081 GGAAATGGTCATGTTATTGAGAAGCCGATATCTAGGGTTGGCTCCTTCAATATCAGGCAG 1140 745 GGAAATGGTCATGTTATTGAGAAGCCGATATCTAGGGTTGGCTCCTTCAATATCAGGCAG 804 249 -G--N--G--H--V--I--E--K--P--I--S--R--V--G--S--F--N--I--R--Q- 268 1141 ATCAAAGGCTTATCAGGTAGCATGCCATTGCCACCTGAGGAACTAAGGTGCCCGATCTCC 1200 805 ATCAAAGGCTTATCAGGTAGCATGCCATTGCCACCTGAGGAACTAAGGTGCCCGATCTCC 864 269 -I--K--G--L--S--G--S--M--P--L--P--P--E--E--L--R--C--P--I--S- 288 1201 TTGCAACTCATGCATGACCCTGTTATTATCGCATCTGGTCAGACATATGAGCGGGCTTGC 1260 865 TTGCAACTCATGCATGACCCTGTTATTATCGCATCTGGTCAGACATATGAGCGGGCTTGC 924 289 -L--Q--L--M--H--D--P--V--I--I--A--S--G--Q--T--Y--E--R--A--C- 308 1261 ATTGAGAAATGGTTTAGCAGCGGCAACACAACCTGCCCAAAGACTCGGAATGAACTATCC 1320 925 ATTGAGAAATGGTTTAGCAGCGGCAACACAACCTGCCCAAAGACTCGGAATGAACTATCC 984 309 -I--E--K--W--F--S--S--G--N--T--T--C--P--K--T--R--N--E--L--S- 328 1321 CAGCTCTCCATGACGCCCAACTATTGCATCAAGGGTTTGATAGCTTCATGGTGCGAGCAG 1380 985 CAGCTCTCCATGACGCCCAACTATTGCATCAAGGGTTTGATAGCTTCATGGTGCGAGCAG 1044 329 -Q--L--S--M--T--P--N--Y--C--I--K--G--L--I--A--S--W--C--E--Q- 348 1381 AACGGGGTTCTAGTTCCATCGGCGCCGCCTGATTCTCCCAAGCTCAAGTACCTGAGGATA 1440 1045 AACGGGGTTCTAGTTCCATCGGCGCCGCCTGATTCTCCCAAGCTCAAGTACCTGAGGATA 1104 349 -N--G--V--L--V--P--S--A--P--P--D--S--P--K--L--K--Y--L--R--I- 368 1441 TCATCCTTGAATAGTAGCAAATGTCTTGTGACCAATGGCGTTAGCACGGTCTTGTTTGAA 1500 1105 TCATCCTTGAATAGTAGCAAATGTCTTGTGACCAATGGCGTTAGCACGGTCTTGTTTGAA 1164 369 -S--S--L--N--S--S--K--C--L--V--T--N--G--V--S--T--V--L--F--E- 388 1501 GACACATGCGCGAAGGATGATATTGAGGATGGTGGTAAAGTTGCTTCGGAGAAGTGCACT 1560 1165 GACACATGCGCGAAGGATGATATTGAGGATGGTGGTAAAGTTGCTTCGGAGAAGTGCACT 1224 389 -D--T--C--A--K--D--D--I--E--D--G--G--K--V--A--S--E--K--C--T- 408 1561 CGACAGAACTCCGGAGAGGCTCCATCTGAGATATGTGAAGTTGATCAGGCCTCACCGGAA 1620 1225 CGACAGAACTCCGGAGAGGCTCCATCTGAGATATGTGAAGTTGATCAGGCCTCACCGGAA 1284 409 -R--Q--N--S--G--E--A--P--S--E--I--C--E--V--D--Q--A--S--P--E- 428 1621 AAACATCCTCATGGGAACAACGAGAAGGTAGCAGAGGCGACATGTGAGCTTTGGCTGCGT 1680 1285 AAACATCCTCATGGGAACAACGAGAAGGTAGCAGAGGCGACATGTGAGCTTTGGCTGCGT 1344 429 -K--H--P--H--G--N--N--E--K--V--A--E--A--T--C--E--L--W--L--R- 448 1681 GTGCTGAGCAAGGACGACGATGAGTGTGTCGACGAGCAACGTGAGGTGATCGAGCAGATT 1740 1345 GTGCTGAGCAAGGACGACGATGAGTGTGTCGACGAGCAACGTGAGGTGATCGAGCAGATT 1404 449 -V--L--S--K--D--D--D--E--C--V--D--E--Q--R--E--V--I--E--Q--I- 468 1741 AGATTCCTTTTGAAGGATGACAACGAGCTTAGGAACTATGCGGGTGCTAATGGTATTACC 1800 1405 AGATTCCTTTTGAAGGATGACAACGAGCTTAGGAACTATGCGGGTGCTAATGGTATTACC 1464 469 -R--F--L--L--K--D--D--N--E--L--R--N--Y--A--G--A--N--G--I--T- 488 1801 GAGCTACTCATCCACTTTGTGAAGAAGGCAGTCTGTAGAGATGATGTTCAGTGCCAGGTG 1860 1465 GAGCTACTCATCCACTTTGTGAAGAAGGCAGTCTGTAGAGATGATGTTCAGTGCCAGGTG 1524 489 -E--L--L--I--H--F--V--K--K--A--V--C--R--D--D--V--Q--C--Q--V- 508 1861 GTTGGAACAATGGCTCTATTCAACCTTGCTGTCAGCAATGATAGGAACAAGAAACAACTT 1920 1525 GTTGGAACAATGGCTCTATTCAACCTTGCTGTCAGCAATGATAGGAACAAGAAACAACTT 1584 509 -V--G--T--M--A--L--F--N--L--A--V--S--N--D--R--N--K--K--Q--L- 528 1921 CTCTCTGGTGGAGTTCTCCCCTTGATGGAGCAGATGATACAGAAGCCTGAAACCTACGAG 1980 1585 CTCTCTGGTGGAGTTCTCCCCTTGATGGAGCAGATGATACAGAAGCCTGAAACCTACGAG 1644 529 -L--S--G--G--V--L--P--L--M--E--Q--M--I--Q--K--P--E--T--Y--E- 548 1981 GCTGCCGTCGCAATGTACCTGAACATTTCCTGCCTCGCCGAGGCGCAGGCGATCATCGGA 2040 1645 GCTGCCGTCGCAATGTACCTGAACATTTCCTGCCTCGCCGAGGCGCAGGCGATCATCGGA 1704 549 -A--A--V--A--M--Y--L--N--I--S--C--L--A--E--A--Q--A--I--I--G- 568 2041 CAGAGCGAGGCCGCGCCTCTCCTGATCAAGGGCCTGCAAGAAGACGGCTTCCGGATGAGC 2100 1705 CAGAGCGAGGCCGCGCCTCTCCTGATCAAGGGCCTGCAAGAAGACGGCTTCCGGATGAGC 1764 569 -Q--S--E--A--A--P--L--L--I--K--G--L--Q--E--D--G--F--R--M--S- 588 2101 AAGACCTGCTGCCTCGACGCTCTCCTGACGCTGTACAACCTGTCGCTGCAATCGTCAAAC 2160 1765 AAGACCTGCTGCCTCGACGCTCTCCTGACGCTGTACAACCTGTCGCTGCAATCGTCAAAC 1824 589 -K--T--C--C--L--D--A--L--L--T--L--Y--N--L--S--L--Q--S--S--N- 608 2161 ATCCCGACCCTCATCTCCTCCGGCATCATGCAGAGCCTCCACGACATCCTGACGCCGTCC 2220 1825 ATCCCGACCCTCATCTCCTCCGGCATCATGCAGAGCCTCCACGACATCCTGACGCCGTCC 1884 609 -I--P--T--L--I--S--S--G--I--M--Q--S--L--H--D--I--L--T--P--S- 628 2221 TCCCCGACGACGGAGAAGGCTCTGGCCGTGCTGATCAACTTGGCGCTGACCCGCGCCGGC 2280 1885 TCCCCGACGACGGAGAAGGCTCTGGCCGTGCTGATCAACTTGGCGCTGACCCGCGCCGGC 1944 629 -S--P--T--T--E--K--A--L--A--V--L--I--N--L--A--L--T--R--A--G- 648 2281 AAGAAGGAGATCATGGCCGACTCGGACATGGTGGGCGCCATCGTCGTCATCCTCGAGAAC 2340 1945 AAGAAGGAGATCATGGCCGACTCGGACATGGTGGGCGCCATCGTCGTCATCCTCGAGAAC 2004 649 -K--K--E--I--M--A--D--S--D--M--V--G--A--I--V--V--I--L--E--N- 668 2341 GGGGACCCCGCCGAGAAGGAGAAGGCCGTGTCATGCCTGTGGATCATCTGCAGCGGCGAT 2400 2005 GGGGACCCCGCCGAGAAGGAGAAGGCCGTGTCATGCCTGTGGATCATCTGCAGCGGCGAT 2064 669 -G--D--P--A--E--K--E--K--A--V--S--C--L--W--I--I--C--S--G--D- 688 2401 GACGGCGGCAGCCAGATGGTGCTCCAGGAAGGCGTGATCCCGGCGCTGGTGTCCCTGACG 2460 2065 GACGGCGGCAGCCAGATGGTGCTCCAGGAAGGCGTGATCCCGGCGCTGGTGTCCCTGACG 2124 689 -D--G--G--S--Q--M--V--L--Q--E--G--V--I--P--A--L--V--S--L--T- 708 2461 GCCAACGGCACGGGCAAGACGAAGGATAAGGCACAGAGGCTGCTCCTGCTGTTCCGCGGG 2520 2125 GCCAACGGCACGGGCAAGACGAAGGATAAGGCACAGAGGCTGCTCCTGCTGTTCCGCGGG 2184 709 -A--N--G--T--G--K--T--K--D--K--A--Q--R--L--L--L--L--F--R--G- 728 2521 AAGCGGCAGCGGGAGGTCGAGCAGCTGCAGCCAAGGGTGCAGCTGCACGAGGTGGTGAGC 2580 2185 AAGCGGCAGCGGGAGGTCGAGCAGCTGCAGCCAAGGGTGCAGCTGCACGAGGTGGTGAGC 2244 729 -K--R--Q--R--E--V--E--Q--L--Q--P--R--V--Q--L--H--E--V--V--S- 748 2581 CAGGCAACCGCGCAGCACGAGGAGCAGGAGCAGCAGCAGCAACAACAAGAAGAAAGCAGC 2640 2245 CAGGCAACCGCGCAGCACGAGGAGCAGGAGCAGCAGCAGCAACAACAAGAAGAAAGCAGC 2304 749 -Q--A--T--A--Q--H--E--E--Q--E--Q--Q--Q--Q--Q--Q--E--E--S--S- 768 2641 GAGCCAAGCAGCGACAAGATGTCGCGGCTGCGCAATTCAAAGTCGAAGTTGAAAAGGTTC 2700 2305 GAGCCAAGCAGCGACAAGATGTCGCGGCTGCGCAATTCAAAGTCGAAGTTGAAAAGGTTC 2364 769 -E--P--S--S--D--K--M--S--R--L--R--N--S--K--S--K--L--K--R--F- 788 2701 ACGAGGGCCCTGGCTAGGTTGCTCAAGAAATGGGGCATCCGCTGATCTGATCTACTACTA 2760 2365 ACGAGGGCCCTGGCTAGGTTGCTCAAGAAATGGGGCATCCGCTGA............... 2409 789 -T--R--A--L--A--R--L--L--K--K--W--G--I--R--*-............... 802 2761 CAAAGGAAAGAACCACGTCGGCTAGTGTGAACTTTGGCAAATGCAATATCAATGTTATCT 2820 ............................................................ ............................................................ 2821 TCCCGTGTGGGTTGACTCACTCGTTTTCGTCTCCTCGCATTGCCGCGATATCCATACTCG 2880 ............................................................ ............................................................ 2881 TCTCACTTATGCGGGCATTGACCGTCTCTCTGTACCTATTAACCTTGTGCTAAGGCAAAA 2940 ............................................................ ............................................................ 2941 TTAGTAAAAAGGGTTTAACCTGCTTATTGTGTTTTGCCAAAATGTAAGCCAAGATGTGTT 3000 ............................................................ ............................................................ 3001 AACAAGGATTAAGTGTGATCATCAAAGTGTGTAACAAGGATTAATTCAGGTCATAAATCT 3060 ............................................................ ............................................................ 3061 AATTATATAATAACCCAAATTAAAGATTTTTAAGAAAAGAATAGGAAACCCATTTTACGG 3120 ............................................................ ............................................................ 3121 AGGTCGTTTTAGCCTAATCCTATTTAGAACATACTCTATCTGTCGAAAAAACCAAATCCT 3180 ............................................................ ............................................................ 3181 TGTTAAACATAGGGTATGTTCAAATACATAATCATGATTTGTTTTTTTCTTCGAGACGGG 3240 ............................................................ ............................................................ 3241 AGTAGTCGGGTGCGTGTGCGTTCGTTCCAAGCACACTTTCTGTTTTTTTAAAGAAAAATC 3300 ............................................................ ............................................................ 3301 TTTGGAAATGTTGCTTTAAAAATATTATATTAATCTATTTTTAAATTTTAAATAATTAAT 3360 ............................................................ ............................................................ 3361 ATTTAACTAATCAATTATACGCTAATACTCCATTCCAAAATATAAGGCATAACCAGCCTT 3420 ............................................................ ............................................................ 3421 AACCGAAATACAAAGAAATAATTAATATCTCATGGTTGTCATGAATCACCTCAATTAATA 3480 ............................................................ ............................................................ 3481 CAATACATGCAACCAATAGAATTAAATATCTTGTGAGTATATAATTTAAAATAATAATAA 3540 ............................................................ ............................................................ 3541 TTTAGGAAAGAGAGTGTGCTAATTAATTACATGTATGCACATATGTCTTATGTTATGAAA 3600 ............................................................ ............................................................ 3601 CCATTTTAAAAAGTAGTTGTGCCCTATATTTTAGAATGGAGGGAGTAACTTATATCGTTT 3660 ............................................................ ............................................................ 3661 TATATATATTTAATATTCTCTCTCAAACAATCAGTGCACCCTGGTGTTTGAGCGGAAATT 3720 ............................................................ ............................................................ 3721 CGCATGAACCAAATTGTGGGCCGTATGCACGACAAGTCTGCCTAGCCAGTTGGGCCTTAG 3780 ............................................................ ............................................................ 3781 CCCGTGGAGTATATAATACTTCAAAAAAGTCAAAACTGCGTGCGAAGCCTGTGGGTTTTG 3840 ............................................................ ............................................................ 3841 ACATTTGACCTCAAGGCCTCCTCGGCGACTAGTCCACGCCTCCCACTCCCAGTCCACTTC 3900 ............................................................ ............................................................ 3901 TCTTCCTTCCTTCCTTCCCCACCGGCCCCGATCCGAAGGACGAACCCCGCACAAGACAAC 3960 ............................................................ ............................................................ 3961 AAGCAAATCCCCATCCATAGCTATCCAGGAGCCCCAAATCAGATGCTCTCTCCTGCCACC 4020 ............................................................ ............................................................ 4021 GCCACCACCACCACCACCACCACCTTCTCCTCCTCCTCGTCGCCGTCGCGCGCTCACGCT 4080 ............................................................ ............................................................ 4081 CACGCTTCCACCCGCTTCGCGGTCGCAGCATCCGCGCGCGCCGCCCGGTTCCGCCCCGCG 4140 ............................................................ ............................................................ 4141 CGCGCCATGGCCGCCTCCAACGACCCCCGCGGCGGGAGGTCCGTCGCCGTCGTCGGCGCC 4200 ............................................................ ............................................................ 4201 GGCGTCAGGTGGGTGGGGGGAGCCGCGCGCGCTCTCCGTGTCTCTCTGGGTGGTTCAGTT 4260 ............................................................ ............................................................ 4261 CTGCCCTAGGTTTGGGGGTGC 4281 ..................... .....................
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