Oryza longistaminata (O_longistaminata_v1.0) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesGeneral identifiersOligo probesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Scaffold KN539777.1: 54,452-60,026 forward strand.
This transcript has 5 exons, is annotated with 17 domains and features and maps to 33 oligo probes.
This transcript is a product of gene KN539777.1_FG003 Show transcript tableHide transcript table
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1 ATGGATCAGCAGAATTTACTGCCCAGCAACCCCACCGCAGATGAACAGAATTTACTTCCA 60 1 ATGGATCAGCAGAATTTACTGCCCAGCAACCCCACCGCAGATGAACAGAATTTACTTCCA 60 1 -M--D--Q--Q--N--L--L--P--S--N--P--T--A--D--E--Q--N--L--L--P- 20 61 AATACTCTAGAGGATGATGATTACCCACATTATTTACTTGGTAGTCATGAGGTGGAAATG 120 61 AATACTCTAGAGGATGATGATTACCCACATTATTTACTTGGTAGTCATGAGGTGGAAATG 120 21 -N--T--L--E--D--D--D--Y--P--H--Y--L--L--G--S--H--E--V--E--M- 40 121 CCAAATGGAAGCGTGATTGGTCAGCAAAATACAAGCTTGAACTTATGGGATTCAGCTGGA 180 121 CCAAATGGAAGCGTGATTGGTCAGCAAAATACAAGCTTGAACTTATGGGATTCAGCTGGA 180 41 -P--N--G--S--V--I--G--Q--Q--N--T--S--L--N--L--W--D--S--A--G- 60 181 TCTAGCTCGATGGGCTGTGTAGCTGATCATGATAGTCTTTTTGAGGCCAAAAGGGAACAT 240 181 TCTAGCTCGATGGGCTGTGTAGCTGATCATGATAGTCTTTTTGAGGCCAAAAGGGAACAT 240 61 -S--S--S--M--G--C--V--A--D--H--D--S--L--F--E--A--K--R--E--H- 80 241 TTTGCTCCTGCTTTGTCTATCCGAGCTCCCTTAATTATTGGAGGGAGAAGACATGAAGGC 300 241 TTTGCTCCTGCTTTGTCTATCCGAGCTCCCTTAATTATTGGAGGGAGAAGACATGAAGGC 300 81 -F--A--P--A--L--S--I--R--A--P--L--I--I--G--G--R--R--H--E--G- 100 301 AGTAGTTCATTGCCTTCACAGAGCTTAAACTTAGACCTTAATCTTAATCAGGCTGATCAG 360 301 AGTAGTTCATTGCCTTCACAGAGCTTAAACTTAGACCTTAATCTTAATCAGGCTGATCAG 360 101 -S--S--S--L--P--S--Q--S--L--N--L--D--L--N--L--N--Q--A--D--Q- 120 361 TTTGATTCTGAGGATGTTGATATGATTCAGAGTAATGGACAACCAGGGATAAACGCTTTT 420 361 TTTGATTCTGAGGATGTTGATATGATTCAGAGTAATGGACAACCAGGGATAAACGCTTTT 420 121 -F--D--S--E--D--V--D--M--I--Q--S--N--G--Q--P--G--I--N--A--F- 140 421 CCTCTCAACAGGGGCCTTTCCATTCCTGAGCATGTTCTGTGCCATACAAATTCTTCCAGT 480 421 CCTCTCAACAGGGGCCTTTCCATTCCTGAGCATGTTCTGTGCCATACAAATTCTTCCAGT 480 141 -P--L--N--R--G--L--S--I--P--E--H--V--L--C--H--T--N--S--S--S- 160 481 GCTACAGGAAATCCTTCACAGGTTGCAAGCTTTTCTGATGGAATGACAGGCCAAGAAGTT 540 481 GCTACAGGAAATCCTTCACAGGTTGCAAGCTTTTCTGATGGAATGACAGGCCAAGAAGTT 540 161 -A--T--G--N--P--S--Q--V--A--S--F--S--D--G--M--T--G--Q--E--V- 180 541 AACCTGTTTGGTGGGCATCGTTCATCTTGCAAGAGAAAGAATATTGATGGGAGTCTTGCA 600 541 AACCTGTTTGGTGGGCATCGTTCATCTTGCAAGAGAAAGAATATTGATGGGAGTCTTGCA 600 181 -N--L--F--G--G--H--R--S--S--C--K--R--K--N--I--D--G--S--L--A- 200 601 GAGTCTTCTGCCAATGGTAGTTCACGTAATAATCAGCGAAATAATATTATACTGGAACCT 660 601 GAGTCTTCTGCCAATGGTAGTTCACGTAATAATCAGCGAAATAATATTATACTGGAACCT 660 201 -E--S--S--A--N--G--S--S--R--N--N--Q--R--N--N--I--I--L--E--P- 220 661 TCTCCATCCAGTCATGAAAGCACTTCTGGTTTAACTGCATCTGCCCCTACAAACCATGTT 720 661 TCTCCATCCAGTCATGAAAGCACTTCTGGTTTAACTGCATCTGCCCCTACAAACCATGTT 720 221 -S--P--S--S--H--E--S--T--S--G--L--T--A--S--A--P--T--N--H--V- 240 721 TTTTCATACTCTCCTGTGGAACAGCTAAACCAGAATACCAATATGTCTGCAAATGCTATG 780 721 TTTTCATACTCTCCTGTGGAACAGCTAAACCAGAATACCAATATGTCTGCAAATGCTATG 780 241 -F--S--Y--S--P--V--E--Q--L--N--Q--N--T--N--M--S--A--N--A--M- 260 781 TTGTCTGATCATTATTCACTATATGGTGATCATGAGCGTGAGAGATTTCTGAGGAATACC 840 781 TTGTCTGATCATTATTCACTATATGGTGATCATGAGCGTGAGAGATTTCTGAGGAATACC 840 261 -L--S--D--H--Y--S--L--Y--G--D--H--E--R--E--R--F--L--R--N--T- 280 841 CGGATGAGAACAAGCCCTAATGAGTATGATCAATCATCGTCCAATCTCTTGCCTGAAGGA 900 841 CGGATGAGAACAAGCCCTAATGAGTATGATCAATCATCGTCCAATCTCTTGCCTGAAGGA 900 281 -R--M--R--T--S--P--N--E--Y--D--Q--S--S--S--N--L--L--P--E--G- 300 901 AGTCTCAGGTGTTCTGTTTATCAGCCTACTCAGCAACAGTCTTTGTTTATTCCAGTACAA 960 901 AGTCTCAGGTGTTCTGTTTATCAGCCTACTCAGCAACAGTCTTTGTTTATTCCAGTACAA 960 301 -S--L--R--C--S--V--Y--Q--P--T--Q--Q--Q--S--L--F--I--P--V--Q- 320 961 CCTAGAGCATCGAGCTCTTCAACAAGTTCTCTTAGTCGGCCTTATGTGCCTGCTGTCACT 1020 961 CCTAGAGCATCGAGCTCTTCAACAAGTTCTCTTAGTCGGCCTTATGTGCCTGCTGTCACT 1020 321 -P--R--A--S--S--S--S--T--S--S--L--S--R--P--Y--V--P--A--V--T- 340 1021 CAATTCTCACAAAATTTGCACCGTGCTCCATCAAGTGGTAATTTTGGTTCGAGAATAGGG 1080 1021 CAATTCTCACAAAATTTGCACCGTGCTCCATCAAGTGGTAATTTTGGTTCGAGAATAGGG 1080 341 -Q--F--S--Q--N--L--H--R--A--P--S--S--G--N--F--G--S--R--I--G- 360 1081 ATTTTTCCTAGTTCTGCTGATACAACAAACCAGTTATCTTCACAAGATCCCAACAGGAGC 1140 1081 ATTTTTCCTAGTTCTGCTGATACAACAAACCAGTTATCTTCACAAGATCCCAACAGGAGC 1140 361 -I--F--P--S--S--A--D--T--T--N--Q--L--S--S--Q--D--P--N--R--S- 380 1141 TCGGTGAGAGGCAATTTTCCTGAGCCCCTTCTGTTAGGTTCTTCTCTGTTTCCTTCTGAC 1200 1141 TCGGTGAGAGGCAATTTTCCTGAGCCCCTTCTGTTAGGTTCTTCTCTGTTTCCTTCTGAC 1200 381 -S--V--R--G--N--F--P--E--P--L--L--L--G--S--S--L--F--P--S--D- 400 1201 TCGGCAGAATTGCTATCTATGCCGGGAGGCAGAAGCAACCAACAAAATTCCAGCTCCACA 1260 1201 TCGGCAGAATTGCTATCTATGCCGGGAGGCAGAAGCAACCAACAAAATTCCAGCTCCACA 1260 401 -S--A--E--L--L--S--M--P--G--G--R--S--N--Q--Q--N--S--S--S--T- 420 1261 ATTCGAACTGCTGTAAATATAGGAGCTCAACAGATTGCTGGGTTAAATGCATCCCAGCCT 1320 1261 ATTCGAACTGCTGTAAATATAGGAGCTCAACAGATTGCTGGGTTAAATGCATCCCAGCCT 1320 421 -I--R--T--A--V--N--I--G--A--Q--Q--I--A--G--L--N--A--S--Q--P- 440 1321 ACTTCAAGTTCAAGGGGTTCGGTTGATATTGTTAGGAGATCCTTGCAGGCTGCTAGCGTT 1380 1321 ACTTCAAGTTCAAGGGGTTCGGTTGATATTGTTAGGAGATCCTTGCAGGCTGCTAGCGTT 1380 441 -T--S--S--S--R--G--S--V--D--I--V--R--R--S--L--Q--A--A--S--V- 460 1381 CCTCAGTCCAGAGGTTCAAGCATTACATCACAGCAGCAACGTGGGCATTCATCCACATCA 1440 1381 CCTCAGTCCAGAGGTTCAAGCATTACATCACAGCAGCAACGTGGGCATTCATCCACATCA 1440 461 -P--Q--S--R--G--S--S--I--T--S--Q--Q--Q--R--G--H--S--S--T--S- 480 1441 CATGAGATTCGAAGCCATCAACCTGGATCCAGCTCTCGTGCCAATCAGCAGCATTACGTC 1500 1441 CATGAGATTCGAAGCCATCAACCTGGATCCAGCTCTCGTGCCAATCAGCAGCATTACGTC 1500 481 -H--E--I--R--S--H--Q--P--G--S--S--S--R--A--N--Q--Q--H--Y--V- 500 1501 AGGGCTGTTCCTCACTCTGTAGATAGGCAAAACTCGAATTACTTGGACCTGCAGTCTTTT 1560 1501 AGGGCTGTTCCTCACTCTGTAGATAGGCAAAACTCGAATTACTTGGACCTGCAGTCTTTT 1560 501 -R--A--V--P--H--S--V--D--R--Q--N--S--N--Y--L--D--L--Q--S--F- 520 1561 ATGCAAAGCATTGCTGCTTCAAGAGACGGAATTAGGACAGTCTCAGAGTCTGCCAATCAG 1620 1561 ATGCAAAGCATTGCTGCTTCAAGAGACGGAATTAGGACAGTCTCAGAGTCTGCCAATCAG 1620 521 -M--Q--S--I--A--A--S--R--D--G--I--R--T--V--S--E--S--A--N--Q- 540 1621 CTTGTGCATCTTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG 1680 1621 CTTGTGCATCTTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG 1680 541 -L--V--H--L--R--N--V--V--E--Q--I--R--Q--G--R--G--G--R--F--E- 560 1681 GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGACAGACATCGT 1740 1681 GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGACAGACATCGT 1740 561 -D--P--N--F--E--R--A--L--F--A--R--R--A--S--L--I--D--R--H--R- 580 1741 GACATGCGGCTTGATGTGGATAATATGTCATATGAGGAATTGTTGGCACTTGGTGAACGC 1800 1741 GACATGCGGCTTGATGTGGATAATATGTCATATGAGGAATTGTTGGCACTTGGTGAACGC 1800 581 -D--M--R--L--D--V--D--N--M--S--Y--E--E--L--L--A--L--G--E--R- 600 1801 ATTGGGTATGTAAACACTGGACTTAGTGAGGATAAAATTAGGACTGGTTTGAAGCAATGG 1860 1801 ATTGGGTATGTAAACACTGGACTTAGTGAGGATAAAATTAGGACTGGTTTGAAGCAATGG 1860 601 -I--G--Y--V--N--T--G--L--S--E--D--K--I--R--T--G--L--K--Q--W- 620 1861 AAATATGTGAGCATACCGATTGAAGAACCTCTAACTGGTGTTGAACCATGCTGTATTTGC 1920 1861 AAATATGTGAGCATACCGATTGAAGAACCTCTAACTGGTGTTGAACCATGCTGTATTTGC 1920 621 -K--Y--V--S--I--P--I--E--E--P--L--T--G--V--E--P--C--C--I--C- 640 1921 CAGGAAGAATATGCCGAAGGCGAGGACATGGGCAGACTAGACTGTGGGCATGACTTCCAC 1980 1921 CAGGAAGAATATGCCGAAGGCGAGGACATGGGCAGACTAGACTGTGGGCATGACTTCCAC 1980 641 -Q--E--E--Y--A--E--G--E--D--M--G--R--L--D--C--G--H--D--F--H- 660 1981 ACCGCATGCATCAAACAATGGCTGGTTATAAAAAATCTGTGCCCTATCTGTAAAAAGACA 2040 1981 ACCGCATGCATCAAACAATGGCTGGTTATAAAAAATCTGTGCCCTATCTGTAAAAAGACA 2040 661 -T--A--C--I--K--Q--W--L--V--I--K--N--L--C--P--I--C--K--K--T- 680 2041 GGACTGGGCACTTAA 2055 2041 GGACTGGGCACTTAA 2055 681 -G--L--G--T--*- 684
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