Oryza longistaminata (O_longistaminata_v1.0)
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This transcript has 22 exons, is annotated with 31 domains and features and maps to 36 oligo probes.

Gene
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeFlags
-KN539425.1_FGT00832281075aa
 
Protein coding
Ensembl Canonical
Codons
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  • Alternating codons
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Other
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     1 ATGGGAGACGACCCCGCGTCGCCTTCCAACCGCTCCGAATCCGCCCCCGCCAAAAACCCT     60
     1 ATGGGAGACGACCCCGCGTCGCCTTCCAACCGCTCCGAATCCGCCCCCGCCAAAAACCCT     60
     1 -M--G--D--D--P--A--S--P--S--N--R--S--E--S--A--P--A--K--N--P-     20

                                                                          
    61 CGCCGCGCCTTCTCCTCCTCCCCCTTCGCCGACTTCGGTAGCTACATGGCCGCGAAGAAC    120
    61 CGCCGCGCCTTCTCCTCCTCCCCCTTCGCCGACTTCGGTAGCTACATGGCCGCGAAGAAC    120
    21 -R--R--A--F--S--S--S--P--F--A--D--F--G--S--Y--M--A--A--K--N-     40

                                                                          
   121 AGCAAGCTCGCCGCGCAGTTCGAGGCTGACGCCTCCACGTCCGCCGCGGAGGTTACCGGC    180
   121 AGCAAGCTCGCCGCGCAGTTCGAGGCTGACGCCTCCACGTCCGCCGCGGAGGTTACCGGC    180
    41 -S--K--L--A--A--Q--F--E--A--D--A--S--T--S--A--A--E--V--T--G-     60

                                                                          
   181 GGCGTCTTCGCTGACGTCTCCATCTTCGTAGACGGCTTCACCGTGCCCTCTAGCCAGGAG    240
   181 GGCGTCTTCGCTGACGTCTCCATCTTCGTAGACGGCTTCACCGTGCCCTCTAGCCAGGAG    240
    61 -G--V--F--A--D--V--S--I--F--V--D--G--F--T--V--P--S--S--Q--E-     80

                                                                          
   241 CTGAAGGAGATTATGCTGAATAATGGTGGGCGGTTTGTCAACTACTTCTCGAGGAATACG    300
   241 CTGAAGGAGATTATGCTGAATAATGGTGGGCGGTTTGTCAACTACTTCTCGAGGAATACG    300
    81 -L--K--E--I--M--L--N--N--G--G--R--F--V--N--Y--F--S--R--N--T-    100

                                                                          
   301 GTGACGCACATCATCTGCACCCATCTGCCCAATAGCAAAATGAGTAATCTGAGAGCATTC    360
   301 GTGACGCACATCATCTGCACCCATCTGCCCAATAGCAAAATGAGTAATCTGAGAGCATTC    360
   101 -V--T--H--I--I--C--T--H--L--P--N--S--K--M--S--N--L--R--A--F-    120

                                                                          
   361 AGTAAGGGACTTCCAGTGGTCAAGCCAGCCTGGGTGGTGGATTCCCTTGCAGAGAACAGA    420
   361 AGTAAGGGACTTCCAGTGGTCAAGCCAGCCTGGGTGGTGGATTCCCTTGCAGAGAACAGA    420
   121 -S--K--G--L--P--V--V--K--P--A--W--V--V--D--S--L--A--E--N--R-    140

                                                                          
   421 CTCCTCAGCTGTAGTTTCAGTTCACCTTCCCTTACTAATAATTTACTGCTGGAGGGATCA    480
   421 CTCCTCAGCTGTAGTTTCAGTTCACCTTCCCTTACTAATAATTTACTGCTGGAGGGATCA    480
   141 -L--L--S--C--S--F--S--S--P--S--L--T--N--N--L--L--L--E--G--S-    160

                                                                          
   481 CAAGACCATAACAGTGGTTGTGAAAAGGAAGGGTCACTATTGAAGGAGGAGGCATCAAAG    540
   481 CAAGACCATAACAGTGGTTGTGAAAAGGAAGGGTCACTATTGAAGGAGGAGGCATCAAAG    540
   161 -Q--D--H--N--S--G--C--E--K--E--G--S--L--L--K--E--E--A--S--K-    180

                                                                          
   541 GACTCACTATCCTCTGATGATCATAAAGCTTCAATGTTTGAAGAACAAGATAGTGAAGAC    600
   541 GACTCACTATCCTCTGATGATCATAAAGCTTCAATGTTTGAAGAACAAGATAGTGAAGAC    600
   181 -D--S--L--S--S--D--D--H--K--A--S--M--F--E--E--Q--D--S--E--D-    200

                                                                          
   601 TTTGTTGATGAGGCTGGTAATGCTTATGAAACAGCATGTTCAGAGAGGAGGGATAATGAC    660
   601 TTTGTTGATGAGGCTGGTAATGCTTATGAAACAGCATGTTCAGAGAGGAGGGATAATGAC    660
   201 -F--V--D--E--A--G--N--A--Y--E--T--A--C--S--E--R--R--D--N--D-    220

                                                                          
   661 AAGGATGGTAAACTTCATGTTGCTGAGTCCCCAGATATTAGGTCAAGGTGTTCAAATTTG    720
   661 AAGGATGGTAAACTTCATGTTGCTGAGTCCCCAGATATTAGGTCAAGGTGTTCAAATTTG    720
   221 -K--D--G--K--L--H--V--A--E--S--P--D--I--R--S--R--C--S--N--L-    240

                                                                          
   721 TGCAGTACAAGCTCTACGGGCAGTCATTTGTCATTGGATTCGTTGGATAGAAATGCAACT    780
   721 TGCAGTACAAGCTCTACGGGCAGTCATTTGTCATTGGATTCGTTGGATAGAAATGCAACT    780
   241 -C--S--T--S--S--T--G--S--H--L--S--L--D--S--L--D--R--N--A--T-    260

                                                                          
   781 AAATCTTCTAGTCGGACACATTCAACCCTCACAGATCCAAATTTTGTAGAGAACTATTTC    840
   781 AAATCTTCTAGTCGGACACATTCAACCCTCACAGATCCAAATTTTGTAGAGAACTATTTC    840
   261 -K--S--S--S--R--T--H--S--T--L--T--D--P--N--F--V--E--N--Y--F-    280

                                                                          
   841 AAGTATTCTCGACTGCATTTCATTGGGACCTGGAGAAATCGATACCGCAAGCGCTTCTCA    900
   841 AAGTATTCTCGACTGCATTTCATTGGGACCTGGAGAAATCGATACCGCAAGCGCTTCTCA    900
   281 -K--Y--S--R--L--H--F--I--G--T--W--R--N--R--Y--R--K--R--F--S-    300

                                                                          
   901 AATTTACTAGGTGATAAAAGCAGTAAGGGGAACCGTGATCATTCAGGGAAGAATAACACG    960
   901 AATTTACTAGGTGATAAAAGCAGTAAGGGGAACCGTGATCATTCAGGGAAGAATAACACG    960
   301 -N--L--L--G--D--K--S--S--K--G--N--R--D--H--S--G--K--N--N--T-    320

                                                                          
   961 ATCATTCATATTGATATGGACTGCTTTTTTGTATCAGTTGTCATCAGAAATAAGCCAGAG   1020
   961 ATCATTCATATTGATATGGACTGCTTTTTTGTATCAGTTGTCATCAGAAATAAGCCAGAG   1020
   321 -I--I--H--I--D--M--D--C--F--F--V--S--V--V--I--R--N--K--P--E-    340

                                                                          
  1021 CTGCATGACAAACCAGTAGCAGTTTGTCATTCTGACAATCCTAAGGGAACTGCGGAAATA   1080
  1021 CTGCATGACAAACCAGTAGCAGTTTGTCATTCTGACAATCCTAAGGGAACTGCGGAAATA   1080
   341 -L--H--D--K--P--V--A--V--C--H--S--D--N--P--K--G--T--A--E--I-    360

                                                                          
  1081 TCATCTGCAAACTATCCTGCACGAAATTATGGGATAAAGGCTGGCATGTTTGTTAGAGAA   1140
  1081 TCATCTGCAAACTATCCTGCACGAAATTATGGGATAAAGGCTGGCATGTTTGTTAGAGAA   1140
   361 -S--S--A--N--Y--P--A--R--N--Y--G--I--K--A--G--M--F--V--R--E-    380

                                                                          
  1141 GCCAAGGCTCGGTGCCCCCACCTAATGATTGTTCCATATGACTTTGATGCATATGGGGAG   1200
  1141 GCCAAGGCTCGGTGCCCCCACCTAATGATTGTTCCATATGACTTTGATGCATATGGGGAG   1200
   381 -A--K--A--R--C--P--H--L--M--I--V--P--Y--D--F--D--A--Y--G--E-    400

                                                                          
  1201 GTTGCTGACCAGTTCTATGGTATTTTGCATAAATATTGCAGTAAGGTTCAGGCTTTGAGT   1260
  1201 GTTGCTGACCAGTTCTATGGTATTTTGCATAAATATTGCAGTAAGGTTCAGGCTTTGAGT   1260
   401 -V--A--D--Q--F--Y--G--I--L--H--K--Y--C--S--K--V--Q--A--L--S-    420

                                                                          
  1261 TGTGATGAAGCTTTCCTGGATATGACCGAATGCTTACATGATAATCCAGAGGAAGTAACA   1320
  1261 TGTGATGAAGCTTTCCTGGATATGACCGAATGCTTACATGATAATCCAGAGGAAGTAACA   1320
   421 -C--D--E--A--F--L--D--M--T--E--C--L--H--D--N--P--E--E--V--T-    440

                                                                          
  1321 CAGAAAATAAGGAATGAGATTTTTGGTACAACAAAGTGCTCTGCTAGTGCAGGTATTGCT   1380
  1321 CAGAAAATAAGGAATGAGATTTTTGGTACAACAAAGTGCTCTGCTAGTGCAGGTATTGCT   1380
   441 -Q--K--I--R--N--E--I--F--G--T--T--K--C--S--A--S--A--G--I--A-    460

                                                                          
  1381 GGAAACATGCTCATAGCTCGTTTAGCTACCAGATCTGCAAAGCCAAATGGACAGTGTTTT   1440
  1381 GGAAACATGCTCATAGCTCGTTTAGCTACCAGATCTGCAAAGCCAAATGGACAGTGTTTT   1440
   461 -G--N--M--L--I--A--R--L--A--T--R--S--A--K--P--N--G--Q--C--F-    480

                                                                          
  1441 ATTTCCTCTGAGAAGATCACACCAGGTGATCCAGCTTTTAGTAAGAAAGCCCACAAACAA   1500
  1441 ATTTCCTCTGAGAAGATCACACCAGGTGATCCAGCTTTTAGTAAGAAAGCCCACAAACAA   1500
   481 -I--S--S--E--K--I--T--P--G--D--P--A--F--S--K--K--A--H--K--Q-    500

                                                                          
  1501 GGTTCTGTTACAACTAAACAAACAAAAAAGAAGGTTGATGGATATTTAAATACTCTTTCT   1560
  1501 GGTTCTGTTACAACTAAACAAACAAAAAAGAAGGTTGATGGATATTTAAATACTCTTTCT   1560
   501 -G--S--V--T--T--K--Q--T--K--K--K--V--D--G--Y--L--N--T--L--S-    520

                                                                          
  1561 ATCAAAGCACTCCCAGGCATTGGTCATACTGTTTCAGATAAACTAAAGAGCAAAGAAGTG   1620
  1561 ATCAAAGCACTCCCAGGCATTGGTCATACTGTTTCAGATAAACTAAAGAGCAAAGAAGTG   1620
   521 -I--K--A--L--P--G--I--G--H--T--V--S--D--K--L--K--S--K--E--V-    540

                                                                          
  1621 GAATACTGCGGCCAGCTTCGCAACATTCCAAAGGAATCTCTCCATAAGGATTTTGGTAAA   1680
  1621 GAATACTGCGGCCAGCTTCGCAACATTCCAAAGGAATCTCTCCATAAGGATTTTGGTAAA   1680
   541 -E--Y--C--G--Q--L--R--N--I--P--K--E--S--L--H--K--D--F--G--K-    560

                                                                          
  1681 AAAATTGGTGACATGTTATGGAACTATTGCAGAGGAATTGATCATTCAGTTGTTGAAGCT   1740
  1681 AAAATTGGTGACATGTTATGGAACTATTGCAGAGGAATTGATCATTCAGTTGTTGAAGCT   1740
   561 -K--I--G--D--M--L--W--N--Y--C--R--G--I--D--H--S--V--V--E--A-    580

                                                                          
  1741 GTTCAGGAAACAAAATCTGTCGGTGCTGAAGTCAATTGGGGAGTCAGATTTAATGATAAC   1800
  1741 GTTCAGGAAACAAAATCTGTCGGTGCTGAAGTCAATTGGGGAGTCAGATTTAATGATAAC   1800
   581 -V--Q--E--T--K--S--V--G--A--E--V--N--W--G--V--R--F--N--D--N-    600

                                                                          
  1801 AAAGATGCTGAGAATTTTCTTGTCAACCTCAGCAAGGAGTTGAAAACAAGAAGGAAAGGT   1860
  1801 AAAGATGCTGAGAATTTTCTTGTCAACCTCAGCAAGGAGTTGAAAACAAGAAGGAAAGGT   1860
   601 -K--D--A--E--N--F--L--V--N--L--S--K--E--L--K--T--R--R--K--G-    620

                                                                          
  1861 GCTGGAGAGCCAATCAAGTTTATGGGATGTGGTGACTGTGAAACTGTTAGTCGATCTATG   1920
  1861 GCTGGAGAGCCAATCAAGTTTATGGGATGTGGTGACTGTGAAACTGTTAGTCGATCTATG   1920
   621 -A--G--E--P--I--K--F--M--G--C--G--D--C--E--T--V--S--R--S--M-    640

                                                                          
  1921 ACGATTGCAGGTGCAACTGACAATCCAGTCACCCTTCAGAGAATCGCAAAACAGTTATTC   1980
  1921 ACGATTGCAGGTGCAACTGACAATCCAGTCACCCTTCAGAGAATCGCAAAACAGTTATTC   1980
   641 -T--I--A--G--A--T--D--N--P--V--T--L--Q--R--I--A--K--Q--L--F-    660

                                                                          
  1981 TCATCATTCTGTGTTGATGTGAAGGAAGTTCGGGGAGTAGGACTAAAAATTTCAAGGCTT   2040
  1981 TCATCATTCTGTGTTGATGTGAAGGAAGTTCGGGGAGTAGGACTAAAAATTTCAAGGCTT   2040
   661 -S--S--F--C--V--D--V--K--E--V--R--G--V--G--L--K--I--S--R--L-    680

                                                                          
  2041 GAGCATGCAGATTTAGCTCGGGGAGCACCACAAGGGAATATGCTTGAATCTTGGCTTGCT   2100
  2041 GAGCATGCAGATTTAGCTCGGGGAGCACCACAAGGGAATATGCTTGAATCTTGGCTTGCT   2100
   681 -E--H--A--D--L--A--R--G--A--P--Q--G--N--M--L--E--S--W--L--A-    700

                                                                          
  2101 TCACCATCTGACAAGCTCAAGAAACACAGCACCGAGAAAGCTTGCTTGCTCAAAAATCGT   2160
  2101 TCACCATCTGACAAGCTCAAGAAACACAGCACCGAGAAAGCTTGCTTGCTCAAAAATCGT   2160
   701 -S--P--S--D--K--L--K--K--H--S--T--E--K--A--C--L--L--K--N--R-    720

                                                                          
  2161 GATGATGCAGCAACTAGCGAGCGGAGAGGTTTTGGAAGTATCAGACCATCAGGTATAGGA   2220
  2161 GATGATGCAGCAACTAGCGAGCGGAGAGGTTTTGGAAGTATCAGACCATCAGGTATAGGA   2220
   721 -D--D--A--A--T--S--E--R--R--G--F--G--S--I--R--P--S--G--I--G-    740

                                                                          
  2221 GGGACTTCTCGTTCATCAGAAGTGAACCCTCCAAGTGACAGGTCCACTCGTGTTGGTGTT   2280
  2221 GGGACTTCTCGTTCATCAGAAGTGAACCCTCCAAGTGACAGGTCCACTCGTGTTGGTGTT   2280
   741 -G--T--S--R--S--S--E--V--N--P--P--S--D--R--S--T--R--V--G--V-    760

                                                                          
  2281 GAGCTGCCACCATTGTCCGAACTTGATTTGGAGGTCCTAAAGAACCTTCCTCCAGAGATA   2340
  2281 GAGCTGCCACCATTGTCCGAACTTGATTTGGAGGTCCTAAAGAACCTTCCTCCAGAGATA   2340
   761 -E--L--P--P--L--S--E--L--D--L--E--V--L--K--N--L--P--P--E--I-    780

                                                                          
  2341 ATATCTGAGATGAATGACATGTACAAGGGAGAATTGCATGGTTTTCTAGGGATAACCAGT   2400
  2341 ATATCTGAGATGAATGACATGTACAAGGGAGAATTGCATGGTTTTCTAGGGATAACCAGT   2400
   781 -I--S--E--M--N--D--M--Y--K--G--E--L--H--G--F--L--G--I--T--S-    800

                                                                          
  2401 GGTGACAAAGCCAAGGAAAGCACTACAAAATCTCTTGTTTTTCCAGCAGTTGATCAGAAT   2460
  2401 GGTGACAAAGCCAAGGAAAGCACTACAAAATCTCTTGTTTTTCCAGCAGTTGATCAGAAT   2460
   801 -G--D--K--A--K--E--S--T--T--K--S--L--V--F--P--A--V--D--Q--N-    820

                                                                          
  2461 CTTGTGCCTGTTCTTGACACGAAGCTGCATGGAGATGGAAAGCATAAAGACTACATACAT   2520
  2461 CTTGTGCCTGTTCTTGACACGAAGCTGCATGGAGATGGAAAGCATAAAGACTACATACAT   2520
   821 -L--V--P--V--L--D--T--K--L--H--G--D--G--K--H--K--D--Y--I--H-    840

                                                                          
  2521 TTTAAAAAGGAGGCAGATATTAAGGGGCCTTCAGGTGAACAACTCTCTGAATTAAAACAA   2580
  2521 TTTAAAAAGGAGGCAGATATTAAGGGGCCTTCAGGTGAACAACTCTCTGAATTAAAACAA   2580
   841 -F--K--K--E--A--D--I--K--G--P--S--G--E--Q--L--S--E--L--K--Q-    860

                                                                          
  2581 GCCAATGCTCCACGTTCAATAGCCAGTGAATTGGTTGATATACCAACTAAAAGTGTCATA   2640
  2581 GCCAATGCTCCACGTTCAATAGCCAGTGAATTGGTTGATATACCAACTAAAAGTGTCATA   2640
   861 -A--N--A--P--R--S--I--A--S--E--L--V--D--I--P--T--K--S--V--I-    880

                                                                          
  2641 CAGCATGATTTCATGCCAAATTCTTTAAGCCAGGCAGACGTCACAGTTCTTCAGGAATTA   2700
  2641 CAGCATGATTTCATGCCAAATTCTTTAAGCCAGGCAGACGTCACAGTTCTTCAGGAATTA   2700
   881 -Q--H--D--F--M--P--N--S--L--S--Q--A--D--V--T--V--L--Q--E--L-    900

                                                                          
  2701 CCTGAGGATGTGAAGGCTGATTTGTTTAATGTGCTTCCATTGCACAGATCAGGAGATCCT   2760
  2701 CCTGAGGATGTGAAGGCTGATTTGTTTAATGTGCTTCCATTGCACAGATCAGGAGATCCT   2760
   901 -P--E--D--V--K--A--D--L--F--N--V--L--P--L--H--R--S--G--D--P-    920

                                                                          
  2761 ACATGCAGCACTTCACATGTTTCTGAAAACAAATTTCCCCAGGATGGAAGAAGCGATGAT   2820
  2761 ACATGCAGCACTTCACATGTTTCTGAAAACAAATTTCCCCAGGATGGAAGAAGCGATGAT   2820
   921 -T--C--S--T--S--H--V--S--E--N--K--F--P--Q--D--G--R--S--D--D-    940

                                                                          
  2821 CCAAAACAACATCCACAGATTTGTCACCTGCCTGGGAATTCCCAAAAATGGATTGAAGAG   2880
  2821 CCAAAACAACATCCACAGATTTGTCACCTGCCTGGGAATTCCCAAAAATGGATTGAAGAG   2880
   941 -P--K--Q--H--P--Q--I--C--H--L--P--G--N--S--Q--K--W--I--E--E-    960

                                                                          
  2881 TTCAGAGTTAGCCATTGCCTGATACTGAATGTTATTGCAGAGCAACACACAGATTCCATC   2940
  2881 TTCAGAGTTAGCCATTGCCTGATACTGAATGTTATTGCAGAGCAACACACAGATTCCATC   2940
   961 -F--R--V--S--H--C--L--I--L--N--V--I--A--E--Q--H--T--D--S--I-    980

                                                                          
  2941 TCCAGTCGACCTTTATCTTCTGTTTTAGAACCTGTAATTTCCTACCTTCCCCTGTGCCCT   3000
  2941 TCCAGTCGACCTTTATCTTCTGTTTTAGAACCTGTAATTTCCTACCTTCCCCTGTGCCCT   3000
   981 -S--S--R--P--L--S--S--V--L--E--P--V--I--S--Y--L--P--L--C--P-   1000

                                                                          
  3001 AACTCAGGCACTGAAGAATGGAACGAAGCATTTGCAAGCCTTTCTGAACTTCTGACACAA   3060
  3001 AACTCAGGCACTGAAGAATGGAACGAAGCATTTGCAAGCCTTTCTGAACTTCTGACACAA   3060
  1001 -N--S--G--T--E--E--W--N--E--A--F--A--S--L--S--E--L--L--T--Q-   1020

                                                                          
  3061 TATATACACCAAAAGGTTGAATCTGATATTGAAGAGCTCCACAAATGTTTCCGGCTTTTA   3120
  3061 TATATACACCAAAAGGTTGAATCTGATATTGAAGAGCTCCACAAATGTTTCCGGCTTTTA   3120
  1021 -Y--I--H--Q--K--V--E--S--D--I--E--E--L--H--K--C--F--R--L--L-   1040

                                                                          
  3121 AAAAGATTGTCATCAGGATCAGAGCTTTTCCTGGAATTGCATGATAGCATTCTTCCTCTC   3180
  3121 AAAAGATTGTCATCAGGATCAGAGCTTTTCCTGGAATTGCATGATAGCATTCTTCCTCTC   3180
  1041 -K--R--L--S--S--G--S--E--L--F--L--E--L--H--D--S--I--L--P--L-   1060

                                                                          
  3181 TTACAGGATTCTGTCAGGCAGCATTATGGTGGGATACTACATTTATAG               3228
  3181 TTACAGGATTCTGTCAGGCAGCATTATGGTGGGATACTACATTTATAG               3228
  1061 -L--Q--D--S--V--R--Q--H--Y--G--G--I--L--H--L--*-               1075