Oryza longistaminata (O_longistaminata_v1.0)
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This transcript has 8 exons, is annotated with 15 domains and features and maps to 26 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeFlags
-KN539154.1_FGT0012112703aa
 
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  • Alternating codons
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     1 ATGGGGGAGAGAGCGCCGGCTTGGGGATGGTGCGGCAAGCATCTCCTCGAGTTCATGTGC     60
     1 ATGGGGGAGAGAGCGCCGGCTTGGGGATGGTGCGGCAAGCATCTCCTCGAGTTCATGTGC     60
     1 -M--G--E--R--A--P--A--W--G--W--C--G--K--H--L--L--E--F--M--C-     20

                                                                          
    61 CGCTGCGACCTTCGTCCTCAGTTTGTTGACCTCCTCCTAAAGCCCCTTGTCCCACCGTTG    120
    61 CGCTGCGACCTTCGTCCTCAGTTTGTTGACCTCCTCCTAAAGCCCCTTGTCCCACCGTTG    120
    21 -R--C--D--L--R--P--Q--F--V--D--L--L--L--K--P--L--V--P--P--L-     40

                                                                          
   121 GGAGACTCGGTGGGTCCAGCTATCAGAGAATATGTTGATACTTCCCAAAAGGTAGTTGGA    180
   121 GGAGACTCGGTGGGTCCAGCTATCAGAGAATATGTTGATACTTCCCAAAAGGTAGTTGGA    180
    41 -G--D--S--V--G--P--A--I--R--E--Y--V--D--T--S--Q--K--V--V--G-     60

                                                                          
   181 TTCAGAATCTCTAGAGAAGAGAATGATGATTTATATACCCAAGAAGTTGGCAATTTTTCT    240
   181 TTCAGAATCTCTAGAGAAGAGAATGATGATTTATATACCCAAGAAGTTGGCAATTTTTCT    240
    61 -F--R--I--S--R--E--E--N--D--D--L--Y--T--Q--E--V--G--N--F--S-     80

                                                                          
   241 GAATGCCACTCTTCTGAACATGGGAATTCAGGTTTTTCAGCCAATAATGGCACCTCAGGC    300
   241 GAATGCCACTCTTCTGAACATGGGAATTCAGGTTTTTCAGCCAATAATGGCACCTCAGGC    300
    81 -E--C--H--S--S--E--H--G--N--S--G--F--S--A--N--N--G--T--S--G-    100

                                                                          
   301 CAGGCAACTCCTCAGAGACCTGAATTGATGGAATCCCTGAAAATTGATCAATCCACTACA    360
   301 CAGGCAACTCCTCAGAGACCTGAATTGATGGAATCCCTGAAAATTGATCAATCCACTACA    360
   101 -Q--A--T--P--Q--R--P--E--L--M--E--S--L--K--I--D--Q--S--T--T-    120

                                                                          
   361 AATTCTAGTGGGAATGGTACTCAGGTGACTGCTAGAAAGAATCAGTCTGTAAATGCCAAT    420
   361 AATTCTAGTGGGAATGGTACTCAGGTGACTGCTAGAAAGAATCAGTCTGTAAATGCCAAT    420
   121 -N--S--S--G--N--G--T--Q--V--T--A--R--K--N--Q--S--V--N--A--N-    140

                                                                          
   421 TATCTGCTGAATTTCCACTATGATCCAATTTCTCGGCCACAGCCTAGAGGCCCCAGAACA    480
   421 TATCTGCTGAATTTCCACTATGATCCAATTTCTCGGCCACAGCCTAGAGGCCCCAGAACA    480
   141 -Y--L--L--N--F--H--Y--D--P--I--S--R--P--Q--P--R--G--P--R--T-    160

                                                                          
   481 TATCCTCCAAGAAGACAGAGGAAGATCAGACCATACAACAAAGATTTGTTCCTACAAGCA    540
   481 TATCCTCCAAGAAGACAGAGGAAGATCAGACCATACAACAAAGATTTGTTCCTACAAGCA    540
   161 -Y--P--P--R--R--Q--R--K--I--R--P--Y--N--K--D--L--F--L--Q--A-    180

                                                                          
   541 AATTTTAAGTTTGTTGTGTTGGATACTGGAAGCTATGAGATAGAATTAATGGATCCAGAT    600
   541 AATTTTAAGTTTGTTGTGTTGGATACTGGAAGCTATGAGATAGAATTAATGGATCCAGAT    600
   181 -N--F--K--F--V--V--L--D--T--G--S--Y--E--I--E--L--M--D--P--D-    200

                                                                          
   601 AAGATGCTCCAGTGGGAAGATATTGTATGTGTAAGATATTATAGCCCTTGTGAGGTGCAA    660
   601 AAGATGCTCCAGTGGGAAGATATTGTATGTGTAAGATATTATAGCCCTTGTGAGGTGCAA    660
   201 -K--M--L--Q--W--E--D--I--V--C--V--R--Y--Y--S--P--C--E--V--Q-    220

                                                                          
   661 TGCCCTATTTGCTTGGAGAGCCCATTGTGCCCACAGATTACATCATGTGGTCATATATAT    720
   661 TGCCCTATTTGCTTGGAGAGCCCATTGTGCCCACAGATTACATCATGTGGTCATATATAT    720
   221 -C--P--I--C--L--E--S--P--L--C--P--Q--I--T--S--C--G--H--I--Y-    240

                                                                          
   721 TGTTTTCCATGCATTTTACGTTATTTACTTATGGGAAAAGAAGATTACAAAGGTGAAAGC    780
   721 TGTTTTCCATGCATTTTACGTTATTTACTTATGGGAAAAGAAGATTACAAAGGTGAAAGC    780
   241 -C--F--P--C--I--L--R--Y--L--L--M--G--K--E--D--Y--K--G--E--S-    260

                                                                          
   781 TGGAAGAAGTGCCCACTGTGTTTCATGATGATCTCAACAAAGGAGTTGTATACAATCTAT    840
   781 TGGAAGAAGTGCCCACTGTGTTTCATGATGATCTCAACAAAGGAGTTGTATACAATCTAT    840
   261 -W--K--K--C--P--L--C--F--M--M--I--S--T--K--E--L--Y--T--I--Y-    280

                                                                          
   841 ATTACTCAAGTCCAGCATTTTCATGTTGGTGACAATGTGACATTTACACTTTTGAGCCGC    900
   841 ATTACTCAAGTCCAGCATTTTCATGTTGGTGACAATGTGACATTTACACTTTTGAGCCGC    900
   281 -I--T--Q--V--Q--H--F--H--V--G--D--N--V--T--F--T--L--L--S--R-    300

                                                                          
   901 TCAAAAAATTCACTCACTCCTTCTATTAAGAACCTCACTGATGAATCTACTTCTATAGAC    960
   901 TCAAAAAATTCACTCACTCCTTCTATTAAGAACCTCACTGATGAATCTACTTCTATAGAC    960
   301 -S--K--N--S--L--T--P--S--I--K--N--L--T--D--E--S--T--S--I--D-    320

                                                                          
   961 GAAGATCCTTGCAGTGCATTCTCCAAGTTCATTTTGACGTCTGATGTGGAACTTTCTGTT   1020
   961 GAAGATCCTTGCAGTGCATTCTCCAAGTTCATTTTGACGTCTGATGTGGAACTTTCTGTT   1020
   321 -E--D--P--C--S--A--F--S--K--F--I--L--T--S--D--V--E--L--S--V-    340

                                                                          
  1021 AGAGAGGCGAAAACAGATCTTGTTAATTGGTTGCATATGGCAGATTTAGGCCTTGTGGAT   1080
  1021 AGAGAGGCGAAAACAGATCTTGTTAATTGGTTGCATATGGCAGATTTAGGCCTTGTGGAT   1080
   341 -R--E--A--K--T--D--L--V--N--W--L--H--M--A--D--L--G--L--V--D-    360

                                                                          
  1081 GACTTGGAGAAACTTCCATACGTTTCTACCGCTTTGGAGCAGCTAGAAGAACGGATGAAA   1140
  1081 GACTTGGAGAAACTTCCATACGTTTCTACCGCTTTGGAGCAGCTAGAAGAACGGATGAAA   1140
   361 -D--L--E--K--L--P--Y--V--S--T--A--L--E--Q--L--E--E--R--M--K-    380

                                                                          
  1141 TATTGGAGTGAGTACAGAAATTTTAGTGTCAGCCCTCCCCTAAAAGACAGCTTCTCACCT   1200
  1141 TATTGGAGTGAGTACAGAAATTTTAGTGTCAGCCCTCCCCTAAAAGACAGCTTCTCACCT   1200
   381 -Y--W--S--E--Y--R--N--F--S--V--S--P--P--L--K--D--S--F--S--P-    400

                                                                          
  1201 GTAACTAGTTCCAAATCAAGGAACCCTAATAATGCACAATCTTCACGCCAGAACAGTGAA   1260
  1201 GTAACTAGTTCCAAATCAAGGAACCCTAATAATGCACAATCTTCACGCCAGAACAGTGAA   1260
   401 -V--T--S--S--K--S--R--N--P--N--N--A--Q--S--S--R--Q--N--S--E-    420

                                                                          
  1261 CACAAGCTATCTCCTCTATCAGATGAAGATATGATTGCTGGTGTTTCGGAGCTCTGTATT   1320
  1261 CACAAGCTATCTCCTCTATCAGATGAAGATATGATTGCTGGTGTTTCGGAGCTCTGTATT   1320
   421 -H--K--L--S--P--L--S--D--E--D--M--I--A--G--V--S--E--L--C--I-    440

                                                                          
  1321 TCACCTGAATCAAATAAAATCTTTAATAAAGGAATGCCATCGAAAACAGAAGAGAGATGT   1380
  1321 TCACCTGAATCAAATAAAATCTTTAATAAAGGAATGCCATCGAAAACAGAAGAGAGATGT   1380
   441 -S--P--E--S--N--K--I--F--N--K--G--M--P--S--K--T--E--E--R--C-    460

                                                                          
  1381 ATGGCTCCCATAGATTCAAATGAGAATGATACTTATAATTTTTACCAGGTATCTGATGGC   1440
  1381 ATGGCTCCCATAGATTCAAATGAGAATGATACTTATAATTTTTACCAGGTATCTGATGGC   1440
   461 -M--A--P--I--D--S--N--E--N--D--T--Y--N--F--Y--Q--V--S--D--G-    480

                                                                          
  1441 CAACACCTAATTCTTCATCCGCTAAACATGAAATGCCTTATAAACCATTATGGAAGTTCT   1500
  1441 CAACACCTAATTCTTCATCCGCTAAACATGAAATGCCTTATAAACCATTATGGAAGTTCT   1500
   481 -Q--H--L--I--L--H--P--L--N--M--K--C--L--I--N--H--Y--G--S--S-    500

                                                                          
  1501 GATATGCTCCCACCAAGAATACATGGAAAAATCTTGGAGCTAGAAACTGTAACACAATCC   1560
  1501 GATATGCTCCCACCAAGAATACATGGAAAAATCTTGGAGCTAGAAACTGTAACACAATCC   1560
   501 -D--M--L--P--P--R--I--H--G--K--I--L--E--L--E--T--V--T--Q--S-    520

                                                                          
  1561 GAAGCTACAAGAAAGCGCTATCGTTATCTAAGTCACTTCTCATTGACAACAACGTTCCAG   1620
  1561 GAAGCTACAAGAAAGCGCTATCGTTATCTAAGTCACTTCTCATTGACAACAACGTTCCAG   1620
   521 -E--A--T--R--K--R--Y--R--Y--L--S--H--F--S--L--T--T--T--F--Q-    540

                                                                          
  1621 TTCTGTGAAATTGACCTGGGTGATATGCTGCCTCCTAGCTCATTAGCTCCATTCATGGAT   1680
  1621 TTCTGTGAAATTGACCTGGGTGATATGCTGCCTCCTAGCTCATTAGCTCCATTCATGGAT   1680
   541 -F--C--E--I--D--L--G--D--M--L--P--P--S--S--L--A--P--F--M--D-    560

                                                                          
  1681 GAAATCAAGAAGCGAGAGAAACAGAGGAAACGAACTGCCAAGAAGGAAGAAAGCGATAGA   1740
  1681 GAAATCAAGAAGCGAGAGAAACAGAGGAAACGAACTGCCAAGAAGGAAGAAAGCGATAGA   1740
   561 -E--I--K--K--R--E--K--Q--R--K--R--T--A--K--K--E--E--S--D--R-    580

                                                                          
  1741 GTGAAAGCCGAAGTTGCTGCTGCTGCACAGGCATCTGCAATGCTGTTTGAACATACAAGC   1800
  1741 GTGAAAGCCGAAGTTGCTGCTGCTGCACAGGCATCTGCAATGCTGTTTGAACATACAAGC   1800
   581 -V--K--A--E--V--A--A--A--A--Q--A--S--A--M--L--F--E--H--T--S-    600

                                                                          
  1801 TTCTCTCCCAGTAGTGGGCCACATGGCGATTTTATGTTCTCTCTGGATGACTTTGAAGCT   1860
  1801 TTCTCTCCCAGTAGTGGGCCACATGGCGATTTTATGTTCTCTCTGGATGACTTTGAAGCT   1860
   601 -F--S--P--S--S--G--P--H--G--D--F--M--F--S--L--D--D--F--E--A-    620

                                                                          
  1861 CTTGGAAACAATGCTGGACCCTCCACGAGTCCACCAGCCAGCGAAAGAAAGCTTTTCTCC   1920
  1861 CTTGGAAACAATGCTGGACCCTCCACGAGTCCACCAGCCAGCGAAAGAAAGCTTTTCTCC   1920
   621 -L--G--N--N--A--G--P--S--T--S--P--P--A--S--E--R--K--L--F--S-    640

                                                                          
  1921 GATGTTGCACGGCTCGGCTTTGCGTCTGCCCAAGACTCGCCTCCTCTAAGAGTTGAATCT   1980
  1921 GATGTTGCACGGCTCGGCTTTGCGTCTGCCCAAGACTCGCCTCCTCTAAGAGTTGAATCT   1980
   641 -D--V--A--R--L--G--F--A--S--A--Q--D--S--P--P--L--R--V--E--S-    660

                                                                          
  1981 GGGGATTTGACTGGCAAAAGTGAAAGCACGGGGGAACAAGGTATGGTGACACACGATGCA   2040
  1981 GGGGATTTGACTGGCAAAAGTGAAAGCACGGGGGAACAAGGTATGGTGACACACGATGCA   2040
   661 -G--D--L--T--G--K--S--E--S--T--G--E--Q--G--M--V--T--H--D--A-    680

                                                                          
  2041 CCTTTGGACGCTGGCACTTACCAGTGTGCGGCAGTGCCCATTTTTCTTCTAGTGAAATCC   2100
  2041 CCTTTGGACGCTGGCACTTACCAGTGTGCGGCAGTGCCCATTTTTCTTCTAGTGAAATCC   2100
   681 -P--L--D--A--G--T--Y--Q--C--A--A--V--P--I--F--L--L--V--K--S-    700

                                                                          
  2101 TGGCATAACTAA                                                   2112
  2101 TGGCATAACTAA                                                   2112
   701 -W--H--N--*-                                                    703