Oryza longistaminata (O_longistaminata_v1.0)
Location
About this transcript

This transcript has 8 exons, is annotated with 23 domains and features and maps to 35 oligo probes.

Gene
Show/hide columns (1 hidden)
  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeFlags
-KN538753.1_FGT0521236411aa
 
Protein coding
Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGGTTATGGCATGAGTAGGATGGAGGAGGAATACAGCGAGCATGAAGATCAGAATAAT     60
     1 ATGGGTTATGGCATGAGTAGGATGGAGGAGGAATACAGCGAGCATGAAGATCAGAATAAT     60
     1 -M--G--Y--G--M--S--R--M--E--E--E--Y--S--E--H--E--D--Q--N--N-     20

                                                                          
    61 GGTGGATCTAATTCACAAGTGAATAATGAGTTCTTAAACACACATAATGATATTTTCCAT    120
    61 GGTGGATCTAATTCACAAGTGAATAATGAGTTCTTAAACACACATAATGATATTTTCCAT    120
    21 -G--G--S--N--S--Q--V--N--N--E--F--L--N--T--H--N--D--I--F--H-     40

                                                                          
   121 ATGACTCAAATAAGATCAGGACCTAGTGAAAGTCTTCGCAAGTCTATTGGTACAAGCAAA    180
   121 ATGACTCAAATAAGATCAGGACCTAGTGAAAGTCTTCGCAAGTCTATTGGTACAAGCAAA    180
    41 -M--T--Q--I--R--S--G--P--S--E--S--L--R--K--S--I--G--T--S--K-     60

                                                                          
   181 GATGTGATATCGACAACCAGGTTATTGTCTGGAAGGGAAATTAATTCTTCAGGAAATGGG    240
   181 GATGTGATATCGACAACCAGGTTATTGTCTGGAAGGGAAATTAATTCTTCAGGAAATGGG    240
    61 -D--V--I--S--T--T--R--L--L--S--G--R--E--I--N--S--S--G--N--G-     80

                                                                          
   241 AAGTTCTCTTCAGTTGATCGTGCGTTTCTTCTTGGTCGTTATCTTCCAGTTGATGGCCCT    300
   241 AAGTTCTCTTCAGTTGATCGTGCGTTTCTTCTTGGTCGTTATCTTCCAGTTGATGGCCCT    300
    81 -K--F--S--S--V--D--R--A--F--L--L--G--R--Y--L--P--V--D--G--P-    100

                                                                          
   301 GAAATAGTGGACAGGATGGATTCCCGAGCTTATGTTTCACAGTTTTCTGCTGATGGATCT    360
   301 GAAATAGTGGACAGGATGGATTCCCGAGCTTATGTTTCACAGTTTTCTGCTGATGGATCT    360
   101 -E--I--V--D--R--M--D--S--R--A--Y--V--S--Q--F--S--A--D--G--S-    120

                                                                          
   361 CTTTTTGTTGCTGGTTTTCAGGGAAGCCACATAAGAATATATGATGTTGATAAAGGTTGG    420
   361 CTTTTTGTTGCTGGTTTTCAGGGAAGCCACATAAGAATATATGATGTTGATAAAGGTTGG    420
   121 -L--F--V--A--G--F--Q--G--S--H--I--R--I--Y--D--V--D--K--G--W-    140

                                                                          
   421 AAAGTACATAGGGACATTCATGCTAGAAGTTTGAGATGGACCATTAGTGACGCATCACTT    480
   421 AAAGTACATAGGGACATTCATGCTAGAAGTTTGAGATGGACCATTAGTGACGCATCACTT    480
   141 -K--V--H--R--D--I--H--A--R--S--L--R--W--T--I--S--D--A--S--L-    160

                                                                          
   481 TCCCCTGATCAACAGTTTCTTGTCTACTCCAGTCTAGCACCGATTATCCATATCGTCAAT    540
   481 TCCCCTGATCAACAGTTTCTTGTCTACTCCAGTCTAGCACCGATTATCCATATCGTCAAT    540
   161 -S--P--D--Q--Q--F--L--V--Y--S--S--L--A--P--I--I--H--I--V--N-    180

                                                                          
   541 GTTGGGACTGCTGCAAAACAATCATATGCTAATATCACTGACATCCACGATGGACTAGAT    600
   541 GTTGGGACTGCTGCAAAACAATCATATGCTAATATCACTGACATCCACGATGGACTAGAT    600
   181 -V--G--T--A--A--K--Q--S--Y--A--N--I--T--D--I--H--D--G--L--D-    200

                                                                          
   601 TTTTCACAGCATGAAGATGTTCGATATACATTTGGAATATTTTCTGTTAAATTCTCTTCT    660
   601 TTTTCACAGCATGAAGATGTTCGATATACATTTGGAATATTTTCTGTTAAATTCTCTTCT    660
   201 -F--S--Q--H--E--D--V--R--Y--T--F--G--I--F--S--V--K--F--S--S-    220

                                                                          
   661 GATGGCCGAGAGCTTGTTGCTGGCAGTAACGATGATTCAATATATGTTTATGACCTTGTG    720
   661 GATGGCCGAGAGCTTGTTGCTGGCAGTAACGATGATTCAATATATGTTTATGACCTTGTG    720
   221 -D--G--R--E--L--V--A--G--S--N--D--D--S--I--Y--V--Y--D--L--V-    240

                                                                          
   721 GCAAACAAACTAACGTTGCGTTTGCCTGCTCATCATTCTGATGTCAACACAGTAGCATTT    780
   721 GCAAACAAACTAACGTTGCGTTTGCCTGCTCATCATTCTGATGTCAACACAGTAGCATTT    780
   241 -A--N--K--L--T--L--R--L--P--A--H--H--S--D--V--N--T--V--A--F-    260

                                                                          
   781 GCTGACGAAACTGGCCATCTCATATATTCTGGAAGTGATGATAATTTATGCAAGGTCTGG    840
   781 GCTGACGAAACTGGCCATCTCATATATTCTGGAAGTGATGATAATTTATGCAAGGTCTGG    840
   261 -A--D--E--T--G--H--L--I--Y--S--G--S--D--D--N--L--C--K--V--W-    280

                                                                          
   841 GATAGGCGATGTTTATCCACAGAAGAACCTGCTGGAGTTTTGACTGGGCATTTGCATGGC    900
   841 GATAGGCGATGTTTATCCACAGAAGAACCTGCTGGAGTTTTGACTGGGCATTTGCATGGC    900
   281 -D--R--R--C--L--S--T--E--E--P--A--G--V--L--T--G--H--L--H--G-    300

                                                                          
   901 ATTACTCATATTGATAGCCGTGGAGATGGTCGGTGTTTCATATCAAATGGAAAAGACCAA    960
   901 ATTACTCATATTGATAGCCGTGGAGATGGTCGGTGTTTCATATCAAATGGAAAAGACCAA    960
   301 -I--T--H--I--D--S--R--G--D--G--R--C--F--I--S--N--G--K--D--Q-    320

                                                                          
   961 GCTATCAAAATGTGGGACATCAGGAAAATGACATCCAATGCTGATAGCACAGGACAGAAG   1020
   961 GCTATCAAAATGTGGGACATCAGGAAAATGACATCCAATGCTGATAGCACAGGACAGAAG   1020
   321 -A--I--K--M--W--D--I--R--K--M--T--S--N--A--D--S--T--G--Q--K-    340

                                                                          
  1021 TACATATATACAGGATCCTATGATTCTAGTGTTTGTATCTACGATGTGGTAAGCGGATCA   1080
  1021 TACATATATACAGGATCCTATGATTCTAGTGTTTGTATCTACGATGTGGTAAGCGGATCA   1080
   341 -Y--I--Y--T--G--S--Y--D--S--S--V--C--I--Y--D--V--V--S--G--S-    360

                                                                          
  1081 CAAGTTGCAAAACTCAAAGGATATCATCAGCTGGCAATTCGAGACTGCAGTTGGCATCCC   1140
  1081 CAAGTTGCAAAACTCAAAGGATATCATCAGCTGGCAATTCGAGACTGCAGTTGGCATCCC   1140
   361 -Q--V--A--K--L--K--G--Y--H--Q--L--A--I--R--D--C--S--W--H--P-    380

                                                                          
  1141 TTCGACCCTATGCTTGTCAGCTCATCCTGGGACGGCCGGGTTGCCAAGTGGTCCAGGTCT   1200
  1141 TTCGACCCTATGCTTGTCAGCTCATCCTGGGACGGCCGGGTTGCCAAGTGGTCCAGGTCT   1200
   381 -F--D--P--M--L--V--S--S--S--W--D--G--R--V--A--K--W--S--R--S-    400

                                                                          
  1201 TCCTGTCAGCAAGAAGAGACTACTGATCTCGATTGA                           1236
  1201 TCCTGTCAGCAAGAAGAGACTACTGATCTCGATTGA                           1236
   401 -S--C--Q--Q--E--E--T--T--D--L--D--*-                            411