Oryza sativa Indica Group (ASM465v1)
Location
About this transcript

This transcript has 6 exons, is annotated with 12 domains and features, is associated with 19 variant alleles and maps to 28 oligo probes.

Gene
Show/hide columns (1 hidden)
  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-BGIOSGA036928-TA1011336aa
 
Protein coding
B8BLU4 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGCGCCGCTCTCGTGGCGCCACCACACGCTGTTGCAGGCGCTGCTCTCCCGCGGGCCC     60
     1 ATGGCGCCGCTCTCGTGGCGCCACCACACGCTGTTGCAGGCGCTGCTCTCCCGCGGGCCC     60
     1 -M--A--P--L--S--W--R--H--H--T--L--L--Q--A--L--L--S--R--G--P-     20

                                                                          
    61 CTCTCGGAGCGCGACTTCCACGCCCTCTTCTCCGCCATCTCCGGCGGCAAGAACCCCGCC    120
    61 CTCTCGGAGCGCGACTTCCACGCCCTCTTCTCCGCCATCTCCGGCGGCAAGAACCCCGCC    120
    21 -L--S--E--R--D--F--H--A--L--F--S--A--I--S--G--G--K--N--P--A-     40

                                                                          
   121 ACTCATCGGCATCTGTTCAATGATACACTCCTCAAGATCAACAAGGAGCTCGCATACTTG    180
   121 ACTCATCGGCATCTGTTCAATGATACACTCCTCAAGATCAACAAGGAGCTCGCATACTTG    180
    41 -T--H--R--H--L--F--N--D--T--L--L--K--I--N--K--E--L--A--Y--L-     60

                                                                          
   181 CAGTTTGAGTTAAGAGCAGGCATAAACCAGTATGATGGTACTGTGTATTATGGAGTGGTC    240
   181 CAGTTTGAGTTAAGAGCAGGCATAAACCAGTATGATGGTACTGTGTATTATGGAGTGGTC    240
    61 -Q--F--E--L--R--A--G--I--N--Q--Y--D--G--T--V--Y--Y--G--V--V-     80

                                                                          
   241 AATAACATTGCTGATGAAGAGTCAAAGCTTGGATCAAAGTTTTCTGTGCCACAGATTGCA    300
   241 AATAACATTGCTGATGAAGAGTCAAAGCTTGGATCAAAGTTTTCTGTGCCACAGATTGCA    300
    81 -N--N--I--A--D--E--E--S--K--L--G--S--K--F--S--V--P--Q--I--A-    100

                                                                          
   301 TTCTACAAGGGATTGTTGGAAGCAATAGTTCATGAAGCTGGAAATGATGGGAGCATAACA    360
   301 TTCTACAAGGGATTGTTGGAAGCAATAGTTCATGAAGCTGGAAATGATGGGAGCATAACA    360
   101 -F--Y--K--G--L--L--E--A--I--V--H--E--A--G--N--D--G--S--I--T-    120

                                                                          
   361 AATATCGATGCTCTTAACACACGGATTGAGAACCAGGTTGTAATTGCAGACGCTTCACAG    420
   361 AATATCGATGCTCTTAACACACGGATTGAGAACCAGGTTGTAATTGCAGACGCTTCACAG    420
   121 -N--I--D--A--L--N--T--R--I--E--N--Q--V--V--I--A--D--A--S--Q-    140

                                                                          
   421 GGCAGTCAATCCCGTCTGCCTACTTCCATTACCAACTTCTCATTGTCCCAAAAGGAGAAA    480
   421 GGCAGTCAATCCCGTCTGCCTACTTCCATTACCAACTTCTCATTGTCCCAAAAGGAGAAA    480
   141 -G--S--Q--S--R--L--P--T--S--I--T--N--F--S--L--S--Q--K--E--K-    160

                                                                          
   481 ACTCTTAATGAACTCATACAGGATCGTTGGCTGTCATACACTCCCACAGGAAAGATTGGT    540
   481 ACTCTTAATGAACTCATACAGGATCGTTGGCTGTCATACACTCCCACAGGAAAGATTGGT    540
   161 -T--L--N--E--L--I--Q--D--R--W--L--S--Y--T--P--T--G--K--I--G-    180

                                                                          
   541 CTTGGCATACGATCATTTCTTGATCTCCGAAGTTGGTTACGTAGTAATGATATCCCATCA    600
   541 CTTGGCATACGATCATTTCTTGATCTCCGAAGTTGGTTACGTAGTAATGATATCCCATCA    600
   181 -L--G--I--R--S--F--L--D--L--R--S--W--L--R--S--N--D--I--P--S-    200

                                                                          
   601 TGTGAGGTCTGCAATGAAGCTTGCATAAAGGCATCATCTTGTCCTAATGAGGGATGCAAT    660
   601 TGTGAGGTCTGCAATGAAGCTTGCATAAAGGCATCATCTTGTCCTAATGAGGGATGCAAT    660
   201 -C--E--V--C--N--E--A--C--I--K--A--S--S--C--P--N--E--G--C--N-    220

                                                                          
   661 GTAAGGATTCACGTGTACTGTTTGAAGAAGAAATTTTCTCAGAGAAAGGCCTCGAGAGCT    720
   661 GTAAGGATTCACGTGTACTGTTTGAAGAAGAAATTTTCTCAGAGAAAGGCCTCGAGAGCT    720
   221 -V--R--I--H--V--Y--C--L--K--K--K--F--S--Q--R--K--A--S--R--A-    240

                                                                          
   721 TGTGGTTGTGGTACTGAATGGCCTCGGTTGGAGGGTGAAGATGACGGTGCTGAGGATGTT    780
   721 TGTGGTTGTGGTACTGAATGGCCTCGGTTGGAGGGTGAAGATGACGGTGCTGAGGATGTT    780
   241 -C--G--C--G--T--E--W--P--R--L--E--G--E--D--D--G--A--E--D--V-    260

                                                                          
   781 AACGAACCTGAGGAAGATCAGGTCCCATCAGCCAACCAGCATTCGAGGACTAGACGCAGA    840
   781 AACGAACCTGAGGAAGATCAGGTCCCATCAGCCAACCAGCATTCGAGGACTAGACGCAGA    840
   261 -N--E--P--E--E--D--Q--V--P--S--A--N--Q--H--S--R--T--R--R--R-    280

                                                                          
   841 GGAGTCAAATCTGAACTGGTGGAAGAAAATGAAAGAGCAGGCCCATCAGCGAGGATGACA    900
   841 GGAGTCAAATCTGAACTGGTGGAAGAAAATGAAAGAGCAGGCCCATCAGCGAGGATGACA    900
   281 -G--V--K--S--E--L--V--E--E--N--E--R--A--G--P--S--A--R--M--T-    300

                                                                          
   901 AGGAGGAGTTTGAGAAGCTCTAAAGCGGAAGCAGTTGAGGCTGCTCAAGAGGTGCCATCT    960
   901 AGGAGGAGTTTGAGAAGCTCTAAAGCGGAAGCAGTTGAGGCTGCTCAAGAGGTGCCATCT    960
   301 -R--R--S--L--R--S--S--K--A--E--A--V--E--A--A--Q--E--V--P--S-    320

                                                                          
   961 GCAGCAGGACCTTCGCAGTCAACCAGGGCATCTAAGAGAAGAAAGAACTAA            1011
   961 GCAGCAGGACCTTCGCAGTCAACCAGGGCATCTAAGAGAAGAAAGAACTAA            1011
   321 -A--A--G--P--S--Q--S--T--R--A--S--K--R--R--K--N--*-             336