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Oryza sativa Indica Group (ASM465v1)
Location
About this transcript

This transcript has 15 exons, is annotated with 28 domains and features, is associated with 93 variant alleles and maps to 47 oligo probes.

Gene
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  • Name
  • Transcript ID
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  • Protein
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  • UniProt
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-BGIOSGA027240-TA1830609aa
 
Protein coding
B8B9B8 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
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Other
  • UTR
Markup
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     1 ATGGCATCACCGTCACGTTTTCCATCTTCGTTCCCATTTGAGATCATGGAGAGTAGTTCT     60
     1 ATGGCATCACCGTCACGTTTTCCATCTTCGTTCCCATTTGAGATCATGGAGAGTAGTTCT     60
     1 -M--A--S--P--S--R--F--P--S--S--F--P--F--E--I--M--E--S--S--S-     20

                                                                          
    61 TCAGATGTTCAAATGTCACATTGTGCTGAGGACTTGAATAGTGAGAGTACAATCGAGATC    120
    61 TCAGATGTTCAAATGTCACATTGTGCTGAGGACTTGAATAGTGAGAGTACAATCGAGATC    120
    21 -S--D--V--Q--M--S--H--C--A--E--D--L--N--S--E--S--T--I--E--I-     40

                                                                          
   121 AAAATAAAGACATTGGATTCTCAAACATACAATTTGCGTGTCAATAAACGCGTGCCAGTG    180
   121 AAAATAAAGACATTGGATTCTCAAACATACAATTTGCGTGTCAATAAACGCGTGCCAGTG    180
    41 -K--I--K--T--L--D--S--Q--T--Y--N--L--R--V--N--K--R--V--P--V-     60

                                                                          
   181 CCTCTGCTAAAGGAAAAAATTGCCACTGTAACTGGAATATTGTCTGAGCAACAACGTCTG    240
   181 CCTCTGCTAAAGGAAAAAATTGCCACTGTAACTGGAATATTGTCTGAGCAACAACGTCTG    240
    61 -P--L--L--K--E--K--I--A--T--V--T--G--I--L--S--E--Q--Q--R--L-     80

                                                                          
   241 ATTTGCCGTGGGAGAGTTCTAAAGGATGATGAACTCCTCTCTGCGTATCACGTGGAAGAT    300
   241 ATTTGCCGTGGGAGAGTTCTAAAGGATGATGAACTCCTCTCTGCGTATCACGTGGAAGAT    300
    81 -I--C--R--G--R--V--L--K--D--D--E--L--L--S--A--Y--H--V--E--D-    100

                                                                          
   301 GGCCATACATTGCATCTCGTGGTTAGACAACCAGGACAATCCGCTACATCAGGAAATGCT    360
   301 GGCCATACATTGCATCTCGTGGTTAGACAACCAGGACAATCCGCTACATCAGGAAATGCT    360
   101 -G--H--T--L--H--L--V--V--R--Q--P--G--Q--S--A--T--S--G--N--A-    120

                                                                          
   361 GGAAATGAAGGTACCACATCAAATCCCGCTCGTCGTCGTGGTCCCACTATGACTCGCAGT    420
   361 GGAAATGAAGGTACCACATCAAATCCCGCTCGTCGTCGTGGTCCCACTATGACTCGCAGT    420
   121 -G--N--E--G--T--T--S--N--P--A--R--R--R--G--P--T--M--T--R--S-    140

                                                                          
   421 ATTGTACTTGAGGCTATTAATGTGGGTCAGGGGAGTGAACTCAGTGTTGCACAGAGTGGA    480
   421 ATTGTACTTGAGGCTATTAATGTGGGTCAGGGGAGTGAACTCAGTGTTGCACAGAGTGGA    480
   141 -I--V--L--E--A--I--N--V--G--Q--G--S--E--L--S--V--A--Q--S--G-    160

                                                                          
   481 CCAGCACCTTCTGATGCCAGACCTTCAGAAGGTGCACAATCTTCAACGCAAAATGGTGTC    540
   481 CCAGCACCTTCTGATGCCAGACCTTCAGAAGGTGCACAATCTTCAACGCAAAATGGTGTC    540
   161 -P--A--P--S--D--A--R--P--S--E--G--A--Q--S--S--T--Q--N--G--V-    180

                                                                          
   541 AGGGCTGTACTTGATCAAATGCCGGTTCCACCACTTTTCCAGTCTGAAACGTCAGTTGGG    600
   541 AGGGCTGTACTTGATCAAATGCCGGTTCCACCACTTTTCCAGTCTGAAACGTCAGTTGGG    600
   181 -R--A--V--L--D--Q--M--P--V--P--P--L--F--Q--S--E--T--S--V--G-    200

                                                                          
   601 TTATCAGAACCAAACGTCATTCCTGATTCGTTGACCACAATTTCTCAGTACATTAACTTT    660
   601 TTATCAGAACCAAACGTCATTCCTGATTCGTTGACCACAATTTCTCAGTACATTAACTTT    660
   201 -L--S--E--P--N--V--I--P--D--S--L--T--T--I--S--Q--Y--I--N--F-    220

                                                                          
   661 TTGAGAGACTCCTTTAGAAGGGAAGGCTTCCTCGAAAATGGACAAACTCTGAATAATGCT    720
   661 TTGAGAGACTCCTTTAGAAGGGAAGGCTTCCTCGAAAATGGACAAACTCTGAATAATGCT    720
   221 -L--R--D--S--F--R--R--E--G--F--L--E--N--G--Q--T--L--N--N--A-    240

                                                                          
   721 GACCATGGAACTGCAGGAAGTGCCCATGGAGGTGGTACTCAAAATCATGAAAGCCAGCCT    780
   721 GACCATGGAACTGCAGGAAGTGCCCATGGAGGTGGTACTCAAAATCATGAAAGCCAGCCT    780
   241 -D--H--G--T--A--G--S--A--H--G--G--G--T--Q--N--H--E--S--Q--P-    260

                                                                          
   781 GATTCAGCTTCGGCGCATGGGCTTCCTACTGCAGCATTGCTTGCTGAAACTATGCACTCT    840
   781 GATTCAGCTTCGGCGCATGGGCTTCCTACTGCAGCATTGCTTGCTGAAACTATGCACTCT    840
   261 -D--S--A--S--A--H--G--L--P--T--A--A--L--L--A--E--T--M--H--S-    280

                                                                          
   841 ACTAGACAACTTCTTGTTGAGCATGCTGGAGCATTGCTATCTCAACTACCAAATCAGCTA    900
   841 ACTAGACAACTTCTTGTTGAGCATGCTGGAGCATTGCTATCTCAACTACCAAATCAGCTA    900
   281 -T--R--Q--L--L--V--E--H--A--G--A--L--L--S--Q--L--P--N--Q--L-    300

                                                                          
   901 GGAGATATTGTGAATGTAACTGATGCTACAACACGGAGGAACCTTCAAAACAGTGTAGTC    960
   901 GGAGATATTGTGAATGTAACTGATGCTACAACACGGAGGAACCTTCAAAACAGTGTAGTC    960
   301 -G--D--I--V--N--V--T--D--A--T--T--R--R--N--L--Q--N--S--V--V-    320

                                                                          
   961 AGATATGGAGTTCTCATCCAATACCTTGGTTCATTACTTCTAGAACTTGGCCGCACGACA   1020
   961 AGATATGGAGTTCTCATCCAATACCTTGGTTCATTACTTCTAGAACTTGGCCGCACGACA   1020
   321 -R--Y--G--V--L--I--Q--Y--L--G--S--L--L--L--E--L--G--R--T--T-    340

                                                                          
  1021 ATGATGCTGCGTATAAATCCTGCAACTGTAGGAACAGGATCTGTTCAAGTGGGCCCAATA   1080
  1021 ATGATGCTGCGTATAAATCCTGCAACTGTAGGAACAGGATCTGTTCAAGTGGGCCCAATA   1080
   341 -M--M--L--R--I--N--P--A--T--V--G--T--G--S--V--Q--V--G--P--I-    360

                                                                          
  1081 TTTTCTAGTCTTACTTCACATCGCTCTGTTCTGCACCCAAGAGATATTGACATCCATGTC   1140
  1081 TTTTCTAGTCTTACTTCACATCGCTCTGTTCTGCACCCAAGAGATATTGACATCCATGTC   1140
   361 -F--S--S--L--T--S--H--R--S--V--L--H--P--R--D--I--D--I--H--V-    380

                                                                          
  1141 CGCACGAGTGGGTCTGTGTCTTTAACTGGTACTAACCCACCTGAGCGGGTTGAGGAACAT   1200
  1141 CGCACGAGTGGGTCTGTGTCTTTAACTGGTACTAACCCACCTGAGCGGGTTGAGGAACAT   1200
   381 -R--T--S--G--S--V--S--L--T--G--T--N--P--P--E--R--V--E--E--H-    400

                                                                          
  1201 CAAACACAAGATCGTACAGATAGAAGTGCAAATGCTTCACCTGCAAACAGTAGTGAAGCA   1260
  1201 CAAACACAAGATCGTACAGATAGAAGTGCAAATGCTTCACCTGCAAACAGTAGTGAAGCA   1260
   401 -Q--T--Q--D--R--T--D--R--S--A--N--A--S--P--A--N--S--S--E--A-    420

                                                                          
  1261 TTTGCCAGGGGTTACAGCCGAATTCAACAAAGAGCATACACTAACGCTCAAGTTGCCCAT   1320
  1261 TTTGCCAGGGGTTACAGCCGAATTCAACAAAGAGCATACACTAACGCTCAAGTTGCCCAT   1320
   421 -F--A--R--G--Y--S--R--I--Q--Q--R--A--Y--T--N--A--Q--V--A--H-    440

                                                                          
  1321 AGTGCTAATCAGATACCGAATCCACAGACATCTCAGTATCATGAAGCAGGTACTCTAGGA   1380
  1321 AGTGCTAATCAGATACCGAATCCACAGACATCTCAGTATCATGAAGCAGGTACTCTAGGA   1380
   441 -S--A--N--Q--I--P--N--P--Q--T--S--Q--Y--H--E--A--G--T--L--G-    460

                                                                          
  1381 TCTCCTGTTGATATCAATGCAGAAAACGGCACTCAGACTTCCCCTGGGGAGCAGAATGGC   1440
  1381 TCTCCTGTTGATATCAATGCAGAAAACGGCACTCAGACTTCCCCTGGGGAGCAGAATGGC   1440
   461 -S--P--V--D--I--N--A--E--N--G--T--Q--T--S--P--G--E--Q--N--G-    480

                                                                          
  1441 CAGGGGCCTTTTTCTCAGTTGATGGATAGTATCCCTTGGATTGCATCACTCTTTTCTGGG   1500
  1441 CAGGGGCCTTTTTCTCAGTTGATGGATAGTATCCCTTGGATTGCATCACTCTTTTCTGGG   1500
   481 -Q--G--P--F--S--Q--L--M--D--S--I--P--W--I--A--S--L--F--S--G-    500

                                                                          
  1501 GAAAATTCTCGAGTAAATGGCGCAAATCAGCATGCACCGGCTTCTGCTGAGCAGGTAGAT   1560
  1501 GAAAATTCTCGAGTAAATGGCGCAAATCAGCATGCACCGGCTTCTGCTGAGCAGGTAGAT   1560
   501 -E--N--S--R--V--N--G--A--N--Q--H--A--P--A--S--A--E--Q--V--D-    520

                                                                          
  1561 GGTAGAAATCATGGAGCACCAGAAGTGTCAGGAGTCAGTGATGAGGGTCTACGGTTCGCT   1620
  1561 GGTAGAAATCATGGAGCACCAGAAGTGTCAGGAGTCAGTGATGAGGGTCTACGGTTCGCT   1620
   521 -G--R--N--H--G--A--P--E--V--S--G--V--S--D--E--G--L--R--F--A-    540

                                                                          
  1621 AGCTTAGTTCGCCAAATTATGCCATTTATTTCCCAAGTTGAGTCACATCATCAAAGTGCC   1680
  1621 AGCTTAGTTCGCCAAATTATGCCATTTATTTCCCAAGTTGAGTCACATCATCAAAGTGCC   1680
   541 -S--L--V--R--Q--I--M--P--F--I--S--Q--V--E--S--H--H--Q--S--A-    560

                                                                          
  1681 TCAGCAGTCAGTAGCAGCACCCCTTCACAGGCTGCACATGGGAACTTGAATACTGCAAGA   1740
  1681 TCAGCAGTCAGTAGCAGCACCCCTTCACAGGCTGCACATGGGAACTTGAATACTGCAAGA   1740
   561 -S--A--V--S--S--S--T--P--S--Q--A--A--H--G--N--L--N--T--A--R-    580

                                                                          
  1741 GCTGGTCCAAGTCATTCCAGGAGTTCACATCAACATAACCGTGATCCAGTTGATGGACCT   1800
  1741 GCTGGTCCAAGTCATTCCAGGAGTTCACATCAACATAACCGTGATCCAGTTGATGGACCT   1800
   581 -A--G--P--S--H--S--R--S--S--H--Q--H--N--R--D--P--V--D--G--P-    600

                                                                          
  1801 AATTCTAAAAGGCAAAGAACAAGTGAGTGA                                 1830
  1801 AATTCTAAAAGGCAAAGAACAAGTGAGTGA                                 1830
   601 -N--S--K--R--Q--R--T--S--E--*-                                  609