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Oryza sativa Indica Group (ASM465v1)
Description

Histone deacetylase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A2Y543]

Location
About this transcript

This transcript has 3 exons, is annotated with 12 domains and features, is associated with 9 variant alleles and maps to 13 oligo probes.

Gene
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  • Name
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-BGIOSGA017971-TA1179392aa
 
Protein coding
A2Y543 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
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Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGAGTCGTCCGCCTCCTCCTCGGCCGCGGTGGCGGCGGAGGGGGCGCCGGCGACGGGG     60
     1 ATGGAGTCGTCCGCCTCCTCCTCGGCCGCGGTGGCGGCGGAGGGGGCGCCGGCGACGGGG     60
     1 -M--E--S--S--A--S--S--S--A--A--V--A--A--E--G--A--P--A--T--G-     20

                                                                          
    61 GAGCAGCTGGCGGTGTTCTGGCACGAGGGCATGGTGGCCCACGACGCCGGCCGCGGCGTG    120
    61 GAGCAGCTGGCGGTGTTCTGGCACGAGGGCATGGTGGCCCACGACGCCGGCCGCGGCGTG    120
    21 -E--Q--L--A--V--F--W--H--E--G--M--V--A--H--D--A--G--R--G--V-     40

                                                                          
   121 TTCGACTCGGGCCGCGACCCGGGCTTCCTCGACGTGCTCGACCAGCACCCGGAGAACGCC    180
   121 TTCGACTCGGGCCGCGACCCGGGCTTCCTCGACGTGCTCGACCAGCACCCGGAGAACGCC    180
    41 -F--D--S--G--R--D--P--G--F--L--D--V--L--D--Q--H--P--E--N--A-     60

                                                                          
   181 GACCGCGTCCGCAACATGGTCTCCATCCTCCGCCGCGGCCCCATCGCGCGCTTCATCTCC    240
   181 GACCGCGTCCGCAACATGGTCTCCATCCTCCGCCGCGGCCCCATCGCGCGCTTCATCTCC    240
    61 -D--R--V--R--N--M--V--S--I--L--R--R--G--P--I--A--R--F--I--S-     80

                                                                          
   241 TGGCACTCCGGCCGCCCCGCCCACGCCGCCGAGCTCCTCTCCTTCCACTCCGCCGAATAC    300
   241 TGGCACTCCGGCCGCCCCGCCCACGCCGCCGAGCTCCTCTCCTTCCACTCCGCCGAATAC    300
    81 -W--H--S--G--R--P--A--H--A--A--E--L--L--S--F--H--S--A--E--Y-    100

                                                                          
   301 ATAGAGGAGCTCGTGCAAGCAAATGCCGTTGGTGCCAAGAAGCTGTGTGAAGGCACTTTC    360
   301 ATAGAGGAGCTCGTGCAAGCAAATGCCGTTGGTGCCAAGAAGCTGTGTGAAGGCACTTTC    360
   101 -I--E--E--L--V--Q--A--N--A--V--G--A--K--K--L--C--E--G--T--F-    120

                                                                          
   361 TTGAACCCTGGATCCTGGGGTGCTGCGCTTCTGGCGGCTGGAACAACTTTATCAGCGATG    420
   361 TTGAACCCTGGATCCTGGGGTGCTGCGCTTCTGGCGGCTGGAACAACTTTATCAGCGATG    420
   121 -L--N--P--G--S--W--G--A--A--L--L--A--A--G--T--T--L--S--A--M-    140

                                                                          
   421 AAGCACATACTAGATGGACATGCCAAGATTGCCTATGCGTTGGTCCGCCCCCCTGGCCAT    480
   421 AAGCACATACTAGATGGACATGCCAAGATTGCCTATGCGTTGGTCCGCCCCCCTGGCCAT    480
   141 -K--H--I--L--D--G--H--A--K--I--A--Y--A--L--V--R--P--P--G--H-    160

                                                                          
   481 CATGCGCAACCGGACCGTGCTGATGGTTACTGCTTCCTGAACAATGCTGGGCTTGCAGTG    540
   481 CATGCGCAACCGGACCGTGCTGATGGTTACTGCTTCCTGAACAATGCTGGGCTTGCAGTG    540
   161 -H--A--Q--P--D--R--A--D--G--Y--C--F--L--N--N--A--G--L--A--V-    180

                                                                          
   541 AAGCTGGCTCTGGATTCAGGACGCAGAAAGGTTGCTGTTGTTGATATTGACGTGCACTAT    600
   541 AAGCTGGCTCTGGATTCAGGACGCAGAAAGGTTGCTGTTGTTGATATTGACGTGCACTAT    600
   181 -K--L--A--L--D--S--G--R--R--K--V--A--V--V--D--I--D--V--H--Y-    200

                                                                          
   601 GGAAATGGCACTGCAGAGGGCTTCTACCACACAGACAGCGTGCTGACGATCTCTCTTCAC    660
   601 GGAAATGGCACTGCAGAGGGCTTCTACCACACAGACAGCGTGCTGACGATCTCTCTTCAC    660
   201 -G--N--G--T--A--E--G--F--Y--H--T--D--S--V--L--T--I--S--L--H-    220

                                                                          
   661 ATGAAGCATGGTTCATGGGGTCCATCACATCCCCAGAGTGGCTCGGTGGATGAGATTGGT    720
   661 ATGAAGCATGGTTCATGGGGTCCATCACATCCCCAGAGTGGCTCGGTGGATGAGATTGGT    720
   221 -M--K--H--G--S--W--G--P--S--H--P--Q--S--G--S--V--D--E--I--G-    240

                                                                          
   721 GAAGGCAGGGGTCTTGGGTACAATCTCAATATTCCTTTGCCTAATGGCAGTGGGGATGCA    780
   721 GAAGGCAGGGGTCTTGGGTACAATCTCAATATTCCTTTGCCTAATGGCAGTGGGGATGCA    780
   241 -E--G--R--G--L--G--Y--N--L--N--I--P--L--P--N--G--S--G--D--A-    260

                                                                          
   781 GGGTATGAGTATGCGATGAATGAATTAGTTGTTCCAGCCATAGAGAAGTTTCGTCCTGAG    840
   781 GGGTATGAGTATGCGATGAATGAATTAGTTGTTCCAGCCATAGAGAAGTTTCGTCCTGAG    840
   261 -G--Y--E--Y--A--M--N--E--L--V--V--P--A--I--E--K--F--R--P--E-    280

                                                                          
   841 CTTTTGGTTTTTGTTGTTGGCCAAGATTCTAGTACGTTTGATCCCAATGGAAGACAGTGC    900
   841 CTTTTGGTTTTTGTTGTTGGCCAAGATTCTAGTACGTTTGATCCCAATGGAAGACAGTGC    900
   281 -L--L--V--F--V--V--G--Q--D--S--S--T--F--D--P--N--G--R--Q--C-    300

                                                                          
   901 TTAACCATGGATGGTTATCGGAAAATTGGGCAAATAATGAGAGGCATGGCTGATCAACAC    960
   901 TTAACCATGGATGGTTATCGGAAAATTGGGCAAATAATGAGAGGCATGGCTGATCAACAC    960
   301 -L--T--M--D--G--Y--R--K--I--G--Q--I--M--R--G--M--A--D--Q--H-    320

                                                                          
   961 AGCAATGGTCAAATATTGATCGTGCAGGAAGGGGGTTATCACATCAGCTATTCGGCATAT   1020
   961 AGCAATGGTCAAATATTGATCGTGCAGGAAGGGGGTTATCACATCAGCTATTCGGCATAT   1020
   321 -S--N--G--Q--I--L--I--V--Q--E--G--G--Y--H--I--S--Y--S--A--Y-    340

                                                                          
  1021 TGTCTGCATGCAACACTAGAAGGTGTTCTGAATCTACAAGCCCCGTTGCTTGATGATCCA   1080
  1021 TGTCTGCATGCAACACTAGAAGGTGTTCTGAATCTACAAGCCCCGTTGCTTGATGATCCA   1080
   341 -C--L--H--A--T--L--E--G--V--L--N--L--Q--A--P--L--L--D--D--P-    360

                                                                          
  1081 ATCGCCTATTATCCAGAGGATGAGAAATACACCATGAAAGTTGTGGACATCATGAAGAAA   1140
  1081 ATCGCCTATTATCCAGAGGATGAGAAATACACCATGAAAGTTGTGGACATCATGAAGAAA   1140
   361 -I--A--Y--Y--P--E--D--E--K--Y--T--M--K--V--V--D--I--M--K--K-    380

                                                                          
  1141 TGCTGGAAAGAATCTATTCCATTCTTGAAGGACATATAG                        1179
  1141 TGCTGGAAAGAATCTATTCCATTCTTGAAGGACATATAG                        1179
   381 -C--W--K--E--S--I--P--F--L--K--D--I--*-                         392