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Oryza sativa Indica Group (ASM465v1)
Description

Histone-binding protein MSI1 [Source:Projected from Arabidopsis thaliana (AT5G58230) UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O22467]

Location
About this transcript

This transcript has 8 exons, is annotated with 23 domains and features, is associated with 4 variant alleles and maps to 43 oligo probes.

Gene
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  • Name
  • Transcript ID
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  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-BGIOSGA010170-TA1536511aa
 
Protein coding
A2XJZ7 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
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Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGCGGCGTTTGAGAAAGTGAGGGCGAAGGTGGCGGCGTTTGAGAAAGGGAGGGCGAAG     60
     1 ATGGCGGCGTTTGAGAAAGTGAGGGCGAAGGTGGCGGCGTTTGAGAAAGGGAGGGCGAAG     60
     1 -M--A--A--F--E--K--V--R--A--K--V--A--A--F--E--K--G--R--A--K-     20

                                                                          
    61 GTGGCGGCGTTTGAGAAAGGGAGGGCAAAGGTGGCGGCGTTTGAGAAAGGGAGGGCGAAG    120
    61 GTGGCGGCGTTTGAGAAAGGGAGGGCAAAGGTGGCGGCGTTTGAGAAAGGGAGGGCGAAG    120
    21 -V--A--A--F--E--K--G--R--A--K--V--A--A--F--E--K--G--R--A--K-     40

                                                                          
   121 ATGGCGGCGTTTGAGAAAGGGAGGGCGAAGATGGCGGCGTTTGAGAAAGGAAGGGTGAAG    180
   121 ATGGCGGCGTTTGAGAAAGGGAGGGCGAAGATGGCGGCGTTTGAGAAAGGAAGGGTGAAG    180
    41 -M--A--A--F--E--K--G--R--A--K--M--A--A--F--E--K--G--R--V--K-     60

                                                                          
   181 AAGGCGAATACGTCAGGGACGAAGATGGCGAATACGTTGGTAGGGATCACGGAGGAGCAG    240
   181 AAGGCGAATACGTCAGGGACGAAGATGGCGAATACGTTGGTAGGGATCACGGAGGAGCAG    240
    61 -K--A--N--T--S--G--T--K--M--A--N--T--L--V--G--I--T--E--E--Q-     80

                                                                          
   241 GATGATATGAAGATGAAGATGGCGGCGTTTGAGAAAGGAAGGACGAAGGTGGATAAGTTG    300
   241 GATGATATGAAGATGAAGATGGCGGCGTTTGAGAAAGGAAGGACGAAGGTGGATAAGTTG    300
    81 -D--D--M--K--M--K--M--A--A--F--E--K--G--R--T--K--V--D--K--L-    100

                                                                          
   301 GGGACGAAGATGGTGAATATGTCGTGGCTTCCTGGTCAGGATCAACATCAGAAGATGGTG    360
   301 GGGACGAAGATGGTGAATATGTCGTGGCTTCCTGGTCAGGATCAACATCAGAAGATGGTG    360
   101 -G--T--K--M--V--N--M--S--W--L--P--G--Q--D--Q--H--Q--K--M--V-    120

                                                                          
   361 CTTGGCACACATCACCCGCAAAACTCTGAAAAATCTCCCAATTACCTAATAATTGCACAA    420
   361 CTTGGCACACATCACCCGCAAAACTCTGAAAAATCTCCCAATTACCTAATAATTGCACAA    420
   121 -L--G--T--H--H--P--Q--N--S--E--K--S--P--N--Y--L--I--I--A--Q-    140

                                                                          
   421 GCTCAACTATCTTGTGATGATGATGAGGACATAGAATACCCTTGTGGTGATGTTGAGGAT    480
   421 GCTCAACTATCTTGTGATGATGATGAGGACATAGAATACCCTTGTGGTGATGTTGAGGAT    480
   141 -A--Q--L--S--C--D--D--D--E--D--I--E--Y--P--C--G--D--V--E--D-    160

                                                                          
   481 ATGGAATACTGTGAATCTGACGATGCTAACAGTGGCTTGTATGGTGCAGGATCCAGCAAG    540
   481 ATGGAATACTGTGAATCTGACGATGCTAACAGTGGCTTGTATGGTGCAGGATCCAGCAAG    540
   161 -M--E--Y--C--E--S--D--D--A--N--S--G--L--Y--G--A--G--S--S--K-    180

                                                                          
   541 GTGCAAATAGTTCAACAGATAAATCATGATGGAGAGGTTAATCGAGCTCGGTATATGCCC    600
   541 GTGCAAATAGTTCAACAGATAAATCATGATGGAGAGGTTAATCGAGCTCGGTATATGCCC    600
   181 -V--Q--I--V--Q--Q--I--N--H--D--G--E--V--N--R--A--R--Y--M--P-    200

                                                                          
   601 CAGAATTCATTTATAATTGCTACCAAGACAGTCAGTGCAGAAGTATATGTCTTTGATTAT    660
   601 CAGAATTCATTTATAATTGCTACCAAGACAGTCAGTGCAGAAGTATATGTCTTTGATTAT    660
   201 -Q--N--S--F--I--I--A--T--K--T--V--S--A--E--V--Y--V--F--D--Y-    220

                                                                          
   661 AGCAAGCACCCATCAAAGCCTCCATTGGATGGTGCATGCAATCCTGACTTACGGCTGAAG    720
   661 AGCAAGCACCCATCAAAGCCTCCATTGGATGGTGCATGCAATCCTGACTTACGGCTGAAG    720
   221 -S--K--H--P--S--K--P--P--L--D--G--A--C--N--P--D--L--R--L--K-    240

                                                                          
   721 GGACATAACTCTGAAGGATATGGACTGTCTTGGAGTATATTTAAGGAGGGCCATTTGTTG    780
   721 GGACATAACTCTGAAGGATATGGACTGTCTTGGAGTATATTTAAGGAGGGCCATTTGTTG    780
   241 -G--H--N--S--E--G--Y--G--L--S--W--S--I--F--K--E--G--H--L--L-    260

                                                                          
   781 AGTGGATCTGATGATGCTCAAATTTGCTTATGGGACATCAAAGCAAATAGTAAAAACAAA    840
   781 AGTGGATCTGATGATGCTCAAATTTGCTTATGGGACATCAAAGCAAATAGTAAAAACAAA    840
   261 -S--G--S--D--D--A--Q--I--C--L--W--D--I--K--A--N--S--K--N--K-    280

                                                                          
   841 ACCCTTGACGCTCTTCAGATTTTTAAGTATCATGATGGTGTCGTTGAAGATGTTGCCTGG    900
   841 ACCCTTGACGCTCTTCAGATTTTTAAGTATCATGATGGTGTCGTTGAAGATGTTGCCTGG    900
   281 -T--L--D--A--L--Q--I--F--K--Y--H--D--G--V--V--E--D--V--A--W-    300

                                                                          
   901 CATTTGAGGCATGAATACTTGTTTGGCTCAGTTGGTGATGATCACAATTTGCTAATTTGG    960
   901 CATTTGAGGCATGAATACTTGTTTGGCTCAGTTGGTGATGATCACAATTTGCTAATTTGG    960
   301 -H--L--R--H--E--Y--L--F--G--S--V--G--D--D--H--N--L--L--I--W-    320

                                                                          
   961 GATTTACGTTCTCCTGTGTCTACTAAGCCTGTACAGTCTGTGGCGGCACACCAGGGTGAG   1020
   961 GATTTACGTTCTCCTGTGTCTACTAAGCCTGTACAGTCTGTGGCGGCACACCAGGGTGAG   1020
   321 -D--L--R--S--P--V--S--T--K--P--V--Q--S--V--A--A--H--Q--G--E-    340

                                                                          
  1021 GTGAATTGTCTGGCTTTCAACCCCTTCAATGAATGGGTTGTTGCAACTGGATCAACTGAC   1080
  1021 GTGAATTGTCTGGCTTTCAACCCCTTCAATGAATGGGTTGTTGCAACTGGATCAACTGAC   1080
   341 -V--N--C--L--A--F--N--P--F--N--E--W--V--V--A--T--G--S--T--D-    360

                                                                          
  1081 AAGACCGTGAATTGTCTGGCTTTCAACCCCTTCAATGAATGGGTTGTTGCAACTGGTTCA   1140
  1081 AAGACCGTGAATTGTCTGGCTTTCAACCCCTTCAATGAATGGGTTGTTGCAACTGGTTCA   1140
   361 -K--T--V--N--C--L--A--F--N--P--F--N--E--W--V--V--A--T--G--S-    380

                                                                          
  1141 ACTGACAAGACCGTGAAACTATTTGATCTTCGGAAGATTGATACTTCCCTACACACCTTT   1200
  1141 ACTGACAAGACCGTGAAACTATTTGATCTTCGGAAGATTGATACTTCCCTACACACCTTT   1200
   381 -T--D--K--T--V--K--L--F--D--L--R--K--I--D--T--S--L--H--T--F-    400

                                                                          
  1201 GATTGCCACAAGGAGGAAGTATTTCAAGTTGGATGGAGCCCAAAGAATGAGACTATACTT   1260
  1201 GATTGCCACAAGGAGGAAGTATTTCAAGTTGGATGGAGCCCAAAGAATGAGACTATACTT   1260
   401 -D--C--H--K--E--E--V--F--Q--V--G--W--S--P--K--N--E--T--I--L-    420

                                                                          
  1261 GCATCTTGTTGTCTTGGCAGAAGGTTAATGGTCTGGGATTTAAGCAGGATTGACCAGGAA   1320
  1261 GCATCTTGTTGTCTTGGCAGAAGGTTAATGGTCTGGGATTTAAGCAGGATTGACCAGGAA   1320
   421 -A--S--C--C--L--G--R--R--L--M--V--W--D--L--S--R--I--D--Q--E-    440

                                                                          
  1321 CAGACACCGGAGGATGCGGAAGATGGTCCTCCGGAGCTCCTGTTCATTCATGGAGGCCAT   1380
  1321 CAGACACCGGAGGATGCGGAAGATGGTCCTCCGGAGCTCCTGTTCATTCATGGAGGCCAT   1380
   441 -Q--T--P--E--D--A--E--D--G--P--P--E--L--L--F--I--H--G--G--H-    460

                                                                          
  1381 ACAAGCAAGATCTCCGACTTCTCCTGGAACCCGTGCGAGGACTGGGTGATTGCTAGCGTC   1440
  1381 ACAAGCAAGATCTCCGACTTCTCCTGGAACCCGTGCGAGGACTGGGTGATTGCTAGCGTC   1440
   461 -T--S--K--I--S--D--F--S--W--N--P--C--E--D--W--V--I--A--S--V-    480

                                                                          
  1441 GCTGAGGACAACATCCTTCAGATATGGCAAATGGCAGAGAACATCTACCATGACGAGGAT   1500
  1441 GCTGAGGACAACATCCTTCAGATATGGCAAATGGCAGAGAACATCTACCATGACGAGGAT   1500
   481 -A--E--D--N--I--L--Q--I--W--Q--M--A--E--N--I--Y--H--D--E--D-    500

                                                                          
  1501 GATGTGCCGACTGATGACCCGGCCAAGGCTCCCTGA                           1536
  1501 GATGTGCCGACTGATGACCCGGCCAAGGCTCCCTGA                           1536
   501 -D--V--P--T--D--D--P--A--K--A--P--*-                            511