Oryza glaberrima (Oryza_glaberrima_V1)
Location
About this transcript

This transcript has 8 exons, is annotated with 10 domains and features, is associated with 30 variant alleles and maps to 40 oligo probes.

Gene
Show/hide columns (1 hidden)
  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORGLA09G0032900.11302433aa
 
Protein coding
I1QMQ0 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGCGGAGGGGGAGGGCTCCTCTTCCAGGAGGTGGGCGTTGGGCGATCCGGATGTCGTC     60
     1 ATGGCGGAGGGGGAGGGCTCCTCTTCCAGGAGGTGGGCGTTGGGCGATCCGGATGTCGTC     60
     1 -M--A--E--G--E--G--S--S--S--R--R--W--A--L--G--D--P--D--V--V-     20

                                                                          
    61 GAGGTGTCGCCGGAGGCGGCGGCGGCGGCGCGTTGGAGCTCCGCGCGCCTGAAGCGGAAG    120
    61 GAGGTGTCGCCGGAGGCGGCGGCGGCGGCGCGTTGGAGCTCCGCGCGCCTGAAGCGGAAG    120
    21 -E--V--S--P--E--A--A--A--A--A--R--W--S--S--A--R--L--K--R--K-     40

                                                                          
   121 CGCACGACTGTTGCTCACGAAATAATTGATCTCGACGCCAATGATGATCCTGATGGAGTT    180
   121 CGCACGACTGTTGCTCACGAAATAATTGATCTCGACGCCAATGATGATCCTGATGGAGTT    180
    41 -R--T--T--V--A--H--E--I--I--D--L--D--A--N--D--D--P--D--G--V-     60

                                                                          
   181 ATGATAATTTGTGAGAAGGCGTCGAGTCACAAGAGTAATCATTCTGTTAGTCATCCTTCG    240
   181 ATGATAATTTGTGAGAAGGCGTCGAGTCACAAGAGTAATCATTCTGTTAGTCATCCTTCG    240
    61 -M--I--I--C--E--K--A--S--S--H--K--S--N--H--S--V--S--H--P--S-     80

                                                                          
   241 GATTGGCCAAAGCATCCAAAGAGTGGCTTGGCTGAGGATGTTCCTGGTCCAAGCCATCAA    300
   241 GATTGGCCAAAGCATCCAAAGAGTGGCTTGGCTGAGGATGTTCCTGGTCCAAGCCATCAA    300
    81 -D--W--P--K--H--P--K--S--G--L--A--E--D--V--P--G--P--S--H--Q-    100

                                                                          
   301 CCTGGCACGAGCACAGTTCTACCATGGGGATGCACAACTCCTGGGAGACCACGGAAGCAT    360
   301 CCTGGCACGAGCACAGTTCTACCATGGGGATGCACAACTCCTGGGAGACCACGGAAGCAT    360
   101 -P--G--T--S--T--V--L--P--W--G--C--T--T--P--G--R--P--R--K--H-    120

                                                                          
   361 AAGGAAATTAAAACCGTGGATAATAAAATTGATGAGAAGTATAAGGCATTTAAGCAGTTT    420
   361 AAGGAAATTAAAACCGTGGATAATAAAATTGATGAGAAGTATAAGGCATTTAAGCAGTTT    420
   121 -K--E--I--K--T--V--D--N--K--I--D--E--K--Y--K--A--F--K--Q--F-    140

                                                                          
   421 GATACTGTTACCGACCACAGTGATCACTATTATTCAATGTCAGGCAAAGGGAATGTTCCT    480
   421 GATACTGTTACCGACCACAGTGATCACTATTATTCAATGTCAGGCAAAGGGAATGTTCCT    480
   141 -D--T--V--T--D--H--S--D--H--Y--Y--S--M--S--G--K--G--N--V--P-    160

                                                                          
   481 GAAGTCAAGAAGCCATCCAAGGGCTGGGTGAGGCGGATTCAACATGAATGGAAAGTTCTG    540
   481 GAAGTCAAGAAGCCATCCAAGGGCTGGGTGAGGCGGATTCAACATGAATGGAAAGTTCTG    540
   161 -E--V--K--K--P--S--K--G--W--V--R--R--I--Q--H--E--W--K--V--L-    180

                                                                          
   541 GAGAAAGATTTGCCAGGTACAATTTTTGTACGAGTTTATGAGGATAGGATGGAACTACTT    600
   541 GAGAAAGATTTGCCAGGTACAATTTTTGTACGAGTTTATGAGGATAGGATGGAACTACTT    600
   181 -E--K--D--L--P--G--T--I--F--V--R--V--Y--E--D--R--M--E--L--L-    200

                                                                          
   601 AGGGCTGTCATTGTTGGACCTGCAGGCACTCCTTACCATGATGGACTTTTCTTTTTCGAT    660
   601 AGGGCTGTCATTGTTGGACCTGCAGGCACTCCTTACCATGATGGACTTTTCTTTTTCGAT    660
   201 -R--A--V--I--V--G--P--A--G--T--P--Y--H--D--G--L--F--F--F--D-    220

                                                                          
   661 GTATATTTCCCTTCCCAGTATCCCAAGAAACCTCCACTAGTGAACTACCGCTCGGGAGGG    720
   661 GTATATTTCCCTTCCCAGTATCCCAAGAAACCTCCACTAGTGAACTACCGCTCGGGAGGG    720
   221 -V--Y--F--P--S--Q--Y--P--K--K--P--P--L--V--N--Y--R--S--G--G-    240

                                                                          
   721 TTGCGGCTTAATCCAAATCTCTATGATAGCGGGAAAGTCTGTCTTAGCCTATTGAACACT    780
   721 TTGCGGCTTAATCCAAATCTCTATGATAGCGGGAAAGTCTGTCTTAGCCTATTGAACACT    780
   241 -L--R--L--N--P--N--L--Y--D--S--G--K--V--C--L--S--L--L--N--T-    260

                                                                          
   781 TGGTCTGGGCATGGGTGTGAGAAGTGGAACCCATCCAATTCAACCATGCTGCAGGTCCTA    840
   781 TGGTCTGGGCATGGGTGTGAGAAGTGGAACCCATCCAATTCAACCATGCTGCAGGTCCTA    840
   261 -W--S--G--H--G--C--E--K--W--N--P--S--N--S--T--M--L--Q--V--L-    280

                                                                          
   841 GTCTCCATTCAGGCCTTGGTGTTGAATGCAAAACCTTATTTTAATGAACCTGGTTATGCA    900
   841 GTCTCCATTCAGGCCTTGGTGTTGAATGCAAAACCTTATTTTAATGAACCTGGTTATGCA    900
   281 -V--S--I--Q--A--L--V--L--N--A--K--P--Y--F--N--E--P--G--Y--A-    300

                                                                          
   901 GCTTCTGCTAACACACCCCAGGGGGAGAAAATGTCCATGGCTTATAATGAATCGACATTT    960
   901 GCTTCTGCTAACACACCCCAGGGGGAGAAAATGTCCATGGCTTATAATGAATCGACATTT    960
   301 -A--S--A--N--T--P--Q--G--E--K--M--S--M--A--Y--N--E--S--T--F-    320

                                                                          
   961 CTCCTATCCTGCAGAACAATGCTGTATTCTCTTCGGAATCCACCGAAGCATTTTGAAGAC   1020
   961 CTCCTATCCTGCAGAACAATGCTGTATTCTCTTCGGAATCCACCGAAGCATTTTGAAGAC   1020
   321 -L--L--S--C--R--T--M--L--Y--S--L--R--N--P--P--K--H--F--E--D-    340

                                                                          
  1021 TTCGCAAGGGTTCATTTTTGCAAGTACGGGCGCAATATCCTCGTAGGATGCAAGGCCTAC   1080
  1021 TTCGCAAGGGTTCATTTTTGCAAGTACGGGCGCAATATCCTCGTAGGATGCAAGGCCTAC   1080
   341 -F--A--R--V--H--F--C--K--Y--G--R--N--I--L--V--G--C--K--A--Y-    360

                                                                          
  1081 ATGAATGGTGCCCAAGTTGGATGCCTTGCAGGAAACGGAGTGCATGATGTTGATGAAGGC   1140
  1081 ATGAATGGTGCCCAAGTTGGATGCCTTGCAGGAAACGGAGTGCATGATGTTGATGAAGGC   1140
   361 -M--N--G--A--Q--V--G--C--L--A--G--N--G--V--H--D--V--D--E--G-    380

                                                                          
  1141 GACAAAAGCTGCTCAGCGAACTTCAAAGGCTCCTTGAAGACGTTATTTGATGAACTCATC   1200
  1141 GACAAAAGCTGCTCAGCGAACTTCAAAGGCTCCTTGAAGACGTTATTTGATGAACTCATC   1200
   381 -D--K--S--C--S--A--N--F--K--G--S--L--K--T--L--F--D--E--L--I-    400

                                                                          
  1201 AAGGAATTTACCCGGATAGGAGTTCATTGCCATGAATTCCAGCCTCAGAGGGTGAATCCT   1260
  1201 AAGGAATTTACCCGGATAGGAGTTCATTGCCATGAATTCCAGCCTCAGAGGGTGAATCCT   1260
   401 -K--E--F--T--R--I--G--V--H--C--H--E--F--Q--P--Q--R--V--N--P-    420

                                                                          
  1261 GGGTCTACCAGAGCCAAGGCGGACACCACATTGAGGCTATGA                     1302
  1261 GGGTCTACCAGAGCCAAGGCGGACACCACATTGAGGCTATGA                     1302
   421 -G--S--T--R--A--K--A--D--T--T--L--R--L--*-                      433