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Oryza glaberrima (Oryza_glaberrima_V1)
Description

BTB/POZ/MATH-domains containing protein [Source:Projected from Arabidopsis thaliana (AT2G39760) TAIR;Acc:AT2G39760]

Location
About this transcript

This transcript has 4 exons, is annotated with 27 domains and features, is associated with 28 variant alleles and maps to 30 oligo probes.

Gene
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  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORGLA07G0001200.11188395aa
 
Protein coding
I1Q7C0 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGACGGCGGCGGCGTCGTGGTCCCGGTCGGTGACGGAGACGGTGCGGGGGTCTCACCAG     60
     1 ATGACGGCGGCGGCGTCGTGGTCCCGGTCGGTGACGGAGACGGTGCGGGGGTCTCACCAG     60
     1 -M--T--A--A--A--S--W--S--R--S--V--T--E--T--V--R--G--S--H--Q-     20

                                                                          
    61 TACACGGTGAAGGGGTTCTCGATGGCGAAGGGCGTAGGGGCCGGGCGGTACGTGAGCAGC    120
    61 TACACGGTGAAGGGGTTCTCGATGGCGAAGGGCGTAGGGGCCGGGCGGTACGTGAGCAGC    120
    21 -Y--T--V--K--G--F--S--M--A--K--G--V--G--A--G--R--Y--V--S--S-     40

                                                                          
   121 GACACCTTCGCGGTGGGCGGCTACCACTGGGCCGTCTACCTCTACCCCGACGGCAAGAAC    180
   121 GACACCTTCGCGGTGGGCGGCTACCACTGGGCCGTCTACCTCTACCCCGACGGCAAGAAC    180
    41 -D--T--F--A--V--G--G--Y--H--W--A--V--Y--L--Y--P--D--G--K--N-     60

                                                                          
   181 CCCGAGGACAACGCCAACTACGTCTCCGTCTTCGTCGCCCTCGCCTCCGACGGCGCCGAC    240
   181 CCCGAGGACAACGCCAACTACGTCTCCGTCTTCGTCGCCCTCGCCTCCGACGGCGCCGAC    240
    61 -P--E--D--N--A--N--Y--V--S--V--F--V--A--L--A--S--D--G--A--D-     80

                                                                          
   241 GTCCGCGCCCTCTTCGAGCTCACCCTCCTCGACCAGTCCGGCCGCGGCCGCCACAAGGTC    300
   241 GTCCGCGCCCTCTTCGAGCTCACCCTCCTCGACCAGTCCGGCCGCGGCCGCCACAAGGTC    300
    81 -V--R--A--L--F--E--L--T--L--L--D--Q--S--G--R--G--R--H--K--V-    100

                                                                          
   301 CACTCCCACTTCGACCGATCCCTCCAGGCCGGACCCTACACCCTCAAGTACCGAGGCTCC    360
   301 CACTCCCACTTCGACCGATCCCTCCAGGCCGGACCCTACACCCTCAAGTACCGAGGCTCC    360
   101 -H--S--H--F--D--R--S--L--Q--A--G--P--Y--T--L--K--Y--R--G--S-    120

                                                                          
   361 ATGTGGGGCTACAAGCGCTTCTACCGAAGATCACTCTTAGAATCATCCGACTTTCTCAAG    420
   361 ATGTGGGGCTACAAGCGCTTCTACCGAAGATCACTCTTAGAATCATCCGACTTTCTCAAG    420
   121 -M--W--G--Y--K--R--F--Y--R--R--S--L--L--E--S--S--D--F--L--K-    140

                                                                          
   421 GACGACTGCCTCGTTATGAACTGCACTGTAGGCGTCGTCAAGAACCGTCTCGAAACACCA    480
   421 GACGACTGCCTCGTTATGAACTGCACTGTAGGCGTCGTCAAGAACCGTCTCGAAACACCA    480
   141 -D--D--C--L--V--M--N--C--T--V--G--V--V--K--N--R--L--E--T--P-    160

                                                                          
   481 AAGAACATCCACATCAATATTCCTCCATCCGACATGGGCCGTTGCTTCAACAACCTCCTC    540
   481 AAGAACATCCACATCAATATTCCTCCATCCGACATGGGCCGTTGCTTCAACAACCTCCTC    540
   161 -K--N--I--H--I--N--I--P--P--S--D--M--G--R--C--F--N--N--L--L-    180

                                                                          
   541 AATCTCCGCATCGGCTGTGACGTATCTTTTGAGGTGGGTGATGAAAGAGTCCAGGCGCAC    600
   541 AATCTCCGCATCGGCTGTGACGTATCTTTTGAGGTGGGTGATGAAAGAGTCCAGGCGCAC    600
   181 -N--L--R--I--G--C--D--V--S--F--E--V--G--D--E--R--V--Q--A--H-    200

                                                                          
   601 AAGTGGATTCTTGCTGCCCGCTCCCCTGTATTCAAAGCCCAATTCTTTGGTCCTATTGGG    660
   601 AAGTGGATTCTTGCTGCCCGCTCCCCTGTATTCAAAGCCCAATTCTTTGGTCCTATTGGG    660
   201 -K--W--I--L--A--A--R--S--P--V--F--K--A--Q--F--F--G--P--I--G-    220

                                                                          
   661 AATCCTGACCTACACACAGTCATTGTCGAGGATGTAGAACCTCTTGTCTTCAAGGCAATG    720
   661 AATCCTGACCTACACACAGTCATTGTCGAGGATGTAGAACCTCTTGTCTTCAAGGCAATG    720
   221 -N--P--D--L--H--T--V--I--V--E--D--V--E--P--L--V--F--K--A--M-    240

                                                                          
   721 GTGAATTTCATATACTCTGATGAACTTCCTAGTATTCATGAACTAGCTGGATCTGTCTCA    780
   721 GTGAATTTCATATACTCTGATGAACTTCCTAGTATTCATGAACTAGCTGGATCTGTCTCA    780
   241 -V--N--F--I--Y--S--D--E--L--P--S--I--H--E--L--A--G--S--V--S-    260

                                                                          
   781 ACTTGGACATCGACAGTAGTAGTACAGCATTTGTTGGCGGCTGCTGACAGATATGGACTA    840
   781 ACTTGGACATCGACAGTAGTAGTACAGCATTTGTTGGCGGCTGCTGACAGATATGGACTA    840
   261 -T--W--T--S--T--V--V--V--Q--H--L--L--A--A--A--D--R--Y--G--L-    280

                                                                          
   841 GATCGGCTACGTCTGCTATGCGAGGAAAAGTTATGTGATGAACTCACTGCTGAAACAGTT    900
   841 GATCGGCTACGTCTGCTATGCGAGGAAAAGTTATGTGATGAACTCACTGCTGAAACAGTT    900
   281 -D--R--L--R--L--L--C--E--E--K--L--C--D--E--L--T--A--E--T--V-    300

                                                                          
   901 GCAACAACCTTAGCCCTAGCTGAACAACATCATTGTACTCAGCTGAAATCTGCTTGTCTG    960
   901 GCAACAACCTTAGCCCTAGCTGAACAACATCATTGTACTCAGCTGAAATCTGCTTGTCTG    960
   301 -A--T--T--L--A--L--A--E--Q--H--H--C--T--Q--L--K--S--A--C--L-    320

                                                                          
   961 AAGTTCACTGCTGTTCGGGAAAATCTGGGAGCTGTGATGGAGACAGAAGGATTTAATTAC   1020
   961 AAGTTCACTGCTGTTCGGGAAAATCTGGGAGCTGTGATGGAGACAGAAGGATTTAATTAC   1020
   321 -K--F--T--A--V--R--E--N--L--G--A--V--M--E--T--E--G--F--N--Y-    340

                                                                          
  1021 TTGGAGGAGACATGCCCGTCCCTGCTATCTGACTTGTTAGCTACTGTCGCAGTAGTGGAT   1080
  1021 TTGGAGGAGACATGCCCGTCCCTGCTATCTGACTTGTTAGCTACTGTCGCAGTAGTGGAT   1080
   341 -L--E--E--T--C--P--S--L--L--S--D--L--L--A--T--V--A--V--V--D-    360

                                                                          
  1081 GATGATGCTGCGTCATTCAACCGGAAGAGGGGAGTCGGTGGTAACGAAGGAGCGAATCCT   1140
  1081 GATGATGCTGCGTCATTCAACCGGAAGAGGGGAGTCGGTGGTAACGAAGGAGCGAATCCT   1140
   361 -D--D--A--A--S--F--N--R--K--R--G--V--G--G--N--E--G--A--N--P-    380

                                                                          
  1141 GTGGAGAGCGTGGAGGCTAGTGATAGGCGCATCCGCAGGAGGGTTTAG               1188
  1141 GTGGAGAGCGTGGAGGCTAGTGATAGGCGCATCCGCAGGAGGGTTTAG               1188
   381 -V--E--S--V--E--A--S--D--R--R--I--R--R--R--V--*-                395