Oryza glaberrima (Oryza_glaberrima_V1) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationExternal ReferencesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Chromosome 6: 1,946,648-1,952,306 reverse strand.
This transcript has 9 exons, is annotated with 31 domains and features, is associated with 37 variant alleles and maps to 41 oligo probes.
This transcript is a product of gene ORGLA06G0025800 Show transcript tableHide transcript table
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1 ATGGAGATCGAGGAGGCGGGCGGCGCCGGGGAGGATGAGCTGGAAATGGAGGCTCCGAGC 60 1 ATGGAGATCGAGGAGGCGGGCGGCGCCGGGGAGGATGAGCTGGAAATGGAGGCTCCGAGC 60 1 -M--E--I--E--E--A--G--G--A--G--E--D--E--L--E--M--E--A--P--S- 20 61 GTGAGCACGGTGGCGATTGCGGTGAACGGGAGCAGGAACAGCAAGCACGCACTCAAGTGG 120 61 GTGAGCACGGTGGCGATTGCGGTGAACGGGAGCAGGAACAGCAAGCACGCACTCAAGTGG 120 21 -V--S--T--V--A--I--A--V--N--G--S--R--N--S--K--H--A--L--K--W- 40 121 GCTCTCGACAAGTTCGTCCCCGAAGGGAAGGTCCTCTTCCAGATCTTGCATGTCCGCCCC 180 121 GCTCTCGACAAGTTCGTCCCCGAAGGGAAGGTCCTCTTCCAGATCTTGCATGTCCGCCCC 180 41 -A--L--D--K--F--V--P--E--G--K--V--L--F--Q--I--L--H--V--R--P- 60 181 ACCATCAAGATGGTGCCAACTCCAATGGGCAATTTCATTCCAATCACACAAGTGCGTGAA 240 181 ACCATCAAGATGGTGCCAACTCCAATGGGCAATTTCATTCCAATCACACAAGTGCGTGAA 240 61 -T--I--K--M--V--P--T--P--M--G--N--F--I--P--I--T--Q--V--R--E- 80 241 GACGTAGCAACTGCATACAAGAAAGAAGTGGAATGGCAAGCAAACAATATGTTGCTTCCT 300 241 GACGTAGCAACTGCATACAAGAAAGAAGTGGAATGGCAAGCAAACAATATGTTGCTTCCT 300 81 -D--V--A--T--A--Y--K--K--E--V--E--W--Q--A--N--N--M--L--L--P- 100 301 TACAAGAAGATGTGTGCTCAGAGAAAGGTAGAAGCTGAAGCTGTTTTACTCGAATCTGAC 360 301 TACAAGAAGATGTGTGCTCAGAGAAAGGTAGAAGCTGAAGCTGTTTTACTCGAATCTGAC 360 101 -Y--K--K--M--C--A--Q--R--K--V--E--A--E--A--V--L--L--E--S--D- 120 361 GATGTGCCTACTGCTATAAGCGAAGAAATCAGCAAATTCAGTGTCTGCAAGTTAGTTTTA 420 361 GATGTGCCTACTGCTATAAGCGAAGAAATCAGCAAATTCAGTGTCTGCAAGTTAGTTTTA 420 121 -D--V--P--T--A--I--S--E--E--I--S--K--F--S--V--C--K--L--V--L- 140 421 GGTTCTTCTAGCAGCATATTCCGAAGGAAAAACAAAGGAAGTAAGACTGCGACCAAAATC 480 421 GGTTCTTCTAGCAGCATATTCCGAAGGAAAAACAAAGGAAGTAAGACTGCGACCAAAATC 480 141 -G--S--S--S--S--I--F--R--R--K--N--K--G--S--K--T--A--T--K--I- 160 481 TGTGAGTGCATTCCAAGCTTCTGCACAGCATACGTTGTCTCAAAAGGAAAACTATCATCT 540 481 TGTGAGTGCATTCCAAGCTTCTGCACAGCATACGTTGTCTCAAAAGGAAAACTATCATCT 540 161 -C--E--C--I--P--S--F--C--T--A--Y--V--V--S--K--G--K--L--S--S- 180 541 GTGCACTCAGCTACATCTGATGCCATCGGAACACCTGAATCCATTTCTTCTTCAACTGTT 600 541 GTGCACTCAGCTACATCTGATGCCATCGGAACACCTGAATCCATTTCTTCTTCAACTGTT 600 181 -V--H--S--A--T--S--D--A--I--G--T--P--E--S--I--S--S--S--T--V- 200 601 TCATCCCCAAGCTCTAGAAGCTTTTCATCCAGTGTACCCTCAGAATGGGGAGACACATAT 660 601 TCATCCCCAAGCTCTAGAAGCTTTTCATCCAGTGTACCCTCAGAATGGGGAGACACATAT 660 201 -S--S--P--S--S--R--S--F--S--S--S--V--P--S--E--W--G--D--T--Y- 220 661 GGGTCAGCAAATGTGTCATTCCACCAGCCATCTCTGTCATCTCAGCGTGACCAAGCAATT 720 661 GGGTCAGCAAATGTGTCATTCCACCAGCCATCTCTGTCATCTCAGCGTGACCAAGCAATT 720 221 -G--S--A--N--V--S--F--H--Q--P--S--L--S--S--Q--R--D--Q--A--I- 240 721 GCAAACATGAATAAGTTATCCAACAGGAGAGCTAGCCCTTCAGGCAGTGGTGGGAGTGAG 780 721 GCAAACATGAATAAGTTATCCAACAGGAGAGCTAGCCCTTCAGGCAGTGGTGGGAGTGAG 780 241 -A--N--M--N--K--L--S--N--R--R--A--S--P--S--G--S--G--G--S--E- 260 781 ATCTCCAACCATGATGATACAGTCCTGACAAGTTCACACTCGATCAATTCAGAAACACGG 840 781 ATCTCCAACCATGATGATACAGTCCTGACAAGTTCACACTCGATCAATTCAGAAACACGG 840 261 -I--S--N--H--D--D--T--V--L--T--S--S--H--S--I--N--S--E--T--R- 280 841 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-I--Q--D--I--E--D--E--I--K--L--K--E--T--E--L--T--E--E--K--V- 380 1141 AGGAGATTGATAAGGAAAAAAGAGAGAGAAGAACAGGAAGTTGCCAGAAGAGAAGATCAA 1200 1141 AGGAGATTGATAAGGAAAAAAGAGAGAGAAGAACAGGAAGTTGCCAGAAGAGAAGATCAA 1200 381 -R--R--L--I--R--K--K--E--R--E--E--Q--E--V--A--R--R--E--D--Q- 400 1201 TTAAGAAATGAAAATGCTGAAAGTGAAGCAACAAAACAGAGTAATGGCAATCAGGAAGGT 1260 1201 TTAAGAAATGAAAATGCTGAAAGTGAAGCAACAAAACAGAGTAATGGCAATCAGGAAGGT 1260 401 -L--R--N--E--N--A--E--S--E--A--T--K--Q--S--N--G--N--Q--E--G- 420 1261 GATGAGAATAAGACAGGAGAGAGGATTTTCGTGCGCTGTTTTGACGAGTATAACAGGTAT 1320 1261 GATGAGAATAAGACAGGAGAGAGGATTTTCGTGCGCTGTTTTGACGAGTATAACAGGTAT 1320 421 -D--E--N--K--T--G--E--R--I--F--V--R--C--F--D--E--Y--N--R--Y- 440 1321 ACCTGGGAGGAGATAAAAGCATCGACTTCGTCACTGTCTGAGGATCTTATGATTGGCAGG 1380 1321 ACCTGGGAGGAGATAAAAGCATCGACTTCGTCACTGTCTGAGGATCTTATGATTGGCAGG 1380 441 -T--W--E--E--I--K--A--S--T--S--S--L--S--E--D--L--M--I--G--R- 460 1381 GGATCATATGGTACAGTGTACAAGGCTAAGTTTCATCATACAGTTGCAGCAGTAAAAGTT 1440 1381 GGATCATATGGTACAGTGTACAAGGCTAAGTTTCATCATACAGTTGCAGCAGTAAAAGTT 1440 461 -G--S--Y--G--T--V--Y--K--A--K--F--H--H--T--V--A--A--V--K--V- 480 1441 CTGAACTCCCCTGAAGGCTGTGGAACTCAGCAATTACAACAGGAGCTTGAGGTCCTAGGT 1500 1441 CTGAACTCCCCTGAAGGCTGTGGAACTCAGCAATTACAACAGGAGCTTGAGGTCCTAGGT 1500 481 -L--N--S--P--E--G--C--G--T--Q--Q--L--Q--Q--E--L--E--V--L--G- 500 1501 AAAATCCGGCACCCTCACTTGCTCCTGATGCTAGGTGCATGCCCTGAGCATGGTTGCTTG 1560 1501 AAAATCCGGCACCCTCACTTGCTCCTGATGCTAGGTGCATGCCCTGAGCATGGTTGCTTG 1560 501 -K--I--R--H--P--H--L--L--L--M--L--G--A--C--P--E--H--G--C--L- 520 1561 GTCTACGAATTCATGGAAAATGGCAGCTTGGATGACATGCTGCAACGGAGAAATAATACA 1620 1561 GTCTACGAATTCATGGAAAATGGCAGCTTGGATGACATGCTGCAACGGAGAAATAATACA 1620 521 -V--Y--E--F--M--E--N--G--S--L--D--D--M--L--Q--R--R--N--N--T- 540 1621 CCGCCATTGACCTGGTTTGACCGTTTCAGAATTGCTTGGGAGGTTGCAACTGCTCTTATG 1680 1621 CCGCCATTGACCTGGTTTGACCGTTTCAGAATTGCTTGGGAGGTTGCAACTGCTCTTATG 1680 541 -P--P--L--T--W--F--D--R--F--R--I--A--W--E--V--A--T--A--L--M- 560 1681 TTCCTTCACAGTTCCAAACCAGAGCCTATCATACACCGGGATCTGAAGCCCGCAAACATA 1740 1681 TTCCTTCACAGTTCCAAACCAGAGCCTATCATACACCGGGATCTGAAGCCCGCAAACATA 1740 561 -F--L--H--S--S--K--P--E--P--I--I--H--R--D--L--K--P--A--N--I- 580 1741 TTGCTTGACAGGAACTTGGTTAGCAAGATAGGTGATGTAGGTCTATCAACTTTGCTTCCA 1800 1741 TTGCTTGACAGGAACTTGGTTAGCAAGATAGGTGATGTAGGTCTATCAACTTTGCTTCCA 1800 581 -L--L--D--R--N--L--V--S--K--I--G--D--V--G--L--S--T--L--L--P- 600 1801 AGTATGGATCAGTACCTGTCCACAATGATCAAGAACACTGCTCCAGTGGGCACTTTCTGT 1860 1801 AGTATGGATCAGTACCTGTCCACAATGATCAAGAACACTGCTCCAGTGGGCACTTTCTGT 1860 601 -S--M--D--Q--Y--L--S--T--M--I--K--N--T--A--P--V--G--T--F--C- 620 1861 TACATAGACCCAGAGTATCAGAGAAGTGGCGTGGTCTCCATGAAGTCCGATGTTTATGCT 1920 1861 TACATAGACCCAGAGTATCAGAGAAGTGGCGTGGTCTCCATGAAGTCCGATGTTTATGCT 1920 621 -Y--I--D--P--E--Y--Q--R--S--G--V--V--S--M--K--S--D--V--Y--A- 640 1921 CTAGGGATCGTGATCTTGCAATTGCTGACAGCGAAGTCACCAATGGGGATTGCCCATGTT 1980 1921 CTAGGGATCGTGATCTTGCAATTGCTGACAGCGAAGTCACCAATGGGGATTGCCCATGTT 1980 641 -L--G--I--V--I--L--Q--L--L--T--A--K--S--P--M--G--I--A--H--V- 660 1981 GTGGAGACTGCACTAGAAGATGGACACTTCGTGGACATTCTGGATGCAGCTGCTGGGCAG 2040 1981 GTGGAGACTGCACTAGAAGATGGACACTTCGTGGACATTCTGGATGCAGCTGCTGGGCAG 2040 661 -V--E--T--A--L--E--D--G--H--F--V--D--I--L--D--A--A--A--G--Q- 680 2041 TGGCCTTTGAATGAGGCACAAGAATTGGCTTTCCTAGCCCTAAAGTGTGCCGAAATGAGG 2100 2041 TGGCCTTTGAATGAGGCACAAGAATTGGCTTTCCTAGCCCTAAAGTGTGCCGAAATGAGG 2100 681 -W--P--L--N--E--A--Q--E--L--A--F--L--A--L--K--C--A--E--M--R- 700 2101 CGCAGAGACCGGCCCGACTTGAGCGATCATGTTCTTCCAGCATTGGAGCGGCTGAAGGAT 2160 2101 CGCAGAGACCGGCCCGACTTGAGCGATCATGTTCTTCCAGCATTGGAGCGGCTGAAGGAT 2160 701 -R--R--D--R--P--D--L--S--D--H--V--L--P--A--L--E--R--L--K--D- 720 2161 GTTGCAACCAAGGCCAGAGAAATGGCTTTTAATGGCCACCAAACAGCACCTCCAAGTCAC 2220 2161 GTTGCAACCAAGGCCAGAGAAATGGCTTTTAATGGCCACCAAACAGCACCTCCAAGTCAC 2220 721 -V--A--T--K--A--R--E--M--A--F--N--G--H--Q--T--A--P--P--S--H- 740 2221 TTCATTTGCCCCATACTTCAGGAAGTGATGGCTGATCCATATGTCGCATCGGATGGGTAC 2280 2221 TTCATTTGCCCCATACTTCAGGAAGTGATGGCTGATCCATATGTCGCATCGGATGGGTAC 2280 741 -F--I--C--P--I--L--Q--E--V--M--A--D--P--Y--V--A--S--D--G--Y- 760 2281 ACATATGACCGGAAGGCGATCGAGCTGTGGCTAAGTATGAATGACAAGTCCCCTATGACA 2340 2281 ACATATGACCGGAAGGCGATCGAGCTGTGGCTAAGTATGAATGACAAGTCCCCTATGACA 2340 761 -T--Y--D--R--K--A--I--E--L--W--L--S--M--N--D--K--S--P--M--T- 780 2341 AATCTGAGATTGCCTCACAAGAGCCTGATACCAAATCACTCGCTTCGTTCTGCAATCATC 2400 2341 AATCTGAGATTGCCTCACAAGAGCCTGATACCAAATCACTCGCTTCGTTCTGCAATCATC 2400 781 -N--L--R--L--P--H--K--S--L--I--P--N--H--S--L--R--S--A--I--I- 800 2401 GACTGGAGAACAAAGAGTTAG 2421 2401 GACTGGAGAACAAAGAGTTAG 2421 801 -D--W--R--T--K--S--*- 806
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