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Oryza glaberrima (Oryza_glaberrima_V1)
Location
About this transcript

This transcript has 2 exons, is annotated with 18 domains and features, is associated with 13 variant alleles and maps to 33 oligo probes.

Gene
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeFlags
-ORGLA05G0007500.11161386aa
 
Protein coding
Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
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Other
  • UTR
Markup
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     1 TGGCTTCTTCCTCCCCTTCCTCCTCCTCCTCCCCCCCCTTCCGCCGCCGGTGCCTCCTCC     60
     1 TGGCTTCTTCCTCCCCTTCCTCCTCCTCCTCCCCCCCCTTCCGCCGCCGGTGCCTCCTCC     60
     1 -W--L--L--P--P--L--P--P--P--P--P--P--P--S--A--A--G--A--S--S-     20

                                                                          
    61 TACTGGTGCTACAGCTGCGACCGCTTCGTGCGCGCCCCCGCCCCCCACGACGACTCCGCC    120
    61 TACTGGTGCTACAGCTGCGACCGCTTCGTGCGCGCCCCCGCCCCCCACGACGACTCCGCC    120
    21 -Y--W--C--Y--S--C--D--R--F--V--R--A--P--A--P--H--D--D--S--A-     40

                                                                          
   121 GTCGCCTGCCCGGACTGCGGCGGCGGCTTCCTCGAGGAGATGAGCGCGCCCCCGCCGCNN    180
   121 GTCGCCTGCCCGGACTGCGGCGGCGGCTTCCTCGAGGAGATGAGCGCGCCCCCGCCGCNN    180
    41 -V--A--C--P--D--C--G--G--G--F--L--E--E--M--S--A--P--P--P--X-     60

                                                                          
       NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN       
       NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN       
    61 -X--X--X--X--X--X--X--X--X--X--X--X--X--X--X--X--X--X--X--X-     80

                                                                          
       NNNNNNNNNGCGGCGGCGGCGGCGGCCGGCGACCGCTCGCCGTTCAACCCCGTCATCGTG    232
       NNNNNNNNNGCGGCGGCGGCGGCGGCCGGCGACCGCTCGCCGTTCAACCCCGTCATCGTG    232
    81 -X--X--X--A--A--A--A--A--A--G--D--R--S--P--F--N--P--V--I--V-    100

                                                                          
   233 CTTCGCCGCTCCCCCGCCGCCGCCGGCGACGACGACTCCCTCGCCGCCGCCACCAGCTTC    292
   233 CTTCGCCGCTCCCCCGCCGCCGCCGGCGACGACGACTCCCTCGCCGCCGCCACCAGCTTC    292
   101 -L--R--R--S--P--A--A--A--G--D--D--D--S--L--A--A--A--T--S--F-    120

                                                                          
   293 GAGCTCTTCTACGACGACGGCGCGGGCTCCGGCCTCCGCCCGCTCCCGGAGACCATGTCG    352
   293 GAGCTCTTCTACGACGACGGCGCGGGCTCCGGCCTCCGCCCGCTCCCGGAGACCATGTCG    352
   121 -E--L--F--Y--D--D--G--A--G--S--G--L--R--P--L--P--E--T--M--S-    140

                                                                          
   353 GACTTCCTCATGGGCTCCGGCTTCGAGCGCCTCCTCGACCAGCTCACCCAGATCGAGGCC    412
   353 GACTTCCTCATGGGCTCCGGCTTCGAGCGCCTCCTCGACCAGCTCACCCAGATCGAGGCC    412
   141 -D--F--L--M--G--S--G--F--E--R--L--L--D--Q--L--T--Q--I--E--A-    160

                                                                          
   413 GGCGGCCTCGCCCGCGCCAGGGAGAACCCACCGGCCTCCAAGGCCTCCGTCGAGTCCATG    472
   413 GGCGGCCTCGCCCGCGCCAGGGAGAACCCACCGGCCTCCAAGGCCTCCGTCGAGTCCATG    472
   161 -G--G--L--A--R--A--R--E--N--P--P--A--S--K--A--S--V--E--S--M-    180

                                                                          
   473 CCCACCGTCACCATCGCCGCCTCCCACGTCGGCGCAGACTCCCACTGCGCCGTCTGCAAG    532
   473 CCCACCGTCACCATCGCCGCCTCCCACGTCGGCGCAGACTCCCACTGCGCCGTCTGCAAG    532
   181 -P--T--V--T--I--A--A--S--H--V--G--A--D--S--H--C--A--V--C--K-    200

                                                                          
   533 GAGCCCTTCGAGCTCGGCGACGAGGCCAGGGAGATGCCCTGCAGCCACATCTACCACCAG    592
   533 GAGCCCTTCGAGCTCGGCGACGAGGCCAGGGAGATGCCCTGCAGCCACATCTACCACCAG    592
   201 -E--P--F--E--L--G--D--E--A--R--E--M--P--C--S--H--I--Y--H--Q-    220

                                                                          
   593 GACTGCATCCTCCCATGGCTCGCGCTCCGCAACTCCTGCCCGGTCTGCCGCCACGAGATG    652
   593 GACTGCATCCTCCCATGGCTCGCGCTCCGCAACTCCTGCCCGGTCTGCCGCCACGAGATG    652
   221 -D--C--I--L--P--W--L--A--L--R--N--S--C--P--V--C--R--H--E--M-    240

                                                                          
   653 CCCACCGACGCCGCCCGCCCGCGGCCCAGCAATGCCGGCACAGAGGAGGAGACGGTCGGC    712
   653 CCCACCGACGCCGCCCGCCCGCGGCCCAGCAATGCCGGCACAGAGGAGGAGACGGTCGGC    712
   241 -P--T--D--A--A--R--P--R--P--S--N--A--G--T--E--E--E--T--V--G-    260

                                                                          
   713 CTCACCATCTGGAGGCTGCCCGGAGGCGGCTTCGCCGTCGGTAGGTTCGCCGGAGGGAGG    772
   713 CTCACCATCTGGAGGCTGCCCGGAGGCGGCTTCGCCGTCGGTAGGTTCGCCGGAGGGAGG    772
   261 -L--T--I--W--R--L--P--G--G--G--F--A--V--G--R--F--A--G--G--R-    280

                                                                          
   773 AGGCCCGAGGAGAGGGAGCTTCCAGTTGTGTACACCGAGATGGATGGAGGGTTCAACAAC    832
   773 AGGCCCGAGGAGAGGGAGCTTCCAGTTGTGTACACCGAGATGGATGGAGGGTTCAACAAC    832
   281 -R--P--E--E--R--E--L--P--V--V--Y--T--E--M--D--G--G--F--N--N-    300

                                                                          
   833 GGCGGCGCGCCGAGGAGGATCTCCTGGGGTTCGAGGCAGAGCCGATCGACGGAGAGGAGT    892
   833 GGCGGCGCGCCGAGGAGGATCTCCTGGGGTTCGAGGCAGAGCCGATCGACGGAGAGGAGT    892
   301 -G--G--A--P--R--R--I--S--W--G--S--R--Q--S--R--S--T--E--R--S-    320

                                                                          
   893 GCCATTAGGCGCATCTTCCGCAATGTGTTCTCGTGCTTTGGTCGCAGCCATTCGTCGAAT    952
   893 GCCATTAGGCGCATCTTCCGCAATGTGTTCTCGTGCTTTGGTCGCAGCCATTCGTCGAAT    952
   321 -A--I--R--R--I--F--R--N--V--F--S--C--F--G--R--S--H--S--S--N-    340

                                                                          
   953 TCTCAGGCCTCGTCTTCGCATTCGAGGCCGGAGTTGAACGATGCGTCTGACCGGAGCGCC   1012
   953 TCTCAGGCCTCGTCTTCGCATTCGAGGCCGGAGTTGAACGATGCGTCTGACCGGAGCGCC   1012
   341 -S--Q--A--S--S--S--H--S--R--P--E--L--N--D--A--S--D--R--S--A-    360

                                                                          
  1013 GTGTTCAGCCATGGCTCAAGAAGCCGGAGCACGAGCTGGAGGCTCGAAGATGGCCATGCC   1072
  1013 GTGTTCAGCCATGGCTCAAGAAGCCGGAGCACGAGCTGGAGGCTCGAAGATGGCCATGCC   1072
   361 -V--F--S--H--G--S--R--S--R--S--T--S--W--R--L--E--D--G--H--A-    380

                                                                          
  1073 GACGCCATGGTGCAAAGATAG                                          1093
  1073 GACGCCATGGTGCAAAGATAG                                          1093
   381 -D--A--M--V--Q--R--*-                                           386