Oryza glaberrima (Oryza_glaberrima_V1)
Description

DNA/RNA helicase protein [Source:Projected from Arabidopsis thaliana (AT5G22750) TAIR;Acc:AT5G22750]

Location
About this transcript

This transcript has 20 exons, is annotated with 36 domains and features, is associated with 126 variant alleles and maps to 53 oligo probes.

Gene
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  • Protein
  • Translation ID
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  • UniProt
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORGLA02G0161800.130931030aa
 
Protein coding
I1P0W2 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Variants
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Other
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     1 ATGGGGAAGGAGAGGGGAAGGGAGGAGCAGGTGGCGACGGTGCGCGCGGTGCTCGGCGAT     60
     1 ATGGGGAAGGAGAGGGGAAGGGAGGAGCAGGTGGCGACGGTGCGCGCGGTGCTCGGCGAT     60
     1 -M--G--K--E--R--G--R--E--E--Q--V--A--T--V--R--A--V--L--G--D-     20

                                                                          
    61 GGGACGCCGGAGATGGACATCATCCGCGCGCTCCACATGGCCGGCGACGACCCCACCAGG    120
    61 GGGACGCCGGAGATGGACATCATCCGCGCGCTCCACATGGCCGGCGACGACCCCACCAGG    120
    21 -G--T--P--E--M--D--I--I--R--A--L--H--M--A--G--D--D--P--T--R-     40

                                                                          
   121 GCCATCAACATCCTCCTCGACTTCACCCACGGGCCGCCACCGCCGCCGCCGCCGTCACCG    180
   121 GCCATCAACATCCTCCTCGACTTCACCCACGGGCCGCCACCGCCGCCGCCGCCGTCACCG    180
    41 -A--I--N--I--L--L--D--F--T--H--G--P--P--P--P--P--P--P--S--P-     60

                                                                          
   181 TCGCCGTCGCCATCGCCTCCGGCGGGTAAACCCACCAAACCACACCCCGAATCGACCCCG    240
   181 TCGCCGTCGCCATCGCCTCCGGCGGGTAAACCCACCAAACCACACCCCGAATCGACCCCG    240
    61 -S--P--S--P--S--P--P--A--G--K--P--T--K--P--H--P--E--S--T--P-     80

                                                                          
   241 CCAACCAAAACCCCTGCCCGTTCGAATCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGAGAAACCTAGG    300
   241 CCAACCAAAACCCCTGCCCGTTCGAATCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGAGAAACCTAGG    300
    81 -P--T--K--T--P--A--R--S--N--P--A--A--A--A--A--A--E--K--P--R-    100

                                                                          
   301 CCCAGTGTCGCGCCCGAATCCACCAATGGTGGCGGCGGCGGCGGCGAACATTGGTGGTTG    360
   301 CCCAGTGTCGCGCCCGAATCCACCAATGGTGGCGGCGGCGGCGGCGAACATTGGTGGTTG    360
   101 -P--S--V--A--P--E--S--T--N--G--G--G--G--G--G--E--H--W--W--L-    120

                                                                          
   361 GTGGGGAGCGTGGAGATGGCGGGGCTGTCCACGTGCAAGGGCCGGCGCGTTGCCTCCGGG    420
   361 GTGGGGAGCGTGGAGATGGCGGGGCTGTCCACGTGCAAGGGCCGGCGCGTTGCCTCCGGG    420
   121 -V--G--S--V--E--M--A--G--L--S--T--C--K--G--R--R--V--A--S--G-    140

                                                                          
   421 GATGCCGTCACTTTCTCGTTCCCCAACTCCCCGGTCGCCGCCGCCGCCGGGGGCAAGAGC    480
   421 GATGCCGTCACTTTCTCGTTCCCCAACTCCCCGGTCGCCGCCGCCGCCGGGGGCAAGAGC    480
   141 -D--A--V--T--F--S--F--P--N--S--P--V--A--A--A--A--G--G--K--S-    160

                                                                          
   481 CGTTCCGGCCGCCCCGCCCTCGTTTCCTGCTCCTCCGAGATCATGCGCTTCTCCACCCCG    540
   481 CGTTCCGGCCGCCCCGCCCTCGTTTCCTGCTCCTCCGAGATCATGCGCTTCTCCACCCCG    540
   161 -R--S--G--R--P--A--L--V--S--C--S--S--E--I--M--R--F--S--T--P-    180

                                                                          
   541 CGCCATGGGGAGGTCGGTCGAATCCCCAATGAATGGGCGAGGTGCCTGCTCCCCCTTCTC    600
   541 CGCCATGGGGAGGTCGGTCGAATCCCCAATGAATGGGCGAGGTGCCTGCTCCCCCTTCTC    600
   181 -R--H--G--E--V--G--R--I--P--N--E--W--A--R--C--L--L--P--L--L-    200

                                                                          
   601 AAGGAGGGGAAGATAAAAATCGATGGCGTATGCAAATCCGCTCCCGAAGTACTTAGCATC    660
   601 AAGGAGGGGAAGATAAAAATCGATGGCGTATGCAAATCCGCTCCCGAAGTACTTAGCATC    660
   201 -K--E--G--K--I--K--I--D--G--V--C--K--S--A--P--E--V--L--S--I-    220

                                                                          
   661 ATGGACACTGTCCTCTTGTCCGTAAGTGTCTACATCAACAGCTCAATGTTTCATGGCCAA    720
   661 ATGGACACTGTCCTCTTGTCCGTAAGTGTCTACATCAACAGCTCAATGTTTCATGGCCAA    720
   221 -M--D--T--V--L--L--S--V--S--V--Y--I--N--S--S--M--F--H--G--Q-    240

                                                                          
   721 AAGCAATCGACACCCAAGGCTGCTCGGGCTGCTACCGAGGATTCCACGTTTCATCCGCTG    780
   721 AAGCAATCGACACCCAAGGCTGCTCGGGCTGCTACCGAGGATTCCACGTTTCATCCGCTG    780
   241 -K--Q--S--T--P--K--A--A--R--A--A--T--E--D--S--T--F--H--P--L-    260

                                                                          
   781 CCTGCACTTTTCAAGTTAACTGGTCTTTCGCCCTTTAAGAAGGCAGCATTTACTCCAGAA    840
   781 CCTGCACTTTTCAAGTTAACTGGTCTTTCGCCCTTTAAGAAGGCAGCATTTACTCCAGAA    840
   261 -P--A--L--F--K--L--T--G--L--S--P--F--K--K--A--A--F--T--P--E-    280

                                                                          
   841 GATCTCTATTCCAGAAAGCGTCCGCTTGAAACAAAGAGCAGTGCACCTGCCACAAAGTTG    900
   841 GATCTCTATTCCAGAAAGCGTCCGCTTGAAACAAAGAGCAGTGCACCTGCCACAAAGTTG    900
   281 -D--L--Y--S--R--K--R--P--L--E--T--K--S--S--A--P--A--T--K--L-    300

                                                                          
   901 ACTACTGAGAAGTTGAGATTATCGTCTGATGGAAACGAAGATGATCATGCTGAAAGAATT    960
   901 ACTACTGAGAAGTTGAGATTATCGTCTGATGGAAACGAAGATGATCATGCTGAAAGAATT    960
   301 -T--T--E--K--L--R--L--S--S--D--G--N--E--D--D--H--A--E--R--I-    320

                                                                          
   961 GTTTCAGATTCAGAATTGGATGATATAATTGGAATCTCAGACAGTTCTGCTTTGGAGGAA   1020
   961 GTTTCAGATTCAGAATTGGATGATATAATTGGAATCTCAGACAGTTCTGCTTTGGAGGAA   1020
   321 -V--S--D--S--E--L--D--D--I--I--G--I--S--D--S--S--A--L--E--E-    340

                                                                          
  1021 AGGGACCCCCCTGATGCTCTGCAGTGTGATTTACGCCCTTATCAGAAGCAGGCACTTTAT   1080
  1021 AGGGACCCCCCTGATGCTCTGCAGTGTGATTTACGCCCTTATCAGAAGCAGGCACTTTAT   1080
   341 -R--D--P--P--D--A--L--Q--C--D--L--R--P--Y--Q--K--Q--A--L--Y-    360

                                                                          
  1081 TGGATGATGCAGCTTGAGAAAGGCAGTTCTTCTCAGGATGCAGCTACAACGCTGCACCCT   1140
  1081 TGGATGATGCAGCTTGAGAAAGGCAGTTCTTCTCAGGATGCAGCTACAACGCTGCACCCT   1140
   361 -W--M--M--Q--L--E--K--G--S--S--S--Q--D--A--A--T--T--L--H--P-    380

                                                                          
  1141 TGTTGGGAGGCATATAAACTCGAGGACAAGAGGGAGCTTGTTTTATACTTGAATGTATTT   1200
  1141 TGTTGGGAGGCATATAAACTCGAGGACAAGAGGGAGCTTGTTTTATACTTGAATGTATTT   1200
   381 -C--W--E--A--Y--K--L--E--D--K--R--E--L--V--L--Y--L--N--V--F-    400

                                                                          
  1201 TCAGGCGATGCCACCACTGAATTTCCTAGTACACTGCAACTTGCAAGAGGAGGGATTCTG   1260
  1201 TCAGGCGATGCCACCACTGAATTTCCTAGTACACTGCAACTTGCAAGAGGAGGGATTCTG   1260
   401 -S--G--D--A--T--T--E--F--P--S--T--L--Q--L--A--R--G--G--I--L-    420

                                                                          
  1261 GCAGATGCAATGGGACTGGGGAAGACTATTATGACAATAGCTCTTCTTCTTGCCGACTCT   1320
  1261 GCAGATGCAATGGGACTGGGGAAGACTATTATGACAATAGCTCTTCTTCTTGCCGACTCT   1320
   421 -A--D--A--M--G--L--G--K--T--I--M--T--I--A--L--L--L--A--D--S-    440

                                                                          
  1321 AGCAAAGGATGCATCACTACTCAGCATTCTACTCACATATGTGAAGAAGCTAGTGGACTG   1380
  1321 AGCAAAGGATGCATCACTACTCAGCATTCTACTCACATATGTGAAGAAGCTAGTGGACTG   1380
   441 -S--K--G--C--I--T--T--Q--H--S--T--H--I--C--E--E--A--S--G--L-    460

                                                                          
  1381 GGTGAATTGCCAATTCAGCCTCATGATGATGTGAAGAAGCTAGCTATCCCTTTCTCTTTT   1440
  1381 GGTGAATTGCCAATTCAGCCTCATGATGATGTGAAGAAGCTAGCTATCCCTTTCTCTTTT   1440
   461 -G--E--L--P--I--Q--P--H--D--D--V--K--K--L--A--I--P--F--S--F-    480

                                                                          
  1441 AGTAAGCTTAGGAAACCTAAAACCCCGCTTATTGCAGGCGGCAATCTAATTGTCTGCCCA   1500
  1441 AGTAAGCTTAGGAAACCTAAAACCCCGCTTATTGCAGGCGGCAATCTAATTGTCTGCCCA   1500
   481 -S--K--L--R--K--P--K--T--P--L--I--A--G--G--N--L--I--V--C--P-    500

                                                                          
  1501 ATGACACTACTTGGTCAGTGGAAGGCAGAAATTGAAGCTCATGCTACACCAGGTTCTGTA   1560
  1501 ATGACACTACTTGGTCAGTGGAAGGCAGAAATTGAAGCTCATGCTACACCAGGTTCTGTA   1560
   501 -M--T--L--L--G--Q--W--K--A--E--I--E--A--H--A--T--P--G--S--V-    520

                                                                          
  1561 AGTATATATGTTCATTATGGGCAAAACAGACCAAAAGAAGCAAACCTTATTGGTCAGAGT   1620
  1561 AGTATATATGTTCATTATGGGCAAAACAGACCAAAAGAAGCAAACCTTATTGGTCAGAGT   1620
   521 -S--I--Y--V--H--Y--G--Q--N--R--P--K--E--A--N--L--I--G--Q--S-    540

                                                                          
  1621 GATATTGTCCTGACTACATATGGTGTTCTGTCATCGGAATTTTCAAACGAGAATTCAACA   1680
  1621 GATATTGTCCTGACTACATATGGTGTTCTGTCATCGGAATTTTCAAACGAGAATTCAACA   1680
   541 -D--I--V--L--T--T--Y--G--V--L--S--S--E--F--S--N--E--N--S--T-    560

                                                                          
  1681 GAAAGTGGGGGTCTGTACTCTATACATTGGTTTAGAGTTGTGCTGGATGAAGCACACATG   1740
  1681 GAAAGTGGGGGTCTGTACTCTATACATTGGTTTAGAGTTGTGCTGGATGAAGCACACATG   1740
   561 -E--S--G--G--L--Y--S--I--H--W--F--R--V--V--L--D--E--A--H--M-    580

                                                                          
  1741 ATAAAATCTCCCAAAAGTTTAATATCCCTCGCTGCTGCTGCTCTTACGGCTGATCGGCGT   1800
  1741 ATAAAATCTCCCAAAAGTTTAATATCCCTCGCTGCTGCTGCTCTTACGGCTGATCGGCGT   1800
   581 -I--K--S--P--K--S--L--I--S--L--A--A--A--A--L--T--A--D--R--R-    600

                                                                          
  1801 TGGTGTCTTACTGGTACACCTATTCAGAACAACTTGGAGGATATATACAGCCTTTTCCGG   1860
  1801 TGGTGTCTTACTGGTACACCTATTCAGAACAACTTGGAGGATATATACAGCCTTTTCCGG   1860
   601 -W--C--L--T--G--T--P--I--Q--N--N--L--E--D--I--Y--S--L--F--R-    620

                                                                          
  1861 TTTTTGAGGGTTGAACCGTGGAGGAACTGGTCTTTGTGGCATAAACTTGTGCAAAAACCA   1920
  1861 TTTTTGAGGGTTGAACCGTGGAGGAACTGGTCTTTGTGGCATAAACTTGTGCAAAAACCA   1920
   621 -F--L--R--V--E--P--W--R--N--W--S--L--W--H--K--L--V--Q--K--P-    640

                                                                          
  1921 TATGAAGAAGGCGATGAAAGAGGTTTAAAGCTAGTACAGTCCATTTTGAAGCCAATAATG   1980
  1921 TATGAAGAAGGCGATGAAAGAGGTTTAAAGCTAGTACAGTCCATTTTGAAGCCAATAATG   1980
   641 -Y--E--E--G--D--E--R--G--L--K--L--V--Q--S--I--L--K--P--I--M-    660

                                                                          
  1981 TTGAGAAGGAATAAAAACAGCACAGACAAGGAAGGAAGACCAATCCTTATTTTACCCCCA   2040
  1981 TTGAGAAGGAATAAAAACAGCACAGACAAGGAAGGAAGACCAATCCTTATTTTACCCCCA   2040
   661 -L--R--R--N--K--N--S--T--D--K--E--G--R--P--I--L--I--L--P--P-    680

                                                                          
  2041 GCAAATATCGAAGTCAAATACTGTGATTTGTCAGAGACTGAGAAGGATTTCTATGATGCT   2100
  2041 GCAAATATCGAAGTCAAATACTGTGATTTGTCAGAGACTGAGAAGGATTTCTATGATGCT   2100
   681 -A--N--I--E--V--K--Y--C--D--L--S--E--T--E--K--D--F--Y--D--A-    700

                                                                          
  2101 CTGTTTCGACGATCTAAGGTGAAATTTGATCAATTCGTGGAACAAGGAAGGGTCTTGCAC   2160
  2101 CTGTTTCGACGATCTAAGGTGAAATTTGATCAATTCGTGGAACAAGGAAGGGTCTTGCAC   2160
   701 -L--F--R--R--S--K--V--K--F--D--Q--F--V--E--Q--G--R--V--L--H-    720

                                                                          
  2161 AATTATGCTTCAATTTTGGAGTTGCTTTTGCGCCTTCGGCAGTGTTGTGACCACCCATTT   2220
  2161 AATTATGCTTCAATTTTGGAGTTGCTTTTGCGCCTTCGGCAGTGTTGTGACCACCCATTT   2220
   721 -N--Y--A--S--I--L--E--L--L--L--R--L--R--Q--C--C--D--H--P--F-    740

                                                                          
  2221 CTTGTTCTTAGTCGTGGAGATACACAGGAGTTTGCTGACCTAAACAAACTTGCAAAGCGT   2280
  2221 CTTGTTCTTAGTCGTGGAGATACACAGGAGTTTGCTGACCTAAACAAACTTGCAAAGCGT   2280
   741 -L--V--L--S--R--G--D--T--Q--E--F--A--D--L--N--K--L--A--K--R-    760

                                                                          
  2281 TTCTTGCATGGTGGTAATGGTGCTGTGAATGGTGACTCTTCTCTTCCCTCCAGAGCTTAC   2340
  2281 TTCTTGCATGGTGGTAATGGTGCTGTGAATGGTGACTCTTCTCTTCCCTCCAGAGCTTAC   2340
   761 -F--L--H--G--G--N--G--A--V--N--G--D--S--S--L--P--S--R--A--Y-    780

                                                                          
  2341 ATTGAGGAAGTTGTCCAGGAACTGCAGAAAGGTGAAGGGGAGTGTCCCATATGCCTGGAA   2400
  2341 ATTGAGGAAGTTGTCCAGGAACTGCAGAAAGGTGAAGGGGAGTGTCCCATATGCCTGGAA   2400
   781 -I--E--E--V--V--Q--E--L--Q--K--G--E--G--E--C--P--I--C--L--E-    800

                                                                          
  2401 GCCTTTGAGGATGCTGTATTGACTCCCTGTGCTCACCGTTTATGCCGAGAATGTCTCTTG   2460
  2401 GCCTTTGAGGATGCTGTATTGACTCCCTGTGCTCACCGTTTATGCCGAGAATGTCTCTTG   2460
   801 -A--F--E--D--A--V--L--T--P--C--A--H--R--L--C--R--E--C--L--L-    820

                                                                          
  2461 TCTAGTTGGCGGAGTGCATCAGCAGGCCTTTGTCCTGTCTGTAGAAAGTCTATGAGCAAG   2520
  2461 TCTAGTTGGCGGAGTGCATCAGCAGGCCTTTGTCCTGTCTGTAGAAAGTCTATGAGCAAG   2520
   821 -S--S--W--R--S--A--S--A--G--L--C--P--V--C--R--K--S--M--S--K-    840

                                                                          
  2521 CAGGATCTTATTACTGCTCCAACTGACAATCGTTTTCAAATTGATGTCGAGAAGAACTGG   2580
  2521 CAGGATCTTATTACTGCTCCAACTGACAATCGTTTTCAAATTGATGTCGAGAAGAACTGG   2580
   841 -Q--D--L--I--T--A--P--T--D--N--R--F--Q--I--D--V--E--K--N--W-    860

                                                                          
  2581 GTTGAGTCTTCCAAGATTTCTTTCCTTCTACAGGAGCTAGAAGTTCTTCGCACTTCTGGT   2640
  2581 GTTGAGTCTTCCAAGATTTCTTTCCTTCTACAGGAGCTAGAAGTTCTTCGCACTTCTGGT   2640
   861 -V--E--S--S--K--I--S--F--L--L--Q--E--L--E--V--L--R--T--S--G-    880

                                                                          
  2641 GCAAAGAGCATCATTTTTAGCCAGTGGACTGCATTTCTGGATCTCTTACAAATTCCACTT   2700
  2641 GCAAAGAGCATCATTTTTAGCCAGTGGACTGCATTTCTGGATCTCTTACAAATTCCACTT   2700
   881 -A--K--S--I--I--F--S--Q--W--T--A--F--L--D--L--L--Q--I--P--L-    900

                                                                          
  2701 TCCAGACATAATTTCTCATTTGCTAGACTGGATGGAACCTTGAATCTTCAGCAGAGAGAG   2760
  2701 TCCAGACATAATTTCTCATTTGCTAGACTGGATGGAACCTTGAATCTTCAGCAGAGAGAG   2760
   901 -S--R--H--N--F--S--F--A--R--L--D--G--T--L--N--L--Q--Q--R--E-    920

                                                                          
  2761 AAAGTAATCAAGGAGTTTTCTGAGGACAAAAGCATTTTGGTTCTGCTTATGTCCCTGAAA   2820
  2761 AAAGTAATCAAGGAGTTTTCTGAGGACAAAAGCATTTTGGTTCTGCTTATGTCCCTGAAA   2820
   921 -K--V--I--K--E--F--S--E--D--K--S--I--L--V--L--L--M--S--L--K-    940

                                                                          
  2821 GCTGGTGGTGTTGGAATAAACCTAACTGCTGCATCTAATGCATTTGTCATGGATCCTTGG   2880
  2821 GCTGGTGGTGTTGGAATAAACCTAACTGCTGCATCTAATGCATTTGTCATGGATCCTTGG   2880
   941 -A--G--G--V--G--I--N--L--T--A--A--S--N--A--F--V--M--D--P--W-    960

                                                                          
  2881 TGGAATCCTGCTGTTGAAGAACAAGCTATCATGCGGATCCATCGAATTGGTCAAACAAAG   2940
  2881 TGGAATCCTGCTGTTGAAGAACAAGCTATCATGCGGATCCATCGAATTGGTCAAACAAAG   2940
   961 -W--N--P--A--V--E--E--Q--A--I--M--R--I--H--R--I--G--Q--T--K-    980

                                                                          
  2941 AGTGTTTCCATCAAAAGATTCATCGTCAAGGGCACTGTCGAGGAACGAATGGAGGCTGTG   3000
  2941 AGTGTTTCCATCAAAAGATTCATCGTCAAGGGCACTGTCGAGGAACGAATGGAGGCTGTG   3000
   981 -S--V--S--I--K--R--F--I--V--K--G--T--V--E--E--R--M--E--A--V-   1000

                                                                          
  3001 CAGGCTCGTAAGCAGCGAATGATTTCTGGAGCTTTGACAGATCAGGAAGTACGCAGCGCA   3060
  3001 CAGGCTCGTAAGCAGCGAATGATTTCTGGAGCTTTGACAGATCAGGAAGTACGCAGCGCA   3060
  1001 -Q--A--R--K--Q--R--M--I--S--G--A--L--T--D--Q--E--V--R--S--A-   1020

                                                                          
  3061 CGTATAGAAGAACTGAAGATGCTTTTCTCCTGA                              3093
  3061 CGTATAGAAGAACTGAAGATGCTTTTCTCCTGA                              3093
  1021 -R--I--E--E--L--K--M--L--F--S--*-                              1030