Oryza glaberrima (Oryza_glaberrima_V1)
Description

ARABIDOPSIS TRITHORAX-RELATED PROTEIN 6 [Source:Projected from Arabidopsis thaliana (AT5G24330) TAIR;Acc:AT5G24330]

Location
About this transcript

This transcript has 4 exons, is annotated with 21 domains and features, is associated with 25 variant alleles and maps to 28 oligo probes.

Gene
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-ORGLA02G0016300.11086361aa
 
Protein coding
I1NWQ7 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • Missense
  • Synonymous
Other
  • UTR
Markup
  • loaded
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                                    R                                     
     1 ATGGGGCCCGCGACGCCGCTGCGCCGCCGGACGAGGGCGCGGCCGGCCGCCACCAGGGCG     60
     1 ATGGGGCCCGCGACGCCGCTGCGCCGCCGGACGAGGGCGCGGCCGGCCGCCACCAGGGCG     60
     1 -M--G--P--A--T--P--L--R--R--R--T--R--A--R--P--A--A--T--R--A-     20

                                                                          
    61 GAGGGCGGCAGCGGCGGCGACGGCGACGACGACGACGTTCGCTGCGAGGCGTGCGGGTCC    120
    61 GAGGGCGGCAGCGGCGGCGACGGCGACGACGACGACGTTCGCTGCGAGGCGTGCGGGTCC    120
    21 -E--G--G--S--G--G--D--G--D--D--D--D--V--R--C--E--A--C--G--S-     40

                                                                          
   121 GGGGAGTCGGCGGCGGAGCTGCTGCTGTGCGATGGCTGCGACCGTGGCCTCCACATCTTC    180
   121 GGGGAGTCGGCGGCGGAGCTGCTGCTGTGCGATGGCTGCGACCGTGGCCTCCACATCTTC    180
    41 -G--E--S--A--A--E--L--L--L--C--D--G--C--D--R--G--L--H--I--F-     60

                                                                          
   181 TGCCTCCGCCCCATCCTCCCGCGCGTCCCCGCCGGCGACTGGTTCTGCCCCTCCTGCGCC    240
   181 TGCCTCCGCCCCATCCTCCCGCGCGTCCCCGCCGGCGACTGGTTCTGCCCCTCCTGCGCC    240
    61 -C--L--R--P--I--L--P--R--V--P--A--G--D--W--F--C--P--S--C--A-     80

                                                                          
   241 TCGCCGTCGCCGCACTCCAAGAAATCACACGCGGCCAAGAAGCCCAAGCAGTTCCCGCTG    300
   241 TCGCCGTCGCCGCACTCCAAGAAATCACACGCGGCCAAGAAGCCCAAGCAGTTCCCGCTG    300
    81 -S--P--S--P--H--S--K--K--S--H--A--A--K--K--P--K--Q--F--P--L-    100

                                                                          
   301 GTCCAGACGAAGATCGTGGATTTCTTCAAGATCCAGAGGGGCCCGGCGGCGGCGCTGGCG    360
   301 GTCCAGACGAAGATCGTGGATTTCTTCAAGATCCAGAGGGGCCCGGCGGCGGCGCTGGCG    360
   101 -V--Q--T--K--I--V--D--F--F--K--I--Q--R--G--P--A--A--A--L--A-    120

                                                  Y         Y             
   361 GCGGCGGCGGAGTCGTCGGAGGGGAAGAAGAGGAAGCGGAAGGCGGGTGGCATTCGCTTG    420
   361 GCGGCGGCGGAGTCGTCGGAGGGGAAGAAGAGGAAGCGGAAGGCGGGTGGCATTCGCTTG    420
   121 -A--A--A--E--S--S--E--G--K--K--R--K--R--K--A--G--G--I--R--L-    140

                                                                          
   421 GTCTCCAAGAAGAAGAGGAAGCTTCTCCCCTTCAACCCCAGCGACGACCCGGCGAGGCGC    480
   421 GTCTCCAAGAAGAAGAGGAAGCTTCTCCCCTTCAACCCCAGCGACGACCCGGCGAGGCGC    480
   141 -V--S--K--K--K--R--K--L--L--P--F--N--P--S--D--D--P--A--R--R-    160

                                       Y                                  
   481 CTCCGCCAGATGGCGTCGCTCGCCACGGCGCTCACCGCCACCGGCGCCGTCTTCAGCAAC    540
   481 CTCCGCCAGATGGCGTCGCTCGCCACGGCGCTCACCGCCACCGGCGCCGTCTTCAGCAAC    540
   161 -L--R--Q--M--A--S--L--A--T--A--L--T--A--T--G--A--V--F--S--N-    180

                                 K                                        
   541 GAGCTCACCTACGTCCCCGGCATGGCGCCCCGCGCCGCCAACCGCGCCGCCCTCGAATCC    600
   541 GAGCTCACCTACGTCCCCGGCATGGCGCCCCGCGCCGCCAACCGCGCCGCCCTCGAATCC    600
   181 -E--L--T--Y--V--P--G--M--A--P--R--A--A--N--R--A--A--L--E--S-    200

                                                                          
   601 GGCGGAATGCAGGTGCTACCAAAGGAGGACGTCGAGACGCTGAATCTGTGCAAGAGGATG    660
   601 GGCGGAATGCAGGTGCTACCAAAGGAGGACGTCGAGACGCTGAATCTGTGCAAGAGGATG    660
   201 -G--G--M--Q--V--L--P--K--E--D--V--E--T--L--N--L--C--K--R--M-    220

                                          S                               
   661 ATGGCGAGAGGCGAGTGGCCGCCTCTCCTCGTCGTCTACGACCCCGTCGAGGGGTTCACC    720
   661 ATGGCGAGAGGCGAGTGGCCGCCTCTCCTCGTCGTCTACGACCCCGTCGAGGGGTTCACC    720
   221 -M--A--R--G--E--W--P--P--L--L--V--V--Y--D--P--V--E--G--F--T-    240

                                                                          
   721 GTGGAGGCGGACAGGTTCATCAAGGATCTCACCATCATCACCGAGTACGTCGGCGACGTC    780
   721 GTGGAGGCGGACAGGTTCATCAAGGATCTCACCATCATCACCGAGTACGTCGGCGACGTC    780
   241 -V--E--A--D--R--F--I--K--D--L--T--I--I--T--E--Y--V--G--D--V-    260

                                                                          
   781 GACTACCTGACCCGCCGCGAGCACGACGACGGCGACAGCATGATGACCCTGCTGTCGGCG    840
   781 GACTACCTGACCCGCCGCGAGCACGACGACGGCGACAGCATGATGACCCTGCTGTCGGCG    840
   261 -D--Y--L--T--R--R--E--H--D--D--G--D--S--M--M--T--L--L--S--A-    280

       R                                                                  
   841 GCCACGCCGTCGAGGAGCCTCGTCATCTGCCCCGACAAGCGGAGCAACATCGCTCGCTTC    900
   841 GCCACGCCGTCGAGGAGCCTCGTCATCTGCCCCGACAAGCGGAGCAACATCGCTCGCTTC    900
   281 -A--T--P--S--R--S--L--V--I--C--P--D--K--R--S--N--I--A--R--F-    300

                                                                          
   901 ATCAATGGCATCAACAACCACACTCCAGATGGCCGGAAGAAGCAGAATCTCAAGTGCGTC    960
   901 ATCAATGGCATCAACAACCACACTCCAGATGGCCGGAAGAAGCAGAATCTCAAGTGCGTC    960
   301 -I--N--G--I--N--N--H--T--P--D--G--R--K--K--Q--N--L--K--C--V-    320

                                                                  R       
   961 CGCTTCGACGTCGGCGGCGAGTGCCGGGTGCTCTTGGTGGCGAACAGGGACATCTCCAAG   1020
   961 CGCTTCGACGTCGGCGGCGAGTGCCGGGTGCTCTTGGTGGCGAACAGGGACATCTCCAAG   1020
   321 -R--F--D--V--G--G--E--C--R--V--L--L--V--A--N--R--D--I--S--K-    340

                                                                          
  1021 GGGGAGAGGCTGTACTACGATTACAATGGATCGGAGCATGAGTACCCAACCCACCATTTT   1080
  1021 GGGGAGAGGCTGTACTACGATTACAATGGATCGGAGCATGAGTACCCAACCCACCATTTT   1080
   341 -G--E--R--L--Y--Y--D--Y--N--G--S--E--H--E--Y--P--T--H--H--F-    360

                                                                          
  1081 GTATGA                                                         1086
  1081 GTATGA                                                         1086
   361 -V--*-                                                          361