Transcript: OB01G49440.1
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Description
RING-type E3 ubiquitin transferase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:J3L6T8 ]
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- OB01G49440.1 3138 796aa Gene/transcipt that contains an open reading frame (ORF). Protein coding
J3L6T8 A single transcript chosen for a gene which is the most conserved, most highly expressed, has the longest coding sequence and is represented in other key resources, such as NCBI and UniProt. This is defined in detail on http://www.ensembl.org/info/genome/genebuild/canonical.html Ensembl Canonical,
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Codons Alternating codons Alternating codons Exons Variants Other Markup ▼ ▲
1 A TGTTGGAGCTCTGGTGGTAGTTTAATA A TG GAT GCA ATG GAG GCT GAT GAA GGT CCT TT 60
............................ATGGATGCAATGGAGGCTGATGAAGGTCCTTT 32
............................-M--D--A--M--E--A--D--E--G--P--L 11
61 A CTG GCT ATC GAT GCC AAG T TG CAT GCC GGA ATG TGC AGA GCA TTT CAG CCT GCA GTG TC 120
33 ACTGGCTATCGATGCCAAGTTGCATGCCGGAATGTGCAGAGCATTTCAGCCTGCAGTGTC 92
11 --L--A--I--D--A--K--L--H--A--G--M--C--R--A--F--Q--P--A--V--S 31
121 A AAA CTT TTA GTG ATT TTC CCT GAC ATT GAA GCA TCA AGG CCC AGA AGC AAA TCT GGC AT 180
93 AAAACTTTTAGTGATTTTCCCTGACATTGAAGCATCAAGGCCCAGAAGCAAATCTGGCAT 152
31 --K--L--L--V--I--F--P--D--I--E--A--S--R--P--R--S--K--S--G--I 51
181 A CAG GCA CTA TGT TCT CTG CAT GTA GCT CTA GAT AAA GCT AAA GGT CTT CTT CAA CAT TG 240
153 ACAGGCACTATGTTCTCTGCATGTAGCTCTAGATAAAGCTAAAGGTCTTCTTCAACATTG 212
51 --Q--A--L--C--S--L--H--V--A--L--D--K--A--K--G--L--L--Q--H--C 71
241 T GCA GAT TGC AGC AGG CTA TAC TTG G CC ATC ACT GCA GAA ACC GTG CTT TTG AAG TTT GA 300
213 TGCAGATTGCAGCAGGCTATACTTGGCCATCACTGCAGAAACCGTGCTTTTGAAGTTTGA 272
71 --A--D--C--S--R--L--Y--L--A--I--T--A--E--T--V--L--L--K--F--E 91
301 G AAA GCA AGA AGC CAA CTT CAG GAG AGT CTT AGA CGT GTT GAG GGC ATA GTA ACA GAA GA 360
273 GAAAGCAAGAAGCCAACTTCAGGAGAGTCTTAGACGTGTTGAGGGCATAGTAACAGAAGA 332
91 --K--A--R--S--Q--L--Q--E--S--L--R--R--V--E--G--I--V--T--E--E 111
361 A ATT GGT TGC AAG ATT GTT GAG ATT GTT GCC GAG CTG GAG GAA GTT GTA TTT ACA TTG GA 420
333 AATTGGTTGCAAGATTGTTGAGATTGTTGCCGAGCTGGAGGAAGTTGTATTTACATTGGA 392
111 --I--G--C--K--I--V--E--I--V--A--E--L--E--E--V--V--F--T--L--D 131
421 T CAA TCA GAG AAG GAA GCT GGT GAT GAG GTG GTC AAT TTA CTC CAG AGA AAC AGG AAA GT 480
393 TCAATCAGAGAAGGAAGCTGGTGATGAGGTGGTCAATTTACTCCAGAGAAACAGGAAAGT 452
131 --Q--S--E--K--E--A--G--D--E--V--V--N--L--L--Q--R--N--R--K--V 151
481 G AAT AGT TCC AGC GAT AGC GGA GAG CTT GAG GTC TTT CAT ATG GCT GCA TTG AAG CTA GG 540
453 GAATAGTTCCAGCGATAGCGGAGAGCTTGAGGTCTTTCATATGGCTGCATTGAAGCTAGG 512
151 --N--S--S--S--D--S--G--E--L--E--V--F--H--M--A--A--L--K--L--G 171
541 C ATT ACA TCT TCT AGG GCA GCA CTC ACT GAA AGA AGG GCC CTG AAG AAG CTA ATT GAG AA 600
513 CATTACATCTTCTAGGGCAGCACTCACTGAAAGAAGGGCCCTGAAGAAGCTAATTGAGAA 572
171 --I--T--S--S--R--A--A--L--T--E--R--R--A--L--K--K--L--I--E--K 191
601 G TCT CGT TCT GAT GAA GAT AAG CGG AAA GAG TAT GTT GTG TCA TAC CTG TAC AAT CTA AT 660
573 GTCTCGTTCTGATGAAGATAAGCGGAAAGAGTATGTTGTGTCATACCTGTACAATCTAAT 632
191 --S--R--S--D--E--D--K--R--K--E--Y--V--V--S--Y--L--Y--N--L--M 211
661 G AGG AAA TAC TCG AAA TTT TTC AGA AGT GAG ACC GGT GAT GAT ACC GAT TCT CAA GGA TC 720
633 GAGGAAATACTCGAAATTTTTCAGAAGTGAGACCGGTGATGATACCGATTCTCAAGGATC 692
211 --R--K--Y--S--K--F--F--R--S--E--T--G--D--D--T--D--S--Q--G--S 231
721 G TCT CCA TGC TCG CCG ACA GTG TTA GGC ATG GAT GAC ATG TAT GGA CCC TAT GGA AAT GG 780
693 GTCTCCATGCTCGCCGACAGTGTTAGGCATGGATGACATGTATGGACCCTATGGAAATGG 752
231 --S--P--C--S--P--T--V--L--G--M--D--D--M--Y--G--P--Y--G--N--G 251
781 C CGA GCA TTC AGC AGA CAG CTT TCG AGC ATT CAA TCA TTC AAT TCA AGA TTT GGA TCT TT 840
753 CCGAGCATTCAGCAGACAGCTTTCGAGCATTCAATCATTCAATTCAAGATTTGGATCTTT 812
251 --R--A--F--S--R--Q--L--S--S--I--Q--S--F--N--S--R--F--G--S--F 271
841 C AAT TCT AGG CTT GGA TCG TTC AAT TGT CGG CGT AGT GGT CCA AGG TCT GAA AAC ATG TC 900
813 CAATTCTAGGCTTGGATCGTTCAATTGTCGGCGTAGTGGTCCAAGGTCTGAAAACATGTC 872
271 --N--S--R--L--G--S--F--N--C--R--R--S--G--P--R--S--E--N--M--S 291
901 A ATC CCC CCT GAG GAG CTT AGG TGC CCT ATT TCT CTA CAA CTG ATG TAT GAC CCA GTT AT 960
873 AATCCCCCCTGAGGAGCTTAGGTGCCCTATTTCTCTACAACTGATGTATGACCCAGTTAT 932
291 --I--P--P--E--E--L--R--C--P--I--S--L--Q--L--M--Y--D--P--V--I 311
961 C ATC TCA TCA GGG CAG ACT TAT GAG CGT GTT TGC ATC GAG AAA TGG TTT AAC GAT GGT CA 1020
933 CATCTCATCAGGGCAGACTTATGAGCGTGTTTGCATCGAGAAATGGTTTAACGATGGTCA 992
311 --I--S--S--G--Q--T--Y--E--R--V--C--I--E--K--W--F--N--D--G--H 331
1021 C AGC ACC TGT CCA AAG ACT CAG CAG CAA CTA GCT CAC CTG TCT TTG ACT CCA AAC TAC TG 1080
993 CAGCACCTGTCCAAAGACTCAGCAGCAACTAGCTCACCTGTCTTTGACTCCAAACTACTG 1052
331 --S--T--C--P--K--T--Q--Q--Q--L--A--H--L--S--L--T--P--N--Y--C 351
1081 T GTT AAG GCC CTA ATT GCC AGC TGG TGT GAG CAG AAT GAT TTT CCT GTT CCG GAT GGT CC 1140
1053 TGTTAAGGCCCTAATTGCCAGCTGGTGTGAGCAGAATGATTTTCCTGTTCCGGATGGTCC 1112
351 --V--K--A--L--I--A--S--W--C--E--Q--N--D--F--P--V--P--D--G--P 371
1141 A CCA GGA TCC TTT GAT GTA AAC TGG AGA CTA GCT TTC TCT GAC TCT GAA GCA ACT GGC TG 1200
1113 ACCAGGATCCTTTGATGTAAACTGGAGACTAGCTTTCTCTGACTCTGAAGCAACTGGCTG 1172
371 --P--G--S--F--D--V--N--W--R--L--A--F--S--D--S--E--A--T--G--C 391
1201 C GTG TCT CTT GAA AGT TTT GAC TCT ACC AAC GTG AAG AGT GTC AAG GTA GTT CCA GTG GA 1260
1173 CGTGTCTCTTGAAAGTTTTGACTCTACCAACGTGAAGAGTGTCAAGGTAGTTCCAGTGGA 1232
391 --V--S--L--E--S--F--D--S--T--N--V--K--S--V--K--V--V--P--V--D 411
1261 C AAT GTG AGA AAA GAA GAG CCA GCA AAC AGT GAA TCA GGA ACA TTG GAT GAC AGC TCT TG 1320
1233 CAATGTGAGAAAAGAAGAGCCAGCAAACAGTGAATCAGGAACATTGGATGACAGCTCTTG 1292
411 --N--V--R--K--E--E--P--A--N--S--E--S--G--T--L--D--D--S--S--C 431
1321 T TAT GAT TTT GAT ATG AAT GAG GGG TAC CGG AAC TTA CTT CTA ATG CTT CAT GAA AGA AC 1380
1293 TTATGATTTTGATATGAATGAGGGGTACCGGAACTTACTTCTAATGCTTCATGAAAGAAC 1352
431 --Y--D--F--D--M--N--E--G--Y--R--N--L--L--L--M--L--H--E--R--T 451
1381 C AAC CCA CAC ATC CAG TGT AGG TTG GTT GAG CAG ATA AGA TAT CTC CTG AAA GAT GAT GA 1440
1353 CAACCCACACATCCAGTGTAGGTTGGTTGAGCAGATAAGATATCTCCTGAAAGATGATGA 1412
451 --N--P--H--I--Q--C--R--L--V--E--Q--I--R--Y--L--L--K--D--D--E 471
1441 G GAA GCA AGA ATC CAG ATG GGC TCA AAT GGA TTT GCT GAG GCA CTA GTT CAG TTC TTG AG 1500
1413 GGAAGCAAGAATCCAGATGGGCTCAAATGGATTTGCTGAGGCACTAGTTCAGTTCTTGAG 1472
471 --E--A--R--I--Q--M--G--S--N--G--F--A--E--A--L--V--Q--F--L--R 491
1501 G AAT GCT ATA CAA GAT GGA AAT GAG AAG GCA CAG GAA ATT GGT GCC ATG GCT CTT TTC AA 1560
1473 GAATGCTATACAAGATGGAAATGAGAAGGCACAGGAAATTGGTGCCATGGCTCTTTTCAA 1532
491 --N--A--I--Q--D--G--N--E--K--A--Q--E--I--G--A--M--A--L--F--N 511
1561 C CTT GCA GTC AAT AAC AAC AG G AAC AAG GGA CTT CTA CTG TCT GCT GGA GTG GTC GAT CT 1620
1533 CCTTGCAGTCAATAACAACAGGAACAAGGGACTTCTACTGTCTGCTGGAGTGGTCGATCT 1592
511 --L--A--V--N--N--N--R--N--K--G--L--L--L--S--A--G--V--V--D--L 531
1621 A CTT GAG CAG ATG ATA TCA AAT CCA CGT CTA TCT GCT CCA GCC ACG GCA CTA TAC CTT AA 1680
1593 ACTTGAGCAGATGATATCAAATCCACGTCTATCTGCTCCAGCCACGGCACTATACCTTAA 1652
531 --L--E--Q--M--I--S--N--P--R--L--S--A--P--A--T--A--L--Y--L--N 551
1681 T CTT TCA TGT CTA CCT GAT GCA AAG AAC ATC ATT GGT TCA AGC CAG GCT GTG TCG TTC CT 1740
1653 TCTTTCATGTCTACCTGATGCAAAGAACATCATTGGTTCAAGCCAGGCTGTGTCGTTCCT 1712
551 --L--S--C--L--P--D--A--K--N--I--I--G--S--S--Q--A--V--S--F--L 571
1741 A GTA GAC CGT CTG TTC AGC CAT GAG GCC CGT GAC ACG AAA GGC GGC TCC TGC AAG CAT GA 1800
1713 AGTAGACCGTCTGTTCAGCCATGAGGCCCGTGACACGAAAGGCGGCTCCTGCAAGCATGA 1772
571 --V--D--R--L--F--S--H--E--A--R--D--T--K--G--G--S--C--K--H--D 591
1801 T GCC CTA TAC ACA CTA TAC AAT CTC TCT AAT CAC CAG GCC AGT GTA CCA TCA CTT CTG TC 1860
1773 TGCCCTATACACACTATACAATCTCTCTAATCACCAGGCCAGTGTACCATCACTTCTGTC 1832
591 --A--L--Y--T--L--Y--N--L--S--N--H--Q--A--S--V--P--S--L--L--S 611
1861 T GCG GGC ATT GTG GAA GCT CTG CAC TCT CTC CTT ACA GAG TCC CCA GAG TCT GAG GGC CT 1920
1833 TGCGGGCATTGTGGAAGCTCTGCACTCTCTCCTTACAGAGTCCCCAGAGTCTGAGGGCCT 1892
611 --A--G--I--V--E--A--L--H--S--L--L--T--E--S--P--E--S--E--G--L 631
1921 G GGT TGG ACA GAG AAG GCC CTT GCA GTG CTC ATC AGC CTC GCC GCA ACC CAG CCT GGC AG 1980
1893 GGGTTGGACAGAGAAGGCCCTTGCAGTGCTCATCAGCCTCGCCGCAACCCAGCCTGGCAG 1952
631 --G--W--T--E--K--A--L--A--V--L--I--S--L--A--A--T--Q--P--G--R 651
1981 A AAA GAG ATC ATG TCC ACC CCA GGT TTG ATC AGC ACC TTG GCA ATG CTG CTG GAC ACC GG 2040
1953 AAAAGAGATCATGTCCACCCCAGGTTTGATCAGCACCTTGGCAATGCTGCTGGACACCGG 2012
651 --K--E--I--M--S--T--P--G--L--I--S--T--L--A--M--L--L--D--T--G 671
2041 T GAG CCA ACG GAG CAG GAG CAG TCC GTG TCC TGC CTT CTA GTA ATG TGC TCA GCC GAC GA 2100
2013 TGAGCCAACGGAGCAGGAGCAGTCCGTGTCCTGCCTTCTAGTAATGTGCTCAGCCGACGA 2072
671 --E--P--T--E--Q--E--Q--S--V--S--C--L--L--V--M--C--S--A--D--D 691
2101 C AAG TGC ATC GCA CCG GTG CTG CAG GAG GGA GTT GTG CCT TCC TTG GTT TCC ATC TCG GC 2160
2073 CAAGTGCATCGCACCGGTGCTGCAGGAGGGAGTTGTGCCTTCCTTGGTTTCCATCTCGGC 2132
691 --K--C--I--A--P--V--L--Q--E--G--V--V--P--S--L--V--S--I--S--A 711
2161 A ACC GGC ACA GGG AGG GGG AAG GAG AAG TCC CAG AAG CTG CTC AAG CTG TTC CGG GAG CA 2220
2133 AACCGGCACAGGGAGGGGGAAGGAGAAGTCCCAGAAGCTGCTCAAGCTGTTCCGGGAGCA 2192
711 --T--G--T--G--R--G--K--E--K--S--Q--K--L--L--K--L--F--R--E--Q 731
2221 A AGG CAG CGA GAC GGG GCA CAG CCT GCA CCA CAG CAA GCT CAG CAG CAG CAG CAC CAG CA 2280
2193 AAGGCAGCGAGACGGGGCACAGCCTGCACCACAGCAAGCTCAGCAGCAGCAGCACCAGCA 2252
731 --R--Q--R--D--G--A--Q--P--A--P--Q--Q--A--Q--Q--Q--Q--H--Q--Q 751
2281 G CAG GTT GGA GAG ACC GGT AAC GGC ACC ATG GTC TGC CGC CGG GAC TCG AAA CAG CTG TG 2340
2253 GCAGGTTGGAGAGACCGGTAACGGCACCATGGTCTGCCGCCGGGACTCGAAACAGCTGTG 2312
751 --Q--V--G--E--T--G--N--G--T--M--V--C--R--R--D--S--K--Q--L--C 771
2341 C AAG TCG AAA TCG AGG AAG CTG GGA AGG ACT CTG AGC TCT CTG TGG AAG AAC AGG AGC TT 2400
2313 CAAGTCGAAATCGAGGAAGCTGGGAAGGACTCTGAGCTCTCTGTGGAAGAACAGGAGCTT 2372
771 --K--S--K--S--R--K--L--G--R--T--L--S--S--L--W--K--N--R--S--F 791
2401 C TCC CTC TAC CAA TGC TAG TAGAGTTTTGAGCTGAGTTTGATCAGTGGATATGTACATCT 2460
2373 CTCCCTCTACCAATGCTAG......................................... 2391
791 --S--L--Y--Q--C--*-......................................... 796
2461 TCTCTTGTTCCATGTTTCTCTTGATCTTTTTTTCTTTCTTTGCCTTTTTTTTTTTGCCTT 2520
............................................................
............................................................
2521 TGTTGCTTCCTTGTGTAAAGTAAAACTATCTTCCCCCCCTTCTCGGTGGGGTGATGTAGG 2580
............................................................
............................................................
2581 CCATTTCCTCCCCTTTCTTCCCCTTGCCAAGATATGTTCATAGCTCATGTTATCTCTGCT 2640
............................................................
............................................................
2641 TCAGAAGTTCATATCAGATCATCAGATTGTCTCCCCCTGAATCCATCAGCTCACATGTTA 2700
............................................................
............................................................
2701 TGTTACTGGAGTACATTTATGTCTATACTCAATACATCATCAGATGATCTCTCATGCAGA 2760
............................................................
............................................................
2761 TTCTTGTCTTCAGGAGGCTCAGCTGCTGAAGCAATTCACATCAGACAAACTCACCAAGGT 2820
............................................................
............................................................
2821 ACACATTTTAGTACAGTAATGAATTCAACATTGTCATATGCTACTACCTCATGGTATAGT 2880
............................................................
............................................................
2881 ATTCAGCTTTGTCTCTAGATGCAACAGTGATGAGATGCAGGGCAATGTTGACATGACATG 2940
............................................................
............................................................
2941 AGTCTTGTGAAGACGATGACATGAGATGAAAAGGAAGAACAAATTGCCACAGGGTAGCAG 3000
............................................................
............................................................
3001 ACAATGACTGGAGGGCCGACATGAAATGAGCAGCTCATGGACTGGACTTCATCAAGTTTG 3060
............................................................
............................................................
3061 GTGGTGACGTTTCAGCCTCGGGCCCAGTAGGCCAGCATTGTGCAAGAGAGACCTGTGCCG 3120
............................................................
............................................................
3121 TGTTTGTCTCACAGAGGG 3138
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